О холиварах, универсальных геномах и смене функций генов

[macroevolution]

В связи с увлекательным холиваром, развернувшимся во многих жэжэшечках вокруг истории с asena , pinchas и статьей Михаила Шермана
(ссылки на холивар не буду давать, всё легко ищется),
будет полезно дать ссылки на ряд недавних исследований, имеющих отношение к теме (конкретно - к гипотезе Шермана об "универсальном геноме"). Суть в том, что гены, в т.ч. регуляторы морфогенеза, довольно легко меняют свои функции в ходе эволюции - несколько лет назад это еще казалось очень удивительным и порождало экстравагантные интерпретации вроде шермановской, но сейчас уже как-то все привыкли и поняли, что это нормально и ожидаемо. Сам М. Шерман отметил это в письме (оно цитируется где-то в бесконечных тредах, составляющих упомянутый холивар) и заметил также, что, если бы он писал свою статью сегодня, то не стал бы настаивать на такой аргументации.
Эволюция создает новшества из подручного материала, поэтому вполне ожидаемо, что гены, гомологичные тем, что регулируют развитие сложных органов у сложных животных, обнаруживаются в геномах простых животных, даже не имеющих этих органов. У них эти гены, конечно, выполняют какие-то другие функции.
Ну и вот, собственно, ссылки.
1. У губок обнаружена генная сеть, которая могла бы управлять развитием глаз
2. У одноклеточных организмов есть ген, способный управлять развитием хорды
3. Hox-гены оказались более эволюционно изменчивы, чем предполагалось раньше
И, что особенно интересно, сходные признаки (даже такие сложные, как эхолокация), оказывается, вполне могут независимо формироваться у далеких родственников за счет сходных мутаций в гомологичных генах
4. Конвергентная морфология как следствие конвергенции генов  (это к вопросу о возможности параллельного формирования, например, сложных глаз у далеких друг от друга групп животных на сходной генетической основе).

И последнее: любители научных блогов, читайте журнал caenogenesis (автора трех из четырех процитированных выше заметок).

Comments

[caenogenesis.livejournal.com]

Спасибо!

[5cr34m.livejournal.com]

вам спасибо.

[elisapeyron.livejournal.com]

пользуясь случаем, и от меня вам БОЛЬШОЕ спасибо!

[geky.livejournal.com]

И от меня тоже спасибо.)

[brigitta-z.livejournal.com]

Читаю, спасибо)

[idelsong.livejournal.com]

Очень многие гены, традиционно рассматриваемые как элементы многоклеточного организма, присутствуют у простейших. Вероятно, первые многоклеточные представляли собой что-то вроде соседских общин, как это сейчас бывает у Dictyostelium. Когда Dictyostelium создает многоклеточное тело, это тело имеет дифференцированный эпителий, даже с бета-катенином и рецептором Frizzled. Интересно, что у Dictyostelium одновременно эпителий и целлюлоза.

http://idelsong.livejournal.com/289993.html

В простейших Monosiga brevicollis и Capsaspora owczarzaki чего только не нашли: множество протеин- киназ, cell adhesion proteins, GPCR.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3753549/

[macroevolution.livejournal.com]

Спасибо. Вот еще мой пересказ статьи про эпителий диктиостелиума: http://elementy.ru/news/431538

[tolya99.livejournal.com]

вообще видение одноклекочных организмов как одиноко плавающих в гомогенном растворе независимых клеток видимо устарело. все гораздо сложнее. мне помадались преинтереснейшие исследования по биофильмам (сообществам микроорганизмов).

[lkitross.livejournal.com]

Вот это ИМХО правильный стиль, в котором нет места личным нападкам.

[macroevolution.livejournal.com]

Мой любимый стиль. Но он более энергоемкий, в этом его недостаток :)

[romikchef]

Беда в том, что здесь всё равно речь идёт о частностях, а не о жульничестве "лектора" в целом.
Гипотеза Шермана сама по себе его не интересует. Ему нужна гипотеза, отвечающая двум критериям
- хотя бы намек на сущностное сходство с антинаучным суеверием.
- наличие у высказываюшего каких-никаких регалий
Из этих двух нехитрых посылок он делает очень простой вывод, о котором, в частности, с такой болью говорит Зализняк - что будто-бы не существует в науке объективной истины, существуют всего лишь равноправные гипотезы. Поэтому можно брать люблю, какая нравится и следовать ей. То есть, низводит науку до уровня религии.
Именно это самое мерзкое в его рассуждениях. А проблема сходных генов - просто расходный материал.

При этом в самом наличии такой гипотезы нет никакого криминала. Наука попросту не сможет развиваться, если такие гипотезы не будут появляться. Просто сами ученые понимают разницу между ничем не подкреплённой гипотезой, и теорией, за которой стоят тысячи человеко-лет исследований и сотни подтвердившихся предсказаний. А вот всякие шарлатаны используют естественный процесс научного поиска для очернения самой науки.

[myugor.livejournal.com]

На мой взгляд, это по прежнему неправильный стиль.

[gegmopo4.livejournal.com]

Стиль? Мне показалось, что пост вообще не о том.

[shark-ru.livejournal.com]

Интереснейшие вещи. Спасибо!

[bbzhukov.livejournal.com]

гены, в т.ч. регуляторы морфогенеза, довольно легко меняют свои функции в ходе эволюции - несколько лет назад это еще казалось очень удивительным и порождало экстравагантные интерпретации вроде шермановской
Шесть лет назад одна Ваша будущая подчиненная написала по моему заказу популярную статью, где проводилась именно эта мысль.

Кстати, там она изящно поиздевалась над идеей УГ (в смысле - "универсального генома"), убедительно обосновав, что образу обладателя такого генома лучше всего соответствует Ктулху :-).

Ссылку, к сожалению, дать не могу: журнальчик, где опубликова этот текст, через пару лет закрылся вместе со своим сайтом. А жаль, такой текст пропадает!

[macroevolution.livejournal.com]

Такой текст не должен пропадать! Надо бы его разыскать

[stoshagownozad.livejournal.com]

ииии, с ногами, щупалками, крыльями, живет в воде?

и с зубами же небось!

О холиварах, универсальных геномах и смене функций ген

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь eredraug сослался на вашу запись в записи «О холиварах, универсальных геномах и смене функций генов (http://apokrif93.livejournal.com/16756634.html)» в контексте: [...] (автора трех из четырех процитированных выше заметок). Источник сообщения [...]

[yurvor.livejournal.com]

"Эволюция создает новшества из подручного материала, поэтому вполне ожидаемо, что гены, гомологичные тем, что регулируют развитие сложных органов у сложных животных, обнаруживаются в геномах простых животных, даже не имеющих этих органов. У них эти гены, конечно, выполняют какие-то другие функции."

На самом деле здесь гораздо больше вопросов, чем ответов. Например - каким это таким образом "эволюция создает новшества из подручного материала"? Другими словами, как это так получается, что один и тот же ген (т.е. один и тот же белок) участвует в совершенно разных видах деятельности? Или "вполне ожидаемо, что гены [такие вот сложные] , обнаруживаются в геномах простых животных, даже не имеющих этих органов" - как это так? Получается, что из одних и тех же генов можно разнообразное построить? Как это так получается, что из тех же генов у одних видов строится одно, а у других - другое? Причем тут тогда вообще гены?

Или вот, цитата из статьи про губки - "исследование показало, что эти гены губки даже взаимодействуют между собой так же, как если бы они участвовали в развитии глаза какого-то более сложного животного. Это означает, что генные механизмы, обеспечивающие у животных развитие глаз, эволюционно возникли намного раньше, чем сами глаза." - как это так, что механизмы для глаз возникли раньше самих глаз? Уж не попахивает ли тут, страшно сказать, разумным замыслом? А если этот механизм возник для чего-то другого, то получается, что существует целый класс разных(!) органов(?), функций(?), свойств(?), для которых годится один и тот же механизм. Что это за класс? Чем он определяется? Можно ли предсказать, для каких ещё(!) органов годится этот механизм? Почему он (в данном случае) годится для глаз, а не для ушей?

И т.д. Мне кажется, имеется такая тенденция давать на подобные вопросы ответы в стиле "Ну вот так оно получилось - это не удивительно". И такой ответ - на самом деле не ответ, ибо крайне похож на аргументацию креационизма, у которого на всё один ответ "Ну вот так оно создано - это непостижимо".

[macroevolution.livejournal.com]

Ну и??? Ваши предложения???



действительно, есть вещи, которые в двух словах - и даже в двух заметках - не объяснишь. И в любом случае, объясняя одно, ставишь кучу новых вопросов. Скажем, вопрос "как это так получается, что один и тот же ген (т.е. один и тот же белок) участвует в совершенно разных видах деятельности?" требует для ответа приведения еще, скажем, трех-четырех ссылок на заметки с Элементов :)

[gegmopo4.livejournal.com]

А каким это образом белок участвует в какой-то деятельности? Каким это образом ген вообще влияет на производство определённого белка?

[shvarz.livejournal.com]

Я согласен, это очень интересные вопросы и отмахиваться от них не имеет смысла. Не согласен, что они каким-либо образом ставят под вопрос ТЭ.

Есть вот такая отличная книжка на эту тему, кстати: http://www.amazon.com/Introduction-Systems-Biology-Mathematical-Computational/dp/1584886420/ref=cm_cr_pr_product_top

[magpie73.livejournal.com]

Сорри, чуть припозднилась,ва знаетелб этойпередаче http://knowledgestream.ru/lectures/70

[bag-o-thoughts.livejournal.com]

Я честно признаюсь что недостаточно подкован в эволюции. Но стало мне любопытно. А есть какой-то механизм который стимулирует подобную изменчивость генов, или изменения решительно случайныю. В теории, можно ли внешним воздействием направленно подстегнуть изменение функции гена в необходимую сторону? Простите, если вопрос глупый.

[macroevolution.livejournal.com]

Случайны. Нельзя внешним воздействием подстегнуть изменение гена в необходимую сторону.
За редкими специфическими исключениями, не имеющими отношения к теме.

[askondrashov.livejournal.com]

Джизус! Откуда вылез этот УГ? На исходную статью Шермана - 4 ссылки - из которых 2 - лингвистов. Больше нечего обсуждать?

[macroevolution.livejournal.com]

Эту статью Шермана креационисты любят неземной любовью. И снова и снова приводят ее как доказательство того, что у теории эволюции есть "большие проблемы" и что "даже биологи это признают".

Кстати, в ход идет даже не опубликованный текст статьи, а некий ее весьма странный "дополненный" русский перевод с откровенно креационистскими выводами.