macroevolution: (anomalocaris)
Решил сделать новый верхний пост. В нем будет подборка моих видеолекций - лучшее приближение к связному курсу, которое мне удалось составить из существующих в сети видеозаписей (правда, все равно много "дырок" осталось).

1. ЭВОЛЮЦИОННАЯ БИОЛОГИЯ: ОБЩИЙ КУРС
АРХЭ, 2015. Лекция 1. Что такое эволюция и как ее изучают.
Биофак, 2014. Лекция 2. Репликаторы, наследственность, изменчивость, отбор.
Биофак, 2014. Лекция 3. Устойчивость, пластичность.
Биофак, 2014. Лекция 4. Эволюционные эксперименты.
                     Экспериментальное изучение эволюции. АРХЭ, 2014.
                     Эволюция в пробирке (ТВ, «Культура», «Академия») часть 1
                                                                                                    часть 2
Биофак, 2014. Лекция 5. Догмы.
Биофак, 2014. Лекция 6. ГПГ.
Биофак, 2014. Лекция 7. Секс 1.
Биофак, 2014. Лекция 8. Секс 2. ЭСС.
Биофак, 2014. Лекция 9. Эволюционные новшества.
Биофак, 2014. Лекция 10. Половой отбор 1.
Биофак, 2014. Лекция 11. Половой отбор 2.
                        Половой отбор (Нижний Новгород, Арсенал, 2012)
                        О том же, в Зоологическом музее

2. ИСТОРИЯ ЖИЗНИ НА ЗЕМЛЕ
Биофак, 2014. Лекция 12. Абиогенез 1.
                      Происхождение жизни (Опаринская конференция, Ин-т биохимии, 2014).
                      Добиологическая эволюция. Постнаука.
                     Теория РНК-мира. Постнаука.
Биофак, 2014. Лекция 14. Геохронология.
Биофак, 2014. Лекция 15. Архей.
                      Архейская эра. Постнаука.
                    Ранний и средний протерозой. Постнаука.
Биофак, 2014. Лекция 16. Протерозой, Кембрийский взрыв.
"Просветитель", 2016. Переходные формы.

3. ЭВОЛЮЦИЯ ЧЕЛОВЕКА
Происхождение человека – введение (ТВ, Наука 2.0)
Зачем человеку такой большой мозг? (Фестиваль науки, МГУ, 2014).
Эволюция мозга и социальность (1й Медицинский)
«Ген человечности» (в поисках генетических основ антропогенеза). ТВ, «Культура», «Академия».
Психогенетика: как гены влияют на наше поведение (ТВ, «Культура», «Академия», 2013)
Эволюционная биология любви (Политехнический музей, 2012)
Обзор достижений эволюционной психологии (2010. Чтения, посвященные 100-летию журнала «Природа». Дарвиновский музей).
                      Примерно то же самое, 2012 год, Екатеринбург
                      В МПГУ
Эволюционная этика. Эволюция кооперации и альтруизма. В Биологическом музее им. Тимирязева. 2014.
                      То же, на 1-м Медицинском
Эволюционная эстетика (какое-то радио)
Эволюционное религиоведение (1й Медицинский)

ДОПОЛНИТЕЛЬНО: ПОПУЛЯРНЫЕ БЕСЕДЫ ОБ ЭВОЛЮЦИИ
С Ольгой Орловой на ОТР, 2014
С Татьяной Толстой и Авдотьей Смирновой, «Школа злословия»
"Послесловие" с А. Архангельским, С. Дробышевским и священниками
С Сергеем Корзуном на Эхе Москвы
С Сергеем Корзуном «Вся правда о любви и сексе»
С Сергеем Корзуном «Вся правда о половом отборе»
С Дмитрием Губиным, «Совершенно секретно».
macroevolution: (Default)
Одной из причин старения многие специалисты считают накопление с возрастом молекулярных «повреждений» той или иной природы. Для проверки этой гипотезы американские и корейские биохимики провели эксперименты на трех модельных объектах — дрожжах, дрозофилах и мышах. Подопытные организмы кормили экстрактами из молодых или старых сородичей. Оказалось, что во всех трех случаях «старая» диета, основанная на экстракте из старых сородичей, способствует ускоренному старению. Результаты согласуются с предположением о том, что с возрастом в организме накапливаются вредные вещества, снижающие жизнеспособность, и в этом состоит одна из причин старения.

Читать полностью

Эксперимент настолько простой и, я бы сказал, наглый, что по прочтении статьи, помимо глаз на лбу и отвисшей челюсти, возникает сложное чувство "а что, так можно было???"


macroevolution: (Default)
В 1970 г. Сусуму Оно (Susumu Ohno) опубликовал книгу "Evolution by gene duplication", в которой подробно изложил идею о том, что генные дупликации (в т.ч. полногеномные дупликации, т.е. полиплоидизация) должны играть огромную роль в эволюции, потому что дуплицированный ген на какое-то время получает небывалую эволюционную свободу. Эта идея к настоящему времени убедительно подтверждена, работа Оно считается классикой. Появился даже термин "онологи", которым обозначают паралоги, появившиеся в результате полногеномной дупликации (в отличие от паралогов, появившихся в результате дупликации отдельного кусочка хромосомы). Подборку современных работ по теме см. тут (подборка ссылок - в конце статьи).
Но, оказывается, современники восприняли работу Оно совсем не так восторженно. Я случайно наткнулся на разгромную рецензию крупного генетика Брайана Кларка (Bryan Clarke), которую на одном сайте по ошибке опубликовали вместо резюме самой книги Оно. Англ. текст можно найти в сети, если очень захотеть, а здесь привожу перевод. Удивительный и поучительный документ, показывающий, до какой степени новые правильные, даже гениальные идеи могут не вписываться в привычные рамки и потому отторгаться даже лучшими представителями научного сообщества. 

"Нынешний вал информации о белковых последовательностях стимулировал эксгумацию давно умерших эволюционных теорий, которым следовало бы оставаться достойно похороненными. Недавно я слышал, к моему изумлению, как профессор молекулярной биологии защищает теорию ортогенеза. Книга доктора Оно продолжает этот тренд. Он выступает в поддержку идеи, доминировавшей в начале столетия, о том что естественный отбор действует просто как сито, отсеивающее вредные вариации, и что за крупные эволюционные изменения отвечают другие факторы. Он утверждает, что важнейшим из этих факторов является освобождение полипептидов от ограничений, накладываемых естественным отбором, в результате генных дупликаций. После этого последовательности якобы получают возможность случайным образом варьировать, и в итоге случайно приходят к конфигурации, выгодной для организма. К сожалению, Оно не обсуждает проблему, состоящую в том, что новые полезные конфигурации должны быть крайне редкими, не упоминает он и о колоссальных преимуществах Дарвиновской теории в деле объяснения происхождения маловероятных адаптаций. На основе того, что большинство аминокислотных замен в ходе эволюции белков в природе были консервативными, он заключает, что естественный отбор не может изменить базовые свойства гена. Этот логический прыжок от наблюдения к выводу настолько же удивителен, насколько и ненужен. Преобладание стабилизирующего отбора и так уже давно осознано в рамках общепринятой эволюционной теории. Автору неортодоксальной идеи иногда можно простить преувеличения, вызванные излишним энтузиазмом, но Оно совершает непростительный грех, состоящий в систематической неспособности отделить теорию от факта. Его текст полон категорических утверждений, достоверность которых сомнительна: "новый вид всегда начинается с очень маленькой популяции", "соматическая дифференциация контролируется в первую очередь уровнем транскрипции", "сходство размеров генома у разных млекопитающих указывает на то, что все млекопитающие имеют по существу один и тот же геном", и т.д. Открытия молекулярной биологии действительно дают нам новые сведения об эволюционном процессе, но эти новые сведения не подтверждают аргументов Оно. Его вера в то, что "чем больше избыточности, тем больше возможностей для прогресса" найдет не больше поддержки у специалистов по эволюции, чем экономический аналог этого утверждения - у людей, получающих пособие по безработице".

Забавно, что все три "сомнительных утверждения" Оно, приведенных в качестве примера Кларком, на сегодняшний день представляются хорошо обоснованными и вполне правильными в первом приближении (но, конечно, не абсолютно и безусловно правильными всегда и везде).

Можно здесь задуматься как о вреде (или пользе?) категоричности и увлечения "опровергательством" со стороны авторов неортодоксальных теорий, так и о вреде (или пользе?) непримиримого критиканства со стороны коллег, привыкших думать по-другому.
macroevolution: (Default)
Постепенно набираются данные, указывающие на широкую распространенность такого механизма усложнения биологических систем. 
Случайная дупликация - временное повышение помехоустойчивости за счет дублирования - комплементарная частичная деградация копий того, что удвоилось - подгонка их друг к другу - в итоге старую функцию, с которой ранее отлично справлялось что-то одно, теперь с тем же успехом выполняют двое вместе, и один без другого никуда. Усложнение налицо, толку - ноль. Если, конечно, не учитывать отдаленные перспективы.

Эволюционные последствия генных дупликаций удалось оценить количественно

Дупликация генов с последующим разделением функций между копиями — один из главных способов появления новых признаков. Ранее на отдельных примерах было показано, что эволюционная судьба паралогов (копий удвоившегося гена) может складываться по-разному, но не хватало количественных оценок вероятности различных эволюционных сценариев. Канадские генетики изучили влияние 56 генных дупликаций, произошедших у предков пекарских дрожжей, на систему взаимодействий между белками в клетке. Оказалось, что в 22 случаях дупликация повысила помехоустойчивость системы. Это проявляется в том, что при потере или поломке одного из паралогов его функции частично или полностью берет на себя сохранившийся паралог. Однако в 19 других случаях утрата одного паралога не только не компенсируется, но и нарушает работу второго, сохранившегося паралога. Таким образом, исследование показало, что копии удвоившегося гена часто становятся взаимозависимыми, после чего одна из них уже не может нормально работать без второй. В результате система не только усложняется, но и становится более хрупкой. Подобные эволюционные процессы могут происходить даже в том случае, если организм не получает от них никакого выигрыша.

Читать полностью




Здесь изображен метод, посредством которого удалось понять, как генные дупликации влияют на систему белок-белковых взаимодействий (делают ли они ее более устойчивой или, наоборот, более хрупкой). Ничего не понятно? Да, методика и впрямь замысловатая. Читайте статью, я там постарался все объяснить, как мог.

macroevolution: (Default)
Замечательный фильм о том, как Александр Соколов ходил на РЕН-ТВ.
Александр, конечно, молодец! Хороший получился рассказ про то, как работает телевидение.

Что дальше? Дальше, с вероятностью 95%, не будет ничего: начальство телеканала не заметит этого ролика, канал спокойно продолжит свою деструктивную работу в прежнем режиме. С вероятностью 5% начальству доложат о ролике, начальство рассердится, и девушка получит втык за допущенные ошибки. Зачем позвала не того эксперта? Зачем сказала самообличительные фразы "мы здесь не несем свет науки" и "просто сейчас надо, чтобы так было сказано"? А главное, зачем позволила снимать процесс съемки на видео? Девушку пожурят. И даже, может быть, распространят дополнение к инструкциям для авторов передач: съемка процесса съемки посторонними лицами, включая гостей той или иной передачи, не допускается.

Но Соколов молодец, что нашел слабое место в обороне "сил тьмы" и успел им воспользоваться. Обороняться-то им сейчас почти не от кого, поэтому они немого расслабились. Меня восхищают и очень удивляют люди, которые еще пытаются тут что-то исправить.


macroevolution: (Default)
Фрагмент передачи "Все как у зверей". Туда попали кусочки довольно длинной беседы, от которой после монтажа осталось 8 минут.

macroevolution: (Default)
Доклад на семинаре "Вопросы эволюции" №44 (27.01.2017)
"Эволюция ускоренного старения как следствие адаптации к неблагоприятным условиям"
А.В.Марков, Е.Б.Наймарк, Е.Ю.Яковлева
Это один из интересных результатов, полученных в ходе нашего эксперимента на мухах.
Доклад хоть и не слишком популярный, это все же у нас научный семинар, но я там в начале вполне популярно рассказываю про классическую эволюционную теорию старения.

macroevolution: (Default)
Две новые статьи в Science подтверждают гипотезу синаптического гомеостаза.

Мне эта идея и раньше казалась самой правдоподобной, а теперь она выглядит прямо-таки доказанной, на мой взгляд.

"По сути дела, гипотеза синаптического гомеостаза предполагает, что потребность во сне — это следствие неустранимого конструктивного дефекта нервной системы животных! Нервная система не может долго обрабатывать входящую информацию, не «перегреваясь», потому что усвоение новой информации идет в основном за счет потенциации (усиления) имеющихся синапсов и появления новых, а не их депрессии (ослабления) или уничтожения."

Читать
macroevolution: (Default)
Вряд ли это многим будет интересно, в данном случае я просто использую блог как записную книжку.
Сразу две статьи в сегодняшнем выпуске Science посвящены обнаружению довольно-таки неожиданной связи между системой убиквитин-зависимой деградации белков и спариванием гомологичных хромосом в профазе I мейоза. Похоже, роль протеасом в мейозе - штука достаточно древняя.

1) Control of meiotic pairing and recombination by chromosomally tethered 26S proteasome
2) A SUMO-ubiquitin relay recruits proteasomes to chromosome axes to regulate meiotic recombination
(я пока прочел только abstract-ы, на полные тексты не было времени)

Это интересно в контексте происхождения эукариот, потому что:

1) У асгардархей имеются многие компоненты системы убиквитин-зависимой деградации белков;
2) Наша гипотеза о происхождении полового размножения предполагает, что уже на очень ранних этапах эукариогенеза должно было происходить совершенствование систем обмена гомологичными участками между гомологичными хромосомами.

Отсюда вопрос: не может ли такого быть, что уже у асгардархей убиквитиновая система участвует в гомологичной рекомбинации? А вдруг это одна из древнейших или даже самая древняя функция данной системы?
macroevolution: (Default)
Вот так, друзья. После двух статей в PNAS (одна по 20000 американцев, другая по 110000 исландцев) от этого уже нельзя просто так отмахиваться (хотя многие наверняка именно этим и займутся). Читайте, в новости всё написано.

Краткое резюме:
В современных человеческих популяциях уровень полученного образования обладает высокой наследуемостью, то есть сильно зависит от генов. Выявлены десятки аллелей, влияющих на этот признак. При этом образование, как правило, отрицательно коррелирует с дарвиновской приспособленностью: образованные люди хуже размножаются. Это указывает на возможный отбор против «генов образования». Новое исследование, основанное на данных по 110 000 исландцев, родившихся между 1910 и 1975 годами, показало, что «гены образования» действительно подвергаются отрицательному отбору. Эти аллели, многие из которых коррелируют также с повышенным интеллектом, крепким здоровьем и долгой жизнью, снижают приспособленность независимо от того, реализовал ли человек обусловленную ими склонность к получению хорошего образования. Исследование подтвердило опасения о том, что эволюция современного человечества направлена в сторону ухудшения генетического базиса признаков, связанных с интеллектом. Социально-культурное развитие пока с лихвой компенсирует генетическую деградацию, но со временем ее последствия могут стать существенными.

Читать полностью
(оно того стоит)
macroevolution: (Default)
Видео моей лекции, прочтенной 18 января в центре АРХЭ.

macroevolution: (Default)
СЕМИНАР «ВОПРОСЫ ЭВОЛЮЦИИ»
Заседание № 44

Адаптация к неблагоприятной среде способствует эволюции ускоренного старения: эксперимент на дрозофилах отчасти подтверждает классическую теорию

Марков Александр Владимирович (Биологический факультет МГУ, кафедра биологической эволюции, Палеонтологический институт РАН),
Наймарк Елена Борисовна (Палеонтологический институт РАН),
Яковлева Екатерина Юрьевна (Экономический факультет МГУ).

«Классическая эволюционная теория старения» основана на идеях Питера Медавара и Джорджа Уильямса о снижении эффективности отбора с возрастом особей и об антагонистической плейотропии аллелей, повышающих приспособленность в молодости ценой ее снижения в старшем возрасте. Теория предсказывает, что повышение экзогенной смертности должно способствовать эволюции ускоренного старения и сдвигу репродукции на ранний возраст. Опыты по искусственному отбору, поставленные для проверки этих предсказаний, дали неоднозначные результаты. В ходе эволюционного эксперимента на дрозофилах мы обнаружили, что адаптация мух к обедненной кормовой среде привела к наследуемым изменениям параметров жизненного цикла, которые в основном совпадают с предсказаниями теории, но отличаются в деталях. Эволюционные изменения, зафиксированные в нашем эксперименте, совпадают по своей направленности с модификационной изменчивостью «наивных» мух при переходе на неблагоприятный кормовой субстрат. Полученные результаты дают пищу для размышлений не только об эволюции жизненного цикла, но и о механизмах генетической ассимиляции модификационных изменений.

Доклад состоится в пятницу, 27 января, в 18:00 по адресу:
Москва, Ленинский пр-т 33, большой конференц-зал на первом этаже
Вход свободный. Видеотрансляция и видеозапись не предусмотрены.
macroevolution: (Default)
Решил вынести сюда часть феромонного холивара, затеянного Сергеем Белковым (часть, которая с моим участием). Я, пожалуй, воздержусь от дальнейшего продолжения дискуссии, т.к. по-моему всё уже сказано. Пусть будет на память, а то там в миллионах комментов затеряется.
Вот его пост. Один из целой серии на эту тему. Сергею почему-то показалось необходимым доказать, следуя задорной и полемической книге Ричарда Доти, что у млекопитающих феромонов нет и быть не может (вопреки существованию множества современных статей, экспериментальных и обзорных, о феромонах млекопитающих - все они объявляются ошибочными). Более того, возможно, я ошибаюсь, но мне кажется, что он даже обвиняет в распространении лженауки тех, кто не соглашается с ним и с Доти. Там в дискуссиях много всякого, в т.ч. неприятного, например, повылезавшие из щелей хейтеры упоминаемых и участвующих персонажей, злорадствующие, что объект их ненависти наконец "прищучили". Но есть и содержательная часть.

Итак, фрагменты обсуждения.

Read more... )



macroevolution: (Default)
Начал читать замечательную новую книгу Франса де Вааля (хотя произносится он "де Валь", как утверждает З.А.Зорина, лично с ним знакомая)  "Достаточно ли мы умны, чтобы судить об уме животных". Научным редактором перевода была Е.Б.Наймарк, так что, в отличие от некоторых других недавно изданных переводных книжек, читать это вполне можно. В самом начале книги - занятные рассуждения о скептицизме, которые приведены ниже под катом, но сначала я хотел бы пару слов от себя. Да, критическое отношение ко всем идеям, теориям и результатам экспериментов, повторяемость, многократные перепроверки, всё вот это вот - суть основы научного метода. Но чувство меры необходимо и здесь тоже! 

Есть целый ряд примеров, когда чрезмерный скептицизм вредил развитию науки, тормозил его (или пытался затормозить). Можно долго спорить о каждом конкретном случае, доказывая, что всё это в конечно счете было "на пользу". На пользу ли? Скажем, есть мнение, что первое издание "Происхождения видов" Дарвина было самым лучшим, а в последующих изданиях Дарвин под напором критики современников (уровень которой на самом деле был гораздо ниже уровня критикуемой книги) внес множество изменений и дополнений, которые, как мы теперь видим с высоты современных знаний, только портили книгу. Альфреда Вегенера скептики обсмеяли и затравили с его дрейфом континентов. На пользу? Или, может быть, только зря потратили несколько десятилетий, в течение которых теоретическая геология продолжала идти по ложному пути "фиксизма"? Может быть, отнесясь к идеям Вегенера с большим интересом и вниманием, геологи нашли бы доказательства тектоники плит лет на 30 раньше?

Есть, по-моему, даже некий особый психологический тип такого ученого-опровергателя, который строит свою карьеру и повышает репутацию путем усиленной демонстрации своего скептицизма: чем скептичнее, тем солиднее и ученее. Каждое революционное открытие создает обширную, заманчивую нишу для опровергателей. Особенно если авторы открытия действительно перестарались и выдали слишком экстремистские формулировки (пример: "центральная догма молекулярной биологии" Крика, которая обеспечила работой целое поколение опровергателей, открывавших то обратную транскрипцию, то эпигенетическое наследование. И это, кстати, яркий пример позитивной роли скептицизма в науке, и таких примеров полно, всё дело именно в чувстве меры! В других случаях польза опровергательства менее очевидна - как в случае с танцами пчел, за которые сначала дали нобелевку, а потом опровергали-опровергали, да так и не опровергли, хотя отдельные специалисты навсегда застряли на опровергательной стадии. Я про Менделя даже не буду сейчас... В общем, слово Франсу де Валю:


Read more... )
macroevolution: (anomalocaris)
Оригинал взят у [livejournal.com profile] bbzhukov в По малочисленным просьбам читателей
Честно говоря, я надеялся, что либо уважаемый <lj user=barson>, либо кто-нибудь из участников дискуссии в ЖЖ <lj user=macroevolution> повесит если не запись, то хоть краткий пересказ того, что было в пятницу в ИПЭЭ на семинаре «Вопросы эволюции». Но никто так и не собрался, а не попавшие интересуются. Так что, видать, придется самому.

Итак, заявленная тема доклада Михаила Чудецкого – «Роль курганчиковой мыши в становлении индоевропейской цивилизации». Суть (насколько я ее понял): есть такая зверюшка – курганчиковая мышь (Mus spicilegus), близкий родич знакомой всем домовой мыши и очень на нее похожая. Однако от нее и от прочих близких родственников отличается уникальной формой поведения, связанной с запасанием еды. Вообще еду запасают очень многие грызуны и многие из них предпочитают в качестве объекта запасания сухие семена, в том числе зерна злаков. Но все мыши как мыши, запасают еду где-нибудь в глубоких отнорках, выбирая, где почва посуше. А эта мышь запасает зерно (до 10 кг!) в курганчиках. Попросту говоря, складывает в кучу на поверхности над своей норкой, прикрывает сверху слоем земли и травяной ветошью (если надо, то еще и дренажной канавкой обводит). А потом снизу, из-под земли пробивает к этом хранилищу вертикальные штреки, в которые зерно сыплется само. Однако все никогда не высыпается (мышь не лущит колоски, а складирует фураж прямо в них), и по весне над курганчиками восходят плотные смешанные куртины нескольких видов злаков. А чего им не восходить? Земля разрыхлена, увлажнена талыми водами, хорошо аэрирована. Тесновато, правда, зато нет проблемы прорасти сквозь дерновину (которой были покрыты все места произрастания степных и луговых злаков, пока человек не начал пахать землю).

Земледелие - подарок грызуна )

macroevolution: (Default)
Описан новый надтип архей, к которому относятся предки эукариот

Современные методы метагеномного анализа уже позволяют собирать из фрагментов ДНК, выделенных из проб воды, донных осадков, почвы и других сред, целые геномы микроорганизмов, в том числе новых для науки. В 2015 году таким способом были открыты локиархеи — неизвестная ранее группа архей, близкая к эукариотам. Целенаправленный поиск микробов, родственных локиархеям, привел к обнаружению большой и разнообразной группы, заслуживающей ранга надтипа и получившей название «Асгард». В эту группу, помимо описанных ранее локиархей и торархей, входят два новых типа: одинархеи и хеймдалльархеи. В геномах асгардархей закодировано множество белков, ранее считавшихся характерными только для эукариот, в том числе многие компоненты цитоскелета, а также молекулярные системы, отвечающие за везикулярный транспорт и убиквитин-зависимую деградацию белков. Никто пока не видел асгардархей под микроскопом, но геномные данные указывают на более сложную организацию их клеток по сравнению с обычными прокариотами. Предки эукариот почти наверняка были асгардархеями, возможно, близкими к хеймдалльархеям. Открытие показало, что ряд шагов в сторону усложнения организации был сделан предками эукариот задолго до приобретения митохондриального симбионта.

Читать полностью

Схема клеточных процессов, в которых у эукариот участвуют белки, ранее считавшиеся уникальными для эукариот, но теперь обнаруженные у архей из новооткрытого надтипа.

February 2017

S M T W T F S
   123 4
5 67 89 1011
12 131415 161718
19 202122232425
262728    

Syndicate

RSS Atom

Page Summary

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Feb. 21st, 2017 05:15 am
Powered by Dreamwidth Studios