3D

Jul. 7th, 2012 06:02 pm
macroevolution: (Default)
[personal profile] macroevolution

Количество щупалец у нашей 3D-медузы определяется чувствительностью сигнального каскада, который блокирует превращение клеток "ободка" в клетки - зачатки щупалец. Сигнальное вещество, блокирующее это превращение, выделяется клетками - зачатками щупалец (отрицательная обратная связь). Таким образом, из состояния "одно щупальце" в состояние "очень много щупалец" медуза может перейти в результате одной мутации, которая подпортит что-нибудь в сигнальном каскаде, сделав его менее чувствительным к сигнальному веществу. Цифирки - пороговые концентрации сигнального вещества, при которых клетки ободка не могут превратиться в зачатки щупалец.

Я все надеюсь выложить эту программу в сеть, чтобы все могли скачать, поиграть, посоздавать зверей... Может быть, в ближайшие дни удастся это сделать.

Про 2D-версию - доклад

Date: 2012-07-07 02:24 pm (UTC)
From: [identity profile] adelaidastar.livejournal.com
Абалдеть.
Саша, нужно поговорить.
Дальше пишу в личку.

Date: 2012-07-08 09:52 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Ага, я ответил. Поговорить с удовольствием. Если ты в России, то можно даже не письменно.

Date: 2012-07-09 09:09 am (UTC)
From: [identity profile] adelaidastar.livejournal.com
Я в Германии, но есть способы - см. е-мэил).

Date: 2012-07-07 02:49 pm (UTC)
From: [identity profile] corbulon.livejournal.com
Красиво!!

Date: 2012-07-07 03:08 pm (UTC)
From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com
Чисто программерский вопрос - почему бы не использовать в качестве языка генома какой-нибудь декларативный язык правил, например Drools Expert (ссылку не даю, а то комментарий помечается как спам).

Date: 2012-07-07 03:23 pm (UTC)
From: [identity profile] iisus.livejournal.com
она сама эволюционировала или её сделали?

Date: 2012-07-07 03:31 pm (UTC)
From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com
Сделали. Программа не симулирует жизнь, это просто одна из областей в биологии многоклеточных организмов :)

Date: 2012-07-07 03:37 pm (UTC)
From: [identity profile] iisus.livejournal.com
а существуют программы, которые моделировали бы филогинез и онтогенез одновременно? хотелось бы взглянуть на порождённых компьютером тварей

Date: 2012-07-07 03:39 pm (UTC)
From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com
Для моделирования филогенеза требуется моделирование экологии. Боюсь, что что-нибудь похожее на реальность современным компьютерам сильно не по зубам.

Date: 2012-07-07 03:47 pm (UTC)
From: [identity profile] error-lapsus.livejournal.com
А хотя бы условную систему - по несколько видов "растений", "травоядных" и "хищников"?

Date: 2012-07-07 04:03 pm (UTC)
From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com
Ну там же как минимум нужно учитывать, как те или иные мутации влияют на выживаемость особи. Представляете какой нужен уровень модели, чтобы учесть, например, обнаружение по запаху? И сколько особей нужно обсчитать, чтобы дойти до реального видообразования?

Date: 2012-07-07 04:18 pm (UTC)
From: [identity profile] error-lapsus.livejournal.com
К сожалению, не представляю... В биологии я разбираюсь на уровне учебных и научно-популярных работ... ну, и ещё Дарвина читал, если из классиков. А в программировании и вовсе никак.
Но можно, наверное, не все виды чувств и т.д. моделировать в упрощённой схеме? Например, один изменяющийся параметр (для "животных") - "ориентация в пространстве". Ну, или добавить ещё "обнаружение объектов". И так далее.
Правда, наверное, всё равно сложно.

(no subject)

From: [identity profile] shvarz.livejournal.com - Date: 2012-07-07 04:43 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] error-lapsus.livejournal.com - Date: 2012-07-09 02:31 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com - Date: 2012-07-08 03:24 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] error-lapsus.livejournal.com - Date: 2012-07-09 02:42 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com - Date: 2012-07-09 09:37 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] error-lapsus.livejournal.com - Date: 2012-07-09 03:23 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-07 08:04 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com - Date: 2012-07-08 03:14 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] adelaidastar.livejournal.com - Date: 2012-07-08 05:08 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-08 10:08 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] adelaidastar.livejournal.com - Date: 2012-07-09 06:23 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-10 06:33 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com - Date: 2012-07-09 09:35 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] adelaidastar.livejournal.com - Date: 2012-07-09 09:59 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com - Date: 2012-07-09 12:23 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] adelaidastar.livejournal.com - Date: 2012-07-09 12:57 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] stealth-nsk.livejournal.com - Date: 2012-07-09 01:25 pm (UTC) - Expand

Date: 2012-07-08 08:35 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Такого рода модели делал Ричард Докинз. Они описаны в "Слепом часовщике" и других его книгах. В тоом числе краткое описание и картинки "порожденных компьютером тварей" есть тут: http://elementy.ru/lib/431627

Date: 2012-07-08 09:12 am (UTC)
From: [identity profile] iisus.livejournal.com
На, это любопытно, но у него не эволюция поделируется, а селекция

"Игрок [...] может выбрать форму, которую он хочет размножать дальше"

а хотелось бы видеть, что получилось в результате длительной конкуренции, когда выживают благодаря проявленному в форме объективному преимуществу, да и не заставишь же человека выбирать для каждого аката размножения в большой популяции на протяжении тысяч поколений

например, вот плоды довольно простой эволюционной программы, в которой есть конкуренция за "свет", а каждая новая веточка имеет стоимость:

Image


Image


Image

заметно, что "деревья" стремятся быть выше и шире в кроне в той мере, в которой дозволяет их фрактальное устройство

а вот если б нечто подобное, но в более сложной модели, да в трёх измерениях...

Date: 2012-07-08 09:44 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Ну это очень круто. "Нечто подобное, но в более сложной модели, да в трех измерениях", да еще, самое главное, с реалистичным воспроизведением онтогенеза (эволюционируют не взрослые фенотипы, а генетические программы онтогенеза), то это было бы вообще супер.
Нам пока такое сделать слабО. Наши звери "растут" на экране из зиготы довольно долго. Сделать целую популяцию, чтобы размножались и отбирались, и чтобы генотипы мутировали и т.д. - понятно, что технически это выполнимо, но никаких компьютерных мощностей не хватит, равно как и времени дожидаться результата...

Date: 2012-07-08 12:15 pm (UTC)
From: [identity profile] iisus.livejournal.com
видимо, у вас цель другая - проверить биологические представления на подробной модели

а если поставить цель просто утилизовать эволюцию, чтоб какие-нибудь конечности роботов выращивать, то модель можно здорово упростить, оставив только необходимое, чтоб работала быстрей, глядишь и современные компьютеры управятся

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-08 01:20 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-08 03:28 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-08 06:46 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-08 09:10 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-09 07:05 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-11 10:46 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-12 06:51 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-12 09:04 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-13 08:32 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-14 09:38 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-14 10:38 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-15 11:45 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-16 09:38 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-18 12:28 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-07-19 10:08 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] iisus.livejournal.com - Date: 2012-07-19 10:33 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] wormball.livejournal.com - Date: 2012-08-03 10:23 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] antiphoton.livejournal.com - Date: 2012-07-09 10:03 am (UTC) - Expand

Date: 2012-07-08 09:58 am (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
Ну, у Докинза роль отбирающего агента играет человек, так что это не совсем то. В принципе ту же систему можно и к вашей модели применить - заставить компьютер генерировать своды правил, выводить результаты и предоставлять на суд человеку.

Ежели говорить о системах, совмещающих онтогенезморфологию и филогенез, то вспоминаются darwinpond, darwin@home, framsticks, а также эксперименты Karl Sims. Вот только, насколько я понимаю, морфология объектов отбора там задаётся жёстко, а не через генерирующие правила. А вот чтобы в одной модели был и онтогенез, и филогенез - такого я не встречал.

Как мне кажется, было бы интересно смоделировать сам переход от одноклеточности к многоклеточности (и вообще от одиночности к коллективности). Допустим, чтобы клетки могли собираться по две и нападать на одиночные клетки. А затем - собираться по три и мочить тех, кого только двое и т. п. А потом в больших успешных коллективах могут возникать паразиты. Вот такую систему я уже давно хочу сделать. Одна попытка уже не привела к желаемому результату, теперь придумал немного другую систему с учётом этого опыта, осталось запрограммировать. Ежели получится, то это будет фактически разгадка проблемы происхождения морфогенеза, а также социального интеллекта. Ну это ежели получится.

Date: 2012-07-07 07:04 pm (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
> Я все надеюсь выложить эту программу в сеть,

А исходные тексты будут?

Date: 2012-07-08 08:33 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Тексты "геномов" я могу выложить, конечно. А вот исходные тексты самой программы - не знаю, это надо к сыну обращаться, что не всегда просто.

Date: 2012-07-08 10:20 am (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
Всё же было бы хорошо, ежели бы были исходники (под GPL, например). Допустим, желающие могли бы увеличить скорость работы, прикрутить генерацию/эволюцию и т. п. Да и вообще, открытость - один из принципов научного метода.

Date: 2012-10-21 05:55 pm (UTC)
From: [identity profile] atanata.livejournal.com
Вот бы было хорошо )
А то так с наскоку трудно разобраться в программе... можно, плиз, простого червячка? Типа вырос/забронировался/сдох... а то эти скобочки... :(

Date: 2012-10-31 04:06 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Постараемся скоро выложить - setup последней версии и примеры генотипов. Сын обещал :)

3D

Date: 2012-07-09 06:14 am (UTC)
From: [identity profile] livejournal.livejournal.com
Пользователь [livejournal.com profile] eredraug сослался на вашу запись в «3D (http://apokrif93.livejournal.com/9275347.html)» в контексте: [...] Источник сообщения [...]

Date: 2012-07-18 12:26 pm (UTC)
From: [identity profile] h-driesch.livejournal.com
Я уже как-то писал: у Ваших моделей резко повысилась бы ценность если бы Вы написали статью с описанием от каких предпосылок Вы танцуете, тогда можно было бы оценить насколько это вписывается в биологию развития. Было бы конечно очень интересно на это посмотреть.
А пока я в отличие от Аделаиды не обалдел :)
Page generated Aug. 18th, 2025 01:50 pm
Powered by Dreamwidth Studios