3D

[macroevolution]

Количество щупалец у нашей 3D-медузы определяется чувствительностью сигнального каскада, который блокирует превращение клеток "ободка" в клетки - зачатки щупалец. Сигнальное вещество, блокирующее это превращение, выделяется клетками - зачатками щупалец (отрицательная обратная связь). Таким образом, из состояния "одно щупальце" в состояние "очень много щупалец" медуза может перейти в результате одной мутации, которая подпортит что-нибудь в сигнальном каскаде, сделав его менее чувствительным к сигнальному веществу. Цифирки - пороговые концентрации сигнального вещества, при которых клетки ободка не могут превратиться в зачатки щупалец.

Я все надеюсь выложить эту программу в сеть, чтобы все могли скачать, поиграть, посоздавать зверей... Может быть, в ближайшие дни удастся это сделать.

Про 2D-версию - доклад

Comments

[adelaidastar.livejournal.com]

Абалдеть.
Саша, нужно поговорить.
Дальше пишу в личку.

[macroevolution.livejournal.com]

Ага, я ответил. Поговорить с удовольствием. Если ты в России, то можно даже не письменно.

[adelaidastar.livejournal.com]

Я в Германии, но есть способы - см. е-мэил).

[corbulon.livejournal.com]

Красиво!!

[stealth-nsk.livejournal.com]

Чисто программерский вопрос - почему бы не использовать в качестве языка генома какой-нибудь декларативный язык правил, например Drools Expert (ссылку не даю, а то комментарий помечается как спам).

[iisus.livejournal.com]

она сама эволюционировала или её сделали?

[stealth-nsk.livejournal.com]

Сделали. Программа не симулирует жизнь, это просто одна из областей в биологии многоклеточных организмов :)

[iisus.livejournal.com]

а существуют программы, которые моделировали бы филогинез и онтогенез одновременно? хотелось бы взглянуть на порождённых компьютером тварей

[stealth-nsk.livejournal.com]

Для моделирования филогенеза требуется моделирование экологии. Боюсь, что что-нибудь похожее на реальность современным компьютерам сильно не по зубам.

[error-lapsus.livejournal.com]

А хотя бы условную систему - по несколько видов "растений", "травоядных" и "хищников"?

[stealth-nsk.livejournal.com]

Ну там же как минимум нужно учитывать, как те или иные мутации влияют на выживаемость особи. Представляете какой нужен уровень модели, чтобы учесть, например, обнаружение по запаху? И сколько особей нужно обсчитать, чтобы дойти до реального видообразования?

[error-lapsus.livejournal.com]

К сожалению, не представляю... В биологии я разбираюсь на уровне учебных и научно-популярных работ... ну, и ещё Дарвина читал, если из классиков. А в программировании и вовсе никак.
Но можно, наверное, не все виды чувств и т.д. моделировать в упрощённой схеме? Например, один изменяющийся параметр (для "животных") - "ориентация в пространстве". Ну, или добавить ещё "обнаружение объектов". И так далее.
Правда, наверное, всё равно сложно.

[adelaidastar.livejournal.com]

Не обязательно.
http://prl.aps.org/pdf/PRL/v71/i24/p4083_1

[macroevolution.livejournal.com]

Такого рода модели делал Ричард Докинз. Они описаны в "Слепом часовщике" и других его книгах. В тоом числе краткое описание и картинки "порожденных компьютером тварей" есть тут: http://elementy.ru/lib/431627

[iisus.livejournal.com]

На, это любопытно, но у него не эволюция поделируется, а селекция

"Игрок [...] может выбрать форму, которую он хочет размножать дальше"

а хотелось бы видеть, что получилось в результате длительной конкуренции, когда выживают благодаря проявленному в форме объективному преимуществу, да и не заставишь же человека выбирать для каждого аката размножения в большой популяции на протяжении тысяч поколений

например, вот плоды довольно простой эволюционной программы, в которой есть конкуренция за "свет", а каждая новая веточка имеет стоимость:









заметно, что "деревья" стремятся быть выше и шире в кроне в той мере, в которой дозволяет их фрактальное устройство

а вот если б нечто подобное, но в более сложной модели, да в трёх измерениях...

[macroevolution.livejournal.com]

Ну это очень круто. "Нечто подобное, но в более сложной модели, да в трех измерениях", да еще, самое главное, с реалистичным воспроизведением онтогенеза (эволюционируют не взрослые фенотипы, а генетические программы онтогенеза), то это было бы вообще супер.
Нам пока такое сделать слабО. Наши звери "растут" на экране из зиготы довольно долго. Сделать целую популяцию, чтобы размножались и отбирались, и чтобы генотипы мутировали и т.д. - понятно, что технически это выполнимо, но никаких компьютерных мощностей не хватит, равно как и времени дожидаться результата...

[iisus.livejournal.com]

видимо, у вас цель другая - проверить биологические представления на подробной модели

а если поставить цель просто утилизовать эволюцию, чтоб какие-нибудь конечности роботов выращивать, то модель можно здорово упростить, оставив только необходимое, чтоб работала быстрей, глядишь и современные компьютеры управятся

[wormball.livejournal.com]

Ну, у Докинза роль отбирающего агента играет человек, так что это не совсем то. В принципе ту же систему можно и к вашей модели применить - заставить компьютер генерировать своды правил, выводить результаты и предоставлять на суд человеку.

Ежели говорить о системах, совмещающих онтогенезморфологию и филогенез, то вспоминаются darwinpond, darwin@home, framsticks, а также эксперименты Karl Sims. Вот только, насколько я понимаю, морфология объектов отбора там задаётся жёстко, а не через генерирующие правила. А вот чтобы в одной модели был и онтогенез, и филогенез - такого я не встречал.

Как мне кажется, было бы интересно смоделировать сам переход от одноклеточности к многоклеточности (и вообще от одиночности к коллективности). Допустим, чтобы клетки могли собираться по две и нападать на одиночные клетки. А затем - собираться по три и мочить тех, кого только двое и т. п. А потом в больших успешных коллективах могут возникать паразиты. Вот такую систему я уже давно хочу сделать. Одна попытка уже не привела к желаемому результату, теперь придумал немного другую систему с учётом этого опыта, осталось запрограммировать. Ежели получится, то это будет фактически разгадка проблемы происхождения морфогенеза, а также социального интеллекта. Ну это ежели получится.

[wormball.livejournal.com]

> Я все надеюсь выложить эту программу в сеть,

А исходные тексты будут?

[macroevolution.livejournal.com]

Тексты "геномов" я могу выложить, конечно. А вот исходные тексты самой программы - не знаю, это надо к сыну обращаться, что не всегда просто.

[wormball.livejournal.com]

Всё же было бы хорошо, ежели бы были исходники (под GPL, например). Допустим, желающие могли бы увеличить скорость работы, прикрутить генерацию/эволюцию и т. п. Да и вообще, открытость - один из принципов научного метода.

[atanata.livejournal.com]

Вот бы было хорошо )
А то так с наскоку трудно разобраться в программе... можно, плиз, простого червячка? Типа вырос/забронировался/сдох... а то эти скобочки... :(

[macroevolution.livejournal.com]

Постараемся скоро выложить - setup последней версии и примеры генотипов. Сын обещал :)

3D

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь eredraug сослался на вашу запись в «3D (http://apokrif93.livejournal.com/9275347.html)» в контексте: [...] Источник сообщения [...]

[h-driesch.livejournal.com]

Я уже как-то писал: у Ваших моделей резко повысилась бы ценность если бы Вы написали статью с описанием от каких предпосылок Вы танцуете, тогда можно было бы оценить насколько это вписывается в биологию развития. Было бы конечно очень интересно на это посмотреть.
А пока я в отличие от Аделаиды не обалдел :)