Действительно, амфимиксис может собрать в одном генотипе несколько полезных аллелей, возникших в разных генотипах - но он также может и разрушить такую полезную комбинацию аллелей. Можно представить себе ситуации, в которых собирание полезных аллелей важнее, чем их разбирание - это модель Фишера-Мюллера. Но, чтобы она работала, нужно, чтобы популяция с большой скоростью копила полезные аллели - и сейчас представляется, что на самом деле эти скорости недостаточны, чтобы сделать амфимиксис выгодным.
Я довольно много занимался моделированием (хотя в технике, а не биологии). И главное что усвоил - ошибка в модели (что математической, что компьютерной), даже, казалось бы, совсем небольшая, легко приводит к совершенно неадекватным результатам моделирования. При этом модель вполне может показать полное нарушение важнейших законов природы - превысить скорость света или, например, выдать на выходе мощность во много раз выше потребляемой, т.е. нарушить закон сохранения материи.
Верификация модели (проверка ее соответствия реальности) чрезвычайно важна. И подгонять надо модель под реальность, а не наоборот.
Так что, раз мы видим в природе, что виды, не практикующие обмен генетической информацией, долго не живут - надо исходить из этого. И любую модель, не дающую такого результата, считать неадекватной.
Во-первых, неоторые линии, не практикующие (по всей видимости) никаких генетических обменов, живут очень долго - в частности, бделлоидные коловратки. И совершенно непонятно, чем они отличаются от, скажем, моногононтных коловраток, регулярно проходящих через амфимиксис.
Во-вторых, на больших временах получить преимущество генетического обмена в модели достаточно легко - есть несколько механизмов. Но совершенно непонятно, чем он хорош на малых временах и почему он часто облигатный, а не факультативный.
У бделлоидных коловраток есть другой механизм генетического обмена, близкий по сути (но не по механизму) к конъюгации бактерий, т.е. случайный перенос кусков ДНК. Других таксонов, десятки миллионов лет не практикующих обмен генетической информацией, похоже, не известно.
>Но совершенно непонятно, чем он хорош на малых временах
Думаю, что ничем. На мой взгляд, как я писал выше, он выгоден в эволюционном и только в эволюционном смысле. Прочем, ситуация это достаточно распространенная. Те группы, которые имеют эволюционную выгоду, распространяются и развиваются лучше не потому, что они лучше сами по себе, а только потому что лучше эволюционируют. Как следствие - более быстрая и качественная адаптация к меняющимся условиям, лучшее положение в "гонках вооружений" (паразит-хозяин, хищник-добыча).
> и почему он часто облигатный, а не факультативный.
Факультативность имеет как преимущества, так и недостатки. Преимущество очевидно - популяция из одних партеногенетических самок (ну или их аналогов - делящихся клеток, вегетативно размножающихся растений) лучше размножается. Недостаток тоже достаточно очевиден - нужен механизм чередования поколений. Там, где он есть, он достаточно нетривиален. А значит, "дорог" в эволюционном смысле, трудносоздаваем.
Не думаю, что склонность бделлоидных коловраток захватывать чужую ДНК имеет отношение к делу.
Многие бактерии в природе почти 100% клональны.
Если у полового размножения нет краткосрочного преимущества, то непонятно, что мешает бесполому клону (размножающемуся вдвое быстрее) вытеснить всех половых к чертям за 100 поколений.
Факультативное бесполое размножение вовсе не всегде связано с чередованием поколений. Бывает, что каждый организм часть ресурсов тратит на половое размножение, а часть - на бесполое. Да и чередование поколений возникало много раз - так что вроде никакой особой премудрости здесь нет.
Самая же большая загадка, по моему разумению - зачем нужен кроссинговер, если в геноме и так много хромосом. Не вижу, какая реалистическая модель может объяснить краткосрочное преимущество модификатора, вызывающего кроссинговер, величиной хотя бы порядка 0.01.
"Если у полового размножения нет краткосрочного преимущества"
Но были, однако, эксперименты, показавшие, что краткосрочное преимущество может быть: 1) У моногононтных коловраток отбор поддерживает повышенную склонность самок к половому размножению, если условия среды переменчивы: http://elementy.ru/news/431453 2) У C.elegans отбор поддерживает склонность к перекрестному оплодотворению (в противовес самооплодотворению) - в двух разных экспериментальных ситуациях: http://elementy.ru/news/431174