Не думаю, что склонность бделлоидных коловраток захватывать чужую ДНК имеет отношение к делу.
Многие бактерии в природе почти 100% клональны.
Если у полового размножения нет краткосрочного преимущества, то непонятно, что мешает бесполому клону (размножающемуся вдвое быстрее) вытеснить всех половых к чертям за 100 поколений.
Факультативное бесполое размножение вовсе не всегде связано с чередованием поколений. Бывает, что каждый организм часть ресурсов тратит на половое размножение, а часть - на бесполое. Да и чередование поколений возникало много раз - так что вроде никакой особой премудрости здесь нет.
Самая же большая загадка, по моему разумению - зачем нужен кроссинговер, если в геноме и так много хромосом. Не вижу, какая реалистическая модель может объяснить краткосрочное преимущество модификатора, вызывающего кроссинговер, величиной хотя бы порядка 0.01.
"Если у полового размножения нет краткосрочного преимущества"
Но были, однако, эксперименты, показавшие, что краткосрочное преимущество может быть: 1) У моногононтных коловраток отбор поддерживает повышенную склонность самок к половому размножению, если условия среды переменчивы: http://elementy.ru/news/431453 2) У C.elegans отбор поддерживает склонность к перекрестному оплодотворению (в противовес самооплодотворению) - в двух разных экспериментальных ситуациях: http://elementy.ru/news/431174