Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

[macroevolution]

Дискуссия вокруг статьи Дмитрия Шабанова об ЭТЭ в прошлый раз получилась на редкость бурной: 385 комментариев!
Желающие могут продолжить. Некоторое время назад я получил от Дмитрия письмо:

Обсуждение моей прошлой колонки в Вашем ЖЖ подтолкнуло меня написать что-то вроде "ЭТЭ для занятых". На моем сайте это лежит тут http://batrachos.com/Основы_ЭТЭ , на сайте Компьютерры - тут http://www.computerra.ru/?p=89395 . Это относительно небольшое и относительно законченное объяснение. Есть ряд тем, которые не влезли - и обсуждение тех фактических данных, которые есть, и обсуждение того, почему их мало. К сожалению, не дошло и до нормального разговора о разнообразии признаков (в ответ на Вашу критику). Но, по крайней мере, на вопрос, чем это отличается от идей Лысенко, ответ дан (...) Я постараюсь ответить на вопросы к этому тексту и по возможности ответить на обращенную против этих идей критику. К сожалению, среди комментариев на имеющейся странице многие пишут не о том, о чем я писал, а о своих фантазиях.

Кроме того, появилось открытое письмо Анатолия Протопопова: http://protopop.hotbox.ru/epigen.html

(сам я еще, виноват, не успел ознакомиться с этими материалами)

Comments

[dims12.livejournal.com]

Мне кажется, Шабанов незаконно приватизировал "процесс смены одних стабилизированных путей онтогенеза другими" под зонтиком эпигенетической теории. На мой взгляд -- это "кондовая", то есть, обычная СТЭ. В частности, только так можно объяснить "эффект Геккеля".

Иными словами, никто не сомневается, что отбору подвергается не только некая конечная форма "имаго", но и весь процесс роста организма. Более того, поскольку "рост" есть единственная естественная форма "производства" живых организмов, эффекты типа Геккеля или принципа Шабанова -- неизбежны. Эволюция просто вносит некоторые изменения в конвейерный процесс выращивания организма.

Единственное, что я усмотрел для себя нового у Шабанова -- это наличие неких точек бифуркации в процессе онтогенеза. Иными словами, он утверждает, что результат онтогенеза может быть катастрофически неустойчив относительно некоторых небольших воздействий внешних или эпигенетических факторов.

Отрицать априори такую возможность нельзя, но нужны какие-то доказательства. Например, наблюдаемое на опыте резкое изменение фенотипа под влиянием изменения одной лишь эпигенетики.

Насколько я понимаю, из опытов по клонированию, следует, что такого не происходит. Клоны (иногда?) получаются пониженной жизнеспособности, но такого, чтобы у них появлялись какие-то новые или сильно-изменённые признаки -- не наблюдается (я о таком не слышал). Проблемы клонирования говорят, что эпигенетика важна, но не как некий тонкий информационный фактор, а как требования к "среде зачатия"...

Насчёт объёма генома в мегабайтах, кстати, интересно проверить, действительно ли архиватор может сильно сжать эту информацию. Насколько я понимаю, информация в геноме и так сжата. Если она похожа на белый шум, то архиватор её не сожмёт.

Насчёт коленной чашечки в Автокаде замечание неполное. Чашечка, да, займёт много. А вот чайник Юта -- очень мало :)

[z-kir.livejournal.com]

Если признать, что форма чайника Ньюэлла коленной чашечки хранится вовсе не в геноме (хромосомной ДНК), а геном в лучшем случае содержит ссылки на формы, которые хранятся в каком-то другом месте, как раз и получится эпигенетическая теория.

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

Вы говорите, что смена одних онтогенетических траекторий другими известна давно, но почему-то называете это "принципом Шабанова".
Геном - не белый шум. Там много повторов, значит он хорошо сжимается.
А что такое "чайник Юта"?
Суть выбора - не в отборе "имаго" или онтогенеза. Суть в том, что онтогенетическая траектория не определяется отдельными генами, и описать отбор результатов онтогенеза сложного организма на языке поддерживаемых и не поддерживаемых отбором аллелей невозможно.

[combinator30.livejournal.com]

Кроме того, появилось открытое письмо Анатолия Протопопова: http://protopop.hotbox.ru/epigen.html
==========================================================================
Меня мой антивирусник по этой ссылке не пускает. Говорит, что запрашиваемая страница заражена вирусом.

[dims12.livejournal.com]

У меня нормально.

[lysenkoism.livejournal.com]

>>антивирусник по этой ссылке не пускает

Это скорее всего из-за рекламы, которая там всплывает.

Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь eredraug сослался на вашу запись в записи «Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ" (http://apokrif93.livejournal.com/17793877.html)» в контексте: [...] (сам я еще, виноват, не успел ознакомиться с этими материалами) Источник сообщения [...]

[vincentfischer.livejournal.com]

не тот ли это Протопопов, который рассказывал про альфа и бета самцов, опираясь на опыт Бейтмана?

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

Это тот самый Протопопов, который написал "Трактат о любви", только суть этого трактата немного иная, чем рассказы про альфа и бета самцов.

[zlata-gl.livejournal.com]

Спасибо за ссылки.
Статью прочла.
Там не могу поучаствовать в обсуждении, так как не регистрировалась "в контакте".
Я не могу зарегистрироваться во всех сетях.
Ссылка http://batrachos.com/Основы_ЭТЭ не открывается в FireFox, говорит, что там что-то не в порядке.

Мне хотелось пообсуждать с уважаемым Д.Шабановым опыт с 4-крылыми дрозофилами, но не знаю где.
Что касается Вейсмана с мышиными хвостами, то это просто неправильный Вейсман. Все наши правильные Вейсманы знают, что 100 поколений обрезания известного места не привели к наследуемым изменениям.
Я вообще думала, что это анекдот. Причем - про Лысенку. Оказывается - реальный опыт...

Если
— здесь не оспаривается факт эволюции, а идёт речь о проблемах изучения её механизмов;
— излагаемые здесь взгляды не имеют ничего общего с идеями Т. Д. Лысенко, «разумным замыслом», «научным креационизмом» и прочими конструктами, судящими об эволюции на основе идеологических или религиозных догм;
то не вижу, где там "эволюция не по Дарвину".
Отбор всегда идет в конкретных условиях.
"Условия" для данного организма - это не только температура и радиоактивность, но и хищники, и "соседняя популяция", и источники питания.

Если "условия" толковать широко, то возвращаемся к мутациям и отбору.
Опыт с 4-крылыми дрозофилами я бы повторила, рассаживая их отдельно "всякой твари по паре".
И тогда сразу найдутся пары, которые дают 4-крылое потомство в нормальных условиях. У них произошла мутация.
Другие пары - будут давать обычное потомство в нормальных условиях. У них произошла травма.
А третьи - будут просто бесплодны.
Это - одинаково выглядящие особи с разным генотипом.
Их можно разделить, наблюдая за потомством.

Не понимаю, что мешает провести такой опыт.

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

На batrachos.com иногда заходить не получается из-за неправильной смены сертификата. Опасности там нет.
Мне непонятно, почему Вы ищете "эволюцию не по Дарвину". На самом деле, ЭТЭ ближе к дарвинизму, чем СТЭ. СТЭ предусматривает некие механизмы, в силу которых сам по себе возникает феномен наследственности, сами по себе возникают и новые признаки, и механизм управления их развитием. ЭТЭ показывает, как все это создается отбором.
В опытах Уоддингтона проверялось развитие потомства морфозов в нормальных условиях. Это не "мутации" в том смысле, в каком Вы их ищете.

[ilia-yasny.livejournal.com]

Жаль, я пропустил предыдущую дискуссию. Ознакомился с ней и со статьями Шабанова. Так вот, основной вопрос, который (для меня) может привести к ключевому различию между СТЭ и ЭТЭ:
Отбор на осуществление предпочтительной аберрации, реализуемой неидентичными носителями, превращает ее в наследуемое изменение, постепенно замещающее прежнюю норму. (https://batrachos.com/%D0%94%D0%BE%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%B4_%D0%AD%D0%A2%D0%AD)
Каков хотя бы предполагаемый механизм превращения аберрации в наследуемое изменение? Каков молекулярный механизм появления четырехкрылых мух в эксперименте Уоддингтона? Есть ли еще эксперименты (не наблюдательного, а интервенционного характера), доказывающие закрепление "полезного" фенотипа?

А ведь это именно то, что смущает больше всего сторонников СТЭ. На самом деле, утверждение о том, что СТЭ рассматривает все факторы, кроме прямого пути "один ген - один признак", как помехи - по-моему, бред. Может быть, кто-то когда-то и прибегал к такому сверхупрощению, но ежу понятно, что в реальности это не так. Утверждение, что новые адаптивные признаки - результат счастливой случайности тоже, по-моему, бред.
На мой неискушенный взгляд, нужно дополнять СТЭ новыми данными, новыми моделями с использованием современного математического аппарата, и в итоге получится нечто отличное от того, что представляла собой СТЭ 50 лет назад, но не противоречащая ей, а дополняющая, включающая, и уточняющая.

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

Ну, после того, как Вы отнесли мои утверждения к категории бреда, продолжать странно... но попробую.
Вы не согласны, что СТЭ - теория, которая рассматривает эволюцию как изменение генотипа вследствие отбора генов по их фенотипическим эффектам?
Вы не видите, что чем сложнее механизм влияния генов на фенотип, тем менее эффективен такой отбор?
В чем бред? В том, что Вы не привыкли об этом думать?
Конечно, Вы можете отказаться от принципов, положенных в основу СТЭ 70-80 лет тому назад (с моей точки зрения, это - верное решение). Но почему то, что у Вас получится, Вы пытаетесь называть именем того, от чего пришлось отказаться?

[pharmazevt.livejournal.com]

по второму вопросу например

http://www.gibsongroup.biology.gatech.edu/sites/default/files/gibson.Hogness.pdf

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

И письмо Протопопова, и мой ответ на него лежат здесь: http://batrachos.com/Протопопов_об_ЭТЭ

[moyterem.blogspot.com (from livejournal.com)]

)))

[dims12.livejournal.com]

P.S. Ну, в общем, хотелось бы увидеть статистический анализ явлений с вот этой картинки



То есть, когда при одном и том же геноме, под воздействием одних лишь изменений среды, задействуется какая-то совершенно другая и притом осмысленная онтогенетическая траектория.

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

Мне непонятно, что такое "статистический анализ явлений с картинки".
Думаю, что тут вообще речь идет не о статистике. Рихард Гольдшмидт показал, что эффекты многих (вероятно - всех) мутаций можно вызвать специфичными внешшними воздействиями. С тех пор этот вывод неоднократно подтверждался.

[3seemingmonkeys.livejournal.com]

я прочитал статью и предыдущую к ней статью но не особо понял что такое ЭТЭ
много общих фраз. а хотелось бы примера "на пальцах"
каким образом из двукрылой мухи получается четырехкрылая в соответствии с этой теорией

[pharmazevt.livejournal.com]

СТЭ это когда сначала новое яйцо, а потом, если яйцо годное, - новая курица.
ЭТЭ это когда сначала новая курица, а потом, если курица годная, за ней и яйцо подтягивается.
Так вроде.

[mirdin-emris.livejournal.com]

Не тот ли это Протопопов, который Протоселов такой же "этолог" как Задорнов- "лингвист" и который иерархия_у_амеб и много чего еще?

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

Да-да, это тот самый Протопопов, который внес в обсуждение брачного поведения человека целый ряд интересных идей, но (вероятно, в отличие от кого-то, кто более "этолог") не обладает свойством непогрешимости.

[pogorily.livejournal.com]

Александр, очень хотелось бы увидеть Ваш комментарий по следующим вопросам.

СТЭ рассматривает отдельный организм как "черный ящик"(*), обладающий следующими свойствами:
(а) способность к расширенному воспроизводству
(б) наследственность
(в) изменчивость.
Свойства (б) и (в) относятся к потомству. Не конкретизирую, т.к., полагаю, понятно что имеется в виду.

И СТЭ не требует никаких (ну или почти никаких) уточнений указанных свойств организма как "черного ящика".
Следовательно, конкретные свойства организма вообще не требуют выхода за СТЭ.
Тем самым у ЭТЭ просто нет предмета. Все вопросы о механизмах, тонкостях, особенностях могут изучаться в пределах СТЭ.
Где я в вышеизложенном неправ, если неправ?
Хотя бы очень коротко, пожалуйста.

(*) "Черный ящик - широко распространенная в теории информации (а в более широком смысле - не только в ней) абстракция. Нечто представляется как имеющее только как "внешние" параметры, абстрагируясь от его внутреннего устройства.
Абстракция эта весьма полезна. Например, в любимой моей электронике логический элемент "И" может быть представлен как нечто с несколькими входами (на каждый подается "0" или "1") и одним выходом, когда на всех входах входах "1" - на выходе "1", иначе "0". Этого вполне достаточно для синтеза и анализа логических схем. При этом мы полностью абстрагируемся от того, как этот элемент устроен.
Уровней абстракции может быть несколько. Например, спроектировав из элементов "И" и других некоторое устройство, мы можем абстрагироваться от его внутреннего устройства и рассматривать его как "черный ящик" с известной зависимостью выходов от входов, не интересуясь "а что там внутри". Это позволяет проектировать и анализировать (через несколько уровней абстракции) очень большие устройства, из миллионов элементов, слишком сложные, чтобы их можно было создать сразу из "элементарных кирпичиков".

[vvukaru.livejournal.com]

И СТЭ не требует никаких (ну или почти никаких) уточнений указанных свойств организма как "черного ящика". Следовательно, конкретные свойства организма вообще не требуют выхода за СТЭ.
Тем самым у ЭТЭ просто нет предмета. Все вопросы о механизмах, тонкостях, особенностях могут изучаться в пределах СТЭ.
Где я в вышеизложенном неправ, если неправ?
Неправ в том, что по СТЭ изменчивость только "случайная и ненаправленная". Что сужает спектр "вопросов о механизмах, тонкостях, и особенностях", которые могут изучаться в пределах СТЭ.

[fbpa.livejournal.com]

Я правильно поняла основную мысль письма Протопопова "Я этого [эпигенетику] не понял, поэтому она не верна"?

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

Нет, неправильно.

Глаза пещерных рыб

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь hemiechinus сослался на вашу запись в записи «Глаза пещерных рыб (http://hemiechinus.livejournal.com/123585.html)» в контексте: [...] читателям этого блога явно полюбились дискуссии про т.н. эпигенетическую теорию эволюции (см. тут [...]

[sumerk.livejournal.com]

У автора изложения ЭТЭ иллюстрируется лишь единственным примером краеугольного камня его модели эволюции - "изменившиеся условия развития". О воздействии эфиром на личинки мух, из которых получаются внезапно четырехкрылые мухи. Одного примера категорически не достаточно. И к тому же никак не обосновано, и даже не упомянуто, что четырехкрылость результат действия целого комплекса генов, а не единственной мутации. А ведь ЭТЭ декларирует настолько сложную комплексность взаимодействий генов и условий среды - что почти явно предлагает несущественность наблюдения за конкретными генами.

Как видно единственный пример, обосновывающий теорию не соответствует всем ее основным положениям. И толкает к дремучести. Примеров должно быть много. И также примеров на каждую идею - вроде идеи эквифинальности развития.

Пример с воздействием эфира на личинки мух - это комбинация сильнейшего мутагена, очевидно. Личинки же мух - если подыскать им аналог в онтогенезе млекопитающих - нечто вроде эмбрионов ранних этапов развития. Настолько ранних, когда еще только закладываются органы. Когда у эмбриона человека закладывается количество конечностей, сосков... Вот где место личинки мухи. Представить себе, что зародыш в плаценте встретит такие стрессовые условия развития как эфир - это представить себе, что мир матери плода кардинально изменился, а она вынашивает плод. Например после ядерной войны :) То есть, единственный пример с личинками мух просто при умозрительном переведении в лишь чуть другую плоскость - сразу теряет свою показательность.

[sumerk.livejournal.com]

Мое наблюдение о категорически недостаточном характере иллюстративного и даже описательного материала - ведет к выводу, что назвать ЭТЭ "теорией" вообще не правильно. Это может быть пока лишь только гипотеза. Теория - слишком амбициозное название.