О холиварах, универсальных геномах и смене функций генов

[macroevolution]

В связи с увлекательным холиваром, развернувшимся во многих жэжэшечках вокруг истории с asena , pinchas и статьей Михаила Шермана
(ссылки на холивар не буду давать, всё легко ищется),
будет полезно дать ссылки на ряд недавних исследований, имеющих отношение к теме (конкретно - к гипотезе Шермана об "универсальном геноме"). Суть в том, что гены, в т.ч. регуляторы морфогенеза, довольно легко меняют свои функции в ходе эволюции - несколько лет назад это еще казалось очень удивительным и порождало экстравагантные интерпретации вроде шермановской, но сейчас уже как-то все привыкли и поняли, что это нормально и ожидаемо. Сам М. Шерман отметил это в письме (оно цитируется где-то в бесконечных тредах, составляющих упомянутый холивар) и заметил также, что, если бы он писал свою статью сегодня, то не стал бы настаивать на такой аргументации.
Эволюция создает новшества из подручного материала, поэтому вполне ожидаемо, что гены, гомологичные тем, что регулируют развитие сложных органов у сложных животных, обнаруживаются в геномах простых животных, даже не имеющих этих органов. У них эти гены, конечно, выполняют какие-то другие функции.
Ну и вот, собственно, ссылки.
1. У губок обнаружена генная сеть, которая могла бы управлять развитием глаз
2. У одноклеточных организмов есть ген, способный управлять развитием хорды
3. Hox-гены оказались более эволюционно изменчивы, чем предполагалось раньше
И, что особенно интересно, сходные признаки (даже такие сложные, как эхолокация), оказывается, вполне могут независимо формироваться у далеких родственников за счет сходных мутаций в гомологичных генах
4. Конвергентная морфология как следствие конвергенции генов  (это к вопросу о возможности параллельного формирования, например, сложных глаз у далеких друг от друга групп животных на сходной генетической основе).

И последнее: любители научных блогов, читайте журнал caenogenesis (автора трех из четырех процитированных выше заметок).

Comments

[caenogenesis.livejournal.com]

Спасибо!

[5cr34m.livejournal.com]

вам спасибо.

[idelsong.livejournal.com]

Очень многие гены, традиционно рассматриваемые как элементы многоклеточного организма, присутствуют у простейших. Вероятно, первые многоклеточные представляли собой что-то вроде соседских общин, как это сейчас бывает у Dictyostelium. Когда Dictyostelium создает многоклеточное тело, это тело имеет дифференцированный эпителий, даже с бета-катенином и рецептором Frizzled. Интересно, что у Dictyostelium одновременно эпителий и целлюлоза.

http://idelsong.livejournal.com/289993.html

В простейших Monosiga brevicollis и Capsaspora owczarzaki чего только не нашли: множество протеин- киназ, cell adhesion proteins, GPCR.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3753549/

[lkitross.livejournal.com]

Вот это ИМХО правильный стиль, в котором нет места личным нападкам.

[macroevolution.livejournal.com]

Мой любимый стиль. Но он более энергоемкий, в этом его недостаток :)

[macroevolution.livejournal.com]

Спасибо. Вот еще мой пересказ статьи про эпителий диктиостелиума: http://elementy.ru/news/431538

[lkitross.livejournal.com]

Спасибо, что нашли время. Но это, наверное, не конец и не парабеллум :).

[shark-ru.livejournal.com]

Интереснейшие вещи. Спасибо!

[bbzhukov.livejournal.com]

гены, в т.ч. регуляторы морфогенеза, довольно легко меняют свои функции в ходе эволюции - несколько лет назад это еще казалось очень удивительным и порождало экстравагантные интерпретации вроде шермановской
Шесть лет назад одна Ваша будущая подчиненная написала по моему заказу популярную статью, где проводилась именно эта мысль.

Кстати, там она изящно поиздевалась над идеей УГ (в смысле - "универсального генома"), убедительно обосновав, что образу обладателя такого генома лучше всего соответствует Ктулху :-).

Ссылку, к сожалению, дать не могу: журнальчик, где опубликова этот текст, через пару лет закрылся вместе со своим сайтом. А жаль, такой текст пропадает!

[romikchef]

Беда в том, что здесь всё равно речь идёт о частностях, а не о жульничестве "лектора" в целом.
Гипотеза Шермана сама по себе его не интересует. Ему нужна гипотеза, отвечающая двум критериям
- хотя бы намек на сущностное сходство с антинаучным суеверием.
- наличие у высказываюшего каких-никаких регалий
Из этих двух нехитрых посылок он делает очень простой вывод, о котором, в частности, с такой болью говорит Зализняк - что будто-бы не существует в науке объективной истины, существуют всего лишь равноправные гипотезы. Поэтому можно брать люблю, какая нравится и следовать ей. То есть, низводит науку до уровня религии.
Именно это самое мерзкое в его рассуждениях. А проблема сходных генов - просто расходный материал.

При этом в самом наличии такой гипотезы нет никакого криминала. Наука попросту не сможет развиваться, если такие гипотезы не будут появляться. Просто сами ученые понимают разницу между ничем не подкреплённой гипотезой, и теорией, за которой стоят тысячи человеко-лет исследований и сотни подтвердившихся предсказаний. А вот всякие шарлатаны используют естественный процесс научного поиска для очернения самой науки.

О холиварах, универсальных геномах и смене функций ген

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь eredraug сослался на вашу запись в записи «О холиварах, универсальных геномах и смене функций генов (http://apokrif93.livejournal.com/16756634.html)» в контексте: [...] (автора трех из четырех процитированных выше заметок). Источник сообщения [...]

[lkitross.livejournal.com]

Верно. Он пишет, что наука состоит в построении моделей, каждая из которой считается верной лишь пока не опровергнута и не заменена на другую. Это все навеяно чтением Поппера и менее известного В. Турчина "Феномен науки".
Я уже много спорил с ним и хотел бы найте где-нибудь, что об этом писали более профессионально.
Any help?

[macroevolution.livejournal.com]

Такой текст не должен пропадать! Надо бы его разыскать

[myugor.livejournal.com]

На мой взгляд, это по прежнему неправильный стиль.

[macroevolution.livejournal.com]

Почему?

[macroevolution.livejournal.com]

"здесь всё равно речь идёт о частностях, а не о жульничестве "лектора" в целом"
Просто хочу пояснить, что мне представляются интересными и важными как раз эти "частности".
В то время как и этот лектор, и его жульничество, и проблемы преподавания в Ариэльском университете, и моральный облик всех участников полемики - это всё мне представляется значительно менее интересными пустяками.

[stoshagownozad.livejournal.com]

ииии, с ногами, щупалками, крыльями, живет в воде?

и с зубами же небось!

[gegmopo4.livejournal.com]

И глазами!

[gegmopo4.livejournal.com]

Стиль? Мне показалось, что пост вообще не о том.

[myugor.livejournal.com]

Потому что это, на мой взгляд - уход от ответа, поскольку не отвечает на вопросы, поднятые shkrobius.

[elisapeyron.livejournal.com]

пользуясь случаем, и от меня вам БОЛЬШОЕ спасибо!

[mirdin-emris.livejournal.com]

Ну примерно так и есть- наука это построение моделей, с помощью которых можно делать проверяемые предсказания. "Опровержение" модели- это как правило уточнение границ применимости данной модели, а не то, что она совсем не верна. На что- то абсолютно всегда и везде верное естественные науки и не претендуют.
Другое дело, что в тексте по ссылке говорится о модели, так будто бы это что- то плохое произвольное и никак не связанное с реалом. Это конечно не так. В науке это как карта и территория. Карта- "модель" территории и понятно, что никто не будет говорить о "неистинности" карты из-за того, что она не является абсолютно точной копией реальной территории вплоть до создания участка территории, так сказать, "во плоти".

[meshulash.livejournal.com]

Профессионально философски это написано у Мамардашвили и еще более - у Щедровицкого и Зиновьева (см. Московский методологический кружок). Мне очень нравится также то, что говорят Хайдеггер и Делез. Об этом же много пишут физики, в частности Гейзенберг, Вигнер и Бом. Про электрон как формулу говорили, если не ошибаюсь, Фейнман и Ландау. Все тексты, разумеется, есть в сети.

[macroevolution.livejournal.com]

Я не ставил себе такой цели. Там и вопросы толком не сформулированы, и комменты запрещены, да и вообще, разве нет на свете других интересных вопросов, кроме как разбираться с довольно-таки мутным и агрессивным постингом, который вы имеете в виду?

[yurvor.livejournal.com]

"Эволюция создает новшества из подручного материала, поэтому вполне ожидаемо, что гены, гомологичные тем, что регулируют развитие сложных органов у сложных животных, обнаруживаются в геномах простых животных, даже не имеющих этих органов. У них эти гены, конечно, выполняют какие-то другие функции."

На самом деле здесь гораздо больше вопросов, чем ответов. Например - каким это таким образом "эволюция создает новшества из подручного материала"? Другими словами, как это так получается, что один и тот же ген (т.е. один и тот же белок) участвует в совершенно разных видах деятельности? Или "вполне ожидаемо, что гены [такие вот сложные] , обнаруживаются в геномах простых животных, даже не имеющих этих органов" - как это так? Получается, что из одних и тех же генов можно разнообразное построить? Как это так получается, что из тех же генов у одних видов строится одно, а у других - другое? Причем тут тогда вообще гены?

Или вот, цитата из статьи про губки - "исследование показало, что эти гены губки даже взаимодействуют между собой так же, как если бы они участвовали в развитии глаза какого-то более сложного животного. Это означает, что генные механизмы, обеспечивающие у животных развитие глаз, эволюционно возникли намного раньше, чем сами глаза." - как это так, что механизмы для глаз возникли раньше самих глаз? Уж не попахивает ли тут, страшно сказать, разумным замыслом? А если этот механизм возник для чего-то другого, то получается, что существует целый класс разных(!) органов(?), функций(?), свойств(?), для которых годится один и тот же механизм. Что это за класс? Чем он определяется? Можно ли предсказать, для каких ещё(!) органов годится этот механизм? Почему он (в данном случае) годится для глаз, а не для ушей?

И т.д. Мне кажется, имеется такая тенденция давать на подобные вопросы ответы в стиле "Ну вот так оно получилось - это не удивительно". И такой ответ - на самом деле не ответ, ибо крайне похож на аргументацию креационизма, у которого на всё один ответ "Ну вот так оно создано - это непостижимо".