Про сложность и избыточность

[macroevolution]

Мне кажется, что молекулярно-генетические статьи в Science и Nature становятся все более неудобочитаемыми (или это возрастное)? Причем про другие, менее пафосные журналы я этого не скажу. А в Науке и Природе такая борьба идет за каждую букву, редакторы так стараются утрамбовать максимум информации в минимум слов, что в итоге получается текст нечеловеческий, текст без всякой избыточности, хуже телеграфного, текст, для понимания которого требуется нехилая квалификация, куча сил и крепкое здоровье.

Но в итоге когда все-таки удается более-менее понять, что же, черт побери, написано в этой ужасной статье, возникает некое чувство победы.

Ну а может, сейчас самые модные темы в мол. биологии действительно становятся настолько сложными, что это вопрос содержания, а не стиля. В конце концов, я уже два или три раза получал отклики от авторов, что, дескать, прочитав вашу заметку на "Элементах" по моей статье, я сам стал лучше понимать, чем же я, собственно, занимаюсь :) Это, конечно, помогает мне верить, что моя деятельность не является полностью вторичной и паразитической.

Вот очередная новость:
Конфликт между копиями удвоившегося гена ведет к избыточному усложнению генно-регуляторных сетей
Читать полностью

Там наглядно показано, что усложнение (в данном случае - усложнение системы регуляции активности генов) может в ходе эволюции происходить не потому, что это зачем-то нужно, а просто как побочное следствие случайной генной дупликации (через ряд последовательных закономерных шагов). То есть, короче говоря, никому это усложнение не нужно было, все отлично жили без него, но просто вот так случайно получилось. Рождается избыточная сложность. Сложность не для чего-то, а просто так.

А мы потом голову ломаем: зачем же в клетке всё так хитро, сложно и премудро устроено. Мировоззренчески важная работа :)  


P.S. Число читателей этого блога перевалило за 5000. Новоподписавшихся хочу предупредить: я не занимаюсь взаимофрендом и пишу здесь только то, что самому интересно.

Comments

[brigitta-z.livejournal.com]

Вот жила себе спокойно и думала, что в природе всё зачем-то и просто так быть не может... Как теперь менять мировоззрение...:))
Вы пишИте, пожалуйста, во многих статьях даже до первичного понимания донырнуть сложно, нам без Вас - никак... интересующимся...

[paladin-sveta.livejournal.com]

темы в мол. биологии действительно становятся настолько сложными, что это вопрос содержания, а не стиля

Когда лет так 80 назад это произошло в физике (а в математике так и того раньше) - это ведь никого не удивило!

[http://users.livejournal.com/__const__/]

Ну, с современной точки зрения и уже привычного матаппарата, физика 80-летней давности ничего избыточно сложно не представляет. А вот то, что началось 20-30 лет назад пока ой ;)

Аналогично (с другими периодами времени) можно сказать и про математику, да и ряд других областей науки, скорее всего тоже через такие скачки «ой ужас — а нет, приемлемо — да всё же достаточно банально» проходили. Просто подошла очередь очередного скачка в биологии-генетике.

[paladin-sveta.livejournal.com]

физика 80-летней давности ничего избыточно сложно не представляет

Ой! Здорово!

Напишите на досуге книжку "Квантовая электродинамика для инженеров" - кучу денег заработаете! :-)

[http://users.livejournal.com/__const__/]

Ну, а что там сложного?
Математика — рутинная.
Если инженер не понимает этой математики, — значит он плохой инженер.

P.S.
Немного стебусь, конечно.
Но если сравнивать действительно достаточно привычную математику, вписывающуюся в стандартнейшие курсы, что используется для квантовой физики всех сортов (кроме квантовой равитации, разве что) и матаппарат теории струн… То, что инженерам та математика оказалась недоступна, — это недостаток их математической подготовки, безбожно отставшей.

[alexeymitin.livejournal.com]

Матаппарат как раз позволяет создать бесконечное множество разнообразных "вселенных", избыточная сложность физики 80-летней давности как раз не в матаппарате, а именно в физическом смысле - является ли матаппарат чистой абстракцией (а мы просто еще не обладаем полнотой знаний о физическом смысле), либо он задает новый физсмысл (но нам просто еще трудно с ним смириться).

[antarctic-frog.livejournal.com]

Нет, стиль тоже отчасти виноват. Писали мы когда-то статью по молекулярке и генетике, ближе к завершению процесса было решено перенаправить ее в Nature, пришлось переписать и урезать обьем втрое- и в результате я сама отчасти перестала понимать, что ж написано :) Есть, пожалуй, некий допустимый предел сокращений, после которого содержание уже становится неудобопонимаемым. Думаю, гении для гениев могут гениальное открытие изложить и пунктирно, но когда пишут обычные ученые для обычных ученых да еще и на темы, не тянущие на нобелевку, то лаконичное изложение отнють не всегда достаточно ясно все обьясняет.

[potan.livejournal.com]

Так там же дают полный вариант статьи скачать. Бывает страниц 60...

[ray-idaho.livejournal.com]

Интересная статья, а так называемые гаплогруппы, о которых пишут любители рас - тоже вытесняемые признаки (аллели) и имели генетическое развитие?

[macroevolution.livejournal.com]

"гаплогруппы, о которых пишут любители рас" - если я правильно понял вопрос, то нет, эти гаплогруппы представляют собой, как правило, нейтральные маркеры, удобные для реконструкции родословных и всяких древних миграций. Сами по себе они нейтральны, т.е. не влияют на приспособленность и не подвергаются отбору.

[ray-idaho.livejournal.com]

но по идее - они вытесняемы другой гаплогруппой при смешивании? то есть это аллель? тогда отчасти она должна и подвергаться какому-то отбору?

[elisapeyron.livejournal.com]

спасибо вам!
объяснения нужны! я на лекцию прихожу и за три часа, порой, понимаю больше, чем за неделю читания. хотя, идеальный баланс это все-таки лекции в дополнение к прочитанному, а не вместо него =)

[progenes.livejournal.com]

Интересная тема. Отлично изложено на элементах. Оригинальная статья, в общем-то вполне читабельная. Я уже ожидала "ужас-ужас-ужас". Сейчас мода на тексты без избыточности.
Предполагаю, что такая конкуренция между дуплицированными генами возникает не всегда. Если фактор транскрипции, то он как камень сверху горы. Включился и целую лавину за собой тянет. Если какой ген в самом низу иерархии дуплицируется, то событие может вообще пройти незамеченным.

[macroevolution.livejournal.com]

"вполне читабельная"
Так вы же специалист. А каково бедным палеонтологам?
Впрочем, теперь в тех же самых журналах печатают и популярные пересказы самых важных статей.

[progenes.livejournal.com]

Я вот еще подумала, с точки зрения эволюциониста отличная вещь: молекулярная конкуренция. Если в группе особей возникнут двое с одинаковыми функциями, скажем вожаки, то им тоже придется подраться, а одному надо будет "мутировать". Верно?

[macroevolution.livejournal.com]

Да, интересная штука. Похоже на механизм reinforcement в видообразовании http://en.wikipedia.org/wiki/Speciation#Reinforcement

[nicka-startcev.livejournal.com]

>Это, конечно, помогает мне верить, что моя деятельность не является полностью вторичной и паразитической.

деятельность полезная и интересная!

кстати, выбор 'что именно пересказать, на что обратить внимание' - это тоже существенная работа.

[alexeymitin.livejournal.com]

+100500
С удовольствием читаю книги автора блога: очень хорошо выдержан баланс.
Написано языком, доступным для непрофессионалов, но при этом нет даже намека на желтизну.

[ripe-berry.livejournal.com]

Пользуясь случаем, хочу поблагодарить за написанные доступным языком ваши статьи на Элементах.

[maz-d.livejournal.com]

/А в Науке и Природе такая борьба идет за каждую букву, редакторы так стараются утрамбовать максимум информации в минимум слов, что в итоге получается текст нечеловеческий/

так они же в этих наших интернетах публикуются, какая там та разница есть лишняя буква или нету?

[argo-navis.livejournal.com]

Сложность не для чего-то, а просто так.

Я прошу прощения, но мне казалось, что это самоочевидная мысль, которую и доказывать-то специально не нужно. О_о
Отличную аналогию можно провести с информационными системами, разрабатываемыми десятилетиями - чем больше в них появляется функций (которые зачем-то таки нужны), тем сложнее и запутаннее становится структура(как побочное явление, просто потому что для сложной софтины менее трудозатратно писать все новые и новые костыли, чем создавать ее с нуля).

[t0h4.livejournal.com]

Программному обеспечению и информационным системам, по хорошему, время от времени в процессе развития нужно делать рефакторинг, что и делается, но, конечно, не всегда.

[alexeymitin.livejournal.com]

Ага, тут возникает задача "продать" рефакторинг, так как затраты на него вознкнут здесь и сейчас, а возможная выгода будет только в будущем.
Думаю, что в природе оно все также устроено.

[toporillo.livejournal.com]

Очевидно ведущая научная периодика пошла по тому же эволюционному пути избыточного усложнения, что и биология, в данном случае предельно формализованного содержания.
Поздравляю, Александр, вы теперь как Арарат и Казбек - пятитысячник ))

Ваша просветительская деятельность, в т.ч. на "Элементах", одна из самых ярких и заметных в России. Так что ждем и дальнейших от вас переводов с птичьего на русский - здорово вправляют мозги.

[nil-0.livejournal.com]

"Конфликт между копиями удвоившегося гена ведет к избыточному усложнению генно-регуляторных сетей"

Конфликт между копиями удвоившихся учёных ведёт к избыточному усложнению научно-регуляторных сетей.

[marynochka.livejournal.com]

Мне кажется, что любую тему можно высветить понятно. Хотя для этого, очевидно, кроме знаний, нужен писательский талант.

Беда в другом: не скажу за биологию, но в некоторых других сферах науки создается впечатление, что исследователи прямо таки нарочно излагают свои мысли максимально сложно для восприятия. Очевидно для того, чтобы они выглядели более наукообразными..

Про сложность и избыточность

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь eredraug сослался на вашу запись в записи «Про сложность и избыточность (http://apokrif93.livejournal.com/16323452.html)» в контексте: [...] : я не занимаюсь взаимофрендом и пишу здесь только то, что самому интересно. Источник сообщения [...]

[leolion-1.livejournal.com]

Так ведь любая сложность рождается не для чего-то, а потому что (таковы предшествующие условия, оправдывающие ее появление). Просто какая-то потом находит себе оправданное применение, вокруг которого завертится какая-нибудь дальнейшая история развития, а какая-то - нет так и останется привязанной к предшествующей ступени.

[macroevolution.livejournal.com]

В принципе да, начинается все со случайных мутаций. Но они потом могут быть поддержаны отбором, потому что принесли пользу (=повысили приспособленность). И тогда мы образно и не совсем корректно говорим, что признак появился "для чего-то". Например, у предков обезьян Старого света путем дупликации появился дополнительный (третий) опсин колбочек, что позволило отличать красный цвет от зеленого и было поддержано отбором. Тут можно сказать, что усложнение было "для" того, чтобы обеспечить обезьян цветным зрением.
Про новый специализированный регуляторный белок Arg80, о котором речь в статье, вроде бы нельзя такого сказать, поскольку дрожжи растут с предковым неразделенным белком не хуже, чем с двумя современными специализированными. Конечно, может быть, в природных условиях, в отличие от лабораторных, два специализированных белка чем-то лучше, чем один предковый белок-генералист. Но мы этого не знаем, а главное, показана принципиальная возможность усложнения даже в том случае, если приспособленность после усложнения оказывается не выше, чем до него.

[uni-vers.livejournal.com]

Priblizitel'no o pohozhem javlenii (hypoteze) chital u Eugene Koonin 'The logic of Chance', pravda tam govorilos' o 'junk DNA', ne podverzhennoi selekcii vsldestvii malyh razmerov populyacii. Resultat tot zhe: izbytochnost' kak pobochnyj product. Interesno

[uni-vers.livejournal.com]

I kstati, vsledstvie takih zhe mehanizmov selekccii (zhostkih kak naprimer v Nature ili Science) - izbytochnost' prosto ischezet. Kak u bakterij- vsyo v meru, tolko to - chto nado. :)

Ссылки

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь dok_zlo сослался на вашу запись в записи «Ссылки (http://dok-zlo.livejournal.com/1330744.html)» в контексте: [...] 10 Про сложность и избыточность Тыц [...]

[furry-gremlin.livejournal.com]

Бывает же! К нам на месяц приехала девушка колаборировать. Занимается ровно этой темой, и позавчера давала семинар.

[yanatol.livejournal.com]

для кавота избыточное, а камута и - ни дастатачное!
это как 200кмч па нашим дарогам- камута низзя, а камута и 250 -мала!
функции нада апридилять - и условея
толька тагда и ришать вапрос - эсбыточное или нидастатачное "услажнение" - в кантексте зодач

Несколько интересных и полезных тем

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь tiina сослался на вашу запись в записи «Несколько интересных и полезных тем (http://tiina.livejournal.com/3547619.html)» в контексте: [...] 10 Про сложность и избыточность Тыц [...]

Ссылки

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь vasily_sergeev сослался на вашу запись в записи «Ссылки (http://vasily-sergeev.livejournal.com/5394533.html)» в контексте: [...] 10 Про сложность и избыточность Тыц [...]

Ссылки

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь logik_logik сослался на вашу запись в записи «Ссылки (http://logik-logik.livejournal.com/1606002.html)» в контексте: [...] 10 Про сложность и избыточность Тыц [...]

[adelaidastar.livejournal.com]

я уже два или три раза получал отклики от авторов, что, дескать, прочитав вашу заметку на "Элементах" по моей статье, я сам стал лучше понимать, чем же я, собственно, занимаюсь :)

Саша, прими еще один идентичный)). По ссылке идется на сайт элементов со статьями 2011 года. Почему?

[macroevolution.livejournal.com]

Спасибо!

Насчет ссылки: это сайт "Элементы" барахлит, надеюсь, временно.

[caenogenesis.livejournal.com]

http://caenogenesis.livejournal.com/19667.html

[shkrobius.livejournal.com]

Извините, что не ответил: тк пост стерт, я не смог прочитать Ваше сообщение. Однако, дело громче слов. Я очень рад, что мы нашли общий язык, и сердечно Вас благодарю.

С уважением,

Эли Шкроб