macroevolution: (Default)
[personal profile] macroevolution
 СЕМИНАР «ВОПРОСЫ ЭВОЛЮЦИИ»
Заседание № 20

Процессы самоорганизации в онтогенезе многоклеточных: опыт имитационного моделирования

А.В. Марков (Палеонтологический институт РАН)
М.А. Марков (Московский Государственный институт радиотехники, электроники и автоматики)

20 мая в 18-00. Москва, Ленинский пр-т 33, большой конференц-зал на первом этаже





UPD: видео семинара

Date: 2011-05-16 04:29 pm (UTC)
From: [identity profile] a-burlaka.livejournal.com
Это победа? В смысле адекватного математического описания эволюционного процесса. Теперь можно смоделировать эволюцию на компьютере?

Date: 2011-05-16 05:28 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/
Скорее - адекватного описания эмбриогенеза. Для эволюции надо еще уметь считать приспособленность результатов этого эмбриогенеза.

Date: 2011-05-16 05:57 pm (UTC)
From: [identity profile] metarattus.livejournal.com
Да давно уже: www.swimbots.com

Date: 2011-05-18 08:58 pm (UTC)
From: [identity profile] dritte-mal.livejournal.com
работа встала, я ращу страшных пловцов

спасибо большое :)

Date: 2011-05-16 04:53 pm (UTC)
From: [identity profile] clayrat.livejournal.com
о! о!
а можно запись или хотя бы конспект какой?? :)

Date: 2011-05-16 05:39 pm (UTC)
From: [identity profile] attuda.livejournal.com
присоединяюсь. очень интересно. вот бы видео сняли, хоть на мобилку;) ну или текстовый отчетик...

Date: 2011-05-16 06:10 pm (UTC)
From: [identity profile] boldachev.livejournal.com
Наиболее интересен тут вопрос: насколько можно называть самоорганизацией (от слово "само"), то что является "следствием заложенного базового принципа"? Это вопрос касается как онтогенеза, так и программы.

Date: 2011-05-16 07:48 pm (UTC)
From: [identity profile] myugor.livejournal.com
Вас смущает "базовый принцип"? Но он ведь не диктует конечную структуру, так же как закон Ньютона не описывает ни одну планетарную систему - и все они разные, в зависимости от граничных условий.

Date: 2011-05-16 08:05 pm (UTC)
From: [identity profile] boldachev.livejournal.com
Нет, меня смущает "самоорганизация": назовете вы поведение клеток в онтогенезе самоорганизацией? а планет в системах? - ведь базовый принцип и граничные условия вполне предопределяют результат.

Date: 2011-05-16 08:45 pm (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
Сударь, вы механицист. Даже ежели мы забудем о (квантовой) случайности и будем считать, что настоящее состояние мира однозначно предопределяет будущее и мы даже точно знаем базовые законы, мы не сможем только на их основании рассчитать это будущее. Грубо говоря, ежели мы знаем квантовую механику, мы не сможем точно рассчитать даже банальную молекулу белка, а посему мы должны искать какие-то другие закономерности, например, самоорганизацию. Весь двадцатый век прошёл под знаком осознания этого факта, а вы умудрились как-то его пропустить мимо ушей.

Date: 2011-05-16 09:27 pm (UTC)
From: [identity profile] boldachev.livejournal.com
Весь двадцатый век прошел под знаком возни с мифом самоорганизации :)

Проблема совсем не в том, можем или не можем мы что-то рассчитать и с какой вероятностью, а в том, можем ли мы назвать процесс получения явленного результата самоорганизацией? Ведь даже в вашем примере белок не само-организуется, а синтезируется по внешне заданному относительно его плану.

Да и вообще, неужели вы искренне считаете, что назвав онтогенез модным словом "самоорганизация" вы решили проблему? Вы просто закрыли глаза на нее: мол есть ДНК, есть взрослый организм, а что между - самоорганизация! А что она такое? Налицо просто подмена одного неизвестного другим неизвестным. А если и самоорганизация, то причем тут ДНК? Все организмы составлены из одинаковых молекул, а вот на выходе их "самоорганизации" почему-то разное :))

P.S. Более подробно тут (http://www.boldachev.com/novations_book/98-104/)

Date: 2011-05-17 06:38 am (UTC)
From: [identity profile] h-driesch.livejournal.com
Поконкретнее. Вообще то понятие самоорганизация употребляется как попало . Но классические феномены обычно рассматриваемые в качестве примера самоорганизации мало чего имеют со словом само общего.

Date: 2011-05-17 07:34 am (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
А давайте сначала вы охарактеризуете своё понятие самоорганизации, а потом я вам скажу как правильно совпадает ли оно с моим.

Date: 2011-05-17 11:24 am (UTC)
From: [identity profile] h-driesch.livejournal.com
Понятие самоорганизация с моей колокольни касается в первую очередь таких явлений как лазер, БЖР, БРР, ЯБ. Самосборка самоорганизацией не является хотя многие ее причисляют (недиссипативна). Применение к надмолекулярным биологическим обьектам это желаемое за действительное.

Date: 2011-05-19 08:12 am (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
Ну.. я предпочитаю понимать самоорганизацию как широкое, в некотором смысле философское понятие - любое сколько-либо нетривиальное последствие взаимодействия большого числа элементов. Для систем реакция-диффузия (вы же их имеете в виду?) существует своё название - собственно системы реакция-диффузия.

Date: 2011-05-16 07:00 pm (UTC)
From: [identity profile] brotherdetjr.livejournal.com
Очень хочу сходить. И коллег прихвачу.
Платность? Предварительная запись?

Date: 2011-05-17 06:14 am (UTC)
From: [identity profile] zwilling.livejournal.com
До сих пор ничего такого не было.

Date: 2011-05-17 08:28 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Вход свободный, приходите

Date: 2011-05-16 07:04 pm (UTC)
From: [identity profile] h-driesch.livejournal.com
Эх Александр, плакать хочется от Вашей смелости. Сначала с одноклеточным морфогенезом бы разобрались. Клетки-модули, помехоустойчивость :( Написали бы что ли в виде статьи.

Date: 2011-05-18 11:52 am (UTC)
From: [identity profile] 66george.livejournal.com
Вполне возможно, что многоклеточный проще.

Date: 2011-05-18 12:45 pm (UTC)
From: [identity profile] h-driesch.livejournal.com
Проще моделировать если исходить из заведомо неверной предпосылки: клетка модуль. Морфогенез проис ходит не в компьютере, поэтому и моделирование должно ис ходить от молекулярных процессов цитоскелета, а не от несуществующих кирпичиков.

Date: 2011-05-16 08:35 pm (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
Это, я так понимаю, метазоон таки обрёл плоть? Модель двумерная, судя по всему. Поведение/эволюция моделируется или пока только морфогенез?

Вообще есть целое направление на эту тему под названием "искусственная жизнь".

Date: 2011-05-17 08:31 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Да, обретает постепенно. Позволяет работать и в 3D, но мы пока не рискуем: уже у двумерных тварей все получается очень сложно. Пока только морфогенез.

Date: 2011-05-17 12:09 am (UTC)
From: [identity profile] oldodik.livejournal.com
А нас в Москве не буууудет. Отчетик бы...

Date: 2011-05-17 08:27 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Постараюсь выложить конспект и слайды. Но не знаю, когда.
From: [identity profile] nemow.livejournal.com
Извиняюсь за оффтоп, не прокомментируете статью (http://habrahabr.ru/blogs/internet/118792/)? Эта тема поднимается в вашей новой книге?
From: [identity profile] zlata-gl.livejournal.com
Красивая программистская задачка как раз на тему "умного" поведения группы при ОДИНАКОВОЙ программе у каждого индивидуя.

Дано: дорога с севера на юг. Прямая линия.
Два абсолютно одинаковых робота одновременно приземляются с парашютами в разных местах дороги.
После чего оставляют парашюты на месте и движутся по программе. Роботы имеют одинаковую программу.
Задача: они должны встретиться. На расстоянии 1 метр или меньше - они уже притянутся друг к другу и взорвутся конъюгируют.

Программа строится на базе 4-х команд.

1. Шаг на север.
2. Шаг на юг.
3. Безусловный переход на строку программы номер ***
4. Условный переход на строку программы номер ***, если видишь парашют.

После команд 1, 2 - программа (разумеется) переходит к следующей команде. Аналогично - после 4, если нет парашюта.
1 шаг = 1 метр
Парашют тоже виден с расстояния 1м.
Время выполнения каждой команды - 1 секунда.

Памяти нет, считать роботы не умеют. Ну тупые !
Нужна программа, которая гарантированно заставит их встретиться.
From: [identity profile] dritte-mal.livejournal.com
а кроме "видишь парашют" никаких нету признаков приближения/удаления, да?:)
From: [identity profile] zlata-gl.livejournal.com
Нет.
В системе НЕТ команд условного перехода по другим флагам, кроме "вижу парашют". Парашюты одинаковы.
Уточняю: парашют виден с расстояния ДО метра (ровно с метра не виден).
И с расстояния ДО метра - роботы считаются "встретившимися". Дальнейшие события уже не интересны, программа прекращает работу.
From: [identity profile] dritte-mal.livejournal.com
аа, понял. парашют и робот же в разных местах))
From: [identity profile] zlata-gl.livejournal.com
То есть на дороге имеются две одинаковые метки, видимые каждому роботу, когда он рядом.
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Программу сын писал. Но он пока не отреагировал на вашу задачу, поэтому я предлагаю вот такое решение:

1. шаг на север
2. Если видишь парашют, иди к строке 8
3. иди к строке 4
4. иди к строке 5
5. иди к строке 6
6. шаг на север
7. иди к строке 2
8. шаг на север
9. иди к строке 8

Роботы приземляются и делают шаг на север. Отсюда они уже своих парашютов не видят. Начинают циклически выполнять строки 2,3,4,5,6,7 и движутся на север медленно, т.к. выполнение строк 3-5 обеспечивает задержку. Когда тот из роботов, который приземлился южнее, наткнется на парашют "северного" робота, он от строки 2 перейдет к строке 8 и начнет двигаться на север быстрее, выполняя строки 8 и 9. В результате он обязательно догонит "северного" робота.
From: [identity profile] zlata-gl.livejournal.com
Великолепно !
Особенно - для непрограммиста !
(Кстати, строки 3 и 4 - можно и выкинуть, там и так уже 4 секунды на шаг, а во 2-м цикле - 2).
Что самое смешное - "шаг на юг" вообще не нужен. Но если его не давать в условии - задачка слишком проста.

Задачка - в тему, правда ? :-))
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Задачка - абсолютно в тему. При работе с нашей программой такие задачки приходится решать постоянно, когда пытаешься создать какого-нибудь зверька. Но разрешенных команд побольше, и поэтому мозгов все равно не хватает, чтобы предсказывать результат, и приходится действовать методом проб и ошибок с элементами разумного дизайна.
From: [identity profile] dritte-mal.livejournal.com
Сенсация! Эволюционист Марков признал элементы разумного дизайна!!!
(шутка, если что)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
Я эту задачу много раз втречал, но почему-то именно сейчас додумался до правильного решения. А доселе она мне казалась неразрешимой задачей-шуткой.
From: [identity profile] zlata-gl.livejournal.com
У меня ушло около суток на переход от "невозможно" к "ой, как просто !"

Пока не забыл

Date: 2011-05-20 06:38 pm (UTC)
From: [identity profile] pingback-bot.livejournal.com
User [livejournal.com profile] potan referenced to your post from Пока не забыл (http://potan.livejournal.com/168037.html) saying: [...] При моделировании онтогенеза [...]

Date: 2011-05-20 09:39 pm (UTC)
From: [identity profile] wormball.livejournal.com
Вот видео семинара: http://video.yandex.ru/users/firma-fok/view/1/ Извиняюсь за качество звука.

Date: 2011-05-21 09:57 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Круто, спасибо огромное!

Date: 2011-05-24 01:24 pm (UTC)
From: [identity profile] olnud.livejournal.com
Чрезвычайно интересное направление! Вот только жаль, что из этого моделирования выпадает как таковой эмбриогенез. Было бы интересно получить разные модели гаструляции и поведения бластопора, проверить гипотезу Мамкаева, которые полагал, что бластопор исходно не был связан со ртом.

January 2019

S M T W T F S
  12345
6789101112
1314 1516171819
20212223242526
2728293031  

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Aug. 17th, 2025 05:06 am
Powered by Dreamwidth Studios