Семинар "Вопросы эволюции" №20

[macroevolution]

 СЕМИНАР «ВОПРОСЫ ЭВОЛЮЦИИ»
Заседание № 20

Процессы самоорганизации в онтогенезе многоклеточных: опыт имитационного моделирования

А.В. Марков (Палеонтологический институт РАН)
М.А. Марков (Московский Государственный институт радиотехники, электроники и автоматики)

20 мая в 18-00. Москва, Ленинский пр-т 33, большой конференц-зал на первом этаже





UPD: видео семинара

Comments

[a-burlaka.livejournal.com]

Это победа? В смысле адекватного математического описания эволюционного процесса. Теперь можно смоделировать эволюцию на компьютере?

[http://users.livejournal.com/_hellmaus_/]

Скорее - адекватного описания эмбриогенеза. Для эволюции надо еще уметь считать приспособленность результатов этого эмбриогенеза.

[metarattus.livejournal.com]

Да давно уже: www.swimbots.com

[dritte-mal.livejournal.com]

работа встала, я ращу страшных пловцов

спасибо большое :)

[clayrat.livejournal.com]

о! о!
а можно запись или хотя бы конспект какой?? :)

[attuda.livejournal.com]

присоединяюсь. очень интересно. вот бы видео сняли, хоть на мобилку;) ну или текстовый отчетик...

[boldachev.livejournal.com]

Наиболее интересен тут вопрос: насколько можно называть самоорганизацией (от слово "само"), то что является "следствием заложенного базового принципа"? Это вопрос касается как онтогенеза, так и программы.

[myugor.livejournal.com]

Вас смущает "базовый принцип"? Но он ведь не диктует конечную структуру, так же как закон Ньютона не описывает ни одну планетарную систему - и все они разные, в зависимости от граничных условий.

[boldachev.livejournal.com]

Нет, меня смущает "самоорганизация": назовете вы поведение клеток в онтогенезе самоорганизацией? а планет в системах? - ведь базовый принцип и граничные условия вполне предопределяют результат.

[wormball.livejournal.com]

Сударь, вы механицист. Даже ежели мы забудем о (квантовой) случайности и будем считать, что настоящее состояние мира однозначно предопределяет будущее и мы даже точно знаем базовые законы, мы не сможем только на их основании рассчитать это будущее. Грубо говоря, ежели мы знаем квантовую механику, мы не сможем точно рассчитать даже банальную молекулу белка, а посему мы должны искать какие-то другие закономерности, например, самоорганизацию. Весь двадцатый век прошёл под знаком осознания этого факта, а вы умудрились как-то его пропустить мимо ушей.

[boldachev.livejournal.com]

Весь двадцатый век прошел под знаком возни с мифом самоорганизации :)

Проблема совсем не в том, можем или не можем мы что-то рассчитать и с какой вероятностью, а в том, можем ли мы назвать процесс получения явленного результата самоорганизацией? Ведь даже в вашем примере белок не само-организуется, а синтезируется по внешне заданному относительно его плану.

Да и вообще, неужели вы искренне считаете, что назвав онтогенез модным словом "самоорганизация" вы решили проблему? Вы просто закрыли глаза на нее: мол есть ДНК, есть взрослый организм, а что между - самоорганизация! А что она такое? Налицо просто подмена одного неизвестного другим неизвестным. А если и самоорганизация, то причем тут ДНК? Все организмы составлены из одинаковых молекул, а вот на выходе их "самоорганизации" почему-то разное :))

P.S. Более подробно тут (http://www.boldachev.com/novations_book/98-104/)

[h-driesch.livejournal.com]

Поконкретнее. Вообще то понятие самоорганизация употребляется как попало . Но классические феномены обычно рассматриваемые в качестве примера самоорганизации мало чего имеют со словом само общего.

[wormball.livejournal.com]

А давайте сначала вы охарактеризуете своё понятие самоорганизации, а потом я вам скажу как правильно совпадает ли оно с моим.

[h-driesch.livejournal.com]

Понятие самоорганизация с моей колокольни касается в первую очередь таких явлений как лазер, БЖР, БРР, ЯБ. Самосборка самоорганизацией не является хотя многие ее причисляют (недиссипативна). Применение к надмолекулярным биологическим обьектам это желаемое за действительное.

[wormball.livejournal.com]

Ну.. я предпочитаю понимать самоорганизацию как широкое, в некотором смысле философское понятие - любое сколько-либо нетривиальное последствие взаимодействия большого числа элементов. Для систем реакция-диффузия (вы же их имеете в виду?) существует своё название - собственно системы реакция-диффузия.

[brotherdetjr.livejournal.com]

Очень хочу сходить. И коллег прихвачу.
Платность? Предварительная запись?

[zwilling.livejournal.com]

До сих пор ничего такого не было.

[macroevolution.livejournal.com]

Вход свободный, приходите

[h-driesch.livejournal.com]

Эх Александр, плакать хочется от Вашей смелости. Сначала с одноклеточным морфогенезом бы разобрались. Клетки-модули, помехоустойчивость :( Написали бы что ли в виде статьи.

[66george.livejournal.com]

Вполне возможно, что многоклеточный проще.

[h-driesch.livejournal.com]

Проще моделировать если исходить из заведомо неверной предпосылки: клетка модуль. Морфогенез проис ходит не в компьютере, поэтому и моделирование должно ис ходить от молекулярных процессов цитоскелета, а не от несуществующих кирпичиков.

[wormball.livejournal.com]

Это, я так понимаю, метазоон таки обрёл плоть? Модель двумерная, судя по всему. Поведение/эволюция моделируется или пока только морфогенез?

Вообще есть целое направление на эту тему под названием "искусственная жизнь".

[macroevolution.livejournal.com]

Да, обретает постепенно. Позволяет работать и в 3D, но мы пока не рискуем: уже у двумерных тварей все получается очень сложно. Пока только морфогенез.

[oldodik.livejournal.com]

А нас в Москве не буууудет. Отчетик бы...

[macroevolution.livejournal.com]

Постараюсь выложить конспект и слайды. Но не знаю, когда.

Порнография с точки зрения эволюционной психологии

[nemow.livejournal.com]

Извиняюсь за оффтоп, не прокомментируете статью (http://habrahabr.ru/blogs/internet/118792/)? Эта тема поднимается в вашей новой книге?

А кто у Вас программы пишет ?

[zlata-gl.livejournal.com]

Красивая программистская задачка как раз на тему "умного" поведения группы при ОДИНАКОВОЙ программе у каждого индивидуя.

Дано: дорога с севера на юг. Прямая линия.
Два абсолютно одинаковых робота одновременно приземляются с парашютами в разных местах дороги.
После чего оставляют парашюты на месте и движутся по программе. Роботы имеют одинаковую программу.
Задача: они должны встретиться. На расстоянии 1 метр или меньше - они уже притянутся друг к другу и взорвутся конъюгируют.

Программа строится на базе 4-х команд.

1. Шаг на север.
2. Шаг на юг.
3. Безусловный переход на строку программы номер ***
4. Условный переход на строку программы номер ***, если видишь парашют.

После команд 1, 2 - программа (разумеется) переходит к следующей команде. Аналогично - после 4, если нет парашюта.
1 шаг = 1 метр
Парашют тоже виден с расстояния 1м.
Время выполнения каждой команды - 1 секунда.

Памяти нет, считать роботы не умеют. Ну тупые !
Нужна программа, которая гарантированно заставит их встретиться.

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[dritte-mal.livejournal.com]

а кроме "видишь парашют" никаких нету признаков приближения/удаления, да?:)

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[zlata-gl.livejournal.com]

Нет.
В системе НЕТ команд условного перехода по другим флагам, кроме "вижу парашют". Парашюты одинаковы.
Уточняю: парашют виден с расстояния ДО метра (ровно с метра не виден).
И с расстояния ДО метра - роботы считаются "встретившимися". Дальнейшие события уже не интересны, программа прекращает работу.

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[dritte-mal.livejournal.com]

аа, понял. парашют и робот же в разных местах))

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[zlata-gl.livejournal.com]

То есть на дороге имеются две одинаковые метки, видимые каждому роботу, когда он рядом.

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[macroevolution.livejournal.com]

Программу сын писал. Но он пока не отреагировал на вашу задачу, поэтому я предлагаю вот такое решение:

1. шаг на север
2. Если видишь парашют, иди к строке 8
3. иди к строке 4
4. иди к строке 5
5. иди к строке 6
6. шаг на север
7. иди к строке 2
8. шаг на север
9. иди к строке 8

Роботы приземляются и делают шаг на север. Отсюда они уже своих парашютов не видят. Начинают циклически выполнять строки 2,3,4,5,6,7 и движутся на север медленно, т.к. выполнение строк 3-5 обеспечивает задержку. Когда тот из роботов, который приземлился южнее, наткнется на парашют "северного" робота, он от строки 2 перейдет к строке 8 и начнет двигаться на север быстрее, выполняя строки 8 и 9. В результате он обязательно догонит "северного" робота.

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[zlata-gl.livejournal.com]

Великолепно !
Особенно - для непрограммиста !
(Кстати, строки 3 и 4 - можно и выкинуть, там и так уже 4 секунды на шаг, а во 2-м цикле - 2).
Что самое смешное - "шаг на юг" вообще не нужен. Но если его не давать в условии - задачка слишком проста.

Задачка - в тему, правда ? :-))

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[macroevolution.livejournal.com]

Задачка - абсолютно в тему. При работе с нашей программой такие задачки приходится решать постоянно, когда пытаешься создать какого-нибудь зверька. Но разрешенных команд побольше, и поэтому мозгов все равно не хватает, чтобы предсказывать результат, и приходится действовать методом проб и ошибок с элементами разумного дизайна.

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[dritte-mal.livejournal.com]

Сенсация! Эволюционист Марков признал элементы разумного дизайна!!!
(шутка, если что)

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[wormball.livejournal.com]

Я эту задачу много раз втречал, но почему-то именно сейчас додумался до правильного решения. А доселе она мне казалась неразрешимой задачей-шуткой.

Re: А кто у Вас программы пишет ?

[zlata-gl.livejournal.com]

У меня ушло около суток на переход от "невозможно" к "ой, как просто !"

Пока не забыл

[pingback-bot.livejournal.com]

User potan referenced to your post from Пока не забыл (http://potan.livejournal.com/168037.html) saying: [...] При моделировании онтогенеза [...]

[wormball.livejournal.com]

Вот видео семинара: http://video.yandex.ru/users/firma-fok/view/1/ Извиняюсь за качество звука.

[macroevolution.livejournal.com]

Круто, спасибо огромное!

[olnud.livejournal.com]

Чрезвычайно интересное направление! Вот только жаль, что из этого моделирования выпадает как таковой эмбриогенез. Было бы интересно получить разные модели гаструляции и поведения бластопора, проверить гипотезу Мамкаева, которые полагал, что бластопор исходно не был связан со ртом.