macroevolution | Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

Дискуссия вокруг статьи Дмитрия Шабанова об ЭТЭ в прошлый раз получилась на редкость бурной: 385 комментариев!
Желающие могут продолжить. Некоторое время назад я получил от Дмитрия письмо:

Обсуждение моей прошлой колонки в Вашем ЖЖ подтолкнуло меня написать что-то вроде "ЭТЭ для занятых". На моем сайте это лежит тут http://batrachos.com/Основы_ЭТЭ , на сайте Компьютерры - тут http://www.computerra.ru/?p=89395 . Это относительно небольшое и относительно законченное объяснение. Есть ряд тем, которые не влезли - и обсуждение тех фактических данных, которые есть, и обсуждение того, почему их мало. К сожалению, не дошло и до нормального разговора о разнообразии признаков (в ответ на Вашу критику). Но, по крайней мере, на вопрос, чем это отличается от идей Лысенко, ответ дан (...) Я постараюсь ответить на вопросы к этому тексту и по возможности ответить на обращенную против этих идей критику. К сожалению, среди комментариев на имеющейся странице многие пишут не о том, о чем я писал, а о своих фантазиях.

Кроме того, появилось открытое письмо Анатолия Протопопова: http://protopop.hotbox.ru/epigen.html

(сам я еще, виноват, не успел ознакомиться с этими материалами)

Threaded | Top-Level Comments Only

Мне кажется, Шабанов незаконно приватизировал "процесс смены одних стабилизированных путей онтогенеза другими" под зонтиком эпигенетической теории. На мой взгляд -- это "кондовая", то есть, обычная СТЭ. В частности, только так можно объяснить "эффект Геккеля".

Иными словами, никто не сомневается, что отбору подвергается не только некая конечная форма "имаго", но и весь процесс роста организма. Более того, поскольку "рост" есть единственная естественная форма "производства" живых организмов, эффекты типа Геккеля или принципа Шабанова -- неизбежны. Эволюция просто вносит некоторые изменения в конвейерный процесс выращивания организма.

Единственное, что я усмотрел для себя нового у Шабанова -- это наличие неких точек бифуркации в процессе онтогенеза. Иными словами, он утверждает, что результат онтогенеза может быть катастрофически неустойчив относительно некоторых небольших воздействий внешних или эпигенетических факторов.

Отрицать априори такую возможность нельзя, но нужны какие-то доказательства. Например, наблюдаемое на опыте резкое изменение фенотипа под влиянием изменения одной лишь эпигенетики.

Насколько я понимаю, из опытов по клонированию, следует, что такого не происходит. Клоны (иногда?) получаются пониженной жизнеспособности, но такого, чтобы у них появлялись какие-то новые или сильно-изменённые признаки -- не наблюдается (я о таком не слышал). Проблемы клонирования говорят, что эпигенетика важна, но не как некий тонкий информационный фактор, а как требования к "среде зачатия"...

Насчёт объёма генома в мегабайтах, кстати, интересно проверить, действительно ли архиватор может сильно сжать эту информацию. Насколько я понимаю, информация в геноме и так сжата. Если она похожа на белый шум, то архиватор её не сожмёт.

Насчёт коленной чашечки в Автокаде замечание неполное. Чашечка, да, займёт много. А вот чайник Юта -- очень мало :)

Кроме того, появилось открытое письмо Анатолия Протопопова: http://protopop.hotbox.ru/epigen.html
==========================================================================
Меня мой антивирусник по этой ссылке не пускает. Говорит, что запрашиваемая страница заражена вирусом.

У меня нормально.

Если признать, что форма ~~чайника Ньюэлла~~ коленной чашечки хранится вовсе не в геноме (хромосомной ДНК), а геном в лучшем случае содержит ссылки на формы, которые хранятся в каком-то другом месте, как раз и получится эпигенетическая теория.

Edited 2013-12-23 12:38 (UTC)

Пользователь

eredraug сослался на вашу запись в записи «Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ" (http://apokrif93.livejournal.com/17793877.html)» в контексте: [...] (сам я еще, виноват, не успел ознакомиться с этими материалами) Источник сообщения [...]

С чего бы? Возьмём простейший случай создания белка.

В ДНК хранится последовательность нуклеотидов, а белки состоят из аминокислот.

Чтобы перейти от одного к другому, нужна трансляция, которая осуществляется при помощи молекул тРНК и АРСазы. То есть, таблица трансляции заложена в этих молекулах.

Если заменить эти молекулы на другие (например, искусственно синтезированные) можно полностью перепрограммировать генетический код, тот самый, который рисуют в виде красивых секторых диаграмм.

В результате получится, что каждый ген будет кодировать уже совершенно другой белок.

Так что же, получается, что даже обычное создание белка -- это не генетика, а эпигенетика?

Конечно нет, это генетика, просто по определению.

А как же быть с тРНК и АРСазами? Разве это не эпигенетические агенты? Дело в том, что их роль ПРОЗРАЧНА. Каждый триплет почти взаимно-однозначно соответствует аминокислоте. Таблица преобразования, кодируемая тРНК и АРСазами проста, не содержит точек ветвления и каких либо сложных алгоритмов.

ПОЭТОМУ мы говорим, что при создании белка играет роль генетика, а не эпигенетика.

Так же и с чайником и с коленной чашечкой. Вы можете нарисовать расположение каждого вокселя. А можете сослаться на библиотеку примитивов. Может даже существовать библиотека коленных чашечек. Где будет храниться информация? Зависит от ПРОЗРАЧНОСТИ библиотеки.

Edited 2013-12-23 13:06 (UTC)

не тот ли это Протопопов, который рассказывал про альфа и бета самцов, опираясь на опыт Бейтмана?

Спасибо за ссылки.
Статью прочла.
Там не могу поучаствовать в обсуждении, так как не регистрировалась "в контакте".
Я не могу зарегистрироваться во всех сетях.
Ссылка http://batrachos.com/Основы_ЭТЭ не открывается в FireFox, говорит, что там что-то не в порядке.

Мне хотелось пообсуждать с уважаемым Д.Шабановым опыт с 4-крылыми дрозофилами, но не знаю где.
Что касается Вейсмана с мышиными хвостами, то это просто неправильный Вейсман. Все наши правильные Вейсманы знают, что 100 поколений обрезания известного места не привели к наследуемым изменениям.
Я вообще думала, что это анекдот. Причем - про Лысенку. Оказывается - реальный опыт...

Если
— здесь не оспаривается факт эволюции, а идёт речь о проблемах изучения её механизмов;
— излагаемые здесь взгляды не имеют ничего общего с идеями Т. Д. Лысенко, «разумным замыслом», «научным креационизмом» и прочими конструктами, судящими об эволюции на основе идеологических или религиозных догм;
то не вижу, где там "эволюция не по Дарвину".
Отбор всегда идет в конкретных условиях.
"Условия" для данного организма - это не только температура и радиоактивность, но и хищники, и "соседняя популяция", и источники питания.

Если "условия" толковать широко, то возвращаемся к мутациям и отбору.
Опыт с 4-крылыми дрозофилами я бы повторила, рассаживая их отдельно "всякой твари по паре".
И тогда сразу найдутся пары, которые дают 4-крылое потомство в нормальных условиях. У них произошла мутация.
Другие пары - будут давать обычное потомство в нормальных условиях. У них произошла травма.
А третьи - будут просто бесплодны.
Это - одинаково выглядящие особи с разным генотипом.
Их можно разделить, наблюдая за потомством.

Не понимаю, что мешает провести такой опыт.

>>антивирусник по этой ссылке не пускает

Это скорее всего из-за рекламы, которая там всплывает.

Жаль, я пропустил предыдущую дискуссию. Ознакомился с ней и со статьями Шабанова. Так вот, основной вопрос, который (для меня) может привести к ключевому различию между СТЭ и ЭТЭ:
Отбор на осуществление предпочтительной аберрации, реализуемой неидентичными носителями, превращает ее в наследуемое изменение, постепенно замещающее прежнюю норму. (https://batrachos.com/%D0%94%D0%BE%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%B4_%D0%AD%D0%A2%D0%AD)
Каков хотя бы предполагаемый механизм превращения аберрации в наследуемое изменение? Каков молекулярный механизм появления четырехкрылых мух в эксперименте Уоддингтона? Есть ли еще эксперименты (не наблюдательного, а интервенционного характера), доказывающие закрепление "полезного" фенотипа?

А ведь это именно то, что смущает больше всего сторонников СТЭ. На самом деле, утверждение о том, что СТЭ рассматривает все факторы, кроме прямого пути "один ген - один признак", как помехи - по-моему, бред. Может быть, кто-то когда-то и прибегал к такому сверхупрощению, но ежу понятно, что в реальности это не так. Утверждение, что новые адаптивные признаки - результат счастливой случайности тоже, по-моему, бред.
На мой неискушенный взгляд, нужно дополнять СТЭ новыми данными, новыми моделями с использованием современного математического аппарата, и в итоге получится нечто отличное от того, что представляла собой СТЭ 50 лет назад, но не противоречащая ей, а дополняющая, включающая, и уточняющая.

Вы говорите, что смена одних онтогенетических траекторий другими известна давно, но почему-то называете это "принципом Шабанова".
Геном - не белый шум. Там много повторов, значит он хорошо сжимается.
А что такое "чайник Юта"?
Суть выбора - не в отборе "имаго" или онтогенеза. Суть в том, что онтогенетическая траектория не определяется отдельными генами, и описать отбор результатов онтогенеза сложного организма на языке поддерживаемых и не поддерживаемых отбором аллелей невозможно.

Нет. Никаких форм, хранящихся в каком-то мистическом другом месте, ЭТЭ не предусматривает.

На batrachos.com иногда заходить не получается из-за неправильной смены сертификата. Опасности там нет.
Мне непонятно, почему Вы ищете "эволюцию не по Дарвину". На самом деле, ЭТЭ ближе к дарвинизму, чем СТЭ. СТЭ предусматривает некие механизмы, в силу которых сам по себе возникает феномен наследственности, сами по себе возникают и новые признаки, и механизм управления их развитием. ЭТЭ показывает, как все это создается отбором.
В опытах Уоддингтона проверялось развитие потомства морфозов в нормальных условиях. Это не "мутации" в том смысле, в каком Вы их ищете.

Это тот самый Протопопов, который написал "Трактат о любви", только суть этого трактата немного иная, чем рассказы про альфа и бета самцов.

http://lmgtfy.com/?q=%D1%87%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%B8%D0%BA+%D0%AE%D1%82%D0%B0 (http://lmgtfy.com/?q=%D1%87%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%B8%D0%BA+%D0%AE%D1%82%D0%B0)

Ну, после того, как Вы отнесли мои утверждения к категории бреда, продолжать странно... но попробую.
Вы не согласны, что СТЭ - теория, которая рассматривает эволюцию как изменение генотипа вследствие отбора генов по их фенотипическим эффектам?
Вы не видите, что чем сложнее механизм влияния генов на фенотип, тем менее эффективен такой отбор?
В чем бред? В том, что Вы не привыкли об этом думать?
Конечно, Вы можете отказаться от принципов, положенных в основу СТЭ 70-80 лет тому назад (с моей точки зрения, это - верное решение). Но почему то, что у Вас получится, Вы пытаетесь называть именем того, от чего пришлось отказаться?

> но почему-то называете это "принципом Шабанова".

Условно, как принцип, Вами озвученный. Дело не в названии.

> Геном - не белый шум. Там много повторов, значит он хорошо сжимается.

Насколько хорошо? Каковы статистические/информационные свойства генома?

> А что такое "чайник Юта"?

Это готовый примитив, представляющий собой довольно сложную фигуру (чайник), но создаваемый одним кликом мышки. Присутствует в некоторых программах трёхмерного моделирования в качестве своего рода прикола. Не помню, как насчёт Автокада, но в Тридэмаксе он есть. Памяти он занимает в файле ровно столько, сколько и простой куб.

> Суть в том, что онтогенетическая траектория не определяется отдельными генами

Смотря, что в это понятие вкладывать. Вот наша с Вами переписка -- определяется ли одними лишь буквами или определяется ещё и знанием русского языка и литературы?

На мой взгляд, важно, сколько информации приходит оттуда и оттуда, причём информация должна определяться статистически, то есть - p log p, где p -- вероятность сигнала. 1 бит содержится в сигнале, у которого два равновероятных состояния. Если сигнал содержит множество обычных битов (как чайник Юта), но они все весьма вероятны, то информации там немного.

> описать отбор результатов онтогенеза сложного организма на языке поддерживаемых и не поддерживаемых отбором аллелей невозможно.

Не понял, почему "результатов" онтогенеза? Отбору подвергаются ПРОЦЕССЫ онтогенеза во всём своём развитии.

Например, бабочка, в своём развитии, проходит стадии гусеницы, куколки и собственно бабочки. Все эти формы очевидно подвергаются отбору. Так, совершенствуются отдельно как ножки гусеницы, так и лапки бабочки. У человека эти стадии не так чётко разделены, но они всё равно есть.

Edited 2013-12-23 17:15 (UTC)

так рассказывал или нет? что он написал вопрос вторичный

Спасибо за науку. С одной стороны, Вы внесли в обсуждение термин из совершенно другой области, с другой - порадовались, обучая неуча пользоваться Гуглом.

Какой термин?

Иными словами, Вы предполагаете, что где-то (неизвестно где) находится библиотека, к которой можно обращаться чуть не на каждом шаге. Откуда эта библиотека взялась, какие силы ее создали и изменяют - загадка. СТЭ предусматривает чудесное возникновение новых признаков и механизма управления их развитием. Ваша версия с точки зрения чудесности оставила СТЭ далеко позади.

вроде ж хорошая книжка, нет?

1. Что же тогда такое эпигенетический ландшафт?
2. Где, согласно ЭТЭ, хранится форма коленной чашечки? Где хранится число пальцев на руке?

>>Вы не видите, что чем сложнее механизм влияния генов на фенотип, тем менее эффективен такой отбор?<<
Я, например, не вижу, почему должно быть так, учитывая что критерий отбора в долгосрочной перспективе - сочетание приспособленности и приспособляемости, а "сложные" (то есть, сильно опосредованные развитием) механизмы влияния хороши для последней (выше выживаемость геномов, ставших субоптимальными при изменении внешних условий, больше шанс поймать нужную мутацию, больше мест, где нужная мутация может произойти). Хотя неясно даже, что значит в данном случае "сложнее". В биологии вообще дйствует вариант закона Мерфи: если механизм прост, значит, мы его еще не знаем.

И письмо Протопопова, и мой ответ на него лежат здесь: http://batrachos.com/Протопопов_об_ЭТЭ

Threaded | Top-Level Comments Only

Page 1 of 4

Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

no subject

no subject

no subject

no subject

Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject