Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

[macroevolution]

Дискуссия вокруг статьи Дмитрия Шабанова об ЭТЭ в прошлый раз получилась на редкость бурной: 385 комментариев!
Желающие могут продолжить. Некоторое время назад я получил от Дмитрия письмо:

Обсуждение моей прошлой колонки в Вашем ЖЖ подтолкнуло меня написать что-то вроде "ЭТЭ для занятых". На моем сайте это лежит тут http://batrachos.com/Основы_ЭТЭ , на сайте Компьютерры - тут http://www.computerra.ru/?p=89395 . Это относительно небольшое и относительно законченное объяснение. Есть ряд тем, которые не влезли - и обсуждение тех фактических данных, которые есть, и обсуждение того, почему их мало. К сожалению, не дошло и до нормального разговора о разнообразии признаков (в ответ на Вашу критику). Но, по крайней мере, на вопрос, чем это отличается от идей Лысенко, ответ дан (...) Я постараюсь ответить на вопросы к этому тексту и по возможности ответить на обращенную против этих идей критику. К сожалению, среди комментариев на имеющейся странице многие пишут не о том, о чем я писал, а о своих фантазиях.

Кроме того, появилось открытое письмо Анатолия Протопопова: http://protopop.hotbox.ru/epigen.html

(сам я еще, виноват, не успел ознакомиться с этими материалами)

Comments

[ilia-yasny.livejournal.com]

Дмитрий, извините, я не хотел задеть Вас лично - Ваши статьи еще в бумажной Компьютерре были моими любимыми, поэтому я с уважением отношусь к Вашей точке зрения.
Хорошо, допустим мы называем "СТЭ" только концепции, развитые в 40-х годах. То есть до открытия строения ДНК, до МГЭ, до развития теории сложных систем, теории игр, до расшифровки структур белков, до секвенирования и еще тучи теорий и знаний.
Тогда Ваша критика СТЭ, безусловно, верна, но зачем Вы спорите с такой устаревшей концепцией? Неужели кто-нибудь в здравом уме, включая Докинза и Маркова, станет защищать ее в том, примитивном виде?

Вы не согласны, что СТЭ - теория, которая рассматривает эволюцию как изменение генотипа вследствие отбора генов по их фенотипическим эффектам?
А если СТЭ рассматривать немного шире, как теорию, которая рассматривает эволюцию как изменение генотипа вследствие отбора организмов по их фенотипу?

Вы не видите, что чем сложнее механизм влияния генов на фенотип, тем менее эффективен такой отбор?
А вот с этим я не согласен. Наоборот, чем сложнее механизм влияния генов на фенотип, тем больше у организмов морфозов, по Вашей терминологии, тем быстрее будет идти образование новых вариантов в нестабильных условиях, что снимает основной вопрос, ответить на который, видимо пытается ЭТЭ - о скорости образования новых признаков (ведь не для объяснения же экспериментов с мухами она была создана, ей-богу).
Возможно, нам сложно представить, как именно генные сети, сети их продуктов и сети организмов могут ускорять отбор, но для этого, мне кажется, требуется соединить хорошо доказанную и понятную механистически основу - СТЭ - с достижениями моделирования, нелинейной динамики и пр., а не придумывать "новую" ТЭ с неизвестным механизмом. Бритва Оккама, опять же.
В итоге создается впечатление, что Вам и коллегам по ЭТЭ очень хочется быть провозвестником смены парадигм: но Вам пока не удается продемонстрировать достаточного количества фактов, не объяснимых с помощью "старой" теории, для того, чтобы совершать такие революции.

Плюс Вы полностью проигнорировали три ключевых вопроса из первого абзаца моего первого комментария.

[z-kir.livejournal.com]

Тогда Ваша критика СТЭ, безусловно, верна, но зачем Вы спорите с такой устаревшей концепцией? Неужели кто-нибудь в здравом уме, включая Докинза и Маркова, станет защищать ее в том, примитивном виде
Это чуть ли не основная мысль Шишкина, что хотя собственно взгляды ученых изменились - под влиянием новых фактических знаний, логическая основа СТЭ (т.е. более менее однозначное соответствие генотипа фенотипу и необходимость предшествования изменений в генотипе изменениям в фенотипе) не изменилась, и никакой другой концепции предложено не было (кроме ЭТЭ :) ) Поэтому и спорить приходится с ней.

Взгляды же крайне эклектичны, и даже не всегда можно сказать, в чем они.

https://batrachos.com/%D0%A8%D0%B8%D1%88%D0%BA%D0%B8%D0%BD_2010_%D0%AD%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D1%82%D0%B5%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%8F_%D0%B8_%D0%BD%D0%B0%D1%83%D1%87%D0%BD%D0%BE%D0%B5_%D0%BC%D1%8B%D1%88%D0%BB%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5

[Дмитрий Шабанов (from livejournal.com)]

"зачем Вы спорите с такой устаревшей концепцией? Неужели кто-нибудь в здравом уме, включая Докинза и Маркова, станет защищать ее в том, примитивном виде"
И Марков, и Докинз - в здавом уме. Однако Марков верит, что новый, устойчиво наследуемый признак у организма со сложным онтогенезом может возникнуть, вместе с механизмом, который управляет его развитием, в результате случайной и ненаправленной мутации. Он, кажется, верит, что те переключатели, которые описывает генетика развития, являются причиной появления запускаемых ими признаков.
Марков хорошо знает, сколь сложен онтогенез, и сколь нелинейны связи генотипа и фенотипа. Как у него это сочетается - вопрос к нему.
Докинз верит, что воспроизводя или отклоняя фенотипы, можно напрямую влиять на аллельные частоты, и использует такие рассуждения, говоря о признаках, которые являются результатом взаимодействия множества генов и иных факторов.
Я думаю, что и у Маркова, и у Докинза представления об онтогенезе и эволюции мозаичны - об этом двумаю, привлекая одни представления, а о том - другие, противоречащие первым. Это не отменяет моего уважения ни к Маркову, ни к Докинзу.

"основной вопрос, ответить на который, видимо пытается ЭТЭ - о скорости образования новых признаков"
Это уж точно не основной вопрос. Основной - причины целесообразности живого. Кстати, феномен наследственности в рамках СТЭ необъясним (и его появление должно предшествовать эволюции живого), а в рамках ЭТЭ находит простое и гармоничное объяснение.
ЭТЭ была создана не для объяснения экспериментов с мухами. Ключевые положения ЭТЭ - результат осмысления Шмальгаузеном и Уоддингтоном данных о том, как генотип отражается в фенотипе. То, что это - особый подход, отличающийся от подхода СТЭ, было осознано Шишкиным.

"Каков хотя бы предполагаемый механизм превращения аберрации в наследуемое изменение? Каков молекулярный механизм появления четырехкрылых мух в эксперименте Уоддингтона? Есть ли еще эксперименты (не наблюдательного, а интервенционного характера), доказывающие закрепление "полезного" фенотипа?"
О молекулярных механизмах фантазировать не буду. Разницы между наблюдательными и интервенционными экспериментами не знаю. Поэтому-то ничего не ответил на этот пассаж.

[zlata-gl.livejournal.com]

Я думаю, что и у Маркова, и у Докинза представления об онтогенезе и эволюции мозаичны - об этом думаю, привлекая одни представления, а о том - другие, противоречащие первым.

А может - не "противоречащие", а "на другом уровне" ?
Например, я могу думать о программе в представлениях "окна на экране" и "машинных команд".
И даже - триггеров внутри процессора.

[ilia-yasny.livejournal.com]

Основной - причины целесообразности живого
Что вы понимаете под "целесообразностью"? Эффективность в плане обеспечения своего собственного существования и оставления приспособленного потомства?

Кстати, феномен наследственности в рамках СТЭ необъясним (и его появление должно предшествовать эволюции живого), а в рамках ЭТЭ находит простое и гармоничное объяснение.
Поподробнее, пожалуйста. Чем вам не нравятся Докинзовские репликаторы? Или вы что-то другое подразумеваете под наследственностью?

О молекулярных механизмах фантазировать не буду.
Очень плохо. Потому что о них известно довольно много, и было бы удобно, если бы ваши концепции объяснялись в их рамках, без необходимости ломать все устои. Как вы понимаете, для этого необходимо накопить гораздо больше фактов, чем у вас сейчас, судя по всему, есть.

Разницы между наблюдательными и интервенционными экспериментами не знаю.
Наблюдательный эксперимент - выбор фактов прошлого и попытка их интерпретации, например, анализ палеонтологической летописи или популяций животных. Интервенционный - заранее спланированный эксперимент в искусственных условиях, типа мух Уоддингтона. Так вот, есть ли еще эксперименты, подобные этому?

[pharmazevt.livejournal.com]

Удивительно, что Вы не полюбопытствовали, изучен ли молекулярный механизм четырехкрылости у мух. При наличии гугла и пабмеда это довольно тривиальное действие.