macroevolution: (anomalocaris)
[personal profile] macroevolution
Оригинал взят у [livejournal.com profile] _hellmaus_ в Анонс
"Происхождение жизни" в институте Виноградского продолжается!

Вторая лекция будет во вторник, 19 ноября, в 16:00.

В этот раз планирую рассказать о происхождении рибосом, белковго синтеза, генетического кода и ДНК.

Место - Институт микробиологии имени Виноградского (просп. 60-летия Октября, дом 7 корп. 2, проезд от метро Ленинский проспект). На вахте надо показать паспорт и сказать, что вы идете на семинар.
From: [identity profile] livejournal.livejournal.com
Пользователь [livejournal.com profile] eredraug сослался на вашу запись в записи «Лекция о происхождении жизни (http://apokrif93.livejournal.com/17074688.html)» в контексте: [...] На вахте надо показать паспорт и сказать, что вы идете на семинар. Источник сообщения [...]

Date: 2013-11-15 09:57 am (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Если бы прочитанные лекции записывались и потом выкладывались где-нибудь в энтарнетах, аудитория бы выросла на порядки...

Date: 2013-11-15 10:49 am (UTC)
ext_605364: geg MOPO4 (geg_MOPO4)
From: [identity profile] gegmopo4.livejournal.com
Они уже записаны. В форме книг.

Date: 2013-11-15 12:55 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/
В журнале "Химия и жизнь", во всех номерах 2013 года по кусочку. В 2014 году редактор обещал выложить это дело в открытый доступ.

Date: 2013-11-15 02:22 pm (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Спасибо. Но до 2014-го ещё дожить надо, может Вы хотя бы намекнёте, будут ли там рассматриваться возможность нерибозимной репликации РНК, дорибосмного синтеза белков и возможно предшествующий миру РНК "мир коэнзимов"? В силу пессимизма того же Кунина относительно многих проблем, связанных с "классическим" миром РНК, как мне кажется, эти направления весьма перспективны для дальнейшего заполнения пробелов на пути от "органического бульона" до ЛУКА.

Date: 2013-11-17 06:00 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/
Классический "мир РНК" (случайно из нуклеотидов собрался рибозим с активностью РНК-полимеразы, и все завертелось) совершенно невозможен с точки зрения биофизики и геологии, поэтому я подробно рассматриваю созданные биофизиками модели "железо-серного" и "цинкового" мира, а так же идею о происхождении метаболизма от обратного цикла Кребса. Термин "мир коэнзимов", к своему стыду, услышал впервые сейчас от вас, хотя сходные идеи я рассказывал по мотивам работ группы Колесникова о фотохимии флавинов и птеринов (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23689512). Спасибо за наводку на аналогичные работы о НАД и

Насчет до-рибосомного синтеза белков мне внятной информации не попадалось, а о прото-рибосомах без матричной РНК расскажу. Нерибозимный синтез РНК, естественно, будет. Вообще, если вы откроете мой журнал, то там в верхнем посте лежит ссылка на версию этого курса от 2012 года: http://users.livejournal.com/_hellmaus_/118334.html?mode=reply

Date: 2013-11-18 10:08 am (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Совершенно согласен с невозможностью классического "мира РНК". И я не одинок.
Charles Carter: “The RNA world hypothesis is driven almost entirely by the flow of data from very high technology combinatorial libraries, whose relationship to the prebiotic world is anything but worthy of “unanimous support”. There are several serious problems associated with it, and I view it as little more than a popular fantasy”
Charles Kurland: "RNA world is an expression of the infatuation of molecular biologists with base pairing in nucleic acids played out in a one-dimensional space with no reference to time or energy”
Мне лично на фронте "сперва метаболизм" кажется перспективным ещё ацетатный цикл. Тем более, что он (в упрощённой форме) даже воспроизводится абиогенно. Однако, подход "сперва метаболизм", естественно, не снимает проблемы происхождения репликации нуклеиновых кислот.
Термин "Coenzyme world" был предложен, кажется, Шаровым в его статье "Coenzyme Autocatalytic Network on the Surface of Oil Microspheres as a Model for the Origin of Life". Хотя схожие идеи высказывались и раньше, см., например: Kritsky M, Telegina T. Role of nucleotide-like coenzymes in primitive evolution.
Небольшой обзор данного направления (в варианте активного взаимодействия прото-протеинов и коэнзимов) есть так же в: Nadia Raffaelli. Nicotinamide Coenzyme Synthesis: A Case of Ribonucleotide Emergence or a Byproduct of the RNA World?
По поводу дорибосомного синтеза (прото)белков кое-что есть, например, здесь: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0072225 (в статье так же множество ссылок). Что мне особенно нравится в этой работе, так это использование в качестве основного рабочего инструмента приципа Поппера, что позволяет в значительной степени избавиться от субъективной подборки фактов в пользу своей гипотезы и игнорирования фактов, ей противоречащих (чем зачастую грешат авторы различный теорий происхождения жизни).
Конспект Вашего курса лекций я, в своё время, читал, но просмотрю ещё раз, может чего и подзабыл. Кстати, я сейчас пишу статью-обзор про современное состояние проблемы происхождения жизни, если у Вас есть интерес, когда закончу могу прислать соотв. ссылку.




Edited Date: 2013-11-18 10:10 am (UTC)

Date: 2013-11-15 04:57 pm (UTC)
From: [identity profile] bbzhukov.livejournal.com
Дык они уже выложены. Вот здесь.

Вероятно, автор что-то добавил-обновил, но вряд ли радикально пересмотрел.

Date: 2013-11-15 05:03 pm (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Это я, конечно, читал. Но, видимо, в журнале "Химия и жизнь" всё изложено не так конспективно. Да и информация по данной теме сейчас обновляется достаточно быстро.

Date: 2013-11-16 02:21 pm (UTC)
From: [identity profile] bbzhukov.livejournal.com
Ну, надо думать, выложил один раз - выложит и еще. Или обновит.

Date: 2013-11-15 07:02 pm (UTC)
From: [identity profile] declen.livejournal.com
Off-top:
Александр Владимирович, не посоветуете, где можно почитать про случаи диспропорции в распределении полов в популяциях различных животных?

Date: 2013-11-15 07:41 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
На элементах есть заметка про паутинных клещей, там кое-что интересненькое на эту тему. Попробуйте на сайте elementy.ru поиск по словам паутинные клещи. Ну а так надо идти в google scholar и делать поиск по словам sex ratio unequal (например). Там тонны статей.

Date: 2013-12-26 02:15 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/
Александр, здравствуйте!

По вашему вопросу о истории рекомбинационных ферментов. Я поискал литературу и обнаружил удивительно мало. Единственная статья по конкретно этой теме - http://www.nature.com/hdy/journal/v88/n2/abs/6800034a.html,
Это Кавалье-Смит и интерпретации сходства белков у него там в свете его любимой теории Neomura.
В сухом остатке - что ферменты рекомбинации совершенно необходимы для спасения "застрявших" и "слетевших" (например, на однонитевом разрыве) репликативных вилок, и что топоизмеразы находятся в тесном и сложном родстве с праймазами.

Date: 2013-12-26 03:49 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Спасибо большое!
Но все-таки у Кавалье-Смита очень буйная фантазия...

Date: 2014-02-09 02:48 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/
Нашел еще в книге http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6360/, что RecA и Mre11/Rad50 ортологичны между бактериями и археями.

Date: 2014-02-09 06:20 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Вот как!
А еще пишут, что RecA бактерий и RadA архей ортологичны: http://elementy.ru/news/432128
Page generated Aug. 22nd, 2025 03:11 pm
Powered by Dreamwidth Studios