ENCODE: мусор или не мусор?
Sep. 10th, 2012 11:46 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
macroevolutionпро опубликованные только что результаты проекта ENCODE. (статья в открытом доступе)
Боюсь, я не успею разобраться во всех деталях и подробно прокомментировать, там аж 30 статей.
Комментарии специалистов приветствуются!
Я пока только бегло просмотрел. Суть в том, что удалось проаннотировать 80% генома, т.е. приписать этим 80% ту или иную "биохимическую функцию" (например, транскрибируемость или способность каких-либо белков прикрепляться к данному участку ДНК).
Задали вопрос:
Прокомментируйте пожалуйсто новость:
http://www.vesti.ru/doc.html?id=900762&cid=2161
может и остальные 20% генома тоже не являются мусорной ДНК?
Т.е. журналисты уже начали пропагандировать идею, что якобы вся мусорная ДНК на самом деле не мусорная и жутко важна для здоровья, что явно не соответствует реальности. И требует пояснения.
Я ответил так (повторю, комментарии спецов приветствуются!!! Я бы хотел получше разобраться, но реально нет времени):
Эти результаты неправильно интерпретированы. Жаль, нет времени подробно написать. На самом деле эти 80% - это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка - вовсе не свалка, а мусор - вовсе не мусор.
Боюсь, я не успею разобраться во всех деталях и подробно прокомментировать, там аж 30 статей.
Комментарии специалистов приветствуются!
Я пока только бегло просмотрел. Суть в том, что удалось проаннотировать 80% генома, т.е. приписать этим 80% ту или иную "биохимическую функцию" (например, транскрибируемость или способность каких-либо белков прикрепляться к данному участку ДНК).
Задали вопрос:
Прокомментируйте пожалуйсто новость:
http://www.vesti.ru/doc.html?id=900762&cid=2161
может и остальные 20% генома тоже не являются мусорной ДНК?
Т.е. журналисты уже начали пропагандировать идею, что якобы вся мусорная ДНК на самом деле не мусорная и жутко важна для здоровья, что явно не соответствует реальности. И требует пояснения.
Я ответил так (повторю, комментарии спецов приветствуются!!! Я бы хотел получше разобраться, но реально нет времени):
Эти результаты неправильно интерпретированы. Жаль, нет времени подробно написать. На самом деле эти 80% - это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка - вовсе не свалка, а мусор - вовсе не мусор.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2012-09-10 09:23 am (UTC)"Раньше было принято считать, что физика описывает Вселенную. Теперь мы знаем, что физика описывает лишь то, что мы можем сказать о Вселенной."
Аналогично. По моему скромному мнению, количество процентов используемой ДНК - это не количество процентов используемой, а количество процентов, назначение которых нам известно.
P.S. Не специалист.
no subject
Date: 2012-09-10 11:02 am (UTC)Заметно.
no subject
Date: 2012-09-10 11:33 am (UTC)В таких случаях "лучше жевать, чем говорить".
no subject
Date: 2012-09-10 11:40 am (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 11:48 am (UTC)"Не специалист" - этим все сказано и комментарии не нужны.
Какашками кидаться большого ума не надо. Если не умеете другим людям мысли доносить - сидите без финансирования и жалуйтесь на тотальную безграмотность.
no subject
Date: 2012-09-11 08:01 am (UTC)no subject
Date: 2012-09-11 07:16 pm (UTC)Если ты понимаешь, о чем я (;
Вопщем, не буду отвлекать. Лучше пусть больше будет удовлетворено любопытства за народные деньги (;
no subject
Date: 2012-09-12 02:06 am (UTC)Ви желаете поспорить?
no subject
Date: 2012-09-10 12:24 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 12:25 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 12:27 pm (UTC)Вы сколь угодно долго можете придерживаться мнения, что у мухи 8 ног. Но от этого у нее их не перестанет быть 6.
no subject
Date: 2012-09-10 01:16 pm (UTC)Фактом является только то, что нашли полезность определенного процента ДНК. Это совершенно не означает, что остальные проценты - бесполезны. Это означает, что остальные проценты - неизвестны. Т.е. среди них могут оказаться как полезные, так и бесполезные.
Таким образом, доказывать количество ног у мухи нужно не мне.
Надеюсь, я понятно объяснил свое утверждение/мнение.
no subject
Date: 2012-09-10 01:20 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 01:25 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 01:27 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 01:31 pm (UTC)Если вы удалите все проценты "мусора", то тоже можете проверить, насколько они полезны-бесполезны.
Аппендиксы уже удаляли и на результат смотрели.
О таких операциях удаления в отношении ДНК мне ничего неизвестно. Если вам известны такие факты, расскажите о них.
no subject
Date: 2012-09-10 01:32 pm (UTC)Поинтересуйтесь технической стороной генной инженерии. Информации достаточно.
no subject
Date: 2012-09-10 01:41 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 02:49 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 03:51 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-10 09:10 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-11 07:23 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-11 08:01 pm (UTC)no subject
Date: 2012-09-12 02:10 am (UTC)Теперь то же самое надо сделать с H. influenzae, E. coli и B. cereus. И чтобы итоговые геномы тако же не превышали 0,6 Мbp. Тогда можно сказать, что базовую организацию бактериального генома мы таки худо-бедно понимаемъ, хехе.
С бактериями такие операции проделывать несравненно проще из-за гораздо более просто устроенной регуляции реализации наследственной информации: ни интронов, ни гистонов, а из эпигенетических механизмов - только метилирование. Благодать на самом деле. А вот у эукариот - АдЪ.
ЗюЫю Если бы первый человечй геном успел досеквенировать Вентер, он бы вполне мог быть закопиращен.