macroevolution: (Default)
[personal profile] macroevolution
Накопилось некоторое количество разнородных обрывков информации, которые кому-то могут быть интересны, кому-то не могут, которые то ли надо, то ли не надо выкладывать в ЖЖ, в общем, выложу сейчас всё оптом, пусть будет. Просто выдалась свободная минутка: лекцию для студентов про докембрий подготовил, новости написал, на письма (оооо!!!!) на все ответил (или сознательно, с большими затратами эмоций, не ответил), в общем, если что-то куда то выкладывать, то сейчас или никогда.  

1. Чудо биологических нанотехнологий


Это железно-серно-молибденовый кофактор нитрогеназы, сверхмощный катализатор для разрывания прочной тройной связи молекулы азота N2. Его структуру только что окончательно расшифровали. В середине черненький - атом углерода, серые шарики - железо, желтые - сера, большой коричневый шарик - молибден. H442 и C275 - остатки аминокислот гистидина и цистеина, входящие в состав белка (этой самой нитрогеназы), к которым крепится сей волшебный кристалл. Подробности - читайте в новости, которая скоро должна выйти на Элементах.

2. Сплошная химия
Знаете ли вы, что половина азота в наших телах зафиксирована в т.н. процессе Хабера, при производстве искусственных азотных удобрений??? И только вторая половина - старым дедовским способом, прокариотами при помощи изображенного выше чудесного кофактора? Как-то не по себе становится от осознания, до какой степени мы уже являемся продуктами химической промышленности.

3. Отличная биологическая библиотека: много редкой и ценной классики!

4. Вопросы и ответы
(из переписки. Иногда только вопросы - без ответа. Иногда вопросы - мои ) 

Кстати, сегодня пили чай с коллегой, и родился у меня вопрос, на который я не знаю ответа. Смотри. Там, где у девочек две Х-хромосомы, у мальчиков -- X и Y. Рассмотрим процесс мейоза (деления половых клеток). В дочерние клетки попадает половинный набор хромосом, т.е. не 46, а по 23, и если в яйцеклетках будет и там и там по Х, то в сперматозоидах один будет Х, а другой -- Y. Первый приведёт к девочке, второй -- к мальчику. До сих пор всё понятно. Но чем мы друг от друга генетически отличаемся? Тем, что перед делением в процессе мейоза парные хромосомы (23 пары) соединяются и обмениваются своими участками, это называется кроссинговер. В результате в дочерние клетки идут не те же самые хромосомы, что были до деления, а видоизменённые. Грубо говоря, ты взял две текста ("Тихий Дон" и "Мастера и Маргариту"), они поменялись некоторыми буквами, и расползлись в разные стороны. Когда это применяется к 22-м обычным хромосомам -- всё понятно. Но когда это происходит с "половой" хромосомой -- что тогда? Х-хромосома меняется участками с Y-хромосомой? А в итоге Х не может превратиться в Y или наоборот? Или соотв. участки защищены? Или -- ещё круче -- не может ли в результате кроссинговера получиться какой-то 3-й вариант (3-й пол)? Ведь не одним же битом определяется пол ребёнка наверняка, а несколькими, и даже многими, участками (битами). Либо же "половая" хромосома в кроссинговере не участвует, и получается, что я получил Y-хромосому неизменной от своего отца, а он -- от моего деда и т.д. (как фамилия, кот. передаётся по отцу) Как это случилось с митохондриальной ДНК, которая идёт по материнской линии (отсюда -- "митохондриальная Ева"). Но это слишком неправдоподобно звучит, я в это не верю. Что вы об этом думаете, и можете ли развеять моё недоумение?
 
Рассуждение совершенно правильное. За исключением последней фразы («я в это не верю»). Именно так и обстоит дело в действительности: «половая» хромосома в кроссинговере не участвует! Y не обменивается участками с Х. Точнее, не участвуют в кроссинговере те участки Y, которые определяют пол организма («соотв. участки защищены», да), а другие участки  - они называются pseudoautosomal regions  – участвуют в кроссинговере с Х-хромосомой. Одна из главных причин того, что часть Y, определяющая пол, защищена от кроссинговера, очевидно, как раз в том и состоит: если бы она участвовала в кроссинговере, X мог бы «превратиться» (местами) в Y или вообще получился бы какой-то промежуточный «третий пол». У некоторых животных защищена от кроссинговера только «непарная» половая хромосома, такая как Y у млекопитающих. У других – вообще нет кроссинговера у гетерогаметного пола. Например, у самцов дрозофил вообще не проиходит кроссинговер при образовании гамет. Это, видимо, дело случая: как уж в ходе эволюции получилось защитить комплекс генов, определяющих пол, от кроссинговера, так и пошло. И да, Y – хромосома (за исключением псевдоаутосомных участков) у людей передается строго по отцовской линии, точно так же, как мтДНК передается по материнской. Поэтому у каждой группы особей есть не только «митохондриальная Ева» где-то в прошлом, но и «Y-хромосомный Адам».
 
У меня такие специальные вопросы-иллюстрации - "какие трудности возникают у туповатого и сонного человека при попытке чтения научно-популярной литературы" - на примере конца пятой главы "Расширенного фенотипа". Я исхожу из того, что вам как автору и редактору может быть интересно, на каких именно моментах люди имеют свойство тупить. Во-первых, человек изрядно запутывается оттого, что птичьи хромосомы называются X и Y, а в большинстве учебников их зовут Z и W,  и в английском вроде бы тоже так, по крайней мере, судя по википедии http://en.wikipedia.org/wiki/Sex_linkage. Почему у Докинза так? Это не может быть связано с тем, что тридцать лет назад обозначения еще не были устоявшимися? Во-вторых, требуется некоторое время, чтобы сообразить, что расцветка яйца зависит от генов матери, а не от генов птенца - потому что в среднем люди привыкли все признаки организма относить к генам этого организма, и, соответственно, несколько минут пытаются напряженно сообразить, как же разбираются со своей яйцевой мимикрией птенцы-самцы, если гены окраски находятся на Y (или W) хромосоме.
 
я с самого начала не понимал, какого хрена эту книгу собираются позиционировать как популярную. Мне казалось, что она очень даже специальная, рассчитанная на профессиональных биологов как минимум. Там многие понятия, не известные широкой публике ("совокупная приспособленность", например) используются без всяких пояснений. Мне трудно было представить, что может понять в "РФ" читатель, не знающий, допустим, работ У. Гамильтона, Дж. Мэйнарда Смита и др.
И что же? Я ошибся. "РФ" расхватывают. Продажи хорошие. Неужели все такие умные и образованные? Или у нас в стране столько биологов? У меня есть на сей счет пара гипотез. Могут, конечно, покупать "РФ", думая, что там будет типо продолжение "Бога как иллюзии". Но это вряд ли. Еще это может быть результатом присущего определенной части нашей читающей публики жуткого, неистребимого снобизма и ЧСВ. То есть покупают, начинают читать, не понимают, но вида не показывают, а наоборот, надувают щеки: "да, хм, Докинз, Расширенный Фенотип, концепция любопытная, но, конечно, местами сомнительная, и чрезмерный редукционизм бла-бла-бла кое-где просвечивает, а с эпистемологической точки зрения так и вообще, хм, ну вы меня поняли." На окраске яиц, определяемой генами матери, помнится, тоже споткнулся.
Почему у птиц там в переводе хромосомы ХУ а не WZ - я, честно говоря, не помню совсем.
 
Александр, я тут работаю по принципу "дух дышит где хочет" - рекламирую "Расширенный фенотип" среди читателей сообщества ру-чайлдфри (в контексте возможности выращивать сибсов вместо детей). Так вот, параллельно возникла тема отличия генетических последовательностей человека от шимпанзе. У вас в доказательствах эволюции написано "1-2 процента" (http://www.evolbiol.ru/evidence06.htm). Вопрос - почему такая неопределенность? Еще не дочитали расшифрованное? Разные методы оценки? Или что?
 
Это из-за разных методов оценки, да. Когда речь идет об однонуклеотидных заменах, то все понятно и просто. Одна замена - одно отличие. А вот, скажем, как оценивать инверсию? Как одно отличие, "равное" по весу одному снипу? Хуже всего с инделами (insertions/deletions). Если у человека выпал кусочек ДНК длиной в 23 нуклеотида, то это что - одно отличие или 23? Или еще дупликации. Например, у шимпанзе ген в одном экземпляре, и отличается от нашего одной заменой, но при этом у нас этот ген дуплицирован, и обе копии - с этой заменой. Это как считать? Вот в зависимости от "весов", придаваемых инделам и всему прочему, и получаются разные оценки. Но в последнее время почему-то попадается цифра "1,2%". Договорились о каких-то стандартных "весах", что ли? Еще есть цифра по количеству аминокислотных различий в белках: их примерно 50 тысяч, в среднем примерно по 2 замены на белок. Средний размер белка у людей - 480 аминокислот. Это дает нам 0,4 - 0,5% различий в аминокислотных последовательностях белков (в зависимости, опять же, от того, сколько всего у нас белков, что опять-таки можно подсчитать по разному). Почему различие по аминокислотам меньше, чем по нуклеотидам, это ты понимаешь, конечно.
 
В общем, я пока в сомнениях относительно того, что нужно и что не нужно выкладывать в ЖЖ и зачем все это. С одной стороны, надоело вещать и просвещать. <...> тысячи их <...>. Иногда хочется какой-то отсев произвести, написав нечто, чего бы какие-то категории зафрендивших, которые мне не нужны как собеседники, не смогли бы вынести. Например, <...>, <...>, <...> всякие. Но это не так-то просто: напротив, легко можно получить на свою голову холивар, жуткие вопли и в итоге - еще пару сотен новых <...>. С другой стороны, про что еще мне с ними общаться, если не про науку? И опять-таки - зачем?
 
Удивительные вещи вы говорите, Александр. Как будто бы слава нужна тому, кто ей обладает. Ни фига. У него как раз от нее сплошная головная боль (ну, если мы говорим о личной известности, а не о рейтингах телепрограмм, конечно). Слава нужна как инструмент, повышающий конкурентноспособность мемов. Например, таких, как <...> или там <...>. Мы с вами - успешный транспорт для репликаторов, и в этом смысл нашего существования, расслабьтесь и получайте удовольствие. Если популяризовать науку для десятка жителей башни из слоновой кости, то это не имеет никакого смысла. А если для нескольких тысяч троллей - то за это, извините за выражение, берут в рай :)

Date: 2011-11-20 01:54 pm (UTC)
From: [identity profile] shultz-flory.livejournal.com
Процесс Габера-Боша, по-видимому, сделал возможной 1 Мировую войну. С другой стороны, благодаря ему человечество смогло развить сельское хозяйство и увеличиться в численности более чем вчетверо за последние 100 лет.

Date: 2011-11-20 04:45 pm (UTC)
From: [identity profile] the-toad.livejournal.com
Первую мировую, скорее, сделала возможной коксохимия.

В остальном совершенно верно, на "органической пище" человечеству придётся сильно поуменьшиться. Так что старый советский завод, гонящий жидкий аммиак - он того, он очень даже помогает человечеству.

Date: 2011-11-21 08:06 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Отодвинул поражение Германии. Война и так бы началась.

Date: 2011-11-21 08:12 am (UTC)
From: [identity profile] shultz-flory.livejournal.com
Немцы не настолько кретины, чтобы начинать войну без пороха и взрывчатки.

Date: 2011-11-23 06:11 pm (UTC)
From: [identity profile] 8aetherous8.livejournal.com
Нет, дело в другом. Все думали, что война закончится за ~ 4 месяца. "План Шлиффена", помните?

Date: 2011-11-20 02:19 pm (UTC)
From: [identity profile] ma6inist.livejournal.com
Ламарк Жан Батистович :) Прелесть какая!
Спасибо за ссылку.

Date: 2011-11-20 05:34 pm (UTC)
From: [identity profile] gkult-biology.livejournal.com
Да, я тоже обомлела, увидев на это панибратство :))
И музычка там ничего себе играет.

Date: 2011-11-20 10:42 pm (UTC)
From: [identity profile] meopemuk.livejournal.com
Да там даже Галилей - Галилео Винченцович, согласно паспорта и последних инструкций МВД. :)

Date: 2011-11-20 10:46 pm (UTC)
From: [identity profile] gkult-biology.livejournal.com
А и правда! Держат марку товарищи.

Date: 2011-11-20 10:47 pm (UTC)
From: [identity profile] gkult-biology.livejournal.com
*увидев это панибратство, конечно.

Date: 2011-11-21 05:51 pm (UTC)
From: [identity profile] levgilman.livejournal.com
Ваш родной язык - болгарский?

Date: 2011-11-21 05:53 pm (UTC)
From: [identity profile] gkult-biology.livejournal.com
Нет, чешский. Я уже давно жду на ваш комментарий.

азот по изотопам считали?

Date: 2011-11-20 02:24 pm (UTC)
From: [identity profile] freedom_of_sea.livejournal.com
как они отличаются?

А грозовой азот, его что, очень мало?

Date: 2011-11-20 02:41 pm (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Спасибо, буду ждать статьи на Элементах.
Кстати, в этом году произошло ещё одно знаменатеельное событие - наконец-то удалось получить структуру другого важнейшего комлекса - OEC, того самого, который у цианобактерий и хлоропластов "растаскивает" молекулы воды на кислород, протоны и электороны.
Полюбоваться его структурой можно, например, здесь:
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Manganese_cluster.svg

Date: 2011-11-20 10:36 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
И что не менее прикольно, паралельно сделали синтетический аналог с кобальтом вместо марганца и калием вместо кальция, который делает тоже самое!

http://www.youtube.com/watch?v=LEEhxk-CiOQ&feature=player_embedded

http://portal.acs.org/portal/acs/corg/content?_nfpb=true&_pageLabel=PP_ARTICLEMAIN&node_id=222&content_id=CNBP_026944&use_sec=true&sec_url_var=region1&__uuid=cb926958-56be-49fc-9948-1728debd5db6

Date: 2011-11-21 01:00 pm (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Да, всё интереснее и интереснее...

Date: 2011-11-20 03:55 pm (UTC)
From: [identity profile] prokhozhyj.livejournal.com
"1-2 процента" могут превратиться в "1,2%" не только потому, что кто-то с кем-то договорился о "весах", но и иным, известным всякому корректору способом :)).

Date: 2011-11-21 07:14 am (UTC)
From: [identity profile] levgilman.livejournal.com
23 капли. Я тоже об этом подумал.

Date: 2011-11-20 06:03 pm (UTC)
From: [identity profile] lev-evgenevi4.livejournal.com
По п. 2: а можно больше узнать об источнике, методах подсчета - очень интересно, но мало.

По п.3: по этой библиотечке было бы уместно дать более развернутый комментарий - а то там равноправно с той самой классикой лежат, например, опусы Мухина, а человек несведущий, но интересующийся может не сделать разницы.

По п.3

Date: 2011-11-20 10:39 pm (UTC)
From: [identity profile] meopemuk.livejournal.com
Ну, опус Мухина там всего один, да и тот из разряда труднодоступных. Статус его (опуса) не совсем понятен - некоторые специалисты говорили, что есть там некая рацея. В любом случае - для ознакомления, ибо нигде больше не найдёте. Разве лишь на scilib.narod.ru

Date: 2011-11-20 07:50 pm (UTC)
From: [identity profile] antiphoton.livejournal.com
Центральный углерод образует 6 связей?

Date: 2011-11-20 10:31 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
Обана!!

Date: 2011-11-21 04:39 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
да нет, в том-то и фишка, что в последнем нгомере сайенс - сразу две статьи, в которых доказывается, что это углерод.
From: [identity profile] pingback-bot.livejournal.com
User [livejournal.com profile] eredraug referenced to your post from Всякое интересное и не очень (http://apokrif93.livejournal.com/4962804.html) saying: [...] Источник сообщения [...]

Что это?

Date: 2011-11-21 05:14 pm (UTC)
From: [identity profile] kodusass.livejournal.com
Может прокомментируете это?
В Перу обнаружена странная мумия с вытянутым черепом
http://zhelezyaka.com/novosti/arheologiya/v-peru-obnaruzhena-strannaya-mumiya-s-vytyanutym-cherepom-6058/
На снимке видно, что линия бровей находится посередине высоты черепа, такой высоченный лоб.

Re: Что это?

Date: 2011-11-21 06:10 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Ага, я в Перу по музеям много таких видел. У перуанских индейцев была широко распространена ритуальная практика - туго перевязывали новорожденным череп, чтобы он не мог расти нормально, и могли таким образом придать голове разнообразные причудливые очертания. Многие дети умирали, конечно. Поэтому много детских изуродованных черепов. А еще перуанцы очень любили трепанации - дырки в черепе живым людям сверлить. То ли медицина такая была, то ли религия. Но найдено множество медных или бронзовых инструментов для трепанации. В общем, озабочена была эта цивилизация черепно-мозговыми проблемами.
Подробнее см. в работах М.Б.Медниковой, напр. в ее книге "Неизгладимые знаки".

Re: Что это?

Date: 2011-11-21 06:37 pm (UTC)
From: [identity profile] kodusass.livejournal.com
Надо думать это гипотеза? Неубедительно. Чтобы такой череп был у взрослого, ему всю жизнь надо ходить в обруче. Есть такие свидетельства? Почему не у всех перуанцев такие черепа?

Re: Что это?

Date: 2011-11-21 06:53 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Ну, сделайте поиск в google scholar по словам artificial skull deformation, посмотрите литературу. Это не гипотеза, а хорошо известные факты. Вот одна статья для затравки, там ссылки на другие работы есть в изобилии: http://jdr.sagepub.com/content/43/3/353.full.pdf
Edited Date: 2011-11-21 06:54 pm (UTC)

Re: Что это?

Date: 2011-11-21 06:57 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Или вот еще:
http://www.dissercat.com/content/iskusstvennaya-deformatsiya-golovy-kak-istoricheskii-istochnik
"Внешнее воздействие на голову новорожденного ребенка при помощи массажа руками, наложения тугих повязок, нередко комбинированных с деревянными дощечками, мешочками с песком или при использовании колыбелей особой конфигурации с жестким основанием, позволяет значительно изменить конфигурацию мозгового отдела черепа. "

Date: 2011-11-21 06:56 pm (UTC)
From: [identity profile] nnover111.livejournal.com
Извините, что не в тему, но возможно Вам, как популяризатору науки, будет интересно, как читается курс по Истории первобытного общества в одном из провинциальных ВУЗов - ifolder.ru/27081086

Date: 2011-11-22 08:01 am (UTC)
From: [identity profile] silentpom.livejournal.com
Вам наверное будет интересно, эволюция в реальной технической системе, учетом производственных дефекторв, температуры чипа и неизвестных внешних условий
http://gest.livejournal.com/1031836.html

Date: 2011-11-22 10:21 am (UTC)
From: [identity profile] -pg-.livejournal.com
Если можно, я попробую цитатой объяснить, почему я покупаю и читаю такие книги, как "Расширенный фенотип", "Элегантная вселенная", "Рождение сложности" и т.п, и какое ощущение возникает ближе к концу книги. :)


«...Какое-то время мы действительно пробовали интерпретировать отношения "ГОЛЕМ - люди" по образцу отношений "взрослый - ребенок". Ведь при попытках объяснить ребенку нечто для нас важное мы нередко испытываем ощущение "скверного контакта". Человек, обреченный жить среди одних только детей, в конце концов ощутил бы чувство мучительного одиночества. Такие аналогии предлагались (особенно часто - психологами) для объяснения положения ГОЛЕМА среди людей. Но эта аналогия, как и любая другая, имеет свои границы. Бывает, что взрослый не понимает ребенка, но ГОЛЕМУ такие проблемы неведомы. Он, если захочет, способен проникнуть в самое нутро собеседника. Испытываемое при этом ощущение - как будто твой ум просвечивается насквозь - просто ошеломляет. Дело в том, что ГОЛЕМ может смоделировать склад ума своего собеседника и с помощью этой "следящей системы" предугадать, что тот подумает и скажет через добрых несколько минут. Правда, так он поступает редко (не знаю, только ли потому, что знает, как угнетает нас это псевдотелепатическое зондирование). Другое проявление сдержанности ГОЛЕМА обиднее для нашего достоинства: общаясь с людьми, он (в отличие от того, что было вначале) соблюдает своего рода осторожность; как дрессированный слон должен следить за собой, чтобы, играя с человеком, не причинить ему вреда, так и ГОЛЕМ старается не выходить за пределы нашего понимания. Потеря контакта из-за внезапного возрастания сложности его высказываний (мы называем это "улетучиванием" или "бегством" ГОЛЕМА) была обычным явлением, пока он не освоился с нами лучше. Это уже прошлое; но в общении ГОЛЕМА с нами появилось какое-то безразличие, вызванное сознанием того, что многие мысли, наиболее важные для него, он все равно не сумеет до нас донести. Поэтому он остается непостижимым - как разум, а не только как психоническая конструкция, и общение с ним оказывается не только захватывающим, но и мучительным. Недаром существует категория высокообразованных людей, которых беседы с ГОЛЕМОМ выбивают из колеи; тут нами тоже накоплен немалый опыт.»
Станислав Лем, «Голем XIV», 1981г.


Из того, что, начиная с определенного момента наступает "улетучивание", не значит, что не надо пытаться понять хотя бы то, что рассказывается до этого момента. :)
From: [identity profile] Филипп Дубров (from livejournal.com)
А вы про технарей не забыли? Может это мы читаем, когда фэнтези уже надоела, а Ваши книги, Бурлак и Еськов уже прочитаны? :)
То есть часть полемики - да, непонятна. А вот идеи и мысленные эксперименты самого Докинза понятны.

CFe6

Date: 2011-11-25 03:10 am (UTC)
From: [identity profile] pingback-bot.livejournal.com
User [livejournal.com profile] grihanm referenced to your post from CFe6 (http://grihanm.livejournal.com/293758.html) saying: [...] важных (для живого) природных катализаторов такой вылез. Всвязи с этим понравилась формулировка [...]

Date: 2011-11-25 03:37 am (UTC)
From: [identity profile] leolion-1.livejournal.com
***Как-то не по себе становится от осознания, до какой степени мы уже являемся продуктами химической промышленности.***

Атомы не пахнут. :)

January 2019

S M T W T F S
  12345
6789101112
1314 1516171819
20212223242526
2728293031  

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Aug. 15th, 2025 09:42 am
Powered by Dreamwidth Studios