Они сделали это
Dec. 28th, 2010 01:05 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
macroevolutionЭто очень смешная запись. Во-первых, передача называется, если не ошибаюсь, "Они сделали это" и посвящена крутым чувакам, которые чего-то в жизни добились. Никогда не рассматривал себя с такой точки зрения, жутко забавно. Но это ерунда. Самое главное, что я абсолютно не подозревал во время записи, что меня снимают на камеру. Радио - и радио, работаем со звуком. А они на видео снимали и в интернет выложили! Поэтому, собственно, вел я себя как человек, которого никто не видит или видят только свои. Извините уж. И еще: передача в записи, поэтому вполне естественны долгие паузы, чесание в затылке, "переговаривание" и т.п. А они взяли и выложили немонтированное видео, не вырезав все эти технические подробности. Одно слово: зоопарк. Полная запись должна быть по этому адресу, но у меня оно не открывается. Сам не видел еще. А фрагменты выложены в ютюбе, вот:
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2010-12-28 10:12 am (UTC)no subject
Название вашего ролика очень, уж, серьёзно звучит, прямо, торжественно, как...
no subject
Date: 2010-12-28 12:12 pm (UTC)Как же они так?.. )
no subject
Date: 2010-12-28 10:37 pm (UTC)Рождение сложности
Date: 2010-12-28 12:24 pm (UTC)Рождение ЭПИГЕНЕТИЧЕСКОЙ сложности
Date: 2010-12-28 02:28 pm (UTC)Ха,ха,ха!!! Совершенно правильный вывод - мутации управляемы. Не расстраивайтесь - это майнстрим мировой биологии.
Перед поркой ЭТЭ я писал Александру в личку, что он является единственным действующим продолжателем дела Шмальгаузена, поскольку все его личные "регуляторные" выкладки в книге "Рождение сложности" - это чистейшие положения ЭТЭ - адаптивные мутации.
Вот вы теперь ему объясните, что ему давно пора переходить в ЭТЭ, раз он уже бессознательно пишет о том, что сознательно потом пытается опровергнуть, как в случае с поркой ЭТЭ.
Это плохой признак - раздвоение личности....
И кем же они управляемы ?
Date: 2010-12-28 04:11 pm (UTC)Re: И кем же они управляемы ?
Date: 2010-12-28 04:25 pm (UTC)Кем управляемы - Александр в книге рассказал. Я с его позицией полностью согласен.
Я сегодня уже в одном посте об ЭТЭ привел эксперимент "кем и как управляемы", а автор поста на это ответил: ну раз у вас нет собственной экспериментальной базы....
Вот озверели ортодоксы - уже принимают от нас (продвинутых дарвинистов) только эксперименты проведенные под вывеской - эпигенетических.
Если интересуетесь параллельным обсуждением - наберите в поиске: ЭТЭ.
Re: Рождение сложности
Date: 2010-12-28 03:23 pm (UTC)Для меня, как специалиста по радиоэлектронике, по работе знакомого с разделами математики (*), известными под объединительным названием "теоретическая радиотехника" (теория обработки сигналов, теория распознавания образов и т.д.), а также теорией информации, теорией игр и т.п. этот факт является очевидным. Хотя прямо, как отдельная теорема, он там не формулируется. Но есть теоремы, доказывающие что любая детерминированная (т.е. не содержащая случайности) обработка сигнала приводит лишь к сокращению содержащейся в нем информации. И что оптимальная обработка обязательно детерминированная, добавление к ней случайного элемента ухудшает результат. Это верно и для обработки сигналов, и для распознавания образов.
Так что настоящее "рождение сложности" требует как обязательного условия случайного процесса. Для биологических систем это случайные мутации. Однако для того, чтобы "метод проб и ошибок" был как можно ближе к "методу проб и находок" необходимо управление случайным процессом мутаций. И в части ограничения его определенными участками ДНК, и в части регулировки интенсивности мутаций, а также степени их проявления в фенотипе. Есть данные, что в неблагоприятных для организма условиях и частота мутаций растет, и проявление их усиливается (один из механизмов усиления проявления - шапероны хуже работают и меньше маскируют дефекты в структуре белка).
У меня сложилось впечатление, что надо активнее подчеркивать то, что процесс мутаций в любом случае является случайным, и лишь параметры этого случайного процесса регулируются организмом.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-02 06:09 am (UTC)Так что никакой ереси я там не заметил.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-05 01:14 pm (UTC)Но на мой взгляд, упоминание о том, что мутации в любом случае остаются случайными и меняются лишь параметры этого случайного процесса (такие как частота мутаций в том или ином фрагменте ДНК), недостаточно четкое.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-06 08:41 pm (UTC)Мне кажется, что замечания уместны, но их легко избежать, немного перестроив логику текста, сохраняя весь материал и примеры. Например, начать с того, что изменить заголовок на вопрос: «можно ли управлять мутациями?».
Далее, ошибка скрывается в утверждении: ранее считалось, что мутации «абсолютно случайны», а они, оказывается, нет. Вопрос: что скрывается под словосочетанием «абсолютно случайны»? В любом случае, мутации – это те или иные изменения в последовательности молекулы нуклеиновой кислоты, которые, в конечном итоге, ограничены делецией-дупликацией-заменой-вставкой. Что такое «абсолютно»? Мутации, это в любом случае процесс вероятностный, то есть, в той или иной мере «случайный».
А правда, всегда ли он случайный?
Первое, что приходит в голову – дрожжи, переключение пола. Вот уж воистину управляемый процесс замены одной последовательности ДНК на другую, причем, точный, полностью управляемый! (и, что немаловажно, неплохо изученный). Но! Тут уж даже у меня язык не поворачивается назвать это мутацией (хотя я еще вчера посмеивалась над Инге-Вечтомовым, который мучительно пытается придумать новую классификацию изменчивости, поскольку ему кажется абсурдным называть рекомбинацию и встройку транспозонов мутациями). Ведь эти перестройки не создают НИЧЕГО НОВОГО! А чтобы сделать что-то новое, надо внести элемент случайного перебора (как здорово написал ниже pogorily).
Аналогичные примеры – восстановление теломер теломеразой или мобильными элементами (как у дрозофилы). Процесс-то управляемый, но чисто матричный.
У инфузорий, кстати, близко к тому же получается.
Иммуноглобулины и поверхностные белки – следующий шаг в рассуждении.
Важно, что тут совершенно четко разделяются задачи: сделать нечто рабочее (где, условия – все четко управляется), но с элементов случайного перебора в отдельных элементах. И делается это под совершенно конкретную задачу, которая решается постоянно здесь и теперь.
Может ли сформироваться система, которая будет делать что-то подобное, но в целях будущей эволюции? По-моему, ответ такой эволюция «сейчас» не будет «делать про запас» на будущее. Она может сделать что-то подобное, если оно нужно «здесь и сейчас». Вот если условия настолько переменчивы, что надо бежать очень-очень быстро, чтобы оставаться на месте – вот тогда отбор может начать поддерживать эволюционную пластичность. Однако, это только одно из возможных решений, и, по-видимому, слишком опасное – не даром так редко оно принимается – лишь у всяких там бактерий в ядерном реакторе… Надежнее эволюционировать на независимость от внешних условий, увеличение нормы реакции…
Опасное, мне кажется, потому, что в случае высших эукариот, длинных хромосом, рекомбинация просто не успеет тасовать варианты, получится храповик Меллера. В крайнем случае, надо быть ну очень r-стратегом…
Вот тут на первый взгляд хочется сказать: но ведь мы знаем, что частоты мутаций регулируются, они регулируются в ответ на разный стресс и прочие изменения условий.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-06 08:43 pm (UTC)Вот тут надо быть осторожным вот в каком плане: репарация и прочие механизмы поддержания целостности и неизменности генома – очень ресурсные системы. Если вид адаптирован и живет в значительной степени при определенных условиях мутационного давления, то и его защитные системы настроены на этот уровень. Зачем тратить ресурсы, если и так уровень мутаций прекрасно совместим с жизнью! Разумный компромисс. Но стоит резко поменять условия, и уровня будет не хватать. Это будет касаться и репарации как таковой, и работы шаперонов, и удержания в узде мобильных элементов. При этом, эволюция так здорово сработала, что нормы реакции у высших эукариот достаточно, чтобы достаточно быстро (иногда – в пределах времени жизни одного поколения, иногда – подольше) «прийти в себя» и подстроить защитные механизмы под новые условия.
Со стороны кажется, что организмы «управляют» мутациями потому, что отбор шел на способность к такому управлению, но реально-то гораздо чаще при изменении условий идет выход за пределы нормы реакции. Да, это помогает эволюции, но это никак не ПРЕДАДАПТАЦИЯ. Поэтому говорить об управлении в данной ситуации, по-моему, не очень уместно.
Пример с фрагментами Оказаки примерно из той же серии.
Да, есть механизмы, которые более или менее устойчивы к повреждениям. Но клетка в большинстве случаев выбирает тот, который в данной ситуации оптимален. Например, возьмем репарацию в ответ на двойные разрывы. Если клетка решит – либо идеально точно зарепарировать, либо харакири, то долго она не проживет. Поэтому каждый раз она идет на компромисс – может быть, гомологичной рекомбинацией обойтись? Но стадия клеточного цикла не та, матриц нет…Или матрицы есть, но разрывов многовато, не зватает ферментов… А негомологичное соединение концов почти наверняка даст небольшие изменения последовательности, но ведь вероятность, что попадет в что-то очень консервативное мала… Такие «мысли» мне кажутся более адекватными для клетки, чем мысль – а помутирую-ка я, вдруг пригодится.
Итак, стоит более четко проговорить, что мы имеем в виду под управлением.
Если под управлением мутациями подразумевать время или частоты изменчивости – процесс остается вполне стохастическим.
Гораздо интереснее рассмотреть ситуации, когда «управление» касается локализации или типа мутаций. Здесь момент события остается вероятностным, но событие более определено.
Опять-таки, крайний пример – теломеры. Хотя и тут есть место для стохастики. Например, в поддержании теломер дрозофилы принимают участие три типа ретротранспозонов. Оказалось, что доля каждого из них в теломерах (и хромосомах вообще) прямо пропорциональна эффективности транспорта их в ядро на определенном этапе. А другие транспозоны не имеют эффективного механизма, и остаются в цитоплазме. А так бы и они поучаствовали.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-06 08:43 pm (UTC)Попался мне как-то автореферат работы из лаборатории М.Евгеньева. Суть такова:
Белки теплового шока обеспечивают выживание клеток и организмов в ситуации теплового шока. У Drosophila melanogaster обычно сильный тепловой шок наступает примерно при 37 градусах. А что делать тем мухам, которые живут при более высоких температурах? Авторы показали:
1) В природных популяциях мух (D. mel), живущих в жарком климате, в промоторной зоне как правило сидит мобильный элемент, который снижает уровень экспрессии
2) Если взять мух, у которых мобильный Р-элемент сидит недалеко от гена теплового шока, и индуцировать перепрыжку, то в большом проценте случаев Р-элемент перепрыгнет именно в то положение в промоторе гена теплового шока, где он сидит в природных популяциях.
3) На полученных изогенных линиях – с перепрыжкой и без – авторы показали, что мухи с P-элементам в промоторе хуже переносят резкий тепловой шок, но лучше переносят постоянно высокие температуры.
На мой взгляд, это потрясающий пример того, что мутация происходит «очень по-умному» с эволюционной точки зрения. Кстати, а почему мобильный элемент прыгает именно туда? Тут играет роль совершенно потрясающее с точки зрения эволюции явление. В геноме, оказывается, записаны не только белки и сайты посадки транскрипционных факторов. В геноме в значительной степени записано еще и расположение неклеосом. Промоторы (многие) сформировались как участки, в которых ДНК изгибается так, что нуклеосома там сидеть не может. Поэтому туда могут пробиться транскрипционные факторы, поэтому туда проще всего запрыгнуть определенным мобильным элементам (некоторые встраиваются по другим принципам – узнают определенные хроматиновые белки или последовательности ДНК). Вот и получается, что мобильному элементу вроде бы и некуда больше прыгать. Можно ли назвать такой пример управлением? Вроде, тоже не очень…
Кстати, наверное, важно бы еще более четко развести те организмы, у которых есть зародышевый путь и сома, и всех остальных. Чтобы понять, на каком уровне «управление» - на клеточном, организменном или видовом.
Подводя итог, мысль такая – во всех примерах управление, оно либо в кавычках, либо только предполагается. Так не лучше ли оставить вопрос…
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-06 09:05 pm (UTC)Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-07 05:03 am (UTC)ТО есть давайте сначала строго определим понятие "управление"
Для меня управление мутациями - создание организмом нового варианта последовательности ДНК (за счет точковой замены, рекомбинации так далее), позволяющего решить поставленную задачу (создать новый иммуноглобулин) БЕЗ перебора вариантов.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-07 03:37 pm (UTC)Вот я сейчас не поленилась залезть в пару-тройку словарей, посмотреть, как принято определять понятие «управление».
Ключевым в нашем случае мне кажется вот такая часть определения: «управление - элемент, функция организованных систем различной природы, обеспечивающая сохранение их определенной структуры, … реализацию их программ и целей.» Главное тут: управление – это то, что позволяет при наличие цели обеспечивать ее реализацию. При этом, воспроизводимым должно быть то, что цель достигается, а то, что для ее достижения используются стохастические процессы – совершенно ничему не противоречит.
Если для достижения цели надо делать конкретные изменения в ДНК – управление идет одним способом. Но если задача – создание максимального разнообразия – удобнее использовать стохастические процессы в ДНК, но строго канализируя их по времени и в рамках определенного локуса – чем не управление, при этом, с элементами случайности.
Я могу поставить задачу – засеять грядку разными цветами, и чтобы рисунок был строго определенный – в полосочку, например. А могу поставить задачу – засеять разноцветными цветами, перемешав все семена. На выходе будет вполне вероятностная картина распределения цветов, но и в том, и в другом случае я в значительной степени управляю процессом – тем, что именно эта грядка будет засеяна вот такими цветами.
Под Ваше узкое определение подходит наращивание теломер, переключение пола у дрожжей. Но это, по-моему, управление последовательностью ДНК, но не очень хочется называть это мутациями.
Здесь управляется и время, и место.
Более интересный вариант – когда процесс остается вероятностным, но канализируется в определенных рамках.
Причем, управлением я бы назвала те ситуации, когда:
Мутирование происходит строго на определенной фазе развития (например, мобильный элемент ВСЕГДА начинает прыгать на определенной стадии развития и в определенной ткани и создает пятнистую окраску) (кстати, здесь тоже последовательность после выпрыжки можно достаточно точно предсказать)
Под этот вариант прекрасно ложатся иммуноглобулины.
Мутирование, осуществляемое посредством специально для этого существующих механизмов (то есть, возникающее не как недоработка репарации, а «специально»), которые реагируют на определенные факторы.
Пример – RIP-модификации. У Neurospora активна система, индуцирующая возникновение мутаций в участках размером более нескольких сотен п.н., повторенных в гаплоидных тканях (в основном - копиях транспозонов) (RIP – repeat-induced point mutation) в аскогенных тканях, сопряженная с метилированием de novo. C/G пары заменяются на T/A. можно придраться, что это экзотика, но считать лишние копии умеют многие геномы). Здесь налицо управление – известно, когда будет вноситься мутация, известно, куда. Но остается элемент случайности в плане точного предсказания – которые именно C/G пары будут мутироваться.
А повышение вероятности мутирования в ответ на стресс – это не управление.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-07 08:17 pm (UTC)Вам не смешно ?
Мутирование все равно стохастика. А то что оно происходит на определенном этапе (как в случае Ig или мобильных элементов) имеет отношение не к мутационному процессу per se,
а общему управлению онтогенезом.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-08 06:19 am (UTC)На счет слова «цель» захотелось процитировать собственно Дарвина:
«В буквальном смысле слова «естественный отбор», без сомнения, неправильный термин; но кто же когда-нибудь возражал против употребления химиками выражения «избирательное сродство различных элементов»? И тем не менее нельзя же, строго говоря, допустить, что кислота выбирает основание, с которым предпочтительно соединяется.» «Говорилось также, будто я говорю об естественном отборе как о деятельной силе или божестве; но кто же возражает писателю, утверждающему, что всемирное тяготение управляет движением планет?» «Всякий знает, что хотят этим сказать и что подразумевается под такими метафорическими выражениями, и они почти неизбежны ради краткости речи.»
(это мы как-то за чаем статью написали под названием «О чем писал Дарвин», поэтому у меня под рукой большая подборка его цитат :).
Трудно биологам, у них все слова такие антропоморфные, и каждый норовит понимать их по-своему.
Чтобы не возникало таких философских проблем, заменим слово "цель" на функцию. Согласитесь, что у иммунной системы все-таки есть совершенно определенная функция. В онтогенезе, безусловно. Но для того, чтобы эта функция сформировалась, надо было в свое время проводить отбор, который работал не на организменном уровне.
Прошла эволюция на создание определенной функции, которая работает для выполнения совершенно определенной приспособительной задачи, и при этом в рамках выполнения этой задачи используется процесс, который по механизму является мутационным.
Я так понимаю, что «цель», это когда мы задаем вопрос «зачем», а не только «почему».
Зачем идет это мутирование в половых локусах дрожжей? Чтобы сделать два пола.
Почему для того, чтобы сделать два пола надо обязательно мутировать? Так получилось.
(Чтобы уйти от такой фигуры речи как «цель» можно говорить о функции соответствующих локусов и аппарата, который это мутирование производит – но по смыслу мы имеем в виду одно и тоже – аппарат нужен для того, чтобы вносить мутации).
Зачем в популяциях мышей есть две морфы, одна лучше приспособленная к перенаселению, а другая – к холоду? Чтобы популяция была приспособлена и к перенаселению, и к холоду.
Почему популяция приспособилась и к тому, и к другому – потому что периодически меняются условия ее существования, меняется вектор отбора.
«На выходе» можно сказать, что популяция в каждый момент имеет приспособление на будущее. Некое приспособление.
Этот пример позволяет вспомнить, что существует групповой отбор, который может иметь не только вектор на усовершенствования онтогенеза, но и на создание определенного разнообразия. И тут «цель» «направленно внести изменения в ДНК в определенной позиции» выглядит достаточно естественно. И одноклеточные дают нам немало таких примеров.
Популяции «надо» сделать достаточно потомков, и чтобы они не померли. Функция иммунитета – чтобы от болезней не померли. У нейроспоры (а это даже и не одноклеточное) функция RIP – модификации – чтобы не померли от мобильных элементов (с некоторой перестраховкой – все, что повтор с большой вероятностью – мобильный элемент). То, что в данном случае изменения в ДНК передаются следующему поколению – это точно известно.
Другое дело, можно ли найти такие внятные примеры «управления», работающего не только в онтогенезе, но и с эффектом в поколениях, у видов, у которых есть четкое разделение на сому и зародышевый путь. Очень может быть, что нет. Если четко обосновать, что у них так не бывает или почти не бывает… Я подумаю над этим вопросом. Интуитивно кажется, что не бывает.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-08 07:25 am (UTC)Часть отдельного организма - просчитывает ли он как-то ситуацию ? Думает ли он о том, что стало холодать и надо внести какие-то изменения, чтобы деткам-мышатам стало теплее ? И более того - думает ли он, как это сделать - за счет подшерстка погуще или адипоцитов пожирнее ? Ну нет же. И конкретная пре0-В клетка не думает, что приплыл вот такой антигенчик - и антитело к нему надо сделать вот такое.
Нет и нет - что получится, то и получится. Возможно только, что организм осознает, что вокругу все как-то сильно меняется - и включит систему повышения частоты мутирования. Авось повезет и получатся успешные детки.
Популяционная часть - нуже большой полиморфизм. Чтобы были разные варианты - причем сильно разные на краях распределения. Тогда чтобы не случилось в среде - кто-то да выживет (ну если среда не изменится в момент на протиивоположную и вся суша не станет морем).
Отбор работает и отбирает. Но отбирает случайности - а не направляет мутагенез в определенное русло. С целью достижения определенного результата. Просто потому, что мы не умеем предсказывать будущее. Вот вы можете сказать, что будет через 100 лет (всего несколько поколений для большинства крупных животных) с средней температурой на Земле ? Вряд ли. И зверушка - не может. Да, есть морфы и варианты - но не факт, что они помогут завтра. Мы просто видим живыми тех, у кого они помогли выжить. И мы не знаем, сколько создавалось разных вариантов иммунной системы - но явно больше одного. То есть опять перебор вариантов, а не заранее сделанный выбор определенного дизайна иммунитета.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-08 11:29 am (UTC)>И конкретная пре0-В клетка не думает, что приплыл вот такой антигенчик - и антитело к нему >надо сделать вот такое.
>Нет и нет - что получится, то и получится.
Не совсем так. В случае иммунной системы организм ЗНАЕТ: приплывет КАКОЙ УГОДНО антигенчик. Поэтому задача совершенно конкретная – сделать инструмент, который узнавал бы огромное разнообразие «любой хрени» (но только есло она - «чужое»), и при этом выполнял бы в ответ на это совершенно конкретные действия.
То есть, задача сделать молекулы, у которых на одном конце что-то определенное, а на другом – «что угодно». И решить эту проблему эволюция может и тупым размножением генов – типа, забить геном ольфакторными рецепторами. Но ольфакторных рецепоторв тысяча, а иммуноглобулинов – миллионы. Изящно ведь. Про дозревание антител я вообще молчу.
>Просто потому, что мы не умеем предсказывать будущее. Вот вы можете сказать, что будет >через 100 лет с средней >температурой на Земле ? Вряд ли. И зверушка - не может.
Если бы вид не мог «предсказывать будущее» в определенных рамках, он бы долго не протянул.
Причем, на уровне времени отдельной генерации каждая особь должна с большой вероятностью быть приспособлена к уровню колебаний среды, происходящим в соответствующем временном масштабе. Ну, например, колебаниям температуры «от сих до сих». Если это будет не так, то вероятность, что достаточно особей доживет до размножения будет низкой.
В масштабе вида уровень разнообразия должен быть такой, чтобы обеспечить видовую приспособленность к колебаниям условий, в таком временном масштабе, чтобы в случае резкого колебания хоть какое-то количество особей выжило.
Вид ЗНАЕТ, какой диапазон изменчивости условий возможен, иначе он не был бы достаточно устойчив. А виды существуют миллионы лет.
>ну если среда не изменится в момент на протиивоположную и вся суша не станет морем
Вот тут-то и случится массовое вымирание видов. А те, кто остался, радостно распрострят свою изменчивость на все опустевшие экологические ниши, и мы поймем, что если бы не забитость всех экологических ниш видами, диапазон изменчивости у отдельных видов был бы еще намного выше.
За эти миллионы лет генетическая система вида в целом настроена на более-менее предсказуемый эволюционный ответ. Хотя механизмом будет случайный перебор вариантов, набор вариантов для перебора будет частично предустановлен, и это есть видовая адаптация.
>Авось повезет и получатся успешные детки.
>Популяционная часть - нуже большой полиморфизм. Чтобы были разные варианты - причем >сильно разные на краях распределения. Тогда чтобы не случилось в среде - кто-то да >выживет.
Если изменения абсолютно не предсказуемые – вид попадает в условия, в которые никогда не попадал – другого выбора нет – «абсолютно случайный» перебор.
Но если вид существует в рамках определенного набора условий, и оптимумами являются дискретные состояния, то выгоднее не размазывать изменчивость на дискретное наследование всех отдельно взятых элементов – иначе большая часть популяции будет иметь смесь адаптаций к противоположным условиям.
Удобнее завязать все нужные в определенных условиях признаки обратными связями (одновременно нужные – прямыми, противоположного действия – обратными), сделать полиморфизм по нескольким генам – переключателям (ну типа как мужской и женский пол делается на основе одного генома, и переключается на первом этапе одним переключателем).
И это делается. Большинство мутаций отдельных элементов системы отбору не видны – система за счет обратных связей выходит настабильные параметры. Под отбор «выставляется» лишь ген-переключатель, а эффекты изменения его экспрессии достаточно предсказуемы. Это одна из причин паралеллизма эволюционных ответов.
Кстати, вспомнилась мне сейчас одна очень хорошая популярная (но рассчитанная на достаточно высокий уровень подготовки) книга, которая есть в Интернете в дежавю. Это книга Бердникова «Эволюция и прогресс».
Просмотрела – там автор очень красиво моделирует то, о чем мы сейчас говорим. В частности, эволюцию видовой адаптируемости.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-07 04:52 am (UTC)Но книга - популярная. Рассчитана не на нас, строго говоря.
Но могу предсказать итог - через какое-то время фраза "Марков написал, что мутации управляемы" - станет аргументом в спорах. И все что внутри главы - станет вторичным. Например, фрагмент про репликацию и фрагменты Оказаки. Почему-то там не написано, что у высших организмов нет ст рогих ориджинов репликации и она идет по обоим нитям ДНК с довольно случайной точкой старата. И конец фрагмента Оказаки всегда будет разным. И "управляемости" тут нет и в помине.
И еще одно замечание общего характера. Почему-то в эво любят уделять внимание маргинальным вещам. Типа диминуции хроматина (явный тупик), импринтингу (сколько там генов подвержено геномному импринтингу у высших млеков ? Он есть у других видов ?) и т.п. И на этом строится столько полетов фантазии ...
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-07 03:38 pm (UTC)>Но могу предсказать итог - через какое-то время фраза "Марков написал, что мутации управляемы" - станет аргументом в спорах.
По-моему, если «человек идиот – то это надолго»… Он всегда найдет, откуда выдернуть удобную фразу. У Чайковского того же столько всякой хрени… Например, про то, что все популяционные генетики – дураки, ерундой страдают. Один он раскусил, какая дурь вся эта ихняя популяционная генетика…
С другой стороны, если человек адекватен, готов на дискуссию, размышления и пишет книги – то диалог более чем оправдан.
И все что внутри главы - станет вторичным. Например, фрагмент про репликацию и фрагменты Оказаки. Почему-то там не написано, что у высших организмов нет ст рогих ориджинов репликации и она идет по обоим нитям ДНК с довольно случайной точкой старата. И конец фрагмента Оказаки всегда будет разным. И "управляемости" тут нет и в помине.
Тут – нет. Абсолютно согласна.
И еще одно замечание общего характера. Почему-то в эво любят уделять внимание маргинальным вещам. Типа диминуции хроматина (явный тупик), импринтингу (сколько там генов подвержено геномному импринтингу у высших млеков ? Он есть у других видов ?) и т.п. И на этом строится столько полетов фантазии ...
Потому, что если есть эволюционный прецедент, значит, явление принципиально возможно. Если явление принципиально возможно, значит, нельзя его полностью отрицать. То, что кто- то кладет диминуцию в основу общих теорий – сам дурак.
Но изучение диминуции дает массу новой информации. Всякая экзотика часто является удобнейшим модельным объектом. Изучение диминуции у инфузорий дало открытие структуры и функционирования теломер, несколько новых механизмов, связанных с малыми РНК, которые оказались далеко не уникальными. Диминуция у аскарид - интереснейший пример эволюции хромосом. Там, похоже, первично было много маленьких хромосом, которые стали в зародышевом пути слипаться и обрастать массой гетерохроматина (за это говорит наличие близких видов с наборами хромосом, соответствующими соматическим наборам видов с диминуцией, а также наботость длинных хромосом теломерными повторами как раз по краям разрезания (и они выкидываются), и распределение и структура центромер… ). Диминуция – это хоть и тупик, но механизмы общие. Те же метки, та же роль РНК. Чуть дальше процесс зашел, чем просто пометить. А изучать удобно!
Еще пример. Неоцентромера. Экзотика? Редкое явление? Но только на них можно нормально посмотреть, что молекулярно нужно для функционирования центромеры. Ибо возиться на молекулярном уровне с хламом, накопленным вокруг старых центромер, невозможно.
С импринтингом то же самое. Пример удобный. А механизм что у импринтинга, что у аллельного исключения, что у других генов, у которых метилируются CpG островки, в том же онкогенезе – механизмы сходные.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-07 04:11 pm (UTC)Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-08 07:30 am (UTC)Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-08 09:25 am (UTC)Где-то хотелось поспорить, где-то радовало, что мы с автором думаем примерно в одном направлении. Где-то очень хотелось «довести напильником».
Мне очень нравится подборка материалов. По темам, в котрых я разбираюсь достаточно компетентно, выбор примеров очень удачен. Удачной мне кажется и общая структура глав.
Мне не очень нравится, что обобщения и связки к этому хорошо подобранному материалу делаются зачастую наспех. Много вопросов, на которые обещают дать ответ, но ответ приходится додумывать самостоятельно. Я-то додумаю, а вот читатель, на которого книга нацелена – не факт. Где-то автор делает выводы не очень аккуратно.
Мне кажется, что книга хорошая, но требует определенной доработки. По моему опыту, первые издания даже очень хороших книг таят много ошибок, противоречий и недоработок. Пара переизданий – и будет брылиант
Забавно, что по тем темам, в которых я разбираюсь хуже, подбор примеров мне нравится меньше. Но это уже мои личные проблемы. Например, я понимаю, что РНК-мир – это мэинстрим – поэтому принято о нем говорить как о чем-то «доказанном». А мне, например, душу греют сценарии эволюции генкода на основе ДНК-аминокислот. Там как-то логика построения эволюционных сценариев глубже, чем просто сказать – РНК это умеет, следовательно, она первична.
Re: Рождение сложности
Date: 2011-01-08 09:49 am (UTC)no subject
Date: 2010-12-28 01:00 pm (UTC)Вчера вот там был, пока начальство ждал - дрейфовал по сети. Надрейфовал Ваше старое совместное интервью по поводу выхода русского перевода "Бок как иллюзия" (ой, классная опечатка, не буду исправлять))). И подумал: а ведь если навскидку назвать книжки, которые сформировали, как это принято выражаться, мое мировоззрение, то что получится?
Ну Детская энциклопедия, это само собой. Потом - "Происхождение видов". Потом - "История западной философии" лорда Бертрана Рассела (почему-то очень забавно и приятно его лордом называть - вот почему бы?) И наконец - вот эта книжка.
Да, запальчивая. Да, публицистическая. Но вот сработала, как затравка при кристаллизации. Ничего особо нового я из нее не узнал. Но дочитав - вздохнул с облегчением. "Теперь мне понятно, кто я такой".
no subject
Date: 2010-12-28 01:14 pm (UTC)Вот теперь точно выразился. А то некомфортно как-то.
no subject
Date: 2011-01-01 10:37 am (UTC)Эбботт Э."Флатландия" Бюргер Д."Сферландия". Там и модель религии, и модель науки - много чего есть в занятной форме.
no subject
Date: 2011-01-01 12:00 pm (UTC)no subject
Date: 2011-01-02 06:04 am (UTC)Женофобия только смущает, ну да 19й век все-таки. (Недавно наткнулся на книжку некоего Ричарда Бёртона про мечи, начал читать - что за ерунду автор пишет? присмотрелся к датам - ну такое умиление охватило: 1870-е. Чего ж я хочу-то)))
Спасибо за наводку, действительно.
no subject
Date: 2011-01-06 08:48 pm (UTC)no subject
Date: 2011-01-07 03:04 am (UTC)Модель религии я только там не очень углядел. Ну конечно, ежели предположить, что боги суть четырехмерные существа, которые к нам сюда захаживали... Религия двухмерников как таковая мной не была обнаружена. у Жрецов там все же несколько иные функции. Да и Сфера функций бога не выполняет. Или я что-то зевнул?
Надо будет еще приложения почитать, я их пока отложил по личной причине - приболел с полным сносом мозга и не потянул)))
no subject
Date: 2011-01-07 03:44 pm (UTC)no subject
Date: 2011-01-07 04:06 pm (UTC)А ведь делает же кто-то эти дежавюшечки!! (вот ведь и нашего хозяина кто-то уже зацифровал..)
с трудом удерживаюсь, чтобы не запостить в gp_ru
Date: 2010-12-28 07:29 pm (UTC)no subject
Date: 2010-12-29 06:08 am (UTC)no subject
Date: 2011-01-01 05:32 pm (UTC)no subject
Date: 2011-01-07 04:25 am (UTC)А вообще, я считаю, на "Академию" Вас звать пора! Если она, конечно, не накроется.
по поводу клонов
Date: 2011-01-07 05:10 am (UTC)Re: по поводу клонов
Date: 2011-01-08 09:40 am (UTC)Вот первое, что выпадает:
Beyond Heritability: Twin Studies in Behavioral Research.
Johnson W, Turkheimer E, Gottesman II, Bouchard TJ.
Curr Dir Psychol Sci. 2010 Aug 1;18(4):217-220.
Я как-то его лекцию слушала. Запомнилось, что самый высокий уровень корреляции между разделенными близнецами оказался по склонности к религии (даже если близнецы оказывались в разных странах). Совпадения имен любимых собак там, правда, не фигурировало :)