macroevolution: (anomalocaris)
[personal profile] macroevolution
Я наконец дочитал прекрасную книгу Евгения Кунина "Логика случая", которую уже раньше рекламировал.
Времени и сил, знаете ли, ни на что уже нет, в т.ч. и на чтение.

Существует ее отличная краткая аннотация, одобренная автором (но никоим образом не заменяющая саму книгу, разумеется!)  Там и обсуждение с участием автора. Я пересказывать не буду. Только пару впечатлений.

Это очень, очень сильно. На редкость глубокое произведение.
Хотя небиолог многого не поймет, к сожалению. Да и не всякий биолог.
Я получил огромное удовольствие (благо все-таки был знаком с изрядной долей обсуждаемых фактов и исследований), не в последнюю очередь - от интеллектуальной мощи автора, которая чувствуется даже в языке.
Вот, например, название одной из глав (и такие подзаголовки в книге - не редкость):
"Ламарковский, дарвиновский и райтовский режимы эволюции, эволюция эволюционируемости, надежность биологических систем и созидательная роль шума в эволюции"
Говорят, что у человека 7 плюс-минус 2 регистра кратковременной рабочей памяти, т.е. человек, как правило, не может одновременно удерживать в сфере внимания более семи вещей. Ну, простых вещей, таких как цифра на экране, например. А в этом заголовке собрано вместе как минимум 6 весьма сложных понятий, плюс подразумеваемые связи между ними, тоже непростые. Чтобы полностью осознать этот заголовок, не говоря уж о том, чтобы его написать, требуется, по-моему, гораздо больше этих самых регистров, чем дано простому смертному! (в моих книжках, я сейчас посмотрел, большинство заголовков - однорегистровые). И это абсолютно не показуха, это естественный мыслительный процесс такой у человека.

Дальнейший текст - только для тех, кто читал книгу Кунина. Извините, нет времени на общепонятное подробное изложение.

Глава 12 (про происхождение жизни), а точнее, ее "скандальный" раздел про привлечение антропного принципа заставил крепко задуматься. Озаглавлен раздел в фирменном стиле: "Радикальная альтернатива: космология вечной инфляции, переход от случайности к биологической эволюции в истории жизни и переоценка роли крайне редких событий в эволюции". Суть в том, что история жизни убедительно реконструируется вспять до LUCA и даже немного дальше в прошлое, до появления примитивного аппарата трансляции, основанного на рибозимах, еще безбелкового. А вот то, что было раньше - то есть путь от простой абиогенной органики до появления этого самого аппарата трансляции - по мнению автора, реконструируется совсем не так убедительно. И поэтому автор допускает, что тут не обойтись без бесконечной инфляции, мультиверсума и слабого антропного принципа. Т.е. механизмы репликации РНК и трансляции появились просто случайно, в силу бесконечности мироздания (где все, что не запрещено законами сохранения, непременно произойдет, причем бесконечное число раз). А уже потом началась дарвиновская эволюция.

То, что это полный снос крыши, понятно, и автор это подробно обсуждает. По уровню (не)экономичности эта гипотеза в принципе мало отличается от гипотезы Божественного сотворения.
Я не собираюсь спорить, но мне все-таки кажется, что есть... что должны быть более экономные решения. Т.е. я ничего не имею против слабого антропного принципа, но ключевую границу - "переход от антропной причинности к биологической эволюции" (см. рисунок, там это - граница между голубым и белым) - возможно, следует все-таки проводить существенно ниже, т.е. не после уже готовой системы трансляции, а где-то в районе между "олигомерами" и "репликацией". Причем "репликацию", возможно, следует на этом рисунке поменять местами с "рибозимами".

coonin1

Сначала должна была появиться какая-то абиогенная система репликации олигомеров - РНК или каких-то других, предшествующих олигомеров. Есть ряд гипотез, где обсуждаются всякие полимеры с более-менее такими же азотистыми основаниями, образующими Уотсон-Криковские пары, но с разными "скелетами". Для простоты допустим, что это сразу была РНК. Причем эта абиогенная система репликации должна была реплицировать все молекулы РНК подряд, невзирая на последовательность нуклеотидов в ней. Т.е. на этом этапе уже было размножение, наследственность и изменчивость, но еще не было влияния наследственных изменений на эффективность размножения, т.е. отбора не было. Эволюция шла в чисто "Райтовском" режиме, 100% нейтрализм. (Есть же такая штука, как неферментативная репликация РНК, изучаемая Шостаком и его коллегами. Она идет пока  очень медленно, по нуклеотиду в час, но ведь ее еще так мало изучали! (см.: Синтез РНК в протоклетках все-таки возможен) Только что выяснилось, что резко улучшает дело добавление цитрата. А если какие-нибудь аминокислоты, дипептиды попробовать (это, собственно, и предполагает Шостак)? Скорее всего, в мире РНК аминокислотные и пептидные кофакторы использовались с самого начала... Это напрашивается, когда смотришь на кунинскую модель становления трансляции, см. рисунок ниже)

Стало быть, например, сначала каким-то неизвестным способом просто реплицировалось все подряд. При этом должен был происходить химический отбор на устойчивость: самыми устойчивыми были не самые короткие олигомеры. Репликация шла с ошибками, частота ошибок на этом этапе вообще не имела значения. Но есть же принцип комплементарности ("главная тайна жизни" Ф. Крика), и он сам по себе обеспечивает некий минимальный уровень точности копирования, это вмонтировано в саму сущность РНК и ДНК. Ну а потом потихоньку стали появляться такие олигонуклеотиды, которые немножко ускоряли этот процесс абиогенной репликации. Т.е. некоторые молекулы РНК постепенно, очень понемножку, стали приобретать свойства плохоньких полимераз. И таким образом дарвиновская эволюция потихоньку, постепенно стартовала. И уже только после этого могли начать появляться всякие разные другие рибозимы и сложился мир РНК. И теперь эволюция шла уже на основе и дрейфа, и отбора. Но поначалу - в таком "расслабленном" режиме, с преобладанием дрейфа, что способствует эволюции сложности, как прекрасно описано у Кунина в предыдущих главах.

И второе соображение. Если мир РНК все-таки существовал, то я не понимаю, почему появление трансляции представляет такую уж неразрешимую проблему, что она требует привлечение "мира многих миров". Вот этого места я не понял совсем. Модель, которую сам Кунин описывает чуть выше в той же 12 главе, выглядит очень даже симпатично (см. рисунок).

coonin2

И другая модель, с трипликазой, тоже интересная.
Я не понял, почему автор считает их неубедительными, если принять, что эволюционирующий уже по Дарвину мир РНК все-таки существовал.
То есть проблема главная все-таки в появлении эффективной, достаточно точной репликации РНК, а трансляция уж будет.

С точной репликацией пока не очень хорошо, но все-таки есть быстрый прогресс в этой области
см.: Рибозимы могут размножать друг друга 0,88 ошибок на 100 нуклеотидов - это уже очень неплохо. А сколько лет работают с рибозимами? Меньше 30 лет. Прогресс еще будет. Кроме того, сообщества рибозимов могли размножаться не только за счет чистой репликации, присоединяя по одному нуклеотиду, но и за счет комбинации репликации с лигированием, сшиванием из кусочков, см. тут.

Извините за сумбур, нет возможности написать яснее и четче.
Page 1 of 2 << [1] [2] >>

Date: 2014-05-08 05:08 pm (UTC)
From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com
А как же автокаталитические реакции, в первую очередь реакция Бутлерова-Формоза? Да и в любом случае, процессы поликонденсации-гидролиза в системах с периодическим изменением количества свободной воды, сугубо в силу принципа Ле-Шателье-Брауна дадут нам "размножение" и какой-никакой "отбор". Так что говорить, что между эволюцией химической и эволюцией биологической есть глубочайшая пропасть, имхо, не совсем корректно.

Date: 2014-05-08 05:49 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
процессы поликонденсации-гидролиза в системах с периодическим изменением количества свободной воды, сугубо в силу принципа Ле-Шателье-Брауна дадут нам "размножение" и какой-никакой "отбор.

Да, вот и мне кажется, что был постепенный переход от такого химического "отбора" к Дарвиновскому, а принцип комплементарности - ключевое условие такого перехода.

Date: 2014-05-08 05:49 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_dusty_/
Одна из регулярных и систематических ошибок в данной книге (на мой неискушенный взгляд) - то, что я называю "ошибкой ранних реконструкций индоевропейского". Это когда берется развившееся из какого-нибудь общего предка (LUCA, LECA и т.д.) древо потомков, выбираются ВСЕ ортологичные белки в его ветвях, и потом утверждается, что все они произошли от единого гена предка - и, следовательно, предок обладал большим и сложным геномом.
Это напоминает те самые реконструкции, послужившие началом индоевропейской компаративистики: когда только познакомившиеся с санскритом лингвисты считали, что общий предок индоевропейских языков был "таким же богатым на (разные) согласные, как санскрит; и таким же богатым на гласные, как древнегреческий". Но сотня лет исследований заменила это мнение на противоположное: "такой же бедный на гласные, как санскрит; и такой же бедный на согласные, как древнегреческий".
Так и в книге Кунина: хорошо показано, как работает храповик уменьшения сложности генома; но непонятно, почему _всегда_ максимум сложности наблюдается у предка выбранной для анализа группы...

Date: 2014-05-08 06:01 pm (UTC)
From: [identity profile] oldodik.livejournal.com
Где-то в уважаемом источнике не так давно читал, что, наоборот, бедность санскрита на гласные полагалась чем-то исконным, и лишь после поняли, что это нечто позднее; возможно - последствия его бытования в Индии на дравидийском субстрате.
Кажется, Зализняк где-то рассказывал. Сейчас уже не соображу, как быстро проверить.

(no subject)

From: [identity profile] chyyr.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:45 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] oldodik.livejournal.com - Date: 2014-05-09 03:58 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] chyyr.livejournal.com - Date: 2014-05-08 08:16 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] oldodik.livejournal.com - Date: 2014-05-09 03:59 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] combinator30.livejournal.com - Date: 2014-05-08 06:21 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/ - Date: 2014-05-09 08:20 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] eugene-koonin.livejournal.com - Date: 2014-05-09 03:59 pm (UTC) - Expand

Date: 2014-05-08 06:02 pm (UTC)
From: [identity profile] pogorily.livejournal.com
===
Т.е. механизмы репликации РНК и трансляции появились просто случайно, в силу бесконечности мироздания (где все, что не запрещено законами сохранения, непременно произойдет, причем бесконечное число раз). А уже потом началась дарвиновская эволюция.

То, что это полный снос крыши, понятно, и автор это подробно обсуждает.
===

А в чем снос крыши?
По мне так это довольно очевидно.
С единственным уточнением - скорее всего существуют механизмы в химическом смысле автокаталитические (впрочем, и жизнь с точки зрения химика это автокаталитическая реакция сложных многомолекулярных комплексов), которые делают процесс гораздо более направленным и соответственно сильно повышают вероятность получения способных к репликации молекул, на которых уже пойдет дарвиновская эволюция.

Я в этом отношении, возможно, экстремист.
Например, предполагаю, что существование РНК-мира могло быть весьма кратковременным (может, даже меньше миллиона лет), по той причине, что давление отбора должно быть огромным - от крайне примитивных самовоспроизводящихся рибозимов до весьма совершенных структур типа бактерии (ДНК-РНК-белки, окруженные липидной мембраной). Ведь структуры типа бактерий, зародившись около 4 млрд назад, существуют в изобилии и поныне - насколько же велико их совершенство! И насколько велико должно быть давление отбора в сторону этого совершенства!


Ну а если уж не найдется таких "механизмов ускорения (что, по-моему, вряд ли) - остается "сильный антропный принцип". Грубо говоря, если вероятность возникновения жизни в одной Вселенной одна триллионная, то при тысяче триллионов вселенных около тысячи будет с жизнью. И мы живем в одной из них - просто потому что мы живем.

Тут, конечно, крайне интересным было бы обнаружение "иной жизни", неземного происхождения. Но вероятность этого в обозримом будущем, по-моему, весьма невелика. Независимо от того, существует ли такая жизнь. Насчет межзвездных коммуникаций все довольно тухло.

Date: 2014-05-08 06:16 pm (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
"снос крыши" там в предположении, что механизм трансляции (рибосома из двух субъединиц, набор тРНК, разнообразные мРНК, и все это - уже готовое, работающее) - что все это появилось случайно, без помощи предшествующей Дарвиновской эволюции. Для такого допущения не хватает тысячи триллионов вселенных. Нужны принципиально бОльшие числа, Кунин говорит о бесконечности.

(no subject)

From: [identity profile] pogorily.livejournal.com - Date: 2014-05-08 06:22 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com - Date: 2014-05-08 06:34 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-09 03:18 am (UTC) - Expand

Date: 2014-05-08 06:10 pm (UTC)
From: [identity profile] combinator30.livejournal.com
Так уж получилось, что после прочтения книги Кунина тоже заинтересовался данной темой. Первая часть моих рассуждений по этому поводу изложена здесь (http://www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=470). Через месяц-другой надеюсь закончить вторую часть.

Date: 2014-05-08 06:11 pm (UTC)
From: [identity profile] derkinder.livejournal.com
Извиняюсь за оффтоп:
Хотел спросить, как живется с такими познаниями? Предположим, основная масса людей в России, необразованных, образованных, неважно, главное, которая, так же предположим, не знает или не хочет знать о эволюции, живут совершенно по-другому. А черт с ним! даже если и знает, не придаёт этому явлению никакого значения. Значения, которое кардинально повлияет на их жизнь. Не хочу показаться фанатиком, но такие люди, как Вы, то есть, палеонтологи, биологи, антропологи, в общем, все идейные люди, которые стремятся (этот эпитет, я считаю наиболее подходящим) ответить на такие сакральные вопросы "откуда мы взялись?", "кто мы такие?" и т.д., стоят у меня на самой высшей ступени почёта. Я безгранично благодарен за Ваш труд и труд Ваших коллег.
Спасибо за внимание.

Date: 2014-05-08 06:12 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
Нужно поставить гловбокс, изолированный от внешней среды, тщательно его дизинфицировать, убить там всё живое радиацией всех частот, максимально возможной температурой. Внутри должны быть частично сообщающиеся сосуды с перемешиваемой водой, кучей разных минералов, солей и прочее - тоже тщательно дизинфицированное и очищенное от кислорода. В боксе смесь газов под давлением немногим большим атмосферы. В разных частях бокса производятся разные операции - над одним сосудом фигачим радиацией, другой держим в температуре близкой к кипению, в углу пускаем разряды молний как в опытах Миллера. Cтоит пожалуй и напрямую какую-то органику запустить, чтоб время сэкономить. Вполне возможно репликоны возникнут за довольно небольшой срок. Месяцы.

Date: 2014-05-09 06:26 pm (UTC)
From: [identity profile] hitroum.livejournal.com
Напоминает Парацельса "Налей мочу в лошадиный желудок"

Date: 2014-05-08 06:13 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
"По уровню (не)экономичности эта гипотеза в принципе мало отличается от гипотезы Божественного сотворения."
По моему без Бога всё же экономичнее.

Date: 2014-05-08 06:24 pm (UTC)
From: [identity profile] error-lapsus.livejournal.com
Книга мощная, действительно. Я пока осилил только первую главу, и понял, что надо это дело отложить до тех пор, пока не появится больше свободного времени. Причём читать с ручкой и тетрадью под рукой, чтобы отмечать всё, что непонятно, перечитывать и т.д.

P.S.: Кстати, Вашу с Еленой Наймарк книгу "Эволюция" тоже интересно читать. Спасибо!
Edited Date: 2014-05-08 06:39 pm (UTC)

Date: 2014-05-09 03:58 am (UTC)
From: [identity profile] metarattus.livejournal.com
Самая мякотка там в конце как раз - последние две главы. И ручка с тетрадью там не обязательны на Наш взгляд.

Вот в середине - там крепитесь - там формул по две-три-четыре на страницу встречается. Хотя и без интегралов.

Date: 2014-05-08 06:27 pm (UTC)
From: [identity profile] nordfire.livejournal.com
Это ключевой момент. Когда теплое остывает, а холодное нагревается, и камень скатывается с горы, и застревает в удобной ямке внизу - это все очень здорово описывается началами термодинамики. Так и есть. И вдруг. Вот этот вот вектор "остывания мира" вдруг поворачивает вспять. Жизнь - это вектор в другую сторону.
Этот момент - когда родился(появился, возник) вектор "в другую сторону" - он ключевой. Казалось бы, ну что тут такого - много простой органики плюс миллионы лет (если долго мучиться - что-нибудь получится) - вот и получилось. Вполне может быть, получалось много раз, потом исчезало, и получалось вновь. Но этот момент - он просто волшебный какой-то. Это как если бы теплое не стало остывать, а камень не стал скатываться с горы.
Такая вот удивительная загадка.

Date: 2014-05-08 06:53 pm (UTC)
From: [identity profile] flavorchemist.livejournal.com
Жизнь - это вектор в другую сторону.

Ух ты. С чего бы это?

Такая вот удивительная загадка.

Нет никакой загадки, кроме ограниченности ваших знаний и нежелания посмотреть на суть вещей совсем немного шире. Кстати, эта удивительная загадка регулярно происходит например в вашем холодильнике.
Edited Date: 2014-05-08 06:55 pm (UTC)

(no subject)

From: [identity profile] nordfire.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:15 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] flavorchemist.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:28 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] nordfire.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:48 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] flavorchemist.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:53 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-09 05:07 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] nordfire.livejournal.com - Date: 2014-05-09 06:21 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com - Date: 2014-05-11 07:41 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] nordfire.livejournal.com - Date: 2014-05-11 05:27 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com - Date: 2014-05-15 02:50 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] nordfire.livejournal.com - Date: 2014-05-15 06:14 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com - Date: 2014-05-16 06:58 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yyamaa.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:46 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] flavorchemist.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:54 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yyamaa.livejournal.com - Date: 2014-05-08 07:57 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] flavorchemist.livejournal.com - Date: 2014-05-08 08:14 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yyamaa.livejournal.com - Date: 2014-05-08 08:26 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] aosypov.livejournal.com - Date: 2014-05-08 08:50 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com - Date: 2014-05-11 07:47 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yyamaa.livejournal.com - Date: 2014-05-11 08:14 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com - Date: 2014-05-11 08:37 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yyamaa.livejournal.com - Date: 2014-05-11 09:07 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com - Date: 2014-05-11 09:12 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yyamaa.livejournal.com - Date: 2014-05-11 09:22 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] yarsmirnov.livejournal.com - Date: 2014-05-11 10:12 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] the-toad.livejournal.com - Date: 2014-05-08 09:40 pm (UTC) - Expand

Date: 2014-05-08 06:38 pm (UTC)
From: [identity profile] v-ment.livejournal.com
Неумение(нежелание) выражать свои мысли в ясной, краткой и доступной форме говорит о многом. Ладно если эти дикие заголовки, взятые из кандидатских диссертаций времен Застоя, имеют целью эпатировать публику...а если автор действительно не умеет резюмировать свои мысли ? Это уже диагноз. Причем без шуток - одна из форм психических расстройств, Гугл в помощь, кому интересно. В любом случае, я считаю, гордиться тут нечем.

Date: 2014-05-08 06:52 pm (UTC)
From: [identity profile] error-lapsus.livejournal.com
В конце первой главы (дальше я пока не продвинулся) у Кунина есть её резюме как раз и вполне понятное и содержательное. Так что резюмировать автор явно умеет.
Edited Date: 2014-05-08 06:52 pm (UTC)

(no subject)

From: [identity profile] v-ment.livejournal.com - Date: 2014-05-09 04:45 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-11 07:27 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-11 07:32 pm (UTC) - Expand

Date: 2014-05-08 06:49 pm (UTC)
From: [identity profile] redmoon (from livejournal.com)
По Кунину получается, что "углеродная жизнь" нетипична, и вероятность, что где-то есть такая же - ничтожно мала?
From: [identity profile] livejournal.livejournal.com
Пользователь [livejournal.com profile] eredraug сослался на вашу запись в записи «Еще раз про "Логику случая" Кунина (http://apokrif93.livejournal.com/20062221.html)» в контексте: [...] ник сообщения [...]

Date: 2014-05-08 06:55 pm (UTC)
From: [identity profile] nature_wonder.livejournal.com
Рад, что и вы, и другие комментаторы оценили книгу. Значит, не зря мы это делали. Конечно, 12 глава там особняком. Можно по-разному к ней относиться, и хорошо, что она никак не влияет на изложенное в остальных.

Date: 2014-05-08 07:23 pm (UTC)
From: [identity profile] zlata-gl.livejournal.com
Я тоже стараюсь.
Уже 2/3 примерно.
Мне Озон вез 2/3.
Когда-то я писала, что "Рождение сложности" - для неленивого читателя.
Кунин - для неленивого в квадрате.
Много слов не понимаю, но все равно дочитаю и перечитаю еще пару раз (метода у меня такая для авторов типа Пенроуза и Хофштадтера), а потом начну задавать вопросы.
Прорвемся ! :-)

Date: 2014-05-08 08:09 pm (UTC)
From: [identity profile] xxaanngg.livejournal.com
Т.е. механизмы репликации РНК и трансляции появились просто случайно, в силу бесконечности мироздания (где все, что не запрещено законами сохранения, непременно произойдет, причем бесконечное число раз). А уже потом началась дарвиновская эволюция.

Тут снова воспоминаются вопрос научной демаркации и Лейбнец: "теория должна быть проще данных, которые она объясняет, иначе она не объясняет ничего. Концепция научного закона становится бессмысленной, если допускает неограниченный уровень математической сложности, потому что в таком случае всегда можно сформулировать закон независимо от того, насколько случайны и беспорядочны факты. И наоборот, если единственный закон, объясняющий какие-то данные, оказывается слишком сложным, то рассматриваемые данные на самом деле не подчиняются никакому закону."

А вообще в последние десятилетия многие ученые, из ученых превращаются в философов) При этом, порой сами того не замечая продолжают воспринимать все это как науку. Хорошо когда это еще люди близкие к философии (например как такие основатели квантовой механики как Бор Гейзенберг, Шрёдингер), а когда это люди далекие от философии, то дело выглядит совсем плачевно.

Date: 2014-05-11 07:40 pm (UTC)
From: [identity profile] metarattus.livejournal.com
>то рассматриваемые данные на самом деле не подчиняются никакому закону

Exactly! Примерно это автор, вероятно, и подразумевал под "постмодернистским подходом".
Как раз обычный панадаптационизм постоянно порождает натяжки совы на глобус. Нейтрализм же наобормот предлагает не искать черную кошку в той комнате, где её, по всей вероятности, никогда и не было. Фпрочем, книгу Вы, очевидно, не читали, и вряд ли сдюжите.

>Хорошо когда это еще люди близкие к философии (например как такие основатели квантовой механики как Бор Гейзенберг, Шрёдингер), а когда это люди далекие от философии, то дело выглядит совсем плачевно.

ЩИТО?
Edited Date: 2014-05-11 07:41 pm (UTC)

Date: 2014-05-09 02:11 am (UTC)
From: [identity profile] eugene-koonin.livejournal.com
Благодарю, Александр!
Прочесть Ваш отзыв, естественно, более чем приятно...и ценно.
Подробно комментировать у меня, как и у Вас, нет времени, да наверное, нет и необходимости.
Всего несколько слов по поводу гл. 12, антропного принципа, инфляционной космологии и т.д.
Это тем более уместно, что относиться к этой космологии как к беспочвенной фантазии теперь сложнее, чем в момент публикации книги (вот здесь, к примеру, http://www.space.com/25078-universe-inflation-gravitational-waves-discovery.html).

Так вот, я ведь ничуть не пытался утверждать, что системы репликации и трансляции так вот и возникли в готовом виде, сугубо случайно. Утверждал я всего лишь три простые вещи.
1. Объяснить возникновение этих систем, пользуясь имеющимся аппаратом эволюционной биологии и химии, невероятно сложно. На этом я в общем-то стою. Очень приятно, что моя модель эволюции трансляции показалась Вам симпатичной, но в ней - куча натяжек. Уж не говоря про трипликазы. И с рибозимными репликазами очень все трудно, хотя работы отличные
(что особо подчеркивает, как все трудно).
2. В инфляционной мультивселенной понятие крайне редкого события меняет смысл. Все возможные события произошли в каких-то частях этой бесконечной мультивселенной. Соответственно, пренебрегать ролью таких событий в реальной истории из-за их редкости нельзя.
3. Наша задача как эволюционистов - отодвигать границу, за которой эволюционны механизмы не работают, и нужно привлекать случай, как можно дальше назад. Но не далее чем можно.

Собственно, все.

Еще раз, спасибо!

Date: 2014-05-09 04:50 am (UTC)
From: [identity profile] metarattus.livejournal.com
Евгений, если Вы это все же прочитаете: во-первых хочу признаться, что уже лет десять ничто так не потрясало основы моей картины Мира как Ваша книга. Может это преувеличение, но она же может стать настоящей "Motivational Hazard" для начинающих специалистов, которые всю жизнь думали, что занимаются изучением единственно вероятных естественных закономерностей, а они могут оказаться по большей части всего лишь исторической случайностью. А почти самой маловероятной случайностью оказывается сам исследователь.

Практически все затронутые там проблемы обсуждены более чем исчерпывающе.
Но один только момент не дает мне покоя:

О неочевидности обязательности дискретного ("цифрового") кодирования информации для жизни.Тезис о том, что жизнь может быть основана только на архитектуре конечного автомата мне кажется совершенно непреложным. Особенно после ознакомления с полупопулярной работой В.Ф.Турчина о метасистемных переходах.
В то время как единственно мне известный случай "аналоговой эволюции" на прионах: http://www.sciencemag.org/content/327/5967/869.abstract показывает скорее крайнюю ограниченность возможностей такого пути.
В "Логике Случая" же вопрос этот оставлен совершенно открытым.
Если нет времени на ответ, прошу хотя бы порекомендовать работы/специалистов к которым с этим вопросом можно обратиться.

Большое спасибо!
Edited Date: 2014-05-09 04:52 am (UTC)

(no subject)

From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/ - Date: 2014-05-09 08:43 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-09 11:37 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/ - Date: 2014-05-09 09:01 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] eugene-koonin.livejournal.com - Date: 2014-05-09 08:47 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] xxaanngg.livejournal.com - Date: 2014-05-09 06:15 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-10 05:45 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] http://users.livejournal.com/_hellmaus_/ - Date: 2014-05-09 08:42 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com - Date: 2014-05-10 09:12 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] eugene-koonin.livejournal.com - Date: 2014-05-10 05:20 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] xxaanngg.livejournal.com - Date: 2014-05-11 01:03 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-11 08:08 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] xxaanngg.livejournal.com - Date: 2014-05-12 07:35 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] xxaanngg.livejournal.com - Date: 2014-05-12 07:44 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] xxaanngg.livejournal.com - Date: 2014-05-12 02:26 pm (UTC) - Expand

Date: 2014-05-09 02:51 am (UTC)
From: [identity profile] metarattus.livejournal.com
>Я наконец дочитал прекрасную книгу Евгения Кунина "Логика случая"
Это, без преувеличения, самый долгожданный для меня Ваш пост за всё это время. Очень подмывало спросить про сабж.

>Я получил огромное удовольствие не в последнюю очередь - от интеллектуальной мощи автора
Язык очень внушителен, это без вопросов. Но меня больше порадовало что это - первый встреченный мной случай, когда о биологии безкомпромиссно говорится на языке фундаментальной информатики, причем как раз в том ключе, что я сам давно думаю. Машина Тьюринга там, вот это всё...

>Глава 12 (про происхождение жизни), а точнее, ее "скандальный" раздел про привлечение антропного принципа
Похоже, не смотря на тщательнейший дисклеймер автора в примечании к сей главе, даже самым суровым специалистам трудно удержаться от того, чтобы начать именно с неё. :~]

>То, что это полный снос крыши, понятно, и автор это подробно обсуждает.
Я бы даже сказал, что "Cognitive Hazard" и "Motivational Hazard". И вместо существующей аннотации скорее бы обклеил обложку предупреждающими знаками "Может вызвать профессиональное выгорание у студентов и молодых биологов!", "ДСП - уровень допуска - не ниже к.б.н.!"
Автор подробно рассматривает самые известные высказывания про жизнь, в т.ч. и Добжанского. На мой взгляд, его собственное творение можно в изрядной степени выразить одной только первой частью того высказывания в стилистике мема "БЕЗNСХОДНОСТЬ":



>И таким образом дарвиновская эволюция потихоньку, постепенно стартовала. И уже только после этого могли начать появляться всякие разные другие рибозимы и сложился мир РНК. И теперь эволюция шла уже на основе и дрейфа, и отбора.
Одна из тех вещей, которую мне очень трудно понять и принять - это тезис о том, что репликация не обязательно должна была быть самоспецифичной сразу. Или, хотя бы, что необходимости возникновения само(взаимо)специфичности репликазы обычно не придают важного значения. А КМК, скорее именно этот момент и следует считать точкой возникновения жизни.

>С точной репликацией пока не очень хорошо, но все-таки есть быстрый прогресс в этой области
см.: Рибозимы могут размножать друг друга 0,88 ошибок на 100 нуклеотидов - это уже очень неплохо.

Буквально недели две тому назад наткнулся на почти уже годовалую статью, где уровень процессивности и точности удалось значительно поднять (до 206 нуклеотидов!) путем понижения температуры реакционной смеси:
http://www.nature.com/nchem/journal/v5/n12/full/nchem.1781.html

Так что, всё ещё очень хочется и пока ещё можно надеятся, что мы в своей "Н-области" все же не одни. И вероятность наша тут несколько побольше, чем вероятность зарождения фентезийных персонажей типа эльфов или гномов в выходящем тексте в одной из бесконечного числа "печатных машинок" по которым хаотично стучат "нечеловеческие гоминиды".
В остальном - совершенно ППКС.
Edited Date: 2014-05-09 03:00 am (UTC)

Date: 2014-05-10 01:17 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
Kaртинка суперовская

Date: 2014-05-09 04:49 am (UTC)
From: [identity profile] postdoc-nvs.livejournal.com
Здравствуйте!
А существует цифровая версия этой чудесной книги?
Очень хочется ее изучить, но читать книги я с некоторого времени не могу,
очень ослабло зрение. На компьютере можно увеличить до любых размеров,
статьи на бумаге мне тоже читать сложно, а в pdf-формате - еще вижу на
большом экране.
Помогите мне, пожалуйста, если такая версия существует.
СПАСИБО!

Date: 2014-05-10 07:28 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
У вас стоит какое-то ограничение на сообщения, не смог ответить.
Есть английский пдф, оригинал то есть.
Могу прислать, если адрес дадите.

(no subject)

From: [identity profile] postdoc-nvs.livejournal.com - Date: 2014-05-10 03:21 pm (UTC) - Expand

Date: 2014-05-09 05:10 am (UTC)
From: [identity profile] skichmana.livejournal.com
Книгу прочитал, но понял хорошо если половину.
Эту книгу ни в коем случае нельзя назвать популярной. Небиологу (такому как мне) в ней не объясняются многочисленные термины, появляющиеся на каждой странице. Если общие рассуждения ещё понять можно, то доказательства и детализацию приходилось пропускать.
В целом же книга полезна, наверное, так как показывает круг проблем и состояние их изученности.

Date: 2014-05-09 06:06 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Совершенно верно, книга явно не предназначена для небиологов.

(no subject)

From: [identity profile] zlata-gl.livejournal.com - Date: 2014-05-12 10:10 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com - Date: 2014-05-12 02:39 pm (UTC) - Expand

Date: 2014-05-09 09:46 am (UTC)
From: [identity profile] alisarin.livejournal.com
== Но есть же принцип комплементарности ("главная тайна жизни" Ф. Крика), и он сам по себе обеспечивает некий минимальный уровень точности копирования

Чисто химическая гипотеза - дозреют они когда-нибудь сравнить это с вулканизацией - повышением устойчивости за счет образования поперечных связей. Но только не со смещенным равновесием, но с зыбким :)

Date: 2014-05-09 10:08 am (UTC)
From: [identity profile] inry-r.livejournal.com
Вместо антропного принципа и многомировой теории можно было сразу сказать "а до этого места фиг знает что происходило". Проще и честнее.

Вспоминается синтез аденозина, где каким-то чудом промежуточные продукты катализировали дальнейшие шаги. В то время, как лобовой подход требовал специфических условий и давал малый выход. Мне кажется, и с репликантами было что-то подобное. А-ля теорема о неподвижной точке.

Date: 2014-05-11 07:17 pm (UTC)
From: [identity profile] metarattus.livejournal.com
Разница как раз в том, что автор, подробно разбирая известные факты, в то же время не позволяет себе никаких таких экстраполятивно-спекулятивных "мне кажется". Потому эта книга - по сути моментальный срез существующей парадигмы. Причем если уж такого класса специалисты не берутся предсказывать куда поедет эта самая парадигма дальше, то чьи-то, существенно менее компетентные мнения тем паче интереса не представляют.

Date: 2014-05-09 11:02 pm (UTC)
From: [identity profile] vblago.livejournal.com
Ну evolvability все-таки скорее "возможность эволюции" а не "эволюция эволюционируемости"

Date: 2014-05-10 04:02 am (UTC)
From: [identity profile] overscience-mes.livejournal.com
я со вчерашнего дня в сомнениях, это вы так тонко стебетесь?

Date: 2014-05-10 07:22 am (UTC)
From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com
Вы конкретно о чем?

(no subject)

From: [identity profile] overscience-mes.livejournal.com - Date: 2014-05-10 12:38 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com - Date: 2014-05-10 02:15 pm (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] metarattus.livejournal.com - Date: 2014-05-13 08:00 am (UTC) - Expand

(no subject)

From: [identity profile] macroevolution.livejournal.com - Date: 2014-05-13 09:05 am (UTC) - Expand

Date: 2014-05-10 07:34 am (UTC)
From: [identity profile] evgeniirudnyi.livejournal.com
"в силу бесконечности мироздания (где все, что не запрещено законами сохранения, непременно произойдет, причем бесконечное число раз)."

На тему бесконечности мироздания есть чудная книга Helge Kragh, Entropic Creation: Religious Contexts of Thermodynamics and Cosmology, 2008, которая описывает бурные дебаты на тему тепловой смерти вселенной, проходившие среди европейских интеллектуалов в 1850-1920 годах. Крайне поучительно.

Ссылки

Date: 2014-05-10 08:12 am (UTC)
From: [identity profile] livejournal.livejournal.com
Пользователь [livejournal.com profile] dok_zlo сослался на вашу запись в записи «Ссылки (http://dok-zlo.livejournal.com/1466140.html)» в контексте: [...] 8. про "Логику случая" Кунина Тыц [...]
Page 1 of 2 << [1] [2] >>

January 2019

S M T W T F S
  12345
6789101112
1314 1516171819
20212223242526
2728293031  

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Sep. 19th, 2025 08:00 am
Powered by Dreamwidth Studios