Неандерталка из Денисовой
Dec. 26th, 2013 06:56 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
macroevolutionВ 11-ом слое Денисовой пещеры, кроме фаланги мизинца девочки (давшего полный ядерный и мт-геном денисовского человека) и зуба (еще один денисовский мт-геном) в 2010 году нашли проксимальную фалангу пальца ноги - очень массивную, сочетающую признаки неандертальцев и архаичных сапиенсов из пещеры Схул (см. об этой фаланге.). Она была найдена в самой нижней части слоя, поэтому она может быть более древней, чем первые две находки.
И вот из этой фаланги пальца ноги Паабо и его команда сумели тоже извлечь полный ядерный геном (Prüfer et al., 2013. The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains). Стоило бы написать об этом полноценную новость для "Элементов", но не получится, поэтому пишу здесь - очень конспективно, чисто чтобы не забыть и иметь ссылки под рукой.
Геном оказался неандертальский. Ничего себе! Правда, в тех же краях, в пещере Окладникова, уже были зарегистрированы генетические неандертальцы. Но чтобы прямо в одной пещере, в одном слое! В гости они, что ли, друг к другу ходили? Ну ладно, остановимся на том, что находки все-таки, скорее всего, разновозрастные. Может быть, на несколько тысячелетий неандертальцы с денисовцами все-таки разминулись в этой пещере. Одна из разумных калибровок дает (по молекулярным часам) возраст 50-54 тысяч лет для двух денисовцев и 64-68 тысяч лет для денисовской неандерталки.
Слева - дерево по митохондриалке. Денисовская мтДНК отстоит от всех остальных далеко. Неандерталка из денисовой (Toe phalanx) ближе всех к товарищам из Мезмайской (Кавказ), от западноевропейских неандертальцев она подальше.
Справа - дерево по ядерным геномам. Здесь видно, что денисовцы на самом деле - родственники неандертальцев (ближе к ним, чем к нам). Значит, мтДНК денисовцев - чужая, интродуцированная.
Ко всем древним и современным геномам были применены разнообразные хитрые методы анализа, которые показали следующее:
1) Подтвердился привнос неандертальских генов в генофонд сапиенсов, вышедших из Африки (неандертальцы, скрещивавшиеся с нашими предками, были ближе всего к индивиду из Мезмайской). Подтвердился и поток денисовских генов в генофонд сапиенсов - предков папуасов и австралийцев.
2) Новое: был небольшой приток генов от алтайских неандертальцев к денисовцам, совсем маленький. В том числе, кажется, несколько генов, связанных с иммунной защитой, перешло от неандеров к денисовцам.
3) Еще новое: был приток генов к денисовцам от каких-то архаичных гоминид, отделившихся от общих предков сапиенсов, неандеров и денисовцев примерно миллион лет назад - видимо, от эректусов. Напрашивается предположение, что из того же источника денисовцы получили и свою мтДНК (и гейдельбергские люди из Сима де лос Уэсос свою получили, очевидно, оттуда же).
4) Наконец, у азиатов (китайцев и т.п.) все-таки обнаруживается маленькая денисовская примесь. Может быть, это результат гибридизации предков азиатов с денисовцами, но в принципе это может быть и результат их гибридизации с предками австралийцев и папуасов, которые до этого успели гибридизоваться с денисовцами.
Неандерталка из Денисовой - дитя инцеста. Ее родители были родственниками на уровне единоутробных брата и сестры (имели одну мать и разных отцов), или они могли быть, например, дядей и племянницей или тетей и племянником или, в крайнем случае, дедом и внучкой или бабкой и внуком.
Численность популяции неандертальцев (как и денисовцев, впрочем) была по жизни очень низкой по сравнению с численностью современных им сапиенсов. По-видимому, предки неандертальцев и денисовцев, выйдя из Африки и расселившись по Евразии, не очень-то процветали. Их было мало, они жили мелкими разрозненными группками, они женились на близких родственниках, они жрали друг друга почем зря. Дела их шли не очень-то. Ведь в маленьких популяциях, помимо прочего, отбор работает не так эффективно, как в больших. Полезные мутации накапливаются медленнее. Уже только за счет своей малочисленности неандертальцы и денисовцы проигрывали заочную эволюционную гонку.
Тем временем предки сапиенсов в Африке отъедались и плодились, а когда они вышли оттуда и устремились на просторы Евразии, то и тут они продолжали процветать и радоваться жизни. Может быть, они едва замечали жалкие группки каких-то "выродков", попадавшихся кое-где на занимаемых сапиенсами новых территориях и вскоре исчезавших бесследно... но эпизодическая гибридизация все же была, хотя и редко, очень редко. На самом деле, не то удивительно, что она была, а то, что она была такой небольшой. Репродуктивные барьеры были, судя по всему, весьма серьезные.
Составлены списки генетических изменений, закрепившихся у наших предков после отделения от предков неандертальцев и денисовцев. Список не очень длинный (...This list of simpleDNAsequence changes that distinguish modern humans from our nearest extinct relatives is thus comparatively small. For example, it contains only 96 fixed amino acid substitutions in a total of 87 proteins and in the order of three thousand fixed changes that potentially influence gene expression in present-day humans). Но среди изменившихся генов повышен процент связанных с развитием мозга в онтогенезе (в том числе изменения затронули гены CASC5, KIF18A, TKTL1, SPAG5, VCAM1). Так что всё-таки есть веские основания полагать, что мозги у сапиенсов были устроены не совсем так, как у неандертальцев и денисовцев.
Контекст + подборка ссылок по теме: Прочтен митохондриальный геном гейдельбергского человека: предки неандертальцев оказались родственниками денисовцев по материнской линии.
И вот из этой фаланги пальца ноги Паабо и его команда сумели тоже извлечь полный ядерный геном (Prüfer et al., 2013. The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains). Стоило бы написать об этом полноценную новость для "Элементов", но не получится, поэтому пишу здесь - очень конспективно, чисто чтобы не забыть и иметь ссылки под рукой.
Геном оказался неандертальский. Ничего себе! Правда, в тех же краях, в пещере Окладникова, уже были зарегистрированы генетические неандертальцы. Но чтобы прямо в одной пещере, в одном слое! В гости они, что ли, друг к другу ходили? Ну ладно, остановимся на том, что находки все-таки, скорее всего, разновозрастные. Может быть, на несколько тысячелетий неандертальцы с денисовцами все-таки разминулись в этой пещере. Одна из разумных калибровок дает (по молекулярным часам) возраст 50-54 тысяч лет для двух денисовцев и 64-68 тысяч лет для денисовской неандерталки.
Слева - дерево по митохондриалке. Денисовская мтДНК отстоит от всех остальных далеко. Неандерталка из денисовой (Toe phalanx) ближе всех к товарищам из Мезмайской (Кавказ), от западноевропейских неандертальцев она подальше.
Справа - дерево по ядерным геномам. Здесь видно, что денисовцы на самом деле - родственники неандертальцев (ближе к ним, чем к нам). Значит, мтДНК денисовцев - чужая, интродуцированная.
Ко всем древним и современным геномам были применены разнообразные хитрые методы анализа, которые показали следующее:
1) Подтвердился привнос неандертальских генов в генофонд сапиенсов, вышедших из Африки (неандертальцы, скрещивавшиеся с нашими предками, были ближе всего к индивиду из Мезмайской). Подтвердился и поток денисовских генов в генофонд сапиенсов - предков папуасов и австралийцев.
2) Новое: был небольшой приток генов от алтайских неандертальцев к денисовцам, совсем маленький. В том числе, кажется, несколько генов, связанных с иммунной защитой, перешло от неандеров к денисовцам.
3) Еще новое: был приток генов к денисовцам от каких-то архаичных гоминид, отделившихся от общих предков сапиенсов, неандеров и денисовцев примерно миллион лет назад - видимо, от эректусов. Напрашивается предположение, что из того же источника денисовцы получили и свою мтДНК (и гейдельбергские люди из Сима де лос Уэсос свою получили, очевидно, оттуда же).
4) Наконец, у азиатов (китайцев и т.п.) все-таки обнаруживается маленькая денисовская примесь. Может быть, это результат гибридизации предков азиатов с денисовцами, но в принципе это может быть и результат их гибридизации с предками австралийцев и папуасов, которые до этого успели гибридизоваться с денисовцами.
Неандерталка из Денисовой - дитя инцеста. Ее родители были родственниками на уровне единоутробных брата и сестры (имели одну мать и разных отцов), или они могли быть, например, дядей и племянницей или тетей и племянником или, в крайнем случае, дедом и внучкой или бабкой и внуком.
Численность популяции неандертальцев (как и денисовцев, впрочем) была по жизни очень низкой по сравнению с численностью современных им сапиенсов. По-видимому, предки неандертальцев и денисовцев, выйдя из Африки и расселившись по Евразии, не очень-то процветали. Их было мало, они жили мелкими разрозненными группками, они женились на близких родственниках, они жрали друг друга почем зря. Дела их шли не очень-то. Ведь в маленьких популяциях, помимо прочего, отбор работает не так эффективно, как в больших. Полезные мутации накапливаются медленнее. Уже только за счет своей малочисленности неандертальцы и денисовцы проигрывали заочную эволюционную гонку.
Тем временем предки сапиенсов в Африке отъедались и плодились, а когда они вышли оттуда и устремились на просторы Евразии, то и тут они продолжали процветать и радоваться жизни. Может быть, они едва замечали жалкие группки каких-то "выродков", попадавшихся кое-где на занимаемых сапиенсами новых территориях и вскоре исчезавших бесследно... но эпизодическая гибридизация все же была, хотя и редко, очень редко. На самом деле, не то удивительно, что она была, а то, что она была такой небольшой. Репродуктивные барьеры были, судя по всему, весьма серьезные.
Составлены списки генетических изменений, закрепившихся у наших предков после отделения от предков неандертальцев и денисовцев. Список не очень длинный (...This list of simpleDNAsequence changes that distinguish modern humans from our nearest extinct relatives is thus comparatively small. For example, it contains only 96 fixed amino acid substitutions in a total of 87 proteins and in the order of three thousand fixed changes that potentially influence gene expression in present-day humans). Но среди изменившихся генов повышен процент связанных с развитием мозга в онтогенезе (в том числе изменения затронули гены CASC5, KIF18A, TKTL1, SPAG5, VCAM1). Так что всё-таки есть веские основания полагать, что мозги у сапиенсов были устроены не совсем так, как у неандертальцев и денисовцев.
Контекст + подборка ссылок по теме: Прочтен митохондриальный геном гейдельбергского человека: предки неандертальцев оказались родственниками денисовцев по материнской линии.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2013-12-27 08:02 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 08:15 am (UTC)http://antropogenez.ru/book/1/
no subject
Date: 2013-12-27 08:19 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 08:25 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 08:40 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 08:42 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 08:51 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 08:56 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 08:58 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:00 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:02 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:05 am (UTC)Денисовцы, я думаю, произошли не от эректусов, а от т.н. "гейдельбергских людей в широком смысле" (которые уже, в свою очередь, произошли от африканских эректусов). Эти самые гейдельбергские люди - предки денисовцев (а заодно и сапиенсов с неандертальцами) изначально жили в Африке и, наверное, на Ближнем Востоке (продвинутая ашельская стоянка Gesher Benot Ya'aqov), а примерно 500-350 тыс. лет назад (судя и по генам, и по археологии) стали активно продвигаться в Европу (где стали неандертальцами) и в Азию (где стали денисовцами). Они несли с собой позднеашельскую технологию, и это расселение известно археологам (по орудиям) (см.: http://evolbiol.ru/derevjanko.htm - т.н. "вторая волна"). В ходе расселения представители этой "второй волны" скрещивались с остатками "первой волны" - местными евразийскими эректусами, предки которых начали выходить из Африки еще 1,8 млн лет назад.
no subject
Date: 2013-12-27 09:08 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:09 am (UTC)А сейчас есть потомки неандертальцев? Где-то читал, что была гибридизация. Современные методы генетических исследований дают такую информацию?
И еще. Этих 12 человек, из истории про людоедов, их что, съели одномоментно? Если так, то это полная жуть. И как их ели? Просто съели живую плоть?
no subject
Date: 2013-12-27 09:26 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:29 am (UTC)Ну да, все современные люди, кроме негров - немножко (на 1,5 - 2,1%) потомки неандертальцев.
съели одномоментно? Если так, то это полная жуть. И как их ели?
Ну, вряд ли одномоментно. Сначала убили, потом встали лагерем и несколько дней или недель пировали, потом дальше пошли. Ели, похоже, сырое мясо - вроде бы там нет следов термической обработки.
Ссылки
Date: 2013-12-27 09:33 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:34 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:34 am (UTC)Что же касается фильмов - да, не видел. Но тут на самом деле два вопроса. Вы видели научные реконструкции первых сапиенсов (восстанавливать лицо по черепу умеют уже довольно давно)? Я нет. Давайте сначала выясним этот вопрос. Если же внешность первых сапиенсов науке не известна, то почему бы не предположить, что они были похожи на негроидов?
Или, извините за прямоту, очень хочется если и происходить от обезьяны, то хотя бы не через негров?
no subject
Date: 2013-12-27 09:36 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 09:50 am (UTC)Длина перпендикулярных отрезков (в данном случае - вертикальных) ничего не значит.
Соответственно, генетическая дистанция между французом и бушменом (или любая другая) вычисляется как сумма горизонтальных (только горизонтальных) отрезков, соединяющих общего предка двух сравниваемых индивидов с каждым из них.
no subject
Date: 2013-12-27 10:18 am (UTC)no subject
Date: 2013-12-27 10:19 am (UTC)http://antropogenez.ru/zveno-single/261/
Все-таки, при всех оговорках и сложностях, чаще всего Дробышевский упоминает негроидные черты.
no subject
Date: 2013-12-27 11:12 am (UTC)А что, этот предок не был обезьяной?
no subject
Date: 2013-12-27 11:13 am (UTC)