macroevolution | Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

Дискуссия вокруг статьи Дмитрия Шабанова об ЭТЭ в прошлый раз получилась на редкость бурной: 385 комментариев!
Желающие могут продолжить. Некоторое время назад я получил от Дмитрия письмо:

Обсуждение моей прошлой колонки в Вашем ЖЖ подтолкнуло меня написать что-то вроде "ЭТЭ для занятых". На моем сайте это лежит тут http://batrachos.com/Основы_ЭТЭ , на сайте Компьютерры - тут http://www.computerra.ru/?p=89395 . Это относительно небольшое и относительно законченное объяснение. Есть ряд тем, которые не влезли - и обсуждение тех фактических данных, которые есть, и обсуждение того, почему их мало. К сожалению, не дошло и до нормального разговора о разнообразии признаков (в ответ на Вашу критику). Но, по крайней мере, на вопрос, чем это отличается от идей Лысенко, ответ дан (...) Я постараюсь ответить на вопросы к этому тексту и по возможности ответить на обращенную против этих идей критику. К сожалению, среди комментариев на имеющейся странице многие пишут не о том, о чем я писал, а о своих фантазиях.

Кроме того, появилось открытое письмо Анатолия Протопопова: http://protopop.hotbox.ru/epigen.html

(сам я еще, виноват, не успел ознакомиться с этими материалами)

Threaded | Top-Level Comments Only

Что же касается механизмов эволюции - Дарвин их вообще не знал, они вообще были открыты много позже его смерти
А из какого источника Ваша уверенность, что механизмы эволюции успешно открыты и гипотезы уже не нужны?

Вы приписываете мне утверждения, которых я не делал.
Я не утверждаю, что все механизмы эволюции известны.

Я лишь утверждаю, что
1. СТЭ не нуждается в точном определении всех механизмов эволюции, она охватывает если не все возможные, то очень многие как существующие и известные, так и гипотетические.
Случайность механизмов эволюции - это не основное положение СТЭ, а всего лишь частность, основанная на том, что других не обнаружено.
2. Никаких механизмов эволюции (помимо совершенно голословных утверждений) ЭТЭ не предлагает. Вообще.

Не очень поняла.
Допустим, еще не изобрели краску для волос.
Имеется темноволосая популяция (например, грузины), и мужикам нравятся блондинки.
Если возникла блондинистая мутация - она и так распространится. Без всякого подогрева.
Другой вопрос: почему вообще им нравятся блондинки ?

Случайность механизмов эволюции - это не основное положение СТЭ, а всего лишь частность, основанная на том, что других не обнаружено...
Никаких механизмов эволюции (помимо совершенно голословных утверждений) ЭТЭ не предлагает. Вообще.
В СТЭ с Ваших же слов в отношении механизмов эволюции "ничего кроме случайности не обнаружено". Это что - глубокое теоретическое достижение?
А ЭТЭ основывается на идеях Шмальгаузена и Уоддингтона, пытавшихся вывести эволюционную теорию за рамки господствующего там механицизма и привнести в неё учёт роли организма в эволюционно значимой изменчивости.

Нет, наоборот. Есть краска для волос, но нет натуральных блондинок. А мужикам нравятся крашеные блондинки. Такой вот каприз полового отбора (женщины красятся, чтобы понравиться мужчинам, а мужчинам нравятся блондинки, ведь они достаточно сообразительны и неленивы, чтобы краситься). Тогда мутация блондинистости распространится, потому, что натуральные блондинки получат преимущества искусственных блондинок, но даром.

ОК.
А теперь допустим, что краски нет.
Появилась мутация. (Или просто в гости приехала норвежка).
Гены блондинистости будут распространяться ?
Да. И еще быстрее, чем в популяции, где есть крашеные блондинки. Преимущество блондинки (перед остальными женщинами) будет больше.

Ну нет, так нет. Значит это не наш случай.

)))

С учетом того, что Дарвин о генах не имел ни малейшего понятия - странно как-то получается...

Пример красивый, заставил задуматься... но он не о том, как работает эволюция, и, к тому же, не о СТЭ.
В случае полового размножения (которое, как-никак, распространено настолько, что его можно считать типичным случаем, и характерно как раз для самых быстро эволюционирующих и сложных групп), гены оказываются каждый раз в новом сочетании. Типичные представления об отборе в СТЭ решают это очень просто: задают каждому аллелю определенную селективную ценность (отражение связанной с ним приспособленности). То, что определенная приспособленность не является константной характеристикой аллеля, теперь на словах признается, но в моделях отбора отражается весьма недостаточно.
В Вашем примере по произведению всегда можно восстановить сомножители (пусть в результате серьезного труда). По фенотипу восстановить генотип невозможно, хотя бы потому, что генотипу соответствует не один фенотип, а некое распределение их вероятностей. Норма, как обнаружил Четвериков, может развиваться на самой разной основе.
И Вы продолжаете верить, что с учетом всех этих сложностей, отбор фенотипов может направленно изменять генные частоты?

Примем, что блондинки успешнее.
Почему "мутация", при которой женщина становится блондинкой, привлекает мужчину и оставляет ребенка - эволюция, а поведенческий признак, при котором она отбеливает волосы, привлекает мужчину и оставляет ребенка - нет? Ребенку, кстати, может передаться и "мутация", и форма поведения.
В первом случае изменение цвета волос - ответ на изменение генотипа, во втором - ответ на средовое влияние (ее научили красить волосы). И то, и другое можут быть поддержано отбором. И то, и другое может быть унаследовано.
Разница этого примера с Вашим же примером с мышами - в том, что укорочение хвоста у мыши, которой его откусила кошка - случайный ответ. Изменение цвета волос в силу покраски (и желание красить волосы в социальной среде, где дураки ведутся на блондинок) - вполне закономерный процесс.

Понимаете, в чем проблема...
Вот идет обсуждение какого-то примера. Этот пример высосан из пальца, и его соответствие реальной ситуации спорящих не заботит. Обсуждая его, стороны делают какие-совершенно произвольные утверждения и даже соглашаются с некоторыми из подобных утверждений дрогой стороны.
Иногда они используют аргументы вроде "на это Шабанов ответит..." с приписыванием мне каких-то странных суждений.
Да... Конструктивный разговор...

Вы пишете об эпигенетической разметке ДНК? В ней меньше информации, чем в последовательности нуклеотидов.
Вы имеете в виду все эпигенетические (т.е. относящиеся к взаимодействию генов, генных продуктов и среды) процессы? В них, в частности, в потоке сигналов от среды, несравнимо больше информации, чем в генотипе.
Вы думаете, что изменение какого-то количества нуклеотидов превращает "обезьяну" в человека (тоже такую обезьяну, между прочим) без учета всех эпигенетических взаимодействий? Так и человек, и другие обезьяны вообще возникают благодаря им, а гены при этом лишь используются как один из информационных источников (и, как мы говорили, достаточно малый по мощности).

Вы пишете не о СТЭ. Вы высказали очень общее суждение, и почему-то назвали его СТЭ. СТЭ - это теория, созданная в свое время и обладающая своим инструментарием. Она объясняет, как отбор может менять генные частоты в том случае, если эффекты генов более-менее однозначно отражаются в фенотипе. И только потому, что она достаточно детализована, позволяет делать определенные прогнозы, она вообще является теорией, а не неким расплывчатым суждением.
Есть категории случаев, где она работает. Есть те, которым она совершенно не подходит. Для этих случаев нужна другая теория (другие теории).

Да-да, это тот самый Протопопов, который внес в обсуждение брачного поведения человека целый ряд интересных идей, но (вероятно, в отличие от кого-то, кто более "этолог") не обладает свойством непогрешимости.

> В случае полового размножения ... гены оказываются каждый раз в новом сочетании.

Ну не совсем в разном. Сочетаются пары гомологичных генов от матери и отца. Как правило, эти гены представляют собой аллели одного и того же гена, то есть, они очень похожи друг на друга. Соответственно, "делают" они почти одно и то же (у них двухпартийная система из партий почти-близнецов). Грубо можно считать, что это один ген, просто составной.

> генотипу соответствует не один фенотип, а некое распределение их вероятностей

Однояйцовые близнецы ОЧЕНЬ похожи друг на друга. Конечно, они слегка разные (например, у них разные отпечатки пальцев), но это отличие можно оставить за скобками. В математике все вычисления абсолютно точные, а вот в естественных науках, наоборот, ВСЕГДА не абсолютно точные.

На мой взгляд, можно С НЕКОТОРОЙ ТОЧНОСТЬЮ считать, что генотип однозначно преобразуется в фенотип.

И вот это преобразование необратимо. В конце-концов, то, чем занимается наука, во многом и состоит в том, чтобы обратить эту функцию. Например, подобрать такой ген, чтобы получились синие розы или такой ген, чтобы не было болезни Альцгеймера. Пока что это получается с трудом, что как бы намекает, что это и вправду трудно.

> И Вы продолжаете верить, что с учетом всех этих сложностей, отбор фенотипов может направленно изменять генные частоты?

Да. С моей точки зрения -- это единственный известный способ усваивания рассеянной информации (из окружающей среды). Более того, это единственный способ не только для эволюции, но и для любой информационной системы.

Мы с вами, то есть люди, казалось бы, усваиваем информацию по-другому, но это иллюзия. Глядя на китайский текст 现代进化综论 нам кажется, что мы видим каракули (для не знающих китайский). Вот истинная сила нашего непосредственного восприятия -- она равна нулю! :)

Но глядя на русский -- мы, наоборот, не можем отделаться от воспринимаемого звучания. Почему? Это память о многих тысячах проб и ошибок, которые мы совершали в детстве, когда учились читать. Мы проводили естественный отбор -- и таким образом научились, восприняли информацию извне.

Поэтому, я ни в коем случае не отрицаю возможностей эпигенетики, которая может включать и выключать гены под влияниям внешних факторов. Возможно, существует и эпигенетическое наследование, когда остаточное влияние внешней среды на организм родителя, через эпигенетику передаётся потомкам. Наконец, я даже не отрицаю априори эпигенетический отбор или возможность переписывания эпигенетической информации вниз, обратно на генетический носитель.

Но основной массив информации, по моему убеждению, мог попасть в организм только при помощи дарвиновского отбора и храниться он может только в генах. И Ваши (с Гольдшмидтом :) ) паттерны, они, я уверен, на 99,99...% генетические и только на небольшую толику эпигенетические.

Сколько именно содержится в эпигенетике -- я не знаю. Как узнать -- тоже не знаю. Предполагаю, что это могла бы быть какая-то хитрая статистическая ловушка, которая помогла бы отловить её роль....

Не сомневаюсь, что Гольдшмидт увидел ЧТО-ТО и оно существует. Но что это -- непонятно и, возможно, это вовсе не эпигенетика...

> Ребенку, кстати, может передаться и "мутация", и форма поведения.

А как? Насколько сейчас известно, формы поведения вырабатываются благодаря образованию связей между нейронами, происходящему под влиянием опыта.

Допустим, женщина научилась красить волосы. У неё в мозгу образовались какие-то связи.

Теперь задачка:

1) как узнать, какими именно комбинациями генов закодировать эти связи, чтобы они были врождёнными

и/или

2) как транспортировать эту информацию внутрь яйцеклетки или в её прогениторы, чтобы при следующем зачатии информация попала в ребёнка?

ИМХО, это задача во-первых, НЕВЫПОЛНИМА и во-вторых, нет никаких экспериментальных фактов того, что она могла бы выполняться.

Например, отсутствует канал связи, который бы передавал информацию о навыках из мозга в половые клетки.

> В них, в частности, в потоке сигналов от среды, несравнимо больше информации, чем в генотипе.

Как Вы считали? Я упоминал, как считается объём информации исходя из вероятности событий.

Например, сколько содержится информации в сообщении о том, что я сегодня был на улице и не встречал там живого динозавра?

Можно подумать, что 1 бит, то есть, "1 = да = встречал" или "0 = нет = не встречал".

Но это не так. Динозавры вымерли. Встретить живого динозавра практически невозможно (есть небольшая вероятность, что сумасшедшие учёные создали-таки Парк юрского периода и динозавр оттуда-таки сбежал). Если допустить, что вероятность встретить живого динозавра равна 0,0000001 (одна миллионная), то, значит, в сообщении о том, что я не встретил динозавра, содержится

-(1-0,000001) * log(1-0,00001) = 0,000014427 бита информации (логарифм по основанию 2).

одна стотысячная доля бита! то есть, очень мало информации!

Иными словами, Вы наверняка считаете информацию в RAW формате, а её нужно считать в сжатом JPEG виде. Если что-то почти предопределено, то это содержит мало информации.

> Вы думаете, что изменение какого-то количества нуклеотидов превращает "обезьяну" в человека (тоже такую обезьяну, между прочим) без учета всех эпигенетических взаимодействий?

Не я думаю, а по версии 100% фанатов генетической теории. То есть, фанаты думают, что если взять зиготу обезьяны и подменить в ней несколько генов с обезьяньих на человеческие, то из зиготы вырастет человек.

Вы говорите: нифига, этого недостаточно. Нужно ещё подправить эпигенетическую среду зиготы, заменив в ней то-то и то-то.

Что именно нужно заменить и каков информационный объём этих замен?

Эпигенетический ландшафт - результат взаимодействия всех факторов, входящих в систему управления развитием. Он нигде не "хранится", это - системное свойство.
И форма коленной чашечки, и число пальцев на руке не "хранится" нигде. Вопрос, где она "хранится" столь же бессмысленен, как вопрос о том, в каком месте мозга находится какая-то мысль.
Генетика явно сформулировала, что, в пределе, каждый ген влияет на весь фенотип, и каждый признак зависит от всего генотипа. Можно только уточнить - не только генотипа, но и многого другого - всего, что входит в систему управления развитием, систему эпигенетических взаимодействий.

"зачем Вы спорите с такой устаревшей концепцией? Неужели кто-нибудь в здравом уме, включая Докинза и Маркова, станет защищать ее в том, примитивном виде"
И Марков, и Докинз - в здавом уме. Однако Марков верит, что новый, устойчиво наследуемый признак у организма со сложным онтогенезом может возникнуть, вместе с механизмом, который управляет его развитием, в результате случайной и ненаправленной мутации. Он, кажется, верит, что те переключатели, которые описывает генетика развития, являются причиной появления запускаемых ими признаков.
Марков хорошо знает, сколь сложен онтогенез, и сколь нелинейны связи генотипа и фенотипа. Как у него это сочетается - вопрос к нему.
Докинз верит, что воспроизводя или отклоняя фенотипы, можно напрямую влиять на аллельные частоты, и использует такие рассуждения, говоря о признаках, которые являются результатом взаимодействия множества генов и иных факторов.
Я думаю, что и у Маркова, и у Докинза представления об онтогенезе и эволюции мозаичны - об этом двумаю, привлекая одни представления, а о том - другие, противоречащие первым. Это не отменяет моего уважения ни к Маркову, ни к Докинзу.

"основной вопрос, ответить на который, видимо пытается ЭТЭ - о скорости образования новых признаков"
Это уж точно не основной вопрос. Основной - причины целесообразности живого. Кстати, феномен наследственности в рамках СТЭ необъясним (и его появление должно предшествовать эволюции живого), а в рамках ЭТЭ находит простое и гармоничное объяснение.
ЭТЭ была создана не для объяснения экспериментов с мухами. Ключевые положения ЭТЭ - результат осмысления Шмальгаузеном и Уоддингтоном данных о том, как генотип отражается в фенотипе. То, что это - особый подход, отличающийся от подхода СТЭ, было осознано Шишкиным.

"Каков хотя бы предполагаемый механизм превращения аберрации в наследуемое изменение? Каков молекулярный механизм появления четырехкрылых мух в эксперименте Уоддингтона? Есть ли еще эксперименты (не наблюдательного, а интервенционного характера), доказывающие закрепление "полезного" фенотипа?"
О молекулярных механизмах фантазировать не буду. Разницы между наблюдательными и интервенционными экспериментами не знаю. Поэтому-то ничего не ответил на этот пассаж.

Я правильно поняла основную мысль письма Протопопова "Я этого [эпигенетику] не понял, поэтому она не верна"?

Нет, неправильно.

Я не понимаю, зачем Вы залазите в какие-то дебри.
Передача форм поведения "НЕВЫПОЛНИМА"? А как ВЫ научились разговаривать, писать и использовать CapsLock?
Формы поведения у людей наследуются благодаря обучению.

Простите меня, мне не очень интересно играться в оторванные парадоксы.
Ссылка на 100% фанатов - железная.
Насчет того, что надо заменить в эпигенетике... Знаете о феномене Маугли? Среди них были и воспитанные обезьянами... Увы, это - жалкие калеки. Так вот, все Маугли были рождены людьми и какое-то время воспитывались среди людей.

>но (вероятно, в отличие от кого-то, кто более "этолог") не обладает свойством непогрешимости.
Ох лол, как ожидаемо- злые догматичные непогрешимые представители официальной науки vs. благородные незашореные любители. Ясно понятно, теперь я вижу, что да, все таки тот самый Протопопов :)

Threaded | Top-Level Comments Only

Page 3 of 4

Продолжение дискуссии об "эпигенетической ТЭ"

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject