macroevolution

Ваши рассуждения предполагают, что глядя на итог развития, мы можем сказать: этот признак развился из-за действия генов, а этот - из-за внешнего воздействия, и разделить все эти признаки на две отчетливые группы.
На самом деле, сравнивая друг с другом, к примеру, клоны, мы увидим признаки, которые развиваются устойчиво (СТЭ говорит, что они "вызваны мутациями") и неустойчиво (из принято объяснять средой и называть "модификациями"). На самом деле на каждый онтогенез влияет генотип, среда и случайность, и разделить их эффекты невозможно.
Когда Вы говорите о "мутантах" и "калеках", Вы предполагаете тем самым, что это - разные группы. На самом деле, все они, раз развились так, а не иначе, имели эпигенотип, допускающий такой вариант развития с той или иной вероятностью