no to teleology
Nov. 5th, 2013 12:54 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
macroevolutionОригинал взят у ![[livejournal.com profile]](https://www.dreamwidth.org/img/external/lj-userinfo.gif)
eugene_koonin в no to teleology
eugene_koonin в no to teleologyIt has come to my attention that the recent discussion in LJ on the Universal Genome Hypothesis proposed by Michael Sherman (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17660714)
repeatedly invokes my name on the basis of the recommendation I made in Faculty of 1000 (http://f1000.com/prime/1090281).
Here are some links to the relevant posts from which one can proceed to many more:
http://pinchas.livejournal.com/62625.html
http://asena.livejournal.com/588870.html
http://machanaim.livejournal.com/830412.html?thread=10028492#t10028492
http://pinchas.livejournal.com/62625.html
http://myugor.livejournal.com/58048.html
The context in which this recommendation comes up is in places disturbing to me.
Therefore I believe that I owe the LJ community a clarification of my position. Now, as then, I find the Universal Genome Hypothesis an interesting and controversial idea (this is how my original recommendation is rendered – not as an unqualified endorsement). Moreover, I find the idea of ‘sampling’ from the Universal Genome as a major route of lineage-specific evolution to be highly appealing as we are becoming increasingly aware of the high prevalence, if not outright dominance, of reductive evolution in the history of life (see, e.g., this recent generalization: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23801028).
The above pertains to the pattern of evolution but does not specify the underlying process(es). The distinction can be important. In my view, the principal process underlying the potential emergence of novel functions, including developmental programs, by sampling of a “universal genome” has to be exaptation, i.e. recruitment of genes (and pathways, circuits etc) for functions distinct from the original ones (http://www2.hawaii.edu/~khayes/Journal_Club/fall2006/Gould_&_Vrb_1982_Paleobio.pdf; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11038582; those familiar with my Logic of Chance could also check Chapters 2 and 8). I therefore find statements to the effect that “The second prediction is that large blocks of information about developmental programs encoded in genomes of lower taxons must be useless. Therefore, deletion of these blocks should not affect physiology of these organisms” in Sherman’s article to be disingenuous and potentially misleading. I certainly do realize that such statements might open the door to teleological, non-scientific explanation involving some sort of “preconceived plan” implemented in the Universal Genome. Whether or not the article had a hidden agenda of this kind, is not for me to judge (the article does not make any such claim explicitly, so I suppose the author is entitled to the benefit of the doubt, i.e. the assumption that there was no teleological connotation intended). What I want to indicate strongly and unequivocally, that I am firmly against any intrusion of teleology or any other form of irrationality into the discourse of Evolutionary Biology. Any use of any of my public statements, including the above F1000 comment, as a tacit endorsement of such views constitutes misinterpretation and misappropriation, whether it is deliberate or not. I deeply regret if something that I said, perhaps with insufficient caution, spawns this kind of misuse.
*********************************************
Конец перепоста.
От себя добавлю, я тут вспомнил, что в чьем-то журнале ранее написал нижеследующий комментарий по теме, который уместно будет привести здесь:
repeatedly invokes my name on the basis of the recommendation I made in Faculty of 1000 (http://f1000.com/prime/1090281).
Here are some links to the relevant posts from which one can proceed to many more:
http://pinchas.livejournal.com/62625.html
http://asena.livejournal.com/588870.html
http://machanaim.livejournal.com/830412.html?thread=10028492#t10028492
http://pinchas.livejournal.com/62625.html
http://myugor.livejournal.com/58048.html
The context in which this recommendation comes up is in places disturbing to me.
Therefore I believe that I owe the LJ community a clarification of my position. Now, as then, I find the Universal Genome Hypothesis an interesting and controversial idea (this is how my original recommendation is rendered – not as an unqualified endorsement). Moreover, I find the idea of ‘sampling’ from the Universal Genome as a major route of lineage-specific evolution to be highly appealing as we are becoming increasingly aware of the high prevalence, if not outright dominance, of reductive evolution in the history of life (see, e.g., this recent generalization: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23801028).
The above pertains to the pattern of evolution but does not specify the underlying process(es). The distinction can be important. In my view, the principal process underlying the potential emergence of novel functions, including developmental programs, by sampling of a “universal genome” has to be exaptation, i.e. recruitment of genes (and pathways, circuits etc) for functions distinct from the original ones (http://www2.hawaii.edu/~khayes/Journal_Club/fall2006/Gould_&_Vrb_1982_Paleobio.pdf; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11038582; those familiar with my Logic of Chance could also check Chapters 2 and 8). I therefore find statements to the effect that “The second prediction is that large blocks of information about developmental programs encoded in genomes of lower taxons must be useless. Therefore, deletion of these blocks should not affect physiology of these organisms” in Sherman’s article to be disingenuous and potentially misleading. I certainly do realize that such statements might open the door to teleological, non-scientific explanation involving some sort of “preconceived plan” implemented in the Universal Genome. Whether or not the article had a hidden agenda of this kind, is not for me to judge (the article does not make any such claim explicitly, so I suppose the author is entitled to the benefit of the doubt, i.e. the assumption that there was no teleological connotation intended). What I want to indicate strongly and unequivocally, that I am firmly against any intrusion of teleology or any other form of irrationality into the discourse of Evolutionary Biology. Any use of any of my public statements, including the above F1000 comment, as a tacit endorsement of such views constitutes misinterpretation and misappropriation, whether it is deliberate or not. I deeply regret if something that I said, perhaps with insufficient caution, spawns this kind of misuse.
*********************************************
Конец перепоста.
От себя добавлю, я тут вспомнил, что в чьем-то журнале ранее написал нижеследующий комментарий по теме, который уместно будет привести здесь:
Что понравилось Кунину, могу только гадать.
Предполагаю, вот что. Геном ранних Eumetazoa, по-видимому, действительно был "универсальным", но только не в Шермановском смысле. Там, конечно, не было готовых, но неиспользуемых программ, которые можно было в дальнейшем включать по мере необходимости, и которые способны 600 млн лет сохраняться, не используясь и не разрушаясь под грузом мутаций (такое предположение - просто абсурд, объяснить такое можно только постоянным, каждодневным Божественным контролем). Но этот геном был "универсальным" в том смысле, что в имевшиеся в нем (вполне используемые, рабочие) "программы развития" - а именно генно-регуляторные сети, обеспечивавшие гаструляцию, передне-заднюю разметку тела, дорзо-вентральную разметку тела, системы межклеточной коммуникации, системы белков-морфогенов типа shh и т.д. - эти программы, как выяснилось в ходе дальнейшей эволюции, оказались очень перспективными, потому что на их основе, как из конструктора Лего, можно конструировать самые разнообразные планы строения многоклеточного тела. Грубо говоря, примерно так: хотите нервную трубку (нейруляцию)? - берите "программу" гаструляции и включите ее в другом месте и в другое время (к конкретному примеру прошу не придираться: я не настаиваю на именно таком пути возникновения нервной трубки, это просто для демонстрации общей идеи).
********************************************
Update. И еще один перепост в тему:
Оригинал взят уpolenadisto в И еще раз про новые функции новых старых генов
********************************************
Update. И еще один перепост в тему:
Оригинал взят у
polenadisto в И еще раз про новые функции новых старых геновПраздничные выходные не прошли даром - таки написал в "Знание-Силу" про свежее исследование, в котором изучалась эволюционная судьба дуплицированных генов у дрозофилок.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2013-11-05 09:42 am (UTC)А может - у эволюции и не было другого выхода? В том смысле, что создавать принципиально новые механизмы развития (рекрутировать гены из каких-то совсем других семейств?) естественному отбору гораздо сложнее, чем использовать уже имеющиеся, модифицируя область их применения.
Насколько обсуждаемое свойство "универсальности предкового генома" - свойство самого генома, а не процесса эволюции?
no subject
Date: 2013-11-05 10:01 am (UTC)no subject
Date: 2013-11-23 01:10 pm (UTC)И, кстати, он в этой лекции именно такие закономерности и показывает на уровне генома. Судя по всему, этиже закономерности работаюдт и на следующих стадиях эволюции. Генетический -это же один из уровней.
no subject
Date: 2013-11-05 11:57 am (UTC)no subject
Date: 2013-11-06 02:40 pm (UTC)Принципиально новое подразумевает некий разрыв причинности и введение новых условий, а в природе этого нет. Есть констант и законы. Биологическое закономерностивсе успешнее поддаются введению из химических, а химические - свою очередь,из физических,которые исчислимы математически и имеют ограниченный начальный набор условий.
Если бы новое условие возникло "в обход" этого процесса,это было бы за рамками науки, чудом, тем,чего быть не может.
Наука же отталкивается от того,что все,что может произойти, происходит обзательно
no subject
Date: 2013-11-06 06:14 pm (UTC)Хорошее наблюдение, спасибо.
no subject
Date: 2013-11-05 12:50 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 01:06 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 01:11 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 09:50 am (UTC)Мне кажется, что еще одно, Кунин, по-моему, это пишет. В 2007 г. еще не было такой подробной информации о массовом исчезновении генов в эволюции, ключевая статья http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17615350 вышла за месяц до шермановской.
no to teleology
Date: 2013-11-05 11:11 am (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 11:56 am (UTC)Содержатся ли в языке программирования все ненаписанные программы? :)
no subject
Date: 2013-11-05 03:28 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 03:36 pm (UTC)Языком прoгрaммирoвaния является генетический кoд.
no subject
Date: 2013-11-05 05:32 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 05:38 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 02:22 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 03:21 pm (UTC)Это неопровержимое утверждение, по-моему.
Но еще интереснее было бы, если бы удалось показать, что, возможно, любой геном, кодирующий развитие многоклеточного существа с каким-то минимальным уровнем дифференцировки и симметрии, просто не может не обладать свойством такой вот "перспективности".
no subject
Date: 2013-11-05 05:40 pm (UTC)Э... а их есть хотя бы два?
no subject
Date: 2013-11-06 02:51 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 03:28 pm (UTC)дык вот пологский пошёл дальше.
он собираецца не больше ни меньше как ---
Я обещал интеграцию креационизма с Дарвинизмом - выполняю
http://pinchas.livejournal.com/62793.html
ну вобщем заявка на шнобелевскую премию :)))
буду рад если ктонить из коллег маркова пожелает обстебать это чудо :)))
no subject
Date: 2013-11-05 03:36 pm (UTC)Я лично не вижу ничего плохого: пусть господин Полонский поработает над тем, как примирить веру в бога с дарвинизмом. То что он сейчас излагает (Бог сначала сотворил, а потом оно все само эволюционировало по Дарвину) - это куда лучше, чем отрицать дарвинизм, ссылаясь на маргинальные гипотезы, и предполагать постоянное вмешательство Бога в эволюцию. Прогресс, однозначно. Я рад за г-на Полонского и считаю, что Ася не зря бросалась на амбразуру :)
no subject
Date: 2013-11-05 03:48 pm (UTC)за 50 лет существования креационизма такого небыло .
хотя помоему католики уже давным давно издали спец. указ что теория дарвина не противоречит библии .
но мир не ограничен католиками
no subject
Date: 2013-11-05 03:51 pm (UTC)Среди православных такой взгляд тоже существует.
no subject
Date: 2013-11-05 05:41 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-07 11:25 am (UTC)no subject
Date: 2013-11-07 11:31 am (UTC)А РПЦ никогда ничего не скажет открыто и официально.
no subject
Date: 2013-11-05 03:57 pm (UTC)Можете меня обсмеять, мне интересно Ваше мнение. По-сути дела это, т.н. теистическая эволюция, которую относят тоже к креационизму, но, кажется. это не очень вредный вид оного?
no subject
Date: 2013-11-05 04:09 pm (UTC)С другой стороны, в таком случае получается, что все эти события произошли бы и без Бога, будь у природы достаточное количество попыток (например, планет, где зародилась жизнь). И тогда мы приходим к той философии, которую исповедует Кунин в своей "Логике случайности".
no subject
Date: 2013-11-05 05:58 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 04:15 pm (UTC)ну помоему это просто логическая абра-кадабра . :))
одно исключает другое
no subject
Date: 2013-11-05 05:44 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 05:53 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 05:54 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 05:59 pm (UTC)ричард докинз называет подобные вещи - "бог пробелов"
то есть любой пробел в деталях теории креационисты заполняют не знаниями . а домыслами о вмешательстве творца.
подобный метод можно внедрить во всё что угодно . воббще ВО ВСЁ . и бредить до посинения :)))
no subject
Date: 2013-11-14 07:06 am (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 03:55 pm (UTC)пересмотрел почти все ваши выступления по ТВ и радио - на ютубе .
рад что вам удалось переломить ситуацию на книжном рынке и в интернете как вы говорили)
это супер !
вы российский ричард докинз ! :)))
no subject
Date: 2013-11-05 05:45 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-05 06:16 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-06 02:45 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-07 05:24 pm (UTC)Докинз, конечно, велик, но, на мой вкус, он зачастую уходит, условно говоря, в подробное обсуждение того, сколько ангелов может поместиться на острие иглы (особенно в "Расширенном фенотипе"), и это бывает скучновато. Маркова читать в среднем интереснее.
no subject
Date: 2013-11-06 04:22 am (UTC)Вот это то и удивительно, по идее эволюция должна идти путем небольших изменений, а тут получаем некое глобально оптимальное решение, которое используется миллионы лет. Перспективность то проверяется только постфактум. Получается, что во время формирования этих "программ развития" должна отсеется куча альтернатив, оказавшихся тупиковыми...
no subject
Date: 2013-11-06 02:06 pm (UTC)Насколько я понимаю, верное утверждение - "эволюция должна идти путём случайных изменений". А то, что большинство этих изменений оказываются небольшими - просто следствие закона больших чисел. Никто не запрещает в принципе некоторым из изменений быть "глобально оптимальными".
no subject
Date: 2013-11-06 04:59 pm (UTC)no subject
Date: 2013-11-07 03:18 pm (UTC)А когда она уже - готовая - возникла, тогда начинают возникать варианты её использования для других целей...
no subject
Date: 2013-11-08 08:09 am (UTC)no subject
Date: 2013-11-07 11:29 am (UTC)no subject
Date: 2013-11-08 07:57 am (UTC)