ENCODE: мусор или не мусор?
Sep. 10th, 2012 11:46 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
macroevolutionпро опубликованные только что результаты проекта ENCODE. (статья в открытом доступе)
Боюсь, я не успею разобраться во всех деталях и подробно прокомментировать, там аж 30 статей.
Комментарии специалистов приветствуются!
Я пока только бегло просмотрел. Суть в том, что удалось проаннотировать 80% генома, т.е. приписать этим 80% ту или иную "биохимическую функцию" (например, транскрибируемость или способность каких-либо белков прикрепляться к данному участку ДНК).
Задали вопрос:
Прокомментируйте пожалуйсто новость:
http://www.vesti.ru/doc.html?id=900762&cid=2161
может и остальные 20% генома тоже не являются мусорной ДНК?
Т.е. журналисты уже начали пропагандировать идею, что якобы вся мусорная ДНК на самом деле не мусорная и жутко важна для здоровья, что явно не соответствует реальности. И требует пояснения.
Я ответил так (повторю, комментарии спецов приветствуются!!! Я бы хотел получше разобраться, но реально нет времени):
Эти результаты неправильно интерпретированы. Жаль, нет времени подробно написать. На самом деле эти 80% - это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка - вовсе не свалка, а мусор - вовсе не мусор.
Боюсь, я не успею разобраться во всех деталях и подробно прокомментировать, там аж 30 статей.
Комментарии специалистов приветствуются!
Я пока только бегло просмотрел. Суть в том, что удалось проаннотировать 80% генома, т.е. приписать этим 80% ту или иную "биохимическую функцию" (например, транскрибируемость или способность каких-либо белков прикрепляться к данному участку ДНК).
Задали вопрос:
Прокомментируйте пожалуйсто новость:
http://www.vesti.ru/doc.html?id=900762&cid=2161
может и остальные 20% генома тоже не являются мусорной ДНК?
Т.е. журналисты уже начали пропагандировать идею, что якобы вся мусорная ДНК на самом деле не мусорная и жутко важна для здоровья, что явно не соответствует реальности. И требует пояснения.
Я ответил так (повторю, комментарии спецов приветствуются!!! Я бы хотел получше разобраться, но реально нет времени):
Эти результаты неправильно интерпретированы. Жаль, нет времени подробно написать. На самом деле эти 80% - это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка - вовсе не свалка, а мусор - вовсе не мусор.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2012-09-12 02:06 am (UTC)Ви желаете поспорить?
no subject
Date: 2012-09-12 02:10 am (UTC)Теперь то же самое надо сделать с H. influenzae, E. coli и B. cereus. И чтобы итоговые геномы тако же не превышали 0,6 Мbp. Тогда можно сказать, что базовую организацию бактериального генома мы таки худо-бедно понимаемъ, хехе.
С бактериями такие операции проделывать несравненно проще из-за гораздо более просто устроенной регуляции реализации наследственной информации: ни интронов, ни гистонов, а из эпигенетических механизмов - только метилирование. Благодать на самом деле. А вот у эукариот - АдЪ.
ЗюЫю Если бы первый человечй геном успел досеквенировать Вентер, он бы вполне мог быть закопиращен.
no subject
Date: 2012-09-13 10:40 am (UTC)"Six articles appear in Genome Biology, and these include extensive analyses of transcription factor function and binding behavior, modeling of gene expression and zombie pseudogenes. An article in BMC Genetics employs ChIP-seq to identify inter-individual variation in genome sequence and function"
http://genomebiology.com/
no subject
Date: 2012-09-16 10:11 am (UTC)В организме тоже полно параллельных биохимических путей. Можно убрать один и не заметить разницу.
no subject
Date: 2012-09-21 06:30 pm (UTC)no subject
Date: 2012-10-02 02:39 pm (UTC)no subject
Date: 2012-10-02 02:48 pm (UTC)на мой взгляд, ENCODE занимается правильным и полезным делом, может быть, не все использованные подходы одинаково эффективны, но главное - замысел:)
no subject
Date: 2012-10-02 02:50 pm (UTC)no subject
Date: 2012-10-02 02:55 pm (UTC)no subject
Date: 2012-10-02 03:05 pm (UTC)no subject
Date: 2012-10-02 03:24 pm (UTC)no subject
Date: 2012-10-02 04:07 pm (UTC)Но мы говорим о другом. Предполагается выбросить лишнее, верно? То есть речь о экспериментальной методике. Так как вы опознаете лишнее экспериментально?