ENCODE: мусор или не мусор?

[macroevolution]

про опубликованные только что результаты проекта ENCODE. (статья в открытом доступе)
Боюсь, я не успею разобраться во всех деталях и подробно прокомментировать, там аж 30 статей.
Комментарии специалистов приветствуются!
Я пока только бегло просмотрел. Суть в том, что удалось проаннотировать 80% генома, т.е. приписать этим 80% ту или иную "биохимическую функцию" (например, транскрибируемость или способность каких-либо белков прикрепляться к данному участку ДНК).
Задали вопрос: 
Прокомментируйте пожалуйсто новость:
http://www.vesti.ru/doc.html?id=900762&cid=2161 
может и остальные 20% генома тоже не являются мусорной ДНК?
Т.е. журналисты уже начали пропагандировать идею, что якобы вся мусорная ДНК на самом деле не мусорная и жутко важна для здоровья, что явно не соответствует реальности. И требует пояснения.

Я ответил так (повторю, комментарии спецов приветствуются!!! Я бы хотел получше разобраться, но реально нет времени):

Эти результаты неправильно интерпретированы. Жаль, нет времени подробно написать. На самом деле эти 80% - это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка - вовсе не свалка, а мусор - вовсе не мусор.

Comments

[petrkiskin.livejournal.com]

Оно и проверяется экспериментально - но обычно делают конструкты, только частично отражающие реальность. В этом плане проект ENCODE как раз и интересен - такой взгляд с высоты птичьего полета, в осноном на методах полногеномного анализа. И плюсов море - но и вопросов море.

[lev-evgenevi4.livejournal.com]

По существу - когда человек в области, в коей некомпетентен, делает замечания космического масштаба, они, как правило, оказываются космической же глупости.

[nature_wonder.livejournal.com]

Я другое имел в виду. Эксперименты in vivo. Уберите у мышки "мусорные" участки и наблюдайте эффект. А ENCODE нужный и годный проект, скоро приступит к следующему этапу. Но немножко hype прибавить, конечно, любят.

[bsivko.livejournal.com]

Прочитайте внимательно мое сообщение. Это - не замечание. Это мое мнение.

[lev-evgenevi4.livejournal.com]

Мнения потребны в поле оценочных суждений, а не научных знаний.

Вы сколь угодно долго можете придерживаться мнения, что у мухи 8 ног. Но от этого у нее их не перестанет быть 6.

[petrkiskin.livejournal.com]

Ну иногда и ген целиком можно у мышки убрать - а эффекта (по крайней мере такого как у человека) нет.

[gegmopo4.livejournal.com]

Какая невинная тема — и какое возбуждение в комментариях!

[nature_wonder.livejournal.com]

Ну да, не все гены одинаково критичны. Как раз одним из главных результатов ENCODE, на мой взгляд, конечно, стало выявление картины, в которой регуляторные последовательности (полноценные, я имею в виду) в разы превышают непосредственно кодирующие. У них получилось, что сайты связывания факторов транскрипции занимают 8% генома.

[bsivko.livejournal.com]

Количество мусора в процентах - это мнение и только мнение. До тех пор, пока не {выкинут весь мусор из ДНК, оставят только полезное и проверят на практике, что полученный организм работает} - это будет оставаться мнением. Независимо от того, что об этом пишут в статьях.

Фактом является только то, что нашли полезность определенного процента ДНК. Это совершенно не означает, что остальные проценты - бесполезны. Это означает, что остальные проценты - неизвестны. Т.е. среди них могут оказаться как полезные, так и бесполезные.

Таким образом, доказывать количество ног у мухи нужно не мне.

Надеюсь, я понятно объяснил свое утверждение/мнение.

[lev-evgenevi4.livejournal.com]

То есть, в рудименты Вы тоже не верите? Ведь никто еще не обнаружил их полезных свойств.

[bsivko.livejournal.com]

Я не занимаюсь вопросами веры.

[lev-evgenevi4.livejournal.com]

Хорошо, изменим формулировку. То есть, в рамках вашего понимания мира, рудименты есть функциональные органы и т.п., но их функции пока неизвестны?

[bsivko.livejournal.com]

Если вы удалите рудимент, то можете посмотреть, насколько он полезен-бесполезен.

Если вы удалите все проценты "мусора", то тоже можете проверить, насколько они полезны-бесполезны.

Аппендиксы уже удаляли и на результат смотрели.

О таких операциях удаления в отношении ДНК мне ничего неизвестно. Если вам известны такие факты, расскажите о них.

[lev-evgenevi4.livejournal.com]

--- О таких операциях удаления в отношении ДНК мне ничего неизвестно. Если вам известны такие факты, расскажите о них.

Поинтересуйтесь технической стороной генной инженерии. Информации достаточно.

[bsivko.livejournal.com]

Каким образом с помощью генной инженерии удалить всю потенциально-мусорную ДНК, не задев известно-полезную ДНК?

[crower]

Так уж и невинная. :) В ней таится неисчерпаемое море спекуляций. ;)

[lev-evgenevi4.livejournal.com]

А на этот и многие другие вопросы Вам ответит вдумчивое чтение специальной литературы.

[levgilman.livejournal.com]

Важны размеры не "эукариот, даже одноклеточных", а эукариотических клеток (в предположении, что каждая клетка содержит весь геном).

[bsivko.livejournal.com]

Вы лучше приведите реальный пример, когда из ДНК удаляется например, 80% мусора, а сам организм сохраняет все свои ТТХ и не качественно теряет свойств.

[seis-seis-seis.livejournal.com]

В 2010 Крейг Вентор собрал де-ново микоплазму.

[metarattus.livejournal.com]

Нам на данный момент жаловаться не на что, кроме нехватки евремени, хехе.

[russian-o.livejournal.com]

Nu da, nu da. A 40% retrotranspozonov v genome strast' kak nuzhny.

Vy vse uproshaete. Ne bylo takoj dogmy, i sejchas ni kto ne krichit, chto vse pryam neobxodimo i pri dele.

[bsivko.livejournal.com]

Времени у всех по 24 часа в сутки. И его не хватает либо тем, кто строит непосильные планы, или тем, кто неорганизован.

Если ты понимаешь, о чем я (;

Вопщем, не буду отвлекать. Лучше пусть больше будет удовлетворено любопытства за народные деньги (;

[bsivko.livejournal.com]

Можно поконкретнее - как это относится к % мусора генома человека?

[seis-seis-seis.livejournal.com]

Поинтересуйтесь экспериментом. В вики это статья Искусственный_геном.