Можно попробовать поиграть

[macroevolution]

Выложил установку EvoDevo3D.
Сын пишет, это должно встать на современные компьютеры, в крайнем случае комп что-то должен будет скачать из сети.
Для примера в том же архиве - пример генотипа (файл с расширением .gp). Исследуйте его, чтобы понять, как эта штука работает.

Там два окна - в одном пишем или загружаем "генотип", и нажимаем кнопку compile. После этого в другом окне нажимаем "пуск" и смотрим, как из зиготы что-то развивается. Если ткнуть мышью в клетку, на экран выводятся параметры данной клетки. Еще там есть кнопки, позволяющие сделать невидимыми клетки того или иного типа. Зверей можно крутить, приближать и удалять при помощи клавиш QWERASDF. При приближении в какой-то момент плоскость экрана "разрежет" зверя, что позволяет понять, что там у него внутри.

Генотип пишется на языке, как я понимаю, основанном на С++. Основные действия и свойства клеток вводятся при помощи специальных кнопок в левой части окна "генотип". К сожалению, подробных инструкций по эксплуатации нет и не предвидится. Sorry. Я сам там далеко не все знаю, а сын труднодоступен. Нужно знакомиться с каждым свойством и действием на опыте.
Если кто-то сумеет эту штуку освоить и получить интересные онтогенезы, мы будем рады, если вы в комментариях к этой записи дадите картинки и генотипы.

Comments

[arech]

Ух, круто! Как жаль, что времени мало, очень интересно бы поковыряться...

А чего не выложите исходники на нормальную площадку, вроде https://github.com/ , http://sourceforge.net/ , http://code.google.com/ ?
При хорошем понятном описании там можно много пользователей привлечь.

[zelych.livejournal.com]

А можно поинтересоваться исходниками от этой программки?
Или они недоступны по идеологическим причинам?

[wormball.livejournal.com]

Написала, что требует нет 3.5, так что под линуксом даже не пытался запустить. Под виндой выдала следующее:

Невозможно установить или запустить приложение. Для этого приложения необходимо сначала установить сборку Microsoft.DirectX.Direct3D Версия 1.0.2902.0 в глобальный кэш сборок (GAC).

Обратитесь к своему системному администратору.

Всё же завязываться на проприетарные технологии - это путь в никуда.

[metarattus.livejournal.com]

Александр, Вы скорее всего уже знакомы с публикациями Дж.Вентреллы, но если вдруг нет - может быть что-то будет полезным для моделирования движений и поведения, если до них дело дойдет. В одной из старых статей даже раньше куски кода видел.
Несколько лет тому назад списался с самим автором и он сказал, что реализация его симуляции в 3D если и будет, то неопределенно когда, а введение хищников на порядки усложняет проблему стабилизации экосистемы. Но может кто-то еще сможет продвинуться дальше?

[tupitochka.livejournal.com]

Win7/ работает. Очень интересно.

[vgiv.livejournal.com]

На WinXP SP2 установилось и работает.

[cyxapb32.livejournal.com]

Для справки. Эта программулина встанет только на компьютеры с ОС Windows. Так что современность - не единственное требование.
Мб если будут доступны исходники и они будут иметь пристойный вид, то кто-нибудь сподобится сделать мультиплатформенную версию.

[aleksandr berezovski (from livejournal.com)]

А 2D версию программы добавите до кучи?

[meequz.livejournal.com]

Жаль, что только для Виндоус.
Хотя всё равно в Windows XP SP3 вылетает.

[ariksu.livejournal.com]

Win8RP - полёт нормальный, вылетела при попытке закрыть окно.

Если отвлечься от интерфейса, то штуковина потрясающая и да - гитхаб и кодегугль ей в путь, отвязываться от дотнета и дайректикса и собирать бд по онтогенезу.

[nsg21.livejournal.com]

Хотя бы минимальное описание свойств и действий надо. Или исходник, если совсем уж лениво. Без этого получается только такое:

cancer.gp:

switch (cellType)
{
case 0:
SpawnWherever();
Move(false,false,12.0);
break;
}

Можно попробовать поиграть

[livejournal.livejournal.com]

Пользователь eredraug сослался на вашу запись в «Можно попробовать поиграть (http://apokrif93.livejournal.com/9283697.html)» в контексте: [...] мы будем рады, если вы в комментариях к этой записи дадите картинки и генотипы. Источник сообщения [...]

[brat-chik.livejournal.com]

Если бы хотя бы краткое пособие по принципам программирования этого медузия... было бы здорово!

[dritte-mal.livejournal.com]

оффтоп
если в геноме человека 20000 нуклеотидов (вы писали в соседнем посте), отбор влияет на 5% - это значит, что "под отбором" находится 1000 "битов" всего? то есть все люди различаются где-то внутри этой 1000?

[goodok-roma.livejournal.com]

С интересом ознакомился с игрушкой и с докладом.

Отрадно, что компьютерное моделирование находит всё большее применение в познании области биологии, которая содержит не мало демонстраций сложных нелинейных систем (В том числе Ваши книги очень помогли ознакомиться с этими демонстрациями и иллюстрациями). Ведь моделирование - путь к лучшему пониманию реальности: выделяя главное и опуская второстепенное исследователь нащупывает законы, которые могут пригодиться для взаимодействия с реальностью или её преобразования. И биология всё больше и больше отдаляется от к чисто описательной науке и приближается к точной.

Было бы любопытно продолжить исследование подобных моделей онтогенеза, как составной части моделей эволюции. Тогда можно было бы ответить на вопросы: как именно влияет пол на скорость филогенеза, зачем “нужна” диплоидность и почему в геноме присутствуют несколько хромосом, откуда появляются мусорные гены, какова структура размещения активных генов в хромосоме в зависимости от эволюционных нововведений и многие другие.

В своё время также из любопытства занимался моделированием как онтогенеза (индивидуального развития многоклеточного организма из зародыша), так и филогенеза (развития организмов в процессе эволюции). Основной упор делался на выявление предельно упрощённой абстрактной модели, отвлечённой от нашей конкретной реализации жизни на планете Земля в этой трёхмерной (трёхмерной?) Вселенной. При этом, не смотря на её абстрактность, модель должна демонстрировать феномены морфогенеза, а так же некоторые наблюдаемые закономерности. Ведь, когда-то и мечтателям о полёте человека, наблюдавшим за полётом птиц, пришлось отвлечься от перьевого строения крыла и махательных его движений, чтобы понять законы аэродинамики и реализовать свою мечту.

На подробное описание модели онтогенеза и программную “поделку” её реализующей, в которой можно пощупать и даже порезать скальпелем виртуальные многоклеточные организмы, а также по включать и выключать “гены” - можно взглянуть здесь (“Живые графы”) http://habrahabr.ru/post/107387/ (http://habrahabr.ru/post/107387/). (Сразу предупреждаю - Microsoft)

Описание дано “программером” для “программеров” и по возможности старался отвлечься от биологических терминов, склоняясь к прикладной математике.

Рад, что ваша и моя модели в чём-то различаются (можно отработать несколько версий), а в чём-то схожи ( можно увидеть, что некоторые общие закономерности не зависят от деталей)

Попробовал не только "выращивать" отдельные генномодифицированные организмы, но и напустить на исходную одноклеточную биомассу “естественный” (для биомассы естественный) отбор. Например, через несколько тысяч итераций и дней из “одноклеточного” организма пройдя несколько стадии простых и мелких структур, само собой родилось нечто-такое:


(Надо сказать, что самому придумать генетический код, который бы родил шестиугольную ячеистую структуру у меня так не получилось, сколько я не бился - получались только безобразные “мутанты”. А эволюция с этим справилась)

Удалось также подметить кое-какие закономерности в этом виртуальном мире, которые можно наблюдать и в нашей реальности. Например, в ходе индивидуального развития виртуальных организмов на ранних стадиях прослеживаются эволюционная история вида.

[amebas.livejournal.com]

Интересная программа! Хорошо, что данное направление у нас развивается.

Жаль только, что генотип создается только вручную, а не может эволюционировать. Наверное, все сразу осилить сложно(
Мы тоже занимаемся научно-популярным проектом, посвященным эволюции: "Амёбы: эволюция искусственной жизни на вашем компьютере" (http://www.amebas.ru). Тут решено было пойти немного другим путем. Пока "смоделировано" поведение лишь отдельной "клетки", тут она может менять форму, правда онтогенеза как такового пока нет. Зато ресурсоемкость физики умеренная, а генотип может генерироваться автоматически. Это позволяет моделировать полноценную эволюцию. Пока приспособленность амёб определяется только в соревнованиях с собратьями, но в перспективе планируются и другие режимы. Также надеюсь со временем добавить клеткам возможность делиться и образовывать многоклеточные организмы.

Кстати на сайте можно принять участие в соревновании, кто "наэволюционирует" лучшую амёбу. Надеюсь, проект поможет продвижению теории эволюции в массы.