macroevolution

М-да, вот тут уже начинаются расхождения.

существуют огромные проблемы в понимании того, какой вообще должна быть научная теория в биологии.
У меня лично эти проблемы еще глубже: я вообше не считаю, что биологическая (или какая-либо иная) теория кому-то что-то должна. На нее, естественно, наложены определенные ограничения (наличие опровержимых выводов, возможность интерпретации ее как исследовательской программы и т. д.), но сам ее вид заранее не задан. Настоящая большая теория - всегда такая, какой не ждали.
В этом смысле я очень скептически отношусь к вышеупомянутым "ТЗ на теорию". Что-то я не припомню случая, чтобы по-настоящему большую и глубокую теорию удалось создать под заранее заданные требования. В лучшем случае ее создает кто-то, кто понятия не имеет ни о каких требованиях,, а соответствие данной теории тем или иным "должна быть" замечают только задним числом. Чаще же теория рождается такой, какую никто не предвидел. Хотя бы потому, что рождается она не на пустом месте: ей почти всегда предшествует некая прежняя теория, и от новой ждут (если ее вообще ждут), что она будет ее подобием.

в такой ситуации всех устраивающим оказался практически бессодержательный принцип: все есть результат естественного отбора - не поспоришь.
Опять же - никак не могу согласиться. И принцип далеко не бессодержательный (более того - нетривиальный даже сейчас, после 150 лет интенсивного юзанья), и устраивает он далеко не всех. История поисков иных, неэволюционных смыслов в биологии (в частности, поиски Естественной Системы, отражающей общие закономерности биологической формы безотносительно к родству тех или иных групп и адаптивности признаков) заслуживают отдельного описания.
Увы, на сегодня их результат практически нулевой. И в обозримом будущем это не изменится, поскольку этот Грааль сегодня уже практически никто не ищет. Торжествует принцип Добжанского: "Ничто в биологии не имеет смысла иначе как в свете эволюции". Немногие скептики в лучшем случае задают каверзные вопросы - но понятно, что даже если они найдут абсолютно неотразимые аргументы против такого подхода, это еще не будет означать, что они нашли альтернативу ему. А жизнь у каждого - одна и короткая, и тратить ее на поиски того, что уже искали и не нашли великие умы, мало кому хочется.
Впрочем, сейчас вообще наблюдается упадок культуры теоретизирования (по крайней мере - в не математизированных жестко областях). Выдвигается и обсуждается только то, что можно изложить в виде комикса инфографики.

Хотел лишь сказать, что общий язык надо искать на уровне философии
Ох, не знаю. Во-первых, это противоречит всей предыдущей истории развития естественных (да и не только) наук. Во-вторых, современное естествознание до сих пор не определилось в своих отношениях с философией, подавляющее большинство ученых философией вовсе не интересуется ее либо пытается создавать собственные кустарные системы, никак не связанные с существующей философской традицией. В любом случае в философии не ищут ни "общего языка", ни выхода из уже обозначившихся теоретических тупиков и парадоксов. И в обозримом будущем так оно и будет, а попытки принудить к такому поиску силой (даже не говоря о том, кто и какими средствами мог бы это сделать) - лучший способ добиться абсолютной невосприимчивости к философии.

В общем, если подытожить: сомневаюсь, что предлагаемый Вами подход продуктивен в принципе, но сейчас этого и проверять-то никто не будет.