Построение филогенетических деревьев на основе сравнения ДНК (или других признаков) - это целая большая наука. Существует довольно много разных методов, при помощи которых матрицу признаков превращают в дерево. Самый простой путь - построение дендрограммы сходства. При этом используется как раз та самая логика, которую Вы используете в своем комментарии: "чем больше сходство, тем ближе родство". Методов построения таких дендрограмм тоже несколько, и специалисты спорят, какой из них лучше в различных ситуациях. Например, есть метод Neighbor joining. Однако в целом на сегодняшний день считается, что рассматриваить дендрограмму сходства в качестве вероятного филогенетического древа - это примитив, и это чревато ошибками. Какого рода ошибками, Вы как раз и показали в своем комментарии. Скажем, если аппендикулярия имела несчастье накопить слишком много мутаций, то она тем самым может "поженить" ни в чем не повинную асцидию с миногой.
Все эти сложные методы допускают, что большее сходство не обязательно свидетельствует о более близком родстве. Важно, какое именно это сходство. Например, пусть у нас асцидия больше похожа (по сумме всех признаков) на миногу, чем на аппендикулярию. Но при этом у асцидии и аппендикулярии есть несколько уникальных общих признаков, которых нет ни у миноги, ни у других животных (пусть таких признаков и не очень много - это общий стебелек ветви асцидия+аппендикулярия на схеме). А вот признаков, уникальных для группировки асцидия+минога, которых нет у аппендикулярии - таких признаков нет. Соответственно, большие наблюдаемые различия между асцидией и аппендикулярией образованы исключительно такими признаками, которые есть либо только у асцидии и больше ни у кого, либо только у аппендикулярии и больше ни у кого. Такие признаки, присутствующие только у одного организма из анализируемой выборки, могут сильно влиять на взаимное сходство, но они мало что говорят о порядке ветвления дерева. И им придается меньший вес. Гораздо важнее признаки, уникальные для двух или более организмов в выборке. Именно по ним можно судить, кто кому более близкий родственник.
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2013-08-31 10:02 am (UTC)Несколько более "продвинутый" и надежный способ превращения матрицы признаков в дерево - Maximum parsimony. Есть еще более сложные (и, как считается, более надежные) методы: см. http://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood и http://en.wikipedia.org/wiki/Bayesian_inference_in_phylogeny
Все эти сложные методы допускают, что большее сходство не обязательно свидетельствует о более близком родстве. Важно, какое именно это сходство. Например, пусть у нас асцидия больше похожа (по сумме всех признаков) на миногу, чем на аппендикулярию. Но при этом у асцидии и аппендикулярии есть несколько уникальных общих признаков, которых нет ни у миноги, ни у других животных (пусть таких признаков и не очень много - это общий стебелек ветви асцидия+аппендикулярия на схеме). А вот признаков, уникальных для группировки асцидия+минога, которых нет у аппендикулярии - таких признаков нет. Соответственно, большие наблюдаемые различия между асцидией и аппендикулярией образованы исключительно такими признаками, которые есть либо только у асцидии и больше ни у кого, либо только у аппендикулярии и больше ни у кого. Такие признаки, присутствующие только у одного организма из анализируемой выборки, могут сильно влиять на взаимное сходство, но они мало что говорят о порядке ветвления дерева. И им придается меньший вес. Гораздо важнее признаки, уникальные для двух или более организмов в выборке. Именно по ним можно судить, кто кому более близкий родственник.