macroevolution

Разрешите задать ещё один вопрос. В главе "Расшифровка божественных чертежей" (http://evolbiol.ru/collins/collins.htm) из книги Коллинза приводится кусок филогенетического древа для нескольких видов млекопитающих. Вот его фрагмент.

Здесь длина ветвей отражает количество различий между видами. Получается, что тенрек, например, сильнее отличается от златокрота, чем прыгунчик. Но ведь филогенетические деревья строятся на основании сравнения сходств ДНК. То есть, чем больше похожи ДНК (или отдельные гены) двух видов, тем более близкими родственниками они должны являться. Почему же на этой диаграмме златокрот и тенрек являются более близкими родственниками друг другу, чем прыгунчику, если по длине ветвей видно, что различия между ними больше, чем между каждым из них с прыгунчиком? Почему прыгунчик и златокрот не объединены как более близкие родственники, чем тенрек?

Также в вашей статье про геном ланцетника на "Элементах" (http://elementy.ru/news/430759) приведён фрагмент филогенетического древа для вторичноротых.

Аналогичный вопрос. По длине ветвей видно, что асцидия и аппендикулярия отличаются друг от друга сильнее, чем асцидия от ланцетника или асцидия от миноги. Почему же тогда они объединены друг с другом? Почему асцидия и ланцетник не приходятся друг другу более близкими родственниками, чем аппендикулярия? Или асцидия и минога.
По длине ветвей видно, что как раз аппендикулярия отличается от них всех даже сильнее, чем актиния.

Эти ситуации я для примера привожу. Как вообще определяют, что два вида приходятся друг другу самыми близкими родственниками, если между ними различия бывают больше, чем с каким-то третьим?

Заранее спасибо за ответ. Извините, если отнимаю время. И надеюсь, я не нарушил авторские права тем, что скопировал здесь картинки.