macroevolution

Даже не знаю, как объяснить. Задача-то творческая, поисковая. Сначала нужно запрограммировать определенную ситуацию. Популяция микробов из N особей, у каждого есть геном, состоящий из X хромосом, в каждой из которых G одних и тех же генов (полиплоидные микробы). Микробы размножаются делением, перед каждым делением каждая хромосома удваивается, при этом каждый ген с вероятностью M мутирует, мутации могут быть полезные или вредные, доля полезных B. Распределение хромосом по дочерним клеткам можно моделировать по-разному, нужно перепробовать несколько вариантов. Для каждого дочернего микроба вычисляется приспособленность, определяемая качеством генов; затем особи с лучшей приспособленностью выживают, худшие умирают. Приспособленность зависит от качества генов, но вычислять ее можно по-разному, нужно попробовать несколько способов. Отбор можно тоже моделировать по-разному. Нужно посмотреть, будет ли в такой популяции наблюдаться определенный эффект, и если да, то при каких наборах параметров он будет сильнее, при каких слабее. В зависимости от результатов, полученных на этом этапе, в модель добавляются еще несколько процессов: генная конверсия, циклы плоидности, горизонтальный перенос с разными вариантами рекомбинации. Ну и так далее. Понятно, что это не описание, это только чтобы дать общее представление.