macroevolution

А в чем вы видите проблему? Подвижные животные, в т.ч. фильтраторы, могут в ходе эволюции переходить к сидячему образу жизни, утрачивая при этом органы, необходимые для передвижения. Яркий пример - усоногие раки. Очевидно, что их предки не были прикрепленными.
А то, что первые хордовые были подвижными фильтраторами, которые "изобрели" активное плавание при помощи изгибания тела в горизонтальной плоскости, подтверждается не только молекулярными деревьями, но и палеонтологической летописью: http://elementy.ru/news/431785