"Правильно ли я понимаю..." - да, соврешенно верно
Почему нельзя построить общее для всех животных филогенетическое дерево на основе синонимичных замен? Ну, во-первых, из-за проблемы "насыщения". Для недавних событий - пожалуйста, можно. Но когда мы забираемся достаточно далеко в прошлое, то оказывается, что все возможные синонимичные замены уже произошли в каждом сайте, да по многу раз. Поэтому число синонимичных различий между двумя разошедшимися видами со временем растет сначала вроде бы линейно, но потом все медленнее, и наконец выходит на плато: все возможные различия уже накоплены, и дальше будут только повторные синонимичные изменения в тех же сайтах, которые уже раньше синонимично менялись. Поэтому для построения деревьев, уходящих далеко в прошлое (на сотни миллионов лет) уже приходится пользоваться значимыми заменами и другими серьезными различиями, с большой вероятностью влиявшими на приспособленность.
А они не должны зависеть от того, кто перед нами - насекомое или млекопитающее. Если скорость мутирования разная, то будут зависеть. Скорость накопления нейтральных генетических различий в первом приближении равно скорости нейтрального мутагенеза. Если скорость мутагенеза разная, то одно и то же количество нейтральных различий у насекомых и млекопитающих будет соответствовать разным отрезкам времени.
И ещё: можно ли с помощью одних только молекулярных часов установить нижний предел на время расхождения тех или иных групп и вообще на существование жизни на Земле?
Думаю, не стоит этого делать, т.к. чем дальше в прошлое, тем больше проблем с молекулярными часами, тем менее надежны их показания.
Существует ли какая-нибудь научно-популярная литература (которую может понять неспециалист), посвящённая анализу ДНК в контексте эволюции, молекулярным датировкам, методам построения филогенетических деревьев (желательно на русском языке)?
Что-то такое было, такая информация рассеяна по многим научно-популярным книгам про эволюцию... В Ancestor's Tale Докинза есть сколько-то глав об этом. Кажется, в "Величайшем шоу" тоже... Возможно, что-то было у Циммера в "Триумфе идеи", что-то у Кэрролла в "The making of the fittest", но точно не помню, где именно про это лучше всего рассказано. А специальной целой книги именно об этом тоже не помню. Еще надо посмотреть в новой книге Кунина "Logic of chance", я оттуда пока прочел только несколько кусков, но, по идее, там должно быть много об этом.
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2013-12-26 11:31 am (UTC)Почему нельзя построить общее для всех животных филогенетическое дерево на основе синонимичных замен?
Ну, во-первых, из-за проблемы "насыщения". Для недавних событий - пожалуйста, можно. Но когда мы забираемся достаточно далеко в прошлое, то оказывается, что все возможные синонимичные замены уже произошли в каждом сайте, да по многу раз. Поэтому число синонимичных различий между двумя разошедшимися видами со временем растет сначала вроде бы линейно, но потом все медленнее, и наконец выходит на плато: все возможные различия уже накоплены, и дальше будут только повторные синонимичные изменения в тех же сайтах, которые уже раньше синонимично менялись.
Поэтому для построения деревьев, уходящих далеко в прошлое (на сотни миллионов лет) уже приходится пользоваться значимыми заменами и другими серьезными различиями, с большой вероятностью влиявшими на приспособленность.
А они не должны зависеть от того, кто перед нами - насекомое или млекопитающее.
Если скорость мутирования разная, то будут зависеть. Скорость накопления нейтральных генетических различий в первом приближении равно скорости нейтрального мутагенеза. Если скорость мутагенеза разная, то одно и то же количество нейтральных различий у насекомых и млекопитающих будет соответствовать разным отрезкам времени.
И ещё: можно ли с помощью одних только молекулярных часов установить нижний предел на время расхождения тех или иных групп и вообще на существование жизни на Земле?
Думаю, не стоит этого делать, т.к. чем дальше в прошлое, тем больше проблем с молекулярными часами, тем менее надежны их показания.
Существует ли какая-нибудь научно-популярная литература (которую может понять неспециалист), посвящённая анализу ДНК в контексте эволюции, молекулярным датировкам, методам построения филогенетических деревьев (желательно на русском языке)?
Что-то такое было, такая информация рассеяна по многим научно-популярным книгам про эволюцию... В Ancestor's Tale Докинза есть сколько-то глав об этом. Кажется, в "Величайшем шоу" тоже... Возможно, что-то было у Циммера в "Триумфе идеи", что-то у Кэрролла в "The making of the fittest", но точно не помню, где именно про это лучше всего рассказано. А специальной целой книги именно об этом тоже не помню. Еще надо посмотреть в новой книге Кунина "Logic of chance", я оттуда пока прочел только несколько кусков, но, по идее, там должно быть много об этом.