macroevolution

Я так понимаю, что за исключением более или менее реконструированного генома Lokiarcheum sp. GC 14-75, известны некие ошметки, но они связные, т.е. это действительно куски генома реальных прокариот, а не химеры.
Пока в этом надтипе нет ни единого представителя, описанного даже как candidate.
(Позже: ага, А.М. говорит, что почти полные геномы? Поверю, статью пока не видел, да и не собирался смотреть).
К геномам позвоночных и бактерий/архей не стоит подходить с одной меркой. Между геномами человека и шимпанзе, по меркам микробиологии, разница в %, как между очень близкими, почти идентичными, штаммами одного вида бактерий.

Нет, это, вероятно, добротные и надежные результаты. Другое дело, что любой организм нужно все-таки не только отсеквенировать, но и увидеть, порезать на срезы и рассмотреть ультраструктуру, раскультивировать и разобраться с физиологией. Я так думаю.