macroevolution

Вы пишете не о СТЭ. Вы высказали очень общее суждение, и почему-то назвали его СТЭ. СТЭ - это теория, созданная в свое время и обладающая своим инструментарием. Она объясняет, как отбор может менять генные частоты в том случае, если эффекты генов более-менее однозначно отражаются в фенотипе. И только потому, что она достаточно детализована, позволяет делать определенные прогнозы, она вообще является теорией, а не неким расплывчатым суждением.
Есть категории случаев, где она работает. Есть те, которым она совершенно не подходит. Для этих случаев нужна другая теория (другие теории).