macroevolution

Тут Дмитрий Шабанов сам начал отвечать, и мне, видимо, нет смысла писать развернуто. Если кратко, гены не информационная основа, а система переключателей. Грубо, отногенез - это, допустим, поток. Тогда гены - шлюзы. Ген встраивается в регулирование нового варианта развития много после того, как он стал нормой. Мы смотрим на ген, и говорим - это ген признака. Без него признак не возникает. А для ЭТЭ это лишь переключатель, возникший позже признака, и на месте этого гена мог бы оказаться другой с той же функцией.