macroevolution

Я согласен, что философскую систему во многих случаях нельзя ни опровергнуть, ни подтвердить, по крайней мере напрямую (к сожалению, определение "философская система" довольно расплывчато

Философская система - это представление о мире во всех его аспектах (не только материальном), и положении человека в нем. Наука не отвечает на такие вопросы как: есть ли Бог, в чем смысл жизни и т.д. Этим занимается философия и религия, используя категориальный, а не понятийный язык.

Конечно, какие-то частности можно и опровергнуть, если они входят в область эмпирической действительности. Но я говорю о метафизике, а не о каких-то философских частностях. Также и в сфере религии. Сегодня, например, ясно, что Земля в физическом пространстве находится не в центре солнечной системы и пр. Но это никак не опровергает религию в целом.

Религия включает в себя ритуалы, верования, суеверия и т.д., которые можно напрямую экспериментально опровергнуть (ну, например, целительную силу молитвы можно опровергнуть простым экспериментом, и я предполагаю, что это было не раз сделано).

Как Вы собираетесь опровергать ритуалы и верования людей? Пример с молитвой неудачен. Во всяком случае для христианства. Как Вы собираетесь измерять силу молитвы? Тем более, что по мнению верующих Бог - это свободное Существо, которое может ответить на молитву или нет. Также и догматы христианства, Символ Веры, не имеют никакого отношения к науке.

Опять повторю, религиозные и философские частности, которые входят в область эмпирической действительности могут быть опровергнуты или подтверждены, средствами науки. Но таких точек соприкосновения не много.

Я бы взялся утверждать, что атеизм не использует ссылки на трансцендентное.

Атеизм, как философия, не только не использует эти "ссылки", но принципиально утверждает, что сферы трансцендентного опыта - нет.

Я бы даже определил атеизм как "систему взглядов без ссылок на трансцендентное." По крайней мере, мне кажется, что мой атеизм таков

Тогда Вы агностик )