macroevolution

И совсем уж на закуску - несколько конкретных замечаний:

"свобода воли" в европейской философии присутствовала в значительной мере как следствие христианского догмата, в котором это дар, данный человеку
Да будет Вам! Эту проблему обсуждал еще Сократ - причем из обсуждения ясно, что уже к его временам она была сильно не нова. (Там, правда, аспект был несколько другой, но нам сейчас это неважно.) А как раз в христианстве (и вообще авраамических религиях) идея свободы воли дает мощнейшую коллизию с идеей божественного всеведения. Да, это тоже было стимулом к разработке проблематики, и тут гг. богословы понаговорили немало интересного, но факт тот, что идею свободы воли пришлось специально адаптировать под монотеизм.

Если человек обладает свободой воли, обладают ли ей животные?
А что Вас, собственно, смущает? С разумом ровно та же петрушка: никто уже не рискует говорить, что ни у каких животных его совсем нет - но никто не рискует и искать разум у инфузории. Понятно, что любая граница "разумного - неразумного" будет сугубо условной и формальной - но это же не означает, что разума нет ни у кого! "Реальность явления не подразумевает автоматиченсески реальности его границ. В понятие реальности дискретность не входит" ((с) Б. М. Медников).

если, скажем, честный человек никогда не поступит бесчестно, какой смысл мы вкладываем в слова, говоря о его свободном выборе?; есть ли смысл так говорить, ведь его выбор -- следствие его личностных качеств, но не волевого выбора?
Помилуйте, тут все поставлено с ног на голову! Что такое "личностные качества" и откуда мы о них знаем? Это что - измеримые физические параметры? "Личностные качества" - это обощение прошлых выборов человека. Мы считаем человека честным потому, что во всех известных нам ситуациях он поступал честно. А никак не наоборот!
Именно поэтому "предсказуемость" поведения на основании знания личности конкретного человека не имеет никакого отношения к проблеме свободы воли - фактически это всего лишь экстраполяция эмпирических данных. А вот кабы можно было стопроцентно предсказывать поведение человека в конкретных ситуациях, зная о нем только какие-то объективные, не относящиеся к характеристикам личнсти параметры (ну, например, типа "рыжий - бесстыжий") - можно было бы поговорить, не является ли это опровержением свободы воли.

если он может поменять поведение под воздействием внешних факторов, то, опять же, почему мы говорим о его "свободном" выборе, а не о присущем ему пороге сопротивляемости воздействиям?
Да-а, если человека принудили к тому, чего он делать совершенно не хочет, - такое поведение в известном смысле уже не является свободным. Хотя в другом смысле оно все равно свободно - и, как утверждает Беттельгейм, сохранение этого "мертвого запаса" свободы оказывается порой жизненно важно. Вот вам и "иллюзия"!
Тут опять-таки нет четкой границы. Выдал под пытками - нет вопросов, у всех есть предел. А если не пытали, а только пригрозили пыткой? А если не пыткой, а так - жизненными неприятностями? А если никто еще ничем не пригрозил, но человек по опыту знает, что за такое бывает - и сам, без требований, делает подлость (как директор Второй школы совсем недавно)? Но всякий выбор - это выбор данного конкретного человека.

В любом случае описание выбора без использования термина "воля", кроме как применительно к воле электрона (ну или воли Шопенгауэра в ипостаси закона неубывания энтропии :-), оказывается более точным, чем в терминах "свободной воли"
Опа! и где же эти "более точные" описания? Выбор чего и кем они описывают?
А вот как раз "свободная воля электрона" так и осталась в лучшем случае - полезной метафорой, в худшем - фриковской болтовней.