Ага, про отбор, да. Сходу не смог сформулировать, что у меня вызывает сомнение. Сейчас попробую.
Последний общий предок (я буду писать MRCA) - насколько я понимаю, неприменим для токогенетических систем, которыми являются наши генеалогические деревья. MRCA - концепция из кладистической идеологии, работающая для ветвящихся систем и не работающая внутри сетей. Что такое мог бы быть MRCA для геномов скрещивающихся форм? Представим себе, что у популяции численность 1000 человек, и она остаётся постоянной миллион лет. Можно показать общего предка для каждого нерекомбинирующего гаплотипа, это будет в среднем 1-4 тыс. поколений назад (для аутосом 4N). В пределе нерекомбинирующим гаплотипом можно считать даже SNP (ведь из двух аллелей какой-то предковый, а какой-то - это его ответвление), поэтому такой фокус можно сделать для всего генома. Каждый MRCA каждого гаплотипа жил когда-то, у людей 1-2 млн лет назад (про это в пресловутой статье Templeton). Но можно ли интегрировать MRCA по геному? Если сконструировать геном, такой что по всем гаплотипам сделать вариант MRCA, получится геном, который никогда не существовал. У Адама и у MC1R-ов(ого/ой) Жени вряд ли была Евина мтДНК и ECP как у ECPов(ого/ой) Валеры.
Как равноценные вы рассматриваете концепции "прямой потомок по Y хромосоме" и "просто потомок". Просто потомков при указанных условиях действительно 2^N, а потомков по прямой мужской линии - один. Но у каждого моего нерекомбинирующего гаплотипа тоже будет только по одному потомку. Про каждый гаплотип можно сказать, кому одному из двоих детей в вашей модели он достался. А 2^N -это получается что-то вроде гомеопатического разведения :). Есть ли смысл ставить это разведение на одну доску с прямым, полным наследованием какого-либо нерекомбинирующего фрагмента, например - Y или MC1R? Имхо это может сильно запутать вопрос.
Про картинку 3: ИМХО следы эректусов и т.п. могут остаться именно из-за независимой потери разнообразия в локусах путем, описанным выше. В среднем ядерные аутосомные гены коалесцируют 1-2 млн лет назад. У времени коалесценции есть своё распределение, есть и свои выбросы. Выбросы могут быть и случайны, и связаны с отбором. Но если "неотборный" выброс старше выхода эректусов, то данный локус будет "помнить" эту историю. Если я непонятно объясняю, могу попробовать это написать более формально. Впрочем, я и так занимаюсь чем-то похожим ..))
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2013-03-18 07:35 pm (UTC)Последний общий предок (я буду писать MRCA) - насколько я понимаю, неприменим для токогенетических систем, которыми являются наши генеалогические деревья. MRCA - концепция из кладистической идеологии, работающая для ветвящихся систем и не работающая внутри сетей.
Что такое мог бы быть MRCA для геномов скрещивающихся форм? Представим себе, что у популяции численность 1000 человек, и она остаётся постоянной миллион лет. Можно показать общего предка для каждого нерекомбинирующего гаплотипа, это будет в среднем 1-4 тыс. поколений назад (для аутосом 4N). В пределе нерекомбинирующим гаплотипом можно считать даже SNP (ведь из двух аллелей какой-то предковый, а какой-то - это его ответвление), поэтому такой фокус можно сделать для всего генома. Каждый MRCA каждого гаплотипа жил когда-то, у людей 1-2 млн лет назад (про это в пресловутой статье Templeton). Но можно ли интегрировать MRCA по геному? Если сконструировать геном, такой что по всем гаплотипам сделать вариант MRCA, получится геном, который никогда не существовал. У Адама и у MC1R-ов(ого/ой) Жени вряд ли была Евина мтДНК и ECP как у ECPов(ого/ой) Валеры.
Как равноценные вы рассматриваете концепции "прямой потомок по Y хромосоме" и "просто потомок". Просто потомков при указанных условиях действительно 2^N, а потомков по прямой мужской линии - один. Но у каждого моего нерекомбинирующего гаплотипа тоже будет только по одному потомку. Про каждый гаплотип можно сказать, кому одному из двоих детей в вашей модели он достался. А 2^N -это получается что-то вроде гомеопатического разведения :). Есть ли смысл ставить это разведение на одну доску с прямым, полным наследованием какого-либо нерекомбинирующего фрагмента, например - Y или MC1R? Имхо это может сильно запутать вопрос.
Про картинку 3: ИМХО следы эректусов и т.п. могут остаться именно из-за независимой потери разнообразия в локусах путем, описанным выше. В среднем ядерные аутосомные гены коалесцируют 1-2 млн лет назад. У времени коалесценции есть своё распределение, есть и свои выбросы. Выбросы могут быть и случайны, и связаны с отбором. Но если "неотборный" выброс старше выхода эректусов, то данный локус будет "помнить" эту историю. Если я непонятно объясняю, могу попробовать это написать более формально. Впрочем, я и так занимаюсь чем-то похожим ..))