Самосборка

[macroevolution]

 Процессы самоорганизации в онтогенезе многоклеточных: опыт имитационного моделирования.
Доклад на семинаре «Вопросы эволюции» 20.05.2011
М.А.Марков, А.В.Марков

На сегодня у меня было запланировано отрецензировать 1 статью и 1 автореферат. Как-то быстро управился, осталось "лишних" 2 часа, вот и решил выложить доклад.

А вот видео

Comments

[h-driesch.livejournal.com]

Моделирование морфогенеза в модусе bottom up подходит скорее к организмам Dictyostelium discoideum. Морфогенез многоклеточных без учета собственно субстрата морфогенеза - цитоскелета и межклеточных структур моделировать нельзя.Единица морфогенеза это не клетка, а морфогенетическое поле.

[macroevolution.livejournal.com]

Не вижу глубокой принципиальной разницы между морфогенезом плодового тела Dictyostelium и примитивных многоклеточных. То есть разница, конечно, есть, но релевантна ли она в обсуждаемом контексте? У Dictyostelium тоже есть нечто вроде "морфогенетических полей", и внеклеточные структуры важны (прочность стебельку они придают, кажется). А цитоскелет тут причем? Он же внутри клетки и в модели как бы подразумевается. И "поля" в модели тоже возникают. Вообще трудно понять позицию анонимного оппонента по кратким бездоказательным репликам. Судя по вашему нику, вам, вероятно, близки взгляды Ханса Дриша, о котором в википедии сказано: "Driesch... proposed that the autonomy of life that he deduced from this persistence of embryological development despite interferences was due to what he called entelechy, a term borrowed from Aristotle's philosophy to indicate a life force which he conceived of as psychoid or "mind-like", that is; non-spatial, intensive, and qualitative rather than spatial, extensive, and quantitative." ?

[h-driesch.livejournal.com]

Цитоскелет причем, потому что не только форма целого функция формы клеток, но и наоборот форма клетки функция формы зачатка. У Вас же получается что морфогенез результат взаимодействия кирпичиков определенной формы и базовых правил. А таких жестких кирпичиков нет.
ЗЫ: то что я выбрал Дриша не значит что я во всем с ним согласен, тем не менее он отец (один из) экспериментальной эмбриологии. но сейчас речь не об этом.

[wormball.livejournal.com]

Ну кагбе смысл подобного рода моделирования - в том, чтобы не умножать сущности поверх необходимости. Ясен пень, в животных есть и микротрубочки, и нервы, и ДНК, и чего там только нет. А искусство построения модели состоит в том, чтобы отбросить всё, кроме самого важного. Скажем, сделали мы вышеописанную модель - и смотрим, насколько она хорошо воспроизводит феномены, знакомые нам по эксперименту. А ежели вы считаете, что без микротрубочек никак - сделайте модель с микротрубочками и покажите, что она может такого, что не может модель без микротрубочек.

[h-driesch.livejournal.com]

Я считаю что создание моделей должно помогать пониманию процесса в природе и это проиcxодит тогда, когда модели отталкиваются от условий приближенных к реальным, а не игрушечным.
Такого рода игрушки уже давно придумывают. Есть модели Маинхарда, модели Драздо и Галле к примеру. Но рано или поздно от них отказываются.
Ничего зазорного конечно в этом я не вижу, но с реальностью это мало связано.

[wormball.livejournal.com]

Вы совершенно не понимаете суть моделирования, юзернейм. Модели, которые можно назвать "реальными", возможны только тогда, когда мы точно знаем, как функционирует моделируемый объект. Скажем, можно смоделировать велосипед на основании механики Ньютона. Но ежели бы вы не знали механики Ньютона и/или устройства велосипеда, вы бы не смогли его "реально" смоделировать. Ваша точка зрения, видимо, такова, что моделировать в этом случае вовсе не следует. Но можно вспомнить, что фактически вся наука развивается благодаря этому процессу - мы не знаем, как функционирует объект, тем не менее строим его модели. В общем, я бы вам посоветовал хороший курс философии науки.

[h-driesch.livejournal.com]

Я знаю что Вам как биофизику по образованию такие игрушки должны нравится. Ну и ладно. Я не против играйте. Иногда даже от них бывает польза.
Только когда эти игрушки выдаются за что-то связанное с реальными процессами надо на это указать. Что я и сделал.
И нельзя забывать что таких игрушечных моделей морфогенеза пруд пруди. Начиная с работы Тьюринга в 1952 года. А пользы от них пока не видно.

[wormball.livejournal.com]

А позвольте полюбопытствовать, у вас какое образование? И кто вам сказал, что оные игрушки выдаются их авторами за реальные процессы? Истинно вам говорю, курс философии науки - это не пустые слова. Вы бы из него узнали, что любая модель - это упрощение. А тем более в биологии, где системы настолько сложны, что даже ежели бы мы знали о них всё, мы бы не смогли их сколько-либо полно смоделировать.

Кроме того, я не понимаю, какую альтернативу вы предлагаете.

[h-driesch.livejournal.com]

Вам видимо все же неясно как работает наука. Когда создается модель она не висит в воздухе, а публикуется, или для начала представляется на суд коллег. С этого момента она отдана на растерзание. И тогда никто (включая авторов) не будет причитать что модель упрощение.
Да, модель упрощение, но если самого начала ясно, что ни условия, не результат не соответствуют реальности то это игрушка.
Действительно у игрушек есть польза она навлекает на себя критику и таким образом повышается уровень ясности предмета. Польза моделей бывает в способности предсказания - например геоцентрическая модель хотя и была неверной но была полезна, более 1500 лет помогала в навигации. Модель Бора тоже была неверной, но помогала интерпретировать формулы Бальмера-Ридберга.
В этом отличаются модели от игрушек.

[wormball.livejournal.com]

Нет никакой реальности. Точнее, если она и есть, то мы всё равно не можем быть уверены, что вот это реальность, а вот это - уже нет. Модель и игрушка - одно и то же. Ежели вам не нравятся существующие модели в морфогенезе и биологии вообще, предложите свою, флаг вам в руки.

[h-driesch.livejournal.com]

Если реальности нет, то зачем борьба с креационизмом? Тоже игра?

[grihanm.livejournal.com]

Скорее наоборот - идёт борьба креационистов с эволюционистами. А вообще любая борьба - это удовольствие :)

[h-driesch.livejournal.com]

А сборник "доказательства эволюции" тоже для удовольствия составили? Кстати, кто там за эмбриологию отвечал?

[grihanm.livejournal.com]

конечно для удовольствия. я по блогам креационистов не лазаю, хозяин журнала кажется тоже уже этим не занимается, а вот креационисты к нам время от времени заглядывают - а мы им рраз - и ссылочку - удобно :) Ну и потом - научпоп многие, я в том числе, очень любят читать - док-ва эволюции (как и другие труды уважаемого АВМ) очень здорово написаны, я получил море удовольствия при прочтении.

[h-driesch.livejournal.com]

"как и другие труды уважаемого АВМ"
То есть по Вашему за текст "Доказательства эволюции" отвечает АВМ?

[macroevolution.livejournal.com]

Если вы про ресурс http://evolbiol.ru/evidence.htm
то да, там же написано, "под редакцией А.В.Маркова".
Правда, термин "отвечает" звучит как-то слишком сурово. Так и хочется написать какой-нибудь дисклеймер об ограничении ответственности типа "не нравится - не читайте"

[h-driesch.livejournal.com]

Нет, дело не в не нравится, у меня для начала вопрос - есть ли какая нибудь связь между http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/default.html и Вашим сборником.

[macroevolution.livejournal.com]

Мы оттуда некоторые материалы позаимствовали, да.

[oldodik.livejournal.com]

Да, ведь какая еще штука происходит. Вот Зализняк не выдержал фоменкиных и задорновских проказ, взялся объяснять публике, как там у настоящих лингвистов все устроено, и получилась блестящая серия статей и лекций, очень вкусных и доходчивых. А так у него, весьма вероятно, руки бы не дошли.

То есть ничего хорошего в том, что качественный научпоп сейчас зачастую появляется "от противного" на самом деле нет. Но от самого по себе научпопа удовольствие-то какое!

Кстати, полемический момент задора текстам прибавляет, так что мааленький плюсик и в этом есть.