macroevolution | Самосборка

о, спасибо!

Ура-ура! Закончу очередные котята и почитаю внимательно. Тогда мб вопросы возникнут;)

Можно ли скачать саму программу с примерами?

Очень интересная лекция. Спасибо огромное, что поделились. Я очень впечатлена.

А как в программе реализован "апоптоз"? Если на n-ом шаге клетка А "отмерла", то что на её месте будет на шаге n+1? Внешняя среда? Мёртвая клетка-сосед? Потому что клеткам-соседям надо же на что-то реагировать.
В жизни, как я понимаю, на месте покойной клетки остаётся некоторое количество веществ, которые соседние клетки могут как-то "утилизировать", а в программе никакого обмена веществ нет, и что должно появиться в случае апоптоза, непонятно (может, он потому и виснет?).

"Мы начинаем изобретать лишние сущности. Будь то Ламарковское «стремление к совершенству», «радиальная энергия» Тейяра де Шардена, «активность» Юрия Викторовича Чайковского, номогенез, ортогенез и так далее."

Александр Владимирович, читали-ли вы вот это интервью?
http://nature-wonder.livejournal.com/196199.html Там упоминаются некие "агенты активности" - это вероятно как раз что-то из Чайковского... Складывается впечатление, что многие специалисты в биологии по прежнему продолжают изобретать эти "лишние сущности" не только изза конринтуитивности, но всё же и по неким более веским причинам. Могли бы вы как-то это интервью или некоторые его фрагменты прокомментировать? Всё же тема завораживающая до самых этих... как их... базальных ганглиев :))

Простите, вмешаюсь. В интервью нет параллелей с Чайковским. То, о чем там говорится - подход, который используется в различных приложениях, что-то типа этого.

Да, вероятно - я просто не в курсе теорий Чайковского, и провёл аналогию наобум по названию. Но похоже, что "агенты активности" из интервью всё равно относятся к перечисленному, о чём говорит комментарий http://nature-wonder.livejournal.com/196199.html?thread=3317863#t3317863

"причины эволюции не только внешние по отношению к организму, но и внутренние связанные с его существованием как такового"

или я опять что-то не так понял? разве не то самое ламарковское "стремление к совершенству"?

Нет, полагаю, что нет.

В данном случае нет. Независимо от того есть ли в природе стремление к совершенству или нет, вполне можно постулировать активный принцип. Активный принцип не является синонимом разумного, он связан с онтологической автономностью действующей единицы которая действует как бы изнутри. В моделировании агентный принцип используется вовсю как уже указали, но тут не продуманы основы. Мне кажется что модель Маркова может подпадать под это определение. Проблема лишь в том что агенты не те.

Программу можно усложнять, детализировать и приближать к реальности до бесконечности, однако за каждый шаг в этом направлении приходится платить дорогую цену: снижаются внятность результатов, однозначность их интерпретации и убедительность выводов. В рассмотренных примерах мы апоптозом не пользовались (ну, за одним исключением, совершенно не принципиальным).

А какие агенты - "те"?

Вопросов как-то не возникло, впрочем - я с одной стороны не биолог, с другой - не программист, а с третьей - мне просто все эти штуки с самосборкой ужасно нравятся. Очень это все элегантно.

М. А. Марков, как догадываюсь, сын? пустячок, а приятно.

А еще оффтоп: мне вчера опять мозги переклинило, пошел их отдыхать на Элементы в "Детские вопросы". С одной стороны - даа, детишки такие вопросы иногда задают. Плюс формулируют их весьма телеологично (вот про что Вы неоднократно писали и говорили). Трудненько бывает отвечать, это заметно.

С другой - огорчило обилие фриков в комментариях. Понятно, что фрики у нас повсюдны и неистребимиы, но хоть на Элементах бы их модерить. Они же своим, извините за выражение, срачем забивают напрочь то разумное, что в этихкомментариях нередко попадается.

Здравствуйте.
Я по вашему совету обращался к Светлане Александровне Боринской, по поводу идеи полевого исследования по "генам агрессивности" в виде военных игр. Но, к огромному сожалению, потерял почтовый адрес, который она мне дала, а у вас он наверняка есть. Можно у вас её почту попросить?
Мои контакты: kraidiky@gmail.com

Моделирование морфогенеза в модусе bottom up подходит скорее к организмам Dictyostelium discoideum. Морфогенез многоклеточных без учета собственно субстрата морфогенеза - цитоскелета и межклеточных структур моделировать нельзя.Единица морфогенеза это не клетка, а морфогенетическое поле.

Не вижу глубокой принципиальной разницы между морфогенезом плодового тела Dictyostelium и примитивных многоклеточных. То есть разница, конечно, есть, но релевантна ли она в обсуждаемом контексте? У Dictyostelium тоже есть нечто вроде "морфогенетических полей", и внеклеточные структуры важны (прочность стебельку они придают, кажется). А цитоскелет тут причем? Он же внутри клетки и в модели как бы подразумевается. И "поля" в модели тоже возникают. Вообще трудно понять позицию анонимного оппонента по кратким бездоказательным репликам. Судя по вашему нику, вам, вероятно, близки взгляды Ханса Дриша, о котором в википедии сказано: "Driesch... proposed that the autonomy of life that he deduced from this persistence of embryological development despite interferences was due to what he called entelechy, a term borrowed from Aristotle's philosophy to indicate a life force which he conceived of as psychoid or "mind-like", that is; non-spatial, intensive, and qualitative rather than spatial, extensive, and quantitative." ?

Edited 2011-05-23 12:42 (UTC)

Цитоскелет причем, потому что не только форма целого функция формы клеток, но и наоборот форма клетки функция формы зачатка. У Вас же получается что морфогенез результат взаимодействия кирпичиков определенной формы и базовых правил. А таких жестких кирпичиков нет.
ЗЫ: то что я выбрал Дриша не значит что я во всем с ним согласен, тем не менее он отец (один из) экспериментальной эмбриологии. но сейчас речь не об этом.

Ну кагбе смысл подобного рода моделирования - в том, чтобы не умножать сущности поверх необходимости. Ясен пень, в животных есть и микротрубочки, и нервы, и ДНК, и чего там только нет. А искусство построения модели состоит в том, чтобы отбросить всё, кроме самого важного. Скажем, сделали мы вышеописанную модель - и смотрим, насколько она хорошо воспроизводит феномены, знакомые нам по эксперименту. А ежели вы считаете, что без микротрубочек никак - сделайте модель с микротрубочками и покажите, что она может такого, что не может модель без микротрубочек.

Я считаю что создание моделей должно помогать пониманию процесса в природе и это проиcxодит тогда, когда модели отталкиваются от условий приближенных к реальным, а не игрушечным.
Такого рода игрушки уже давно придумывают. Есть модели Маинхарда, модели Драздо и Галле к примеру. Но рано или поздно от них отказываются.
Ничего зазорного конечно в этом я не вижу, но с реальностью это мало связано.

Ну лично мне не столь важно имеет отношение к разуму aктивный принцип или нет (хотя бы потому, что мы не можем дать определения понятию "разум"), сколь интересно не лишний-ли он :)

Вы совершенно не понимаете суть моделирования, юзернейм. Модели, которые можно назвать "реальными", возможны только тогда, когда мы точно знаем, как функционирует моделируемый объект. Скажем, можно смоделировать велосипед на основании механики Ньютона. Но ежели бы вы не знали механики Ньютона и/или устройства велосипеда, вы бы не смогли его "реально" смоделировать. Ваша точка зрения, видимо, такова, что моделировать в этом случае вовсе не следует. Но можно вспомнить, что фактически вся наука развивается благодаря этому процессу - мы не знаем, как функционирует объект, тем не менее строим его модели. В общем, я бы вам посоветовал хороший курс философии науки.

Да, Элементы — просто рассадник фриков в комментариях. При такой-то приличной официальной стороне. Особенно набегают на эволюцию и антропологию, но и в «Детских вопросах» много, о отрицательных числах и делении на нуль — Содом и Гоморра. Печально, это ведь и дети могут прочесть.

В приливы-отливы тоже один набежал, причем он набежал не только туда. Причем сначала он беседует как если бы вменяемый, а потоооом... (когда разведет кого-нибудь на побеседовать.)

Ладно - дети. Но ведь и я прочитал! Должен покаяться - у меня с математикой очень, очень плохо. К моему огромному сожалению, потому что эти вещи надо знать. Упустил в детстве, идиот, а потом мозги уже затвердели, о чем и Асёна пишет.

И сейчас в делении на нуль и в отрицательных числах я с большим трудом отличаю тонкого фрика от нефрика (толстый фрик опознается по синтаксису и словоупотреблению как минимум)

То есть в чем беда-то - придет малообразованный человек на Элементы с похвальной целью самообразования - образовательный же портал. А поглядит в комментарии - и уйдет образованным менее, чем пришел. Так что модерить и банить, банить и модерить!

Очень впечатляющая работа! Доклад так просто и доходчиво написан, что даже любимые вами креационисты его поймут:)) И присоединяюсь к просьбе выложить саму прогу с примерами для большей наглядности.

Касаемо увеличения скорости работы программы у меня следующие предположения (исходников я не видел, но что-то мне подсказывает):

- Можно делать визуализацию не каждый шаг, а, скажем, раз в 100 шагов.

- Наверняка взаимодействие считается по принципу "все со всеми". Но в то же время, насколько я понял, клетки расталкиваются только когда близки. На эту тему есть хороший алгоритм - разбить пространство на кубики размером чуть больше диаметра клетки и держать списки тех, кто находится в каждом кубике, и соответственно считать взаимодействие только тех, кто находится в одном или соседних кубиках. Получается линейная вычислительная сложность, а не квадратичная. К сожалению, забыл, как этот алгоритм называется, но он в молекулярном моделировании применяется.

- Касаемо морфогенов то же самое. Насколько я понял, концентрация морфогена расчитывается в каждой точке, где расположена клетка, на основании суммирования по другим клеткам. Физически правильнее (и вычислительно быстрее в случае большого числа клеток) опять же разбить пространство на кубики и моделировать уравнение диффузии на этой сетке. Единственный минус - что морфоген достигнет противоположного конца организма не сразу, а через количество шагов, чуть большее, чем расстояние в кубиках. Но можно за каждый шаг моделирования считать диффузию не один, а два или более раз.

И по поводу языка поведения клетки. Я так понял, вы просто пишете программу на С++ и ничтоже сумняшеся компилируете её визуальной студией. Это удобно и быстро, но, как вы сами заметили, почти несовместимо с автоматическим мутагенезом. Я бы на вашем месте сделал как в генетическом программировании - программа клетки представляется деревом, в узлах которого условия и действия. Тогда мутагенез будет изменением части узлов, а кроссинговер - обменом частью поддеревьев. А в текстовом виде можно записывать, например, в Лисп-подобной нотации.

Я знаю что Вам как биофизику по образованию такие игрушки должны нравится. Ну и ладно. Я не против играйте. Иногда даже от них бывает польза.
Только когда эти игрушки выдаются за что-то связанное с реальными процессами надо на это указать. Что я и сделал.
И нельзя забывать что таких игрушечных моделей морфогенеза пруд пруди. Начиная с работы Тьюринга в 1952 года. А пользы от них пока не видно.

Вопрос экзистенциальный конечно: лишние ли мы :)

А позвольте полюбопытствовать, у вас какое образование? И кто вам сказал, что оные игрушки выдаются их авторами за реальные процессы? Истинно вам говорю, курс философии науки - это не пустые слова. Вы бы из него узнали, что любая модель - это упрощение. А тем более в биологии, где системы настолько сложны, что даже ежели бы мы знали о них всё, мы бы не смогли их сколько-либо полно смоделировать.

Кроме того, я не понимаю, какую альтернативу вы предлагаете.

Вам видимо все же неясно как работает наука. Когда создается модель она не висит в воздухе, а публикуется, или для начала представляется на суд коллег. С этого момента она отдана на растерзание. И тогда никто (включая авторов) не будет причитать что модель упрощение.
Да, модель упрощение, но если самого начала ясно, что ни условия, не результат не соответствуют реальности то это игрушка.
Действительно у игрушек есть польза она навлекает на себя критику и таким образом повышается уровень ясности предмета. Польза моделей бывает в способности предсказания - например геоцентрическая модель хотя и была неверной но была полезна, более 1500 лет помогала в навигации. Модель Бора тоже была неверной, но помогала интерпретировать формулы Бальмера-Ридберга.
В этом отличаются модели от игрушек.

Нет никакой реальности. Точнее, если она и есть, то мы всё равно не можем быть уверены, что вот это реальность, а вот это - уже нет. Модель и игрушка - одно и то же. Ежели вам не нравятся существующие модели в морфогенезе и биологии вообще, предложите свою, флаг вам в руки.

Если реальности нет, то зачем борьба с креационизмом? Тоже игра?

Скорее наоборот - идёт борьба креационистов с эволюционистами. А вообще любая борьба - это удовольствие :)

С нашей точки зрения - нет

А сборник "доказательства эволюции" тоже для удовольствия составили? Кстати, кто там за эмбриологию отвечал?

конечно для удовольствия. я по блогам креационистов не лазаю, хозяин журнала кажется тоже уже этим не занимается, а вот креационисты к нам время от времени заглядывают - а мы им рраз - и ссылочку - удобно :) Ну и потом - научпоп многие, я в том числе, очень любят читать - док-ва эволюции (как и другие труды уважаемого АВМ) очень здорово написаны, я получил море удовольствия при прочтении.

"как и другие труды уважаемого АВМ"
То есть по Вашему за текст "Доказательства эволюции" отвечает АВМ?

Образованный - да, а необразованный? Вот опять же - я, как необразованный в математике и чего-то недопонявший в официальном ответе, пойду, например, в комментарии в надежде, что мне там объяснят попроще. И попаду под перекрестный огонь фриков, троллей и тп.

Вот если надпись повесить, действительно. Лучше даже такую: "Здесь могут водиться тролли!"

"Нужны ли мы нам?"(с)

Если вы про ресурс http://evolbiol.ru/evidence.htm
то да, там же написано, "под редакцией А.В.Маркова".
Правда, термин "отвечает" звучит как-то слишком сурово. Так и хочется написать какой-нибудь дисклеймер об ограничении ответственности типа "не нравится - не читайте"

Да, ведь какая еще штука происходит. Вот Зализняк не выдержал фоменкиных и задорновских проказ, взялся объяснять публике, как там у настоящих лингвистов все устроено, и получилась блестящая серия статей и лекций, очень вкусных и доходчивых. А так у него, весьма вероятно, руки бы не дошли.

То есть ничего хорошего в том, что качественный научпоп сейчас зачастую появляется "от противного" на самом деле нет. Но от самого по себе научпопа удовольствие-то какое!

Кстати, полемический момент задора текстам прибавляет, так что мааленький плюсик и в этом есть.

А все-таки уж очень противно. Куда ни ткнешься в наших этих нетах - везде, как у Щедрина, сидит кто-то пахучий, только что из ретирады, улыбается и на стенах пишет...

Нет, дело не в не нравится, у меня для начала вопрос - есть ли какая нибудь связь между http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/default.html и Вашим сборником.

Мы оттуда некоторые материалы позаимствовали, да.

сын?

Да, сын.

Идиотов в комментариях на "Элементах" действительно многовато. Периодически их "чистят", банят, но они новые плодятся.
По этой причине на "антропогенезе.ру" комментарии посетителей вообще не предусмотрены. Но "Элементы" хотят быть демократичными. Приходится терпеть. Хотя порой бывает очень противно, конечно. Я почти не читаю комменты там.

Мы работаем над этим! Сообщу, когда удастся ~~заставить сына~~ выложить все это в сеть.

Думаю, у меня это был последний опыт чтения элементских комментов. Буэ.

Лучше буду умные книжки по Вашей наводке читать.

Вот две нашел уже, оперативные нынче пираты стали - "Внутренняя рыба", "Мозг и душа", очень хорошие книжки, просто очень. Еще нарыл Вишнякова "Человек в лабиринте", интересно будет потом с Вашей книжкою сравнить.

Пример с Дедом Морозом и снежинкой - просто шедевр!!! Интересно - это собственный креатив или кем-то "навеяно"?

Спасибо!
В такой форме - вроде бы собственный, но сама мысль, конечно, не новая.

Самосборка

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

прочтя

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

Re: прочтя

Re: прочтя

Re: прочтя

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

no subject

Re: прочтя

no subject

no subject

no subject

Re: прочтя

no subject

no subject

Re: прочтя

no subject

Re: прочтя

no subject

no subject