Что-то связанное с их зарядами, не помню точно, ссылку лень искать.
Может, дело еще и в том, что белки, чьи гены остались у животных в геноме митохондрий, нужны митохондриям в диких количествах.
А вот почему у растений митохондриальные геномы такие большие?
Сильно подозреваю (крамольная мысль), что растительные митохондрии сохранили способность к рекомбинации.