Я тоже сначала ахал от восторга, но прочитав статью и дополнения, и потом еще немного подумав... очень сомневаюсь, что это реальность, а не самогипноз.
The authors of this famous paper thought they have disproved the Central Dogma. Not quite so. The study triggered the discovery of extremely interesting mechanisms of stress-induced mutagenesis but no "unicorn in the garden".
Somehow I suspect that the As story will evolve in the same direction. Although it would be tremendously exciting to be wrong with this prediction.
Chemists believe that the simple modeling of As-substituted DNA is quite enough to disprove the whole thing. Unless biologists think the DNA-related machinery can change accordingly in a course of 3-week evolution.
Мне очень не понравилось вот это "График рефлексов органомышьячных комплексов в статье, к сожалению, не приведен". Просто совсем не понравилось. И я полагаю (если такового сравнения нет в доп. материалах), что именно на этом вся эта история и погорит.
ДОП И в чем они эту ДНК растворяли, мне интересно, чтобы отчистить и изучить. Потому что мнится мне, что еще и надо будет доказывать, что рефлексы эти именно от мышьяковой ДНК, а не от выжившей (части) нормальной.
Lots of flim-flam, but very little reliable information. The mass spec measurements may be very well done (I lack expertise here), but their value is severely compromised by the poor quality of the inputs. If this data was presented by a PhD student at their committee meeting, I'd send them back to the bench to do more cleanup and controls.
There's a difference between controls done to genuinely test your hypothesis and those done when you just want to show that your hypothesis is true. The authors have done some of the latter, but not the former. They should have mixed pregrown E. coli or other cells with the arsenate supplemented medium and then done the same purifications. They should have thoroughly washed their DNA preps (a column cleanup is ridiculously easy), and maybe incubated it with phosphate buffer to displace any associated arsenate before doing the elemental analysis. They should have mixed E. coli DNA with arsenate and then gel-purified it. They should have tested whether their arsenic-containing DNA could be used as a template by normal DNA polymerases. They should have noticed all the discrepancies in their data and done experiments to find the causes.
I don't know whether the authors are just bad scientists or whether they're unscrupulously pushing NASA's 'There's life in outer space!' agenda. I hesitate to blame the reviewers, as their objections are likely to have been overruled by Science's editors in their eagerness to score such a high-impact publication.
Если все это вообще правда (не ошибка), то должна уметь. Иначе как она будет строить ДНК и РНК. Ей понадобятся для этого не фосфорилированные, а арсенилированные нуклеотиды.
http://www.rbc.ua/rus/top/show/uchenye-nashli-bessmertnyh-bakteriy-na-dne-solenogo-ozera-02122010152200 ...Так и не смог решить, какой смайлик добавить...
However, GFAJ-1 is not an obligate arsenophile and it grew considerably better when provided with P.
Сама статья в Science: http://www.sciencemag.org/content/early/2010/12/01/science.1197258.abstract
Данные бактерии НЕ заменяют фосфор на мышьяк (по крайней мере, для природных образцов это в исследовании никак не показано). Они, ввиду существования в экстремальных условиях, в принципе способны это сделать. В лабораторных условиях, на специальных средах, они могут плохо расти в присутствии лишь следовых количеств фосфора. При этом, мышьяк заменяет фосфор, но не факт, что во всех случаях, т.к. фракционирование клеток проводилось крайне грубое.
Чтобы заменять фосфор на мышьяк в ДНК, нужно уметь де-ново синтезировать As-замещенные мононуклеотиды. Вот показали бы авторы хроматограмму с ними, вопросов бы не было.
В обсуждаемом опусе, там, где обсуждается распределение меченого мышьяка между белковой фракцией и ДНК, сказано, что три четверти мышьяка осталось в белковой фракции.
Я, хоть убей, не могу понять с куда в белковых структурах прицепится три четверти клеточного "фосфора". Или под "белковой фракцией" подразумевается то, что осталось после выделения ДНК. З.ы. Я зоолог, но небольшой лабораторный опыт имеется.
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
no subject
no subject
no subject
To me, this reminds of the old story of induced mutations:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3045565
The authors of this famous paper thought they have disproved the Central Dogma. Not quite so. The study triggered the discovery of extremely interesting mechanisms of stress-induced mutagenesis but no "unicorn in the garden".
Somehow I suspect that the As story will evolve in the same direction. Although it would be tremendously exciting to be wrong with this prediction.
no subject
Erratum
no subject
И я полагаю (если такового сравнения нет в доп. материалах), что именно на этом вся эта история и погорит.
no subject
И в чем они эту ДНК растворяли, мне интересно, чтобы отчистить и изучить. Потому что мнится мне, что еще и надо будет доказывать, что рефлексы эти именно от мышьяковой ДНК, а не от выжившей (части) нормальной.
офф
http://community.livejournal.com/ru_antireligion/5264495.html?thread=124298351#t124298351
no subject
http://rrresearch.blogspot.com/2010/12/arsenic-associated-bacteria-nasas.html
Lots of flim-flam, but very little reliable information. The mass spec measurements may be very well done (I lack expertise here), but their value is severely compromised by the poor quality of the inputs. If this data was presented by a PhD student at their committee meeting, I'd send them back to the bench to do more cleanup and controls.
There's a difference between controls done to genuinely test your hypothesis and those done when you just want to show that your hypothesis is true. The authors have done some of the latter, but not the former. They should have mixed pregrown E. coli or other cells with the arsenate supplemented medium and then done the same purifications. They should have thoroughly washed their DNA preps (a column cleanup is ridiculously easy), and maybe incubated it with phosphate buffer to displace any associated arsenate before doing the elemental analysis. They should have mixed E. coli DNA with arsenate and then gel-purified it. They should have tested whether their arsenic-containing DNA could be used as a template by normal DNA polymerases. They should have noticed all the discrepancies in their data and done experiments to find the causes.
I don't know whether the authors are just bad scientists or whether they're unscrupulously pushing NASA's 'There's life in outer space!' agenda. I hesitate to blame the reviewers, as their objections are likely to have been overruled by Science's editors in their eagerness to score such a high-impact publication.
http://scienceblogs.com/webeasties/2010/12/guest_post_arsenate-based_dna.php
http://neuroskeptic.blogspot.com/2010/12/science-bloggers-vs-science.html
В общем, ждём-с!
Неприятна только шумиха в СМИ, мол, якобы обнаружили чуть ли не бактерию внеземного происхождения, мне уже десяток знакомых пришлось разубеждать.
Кстати, а селен вместо серы никто не пробовал кому-нибудь скормить?
no subject
А АТФ на мышьяковый аналог оназаменять не умеет?
no subject
а в такой редакции видели?
...Так и не смог решить, какой смайлик добавить...
no subject
considerably better when provided with P.
Сама статья в Science: http://www.sciencemag.org/content/early/2010/12/01/science.1197258.abstract
Данные бактерии НЕ заменяют фосфор на мышьяк (по крайней мере, для природных образцов это в исследовании никак не показано). Они, ввиду существования в экстремальных условиях, в принципе способны это сделать. В лабораторных условиях, на специальных средах, они могут плохо расти в присутствии лишь следовых количеств фосфора. При этом, мышьяк заменяет фосфор, но не факт, что во всех случаях, т.к. фракционирование клеток проводилось крайне грубое.
no subject
no subject
http://rrresearch.blogspot.com/2010/12/arsenic-associated-bacteria-nasas.html
А подскажите люди добрые
В обсуждаемом опусе, там, где обсуждается распределение меченого мышьяка между белковой фракцией и ДНК, сказано, что три четверти мышьяка осталось в белковой фракции.
Я, хоть убей, не могу понять с куда в белковых структурах прицепится три четверти клеточного "фосфора".
Или под "белковой фракцией" подразумевается то, что осталось после выделения ДНК.
З.ы. Я зоолог, но небольшой лабораторный опыт имеется.
Re: А подскажите люди добрые
Все понял, спасибо.
:)