Вот мы тут сидим, а люди открывают новые надтипы

[macroevolution]

Описан новый надтип архей, к которому относятся предки эукариот

Современные методы метагеномного анализа уже позволяют собирать из фрагментов ДНК, выделенных из проб воды, донных осадков, почвы и других сред, целые геномы микроорганизмов, в том числе новых для науки. В 2015 году таким способом были открыты локиархеи — неизвестная ранее группа архей, близкая к эукариотам. Целенаправленный поиск микробов, родственных локиархеям, привел к обнаружению большой и разнообразной группы, заслуживающей ранга надтипа и получившей название «Асгард». В эту группу, помимо описанных ранее локиархей и торархей, входят два новых типа: одинархеи и хеймдалльархеи. В геномах асгардархей закодировано множество белков, ранее считавшихся характерными только для эукариот, в том числе многие компоненты цитоскелета, а также молекулярные системы, отвечающие за везикулярный транспорт и убиквитин-зависимую деградацию белков. Никто пока не видел асгардархей под микроскопом, но геномные данные указывают на более сложную организацию их клеток по сравнению с обычными прокариотами. Предки эукариот почти наверняка были асгардархеями, возможно, близкими к хеймдалльархеям. Открытие показало, что ряд шагов в сторону усложнения организации был сделан предками эукариот задолго до приобретения митохондриального симбионта.

Читать полностью

Схема клеточных процессов, в которых у эукариот участвуют белки, ранее считавшиеся уникальными для эукариот, но теперь обнаруженные у архей из новооткрытого надтипа.

Comments

[myugor.livejournal.com]

Геном геномом, но как они выглядят? Что у них внутри? Как они живут? Кроме самых общих свойств, "водородный сульфатредуктор и ацетоген", даже о локиархеуме gc14-75 ничего не известно, а об остальных локиархеях и того меньше. А есть ли у них внутриклеточные мембраны? Есть ли и как выглядит их эндоцитоз? Этого геномы все-таки не скажут.
Такая же история с новыми группами простейших. Они есть, они родственники известных групп, и ничего больше.

[trim-c.livejournal.com]

А в какой степени известны сами геномы?
В деталях или "в общих чертах"? Ну т.е. некие главные черты понятны, а много ли осталось "всего остального"?

даже не хочется напоминать как похожи геномы человека и шимпанзе " в общих чертах" - и насколько различны оказались результаты

[myugor.livejournal.com]

Я так понимаю, что за исключением более или менее реконструированного генома Lokiarcheum sp. GC 14-75, известны некие ошметки, но они связные, т.е. это действительно куски генома реальных прокариот, а не химеры.
Пока в этом надтипе нет ни единого представителя, описанного даже как candidate.
(Позже: ага, А.М. говорит, что почти полные геномы? Поверю, статью пока не видел, да и не собирался смотреть).
К геномам позвоночных и бактерий/архей не стоит подходить с одной меркой. Между геномами человека и шимпанзе, по меркам микробиологии, разница в %, как между очень близкими, почти идентичными, штаммами одного вида бактерий.

Нет, это, вероятно, добротные и надежные результаты. Другое дело, что любой организм нужно все-таки не только отсеквенировать, но и увидеть, порезать на срезы и рассмотреть ультраструктуру, раскультивировать и разобраться с физиологией. Я так думаю.

[trim-c.livejournal.com]

Мне тоже немножкол страшно когда такой значимости здание строится на геноме собранном из многих организмов по частям - вот зная какими бывают промахи в пркладной математике и какие бывают артефакты из ничего - ну. наверное генетики это понимают лучше меня. но все равно страшновато.
Хотя А.М. уверен в достоверности - а это серьезно

[myugor.livejournal.com]

Да, на мой взгляд, эта задача чуть посложнее, чем собрать целую газету из всех газет в газетном киоске, пропущенных через шреддер :) Не то, что невыполнимая, но тяжелая и чреватая ошибками.
У них там 8 геномов, прочитанных оценочно на 80-90%, но эти проценты состоят из десятков отдельных кусков-контигов. Как биоинформатики определяют, что два контига принадлежат одному геному, я не очень представляю. Другое дело, днк из чистой культуры, там это заведомо ясно.