Вот мы тут сидим, а люди открывают новые надтипы

[macroevolution]

Описан новый надтип архей, к которому относятся предки эукариот

Современные методы метагеномного анализа уже позволяют собирать из фрагментов ДНК, выделенных из проб воды, донных осадков, почвы и других сред, целые геномы микроорганизмов, в том числе новых для науки. В 2015 году таким способом были открыты локиархеи — неизвестная ранее группа архей, близкая к эукариотам. Целенаправленный поиск микробов, родственных локиархеям, привел к обнаружению большой и разнообразной группы, заслуживающей ранга надтипа и получившей название «Асгард». В эту группу, помимо описанных ранее локиархей и торархей, входят два новых типа: одинархеи и хеймдалльархеи. В геномах асгардархей закодировано множество белков, ранее считавшихся характерными только для эукариот, в том числе многие компоненты цитоскелета, а также молекулярные системы, отвечающие за везикулярный транспорт и убиквитин-зависимую деградацию белков. Никто пока не видел асгардархей под микроскопом, но геномные данные указывают на более сложную организацию их клеток по сравнению с обычными прокариотами. Предки эукариот почти наверняка были асгардархеями, возможно, близкими к хеймдалльархеям. Открытие показало, что ряд шагов в сторону усложнения организации был сделан предками эукариот задолго до приобретения митохондриального симбионта.

Читать полностью

Схема клеточных процессов, в которых у эукариот участвуют белки, ранее считавшиеся уникальными для эукариот, но теперь обнаруженные у архей из новооткрытого надтипа.

Comments

[prokhozhyj.livejournal.com]

Что именно? Наличие в природе существ с вот такими геномами – установленный факт. Как волчий след делает установленным фактом наличие волка в лесу, даже если его самого и не видели.

[myugor.livejournal.com]

Геном геномом, но как они выглядят? Что у них внутри? Как они живут? Кроме самых общих свойств, "водородный сульфатредуктор и ацетоген", даже о локиархеуме gc14-75 ничего не известно, а об остальных локиархеях и того меньше. А есть ли у них внутриклеточные мембраны? Есть ли и как выглядит их эндоцитоз? Этого геномы все-таки не скажут.
Такая же история с новыми группами простейших. Они есть, они родственники известных групп, и ничего больше.

[trim-c.livejournal.com]

А в какой степени известны сами геномы?
В деталях или "в общих чертах"? Ну т.е. некие главные черты понятны, а много ли осталось "всего остального"?

даже не хочется напоминать как похожи геномы человека и шимпанзе " в общих чертах" - и насколько различны оказались результаты

[myugor.livejournal.com]

Я так понимаю, что за исключением более или менее реконструированного генома Lokiarcheum sp. GC 14-75, известны некие ошметки, но они связные, т.е. это действительно куски генома реальных прокариот, а не химеры.
Пока в этом надтипе нет ни единого представителя, описанного даже как candidate.
(Позже: ага, А.М. говорит, что почти полные геномы? Поверю, статью пока не видел, да и не собирался смотреть).
К геномам позвоночных и бактерий/архей не стоит подходить с одной меркой. Между геномами человека и шимпанзе, по меркам микробиологии, разница в %, как между очень близкими, почти идентичными, штаммами одного вида бактерий.

Нет, это, вероятно, добротные и надежные результаты. Другое дело, что любой организм нужно все-таки не только отсеквенировать, но и увидеть, порезать на срезы и рассмотреть ультраструктуру, раскультивировать и разобраться с физиологией. Я так думаю.

[trim-c.livejournal.com]

Мне тоже немножкол страшно когда такой значимости здание строится на геноме собранном из многих организмов по частям - вот зная какими бывают промахи в пркладной математике и какие бывают артефакты из ничего - ну. наверное генетики это понимают лучше меня. но все равно страшновато.
Хотя А.М. уверен в достоверности - а это серьезно

[myugor.livejournal.com]

Да, на мой взгляд, эта задача чуть посложнее, чем собрать целую газету из всех газет в газетном киоске, пропущенных через шреддер :) Не то, что невыполнимая, но тяжелая и чреватая ошибками.
У них там 8 геномов, прочитанных оценочно на 80-90%, но эти проценты состоят из десятков отдельных кусков-контигов. Как биоинформатики определяют, что два контига принадлежат одному геному, я не очень представляю. Другое дело, днк из чистой культуры, там это заведомо ясно.

[trim-c.livejournal.com]

Хотя и не исключено, что след этот - собачий. Одного следа мало.
На мой непрофессиональный взгляд.

В данной ситуации цепи реконструкций очень длинные, упоры на математику очень сильные. Конструкции начинают подвисать, когда конструкциии большие а опытная база - маловата. Я не говорю, что так произошло сейчас. Я говорю об общем ощущении. Пирамиды опертой на вершину.

[macroevolution.livejournal.com]

Это как с денисовским человеком после первого, чернового прочтения его генома. Его тоже никто не видел, а сохранившийся костный материал абсолютно ничтожен и ничего не говорит о том, как эти люди выглядели и как себя вели.

[trim-c.livejournal.com]

Но кажется и здесь трудно понять - как они себя ведут. Хотя количество белков ESP впечатляет - т.е. их очень много.

[trim-c.livejournal.com]

Простите мне оффтоп.
Но очень хочется прочесть Ваш ответ.

Меня долго мучила одна проблема. Когда я узнал, что лев потребляет на килограмм массы в 10 раз больше мяса, чем крокодил, у меня возник вопрос - как могла эволюция путем отбора выработать и закрепить такой чудовищно затратный механизм?


Я что-то себе домашнее придумал - но как отвечает наука?

[macroevolution.livejournal.com]

В самом общем виде ответ примерно такой.
Во-первых, нужно всегда помнить, что эволюция идет медленно и постепенно, поэтому нужно сравнивать не крокодила со львом, а, например, представителей одного и того же вида хищников, у которых есть некий ген с двумя аллельными вариантами, один из которых увеличивает потребность в пище.
Конечно, если у аллеля, увеличивающего потребность в пище, при этом нет никаких других фенотипических эффектов, такой аллель будет "вредным", то есть он будет снижать приспособленность (=отбор будет работать против него). Но что если этот аллель дает какое-то преимущество, "платой" за которое является увеличение потребности в пище? Подобные преимущества могут быть самыми разными. Например, это может быть способность быстрее двигаться в холодную погоду, охотиться по ночам, эффективнее заботиться о детенышах, побеждать сородичей в конкуренции за половых партнеров и т.д. Многие подобные полезные новоприобретения могут требовать "платы" в виде повышения энергетических расходов и потребности в пище. Для эволюции важно только одно: что перевесит - плюсы или минусы. Если плюсы перевешивают (т.е. в итоге особи с повышенной потребностью в пище оставляют в среднем больше доживающего до зрелости потомства, чем особи с пониженной потребностью в пище), то, следовательно, данный аллель будет "полезным", и аллель распространится в генофонде под действием отбора.
В конкуренции побеждает не тот, кто расходует ресурсы экономнее, а тот, кто оставляет больше доживающего до зрелости потомства. И неважно, из каких компонентов складывается этот итоговый показатель (приспособленность). Все преимущества складываются, все недостатки (расходы) вычитаются, и если итоговая сумма положительна - признак распространяется.

[trim-c.livejournal.com]

Видите ли - я родил домашнюю гипотезу.
На возможность охотиться ночью - отбор среагирует но ведь не в таком масштабе.
Авот на выживаемость потомства - среагирует очень остро.
Представим себе территорию с резко когнтинентальным климатом и животное не очень больших размеров.

Если вдруг резко наступило похолодание мать своим телом не сможет защищтить яйца от охлаждения, просто потому что сама будет быстро остывать. Вот тут даже небольшие способности к теплорегуляции будут резко похвачены отбором. И у меня получилось что скорее всего такой сдвиг должен был возникнуть во времена Пангеи - при такой конструкции материков территории с резко континентальным климатом просто обязаны были быть и даже в изрядном количестве.

И яйцекладущим небольших размеров там теплокровность была позарез нужна - и намного важнее способности охотиться ночью или тонкой подстройки ферментных систем ( в том смысле что отбор реагировал бы остро имено на защиту яиц) - так мне показалось

[macroevolution.livejournal.com]

"На возможность охотиться ночью - отбор среагирует но ведь не в таком масштабе."
Ну почему же, смотря в какой ситуации. Если любая ваша попытка поохотиться днем заканчивается тем, что вас сжирают холоднокровные, но научившиеся быстро бегать архозавры - очень даже отреагирует.
Забота о потомстве в континентальном климате могла быть важным фактором, да. И, конечно, теплокровность в общем и целом формировалась действительно во времена Пангеи и самых ранних этапов ее распада: пермь - начало юры.

[trim-c.livejournal.com]

Самое занятное - я не знал, что во времена пангеи - я как Архимед выскочил из ванной и позвонил препродавателю эволюции в нашем университете - когда придумал гипотезу континентального климата лежа в ванной и задал ему один вопрос - как были континенты расположены?

и он сказал - Пангея

[prokhozhyj.livejournal.com]

> Хотя и не исключено, что след этот - собачий.

Исключено. Ни один охотник и ни один зоолог-полевик не перепутают. Разве что неучи.