Внутренне противоречивой может быть только формальная: математическая, логическая и т.п. теория, основанная на аксиомах. Это означает, что аксиомы друг с другом несовместимы.
Естественно-научные теории опираются не на аксиомы, а на опыт. Они являются формой представления опыта. Поэтому естественно научные теории не доказывают и не опровергают. Невозможно доказать или опровергнуть опыт. Их дополняют и уточняют.