Вопрос к коллегам.

[macroevolution]

Вот новая статья в Journal of Human Evolution
How old are chimpanzee communities? Time to the most recent common ancestor of the Y-chromosome in highly patrilocal societies
Речь идет об оценке времени существования сообществ шимпанзе. Сообщества строго патрилокальны: мальчики остаются в родном сообществе, девочки разбегаются; новые сообщества образуются редко и не совсем понятно как, но предполагается, что число самцов-основателей невелико.

Авторы взяли в 8 сообществах шимпанзе из Восточной Африки пробы ДНК самцов (всего 182 самца, в среднем по 23 на сообщество) и рассчитали для каждого сообщества, на основе вариабельности Y-хромосомы, время жизни последнего общего предка (TMRCA) по мужской линии. Рассчитали и молодцы. Но почему-то они утверждают, что момент возникновения сообщества не может быть древнее, чем TMRCA.

Например, они пишут:
"In both the multi-male and one-male fissioning scenarios, new chimpanzee communities are formed by a relatively small number of paternally related male founders. This has important implications for our understanding of the relationship between (1) the TMRCA of a set of extant chimpanzee Y-chromosome haplotypes in a community, and (2) the timing of when the community was originally founded. Although the former always occurs before (i.e., further back in time than) the latter..."

Или:
"Because of the fact that Y-STR TMRCA always predates the timing of the founding of the community, Y-STR TMRCAs are not informative as to the minimum age of a chimpanzee community, but rather only the maximum possible age of a community"

Не понимаю, почему "Y-хромосомный Адам" данного сообщества не мог жить много позже момента формирования сообщества? Тем более - почему это подается даже не как вероятность, а как "факт". Ведь Y-хромосомные линии теряются из-за дрейфа. Тем более, сообщества-то небольшие: обычно <<100 самцов в сообществе. Мне кажется, в данном случае TMRCA может быть как сильно древнее, так и сильно моложе момента формирования сообщества. Где ошибка?

Comments

[bbzhukov.livejournal.com]

Что-то в последнее время подобные логические скачки стали попадаться регулярно. Вот совсем недавно читал статью (к сожалению, сейчас не смог найти ссылки): люди меряют частоту мутаций (не помню у кого и в каких локусах), вполне внятно и осмысленно обсуждают то, что намерили и почему оно не совпадает с более ранними оценками, доказывают (разумеется), что их оценки точнее, а затем каким-то непостижимым образом перескакивают к частоте фиксации мутаций. (Типа раз мутируют в полтора раза чаще, чем считалось, - значит, и фиксируются эти мутации в полтора раза чаще.) А от нее, естественно, к оценкам времени разделения. И я - вот точно так же, как Вы сейчас, - смотрю в этот текст и не могу понять: а как это? И предполагаю худшее относительно собственного интеллекта.

[polenadisto.livejournal.com]

Я бы предположил из этого always, что это некий эмпирический факт, полученный из многочисленных исследований. Но тогда явно должна быть ссылка на статью с метаанализом.

[aorlovsky1.livejournal.com]

Всё верно написано, исходить нужно из фактов. Мог ли "адам" жить позже формирования сообщества? Мог, но мы же об этом ничего не знаем, а значит это догадки.

[poor-sysadm.livejournal.com]

В статье должен быть адрес автора, наверняка он почту читает :)

[cmpax-u-pagocmb.livejournal.com]

Всё правильно пишете, ошибка у них.

[gegmopo4.livejournal.com]

А какой результат получили? Какое среднее, какое распределение? Возможно они показывают, что Y-хромосома могла зафиксироваться только в начале существования сообщества, пока в нём 2-3 самца, а для более крупных сообществ время фиксации слишком велико, больше полученного возраста.

[arturus aurelius (from livejournal.com)]

Мне кажется, что авторы не вывели факт равенства времени жизни последнего общего предка и времени основания сообщества, а взяли его за точку отсчета.
Это похоже на динстическую систему в человеческих популяциях: каждая динстия отсчитывается от нового Y-хромосомного основателя.

[satai.livejournal.com]

А какие конкретно результаты они получают по каждому из 8 сообществ?

> Мне кажется, в данном случае TMRCA может быть как сильно древнее,

«Communities are formed by a relatively small number of paternally related male founders». Это автоматически делает сообщества не [намного] древнее TMRCA. У них, правда, почему-то «не моложе».

> так и сильно моложе момента формирования сообщества.

Получались ли идентичные оценки возраста TMRCA для нескольких сообществ? (Если да, то очень велика вероятность того, что это и есть собственно время возникновения сообществ)

[petrkiskin.livejournal.com]

По-моему, ситуация следующая. Если в основании сообщества участвовал один самец - то тогда оценка по TMRCA дает возраст начала дивергенции гаплотипа этого самца. Но это начало дивергенции может о отстоять от начала образования сообщества на одно или более поколений.
Второй вариант - сообщество образовалось за счет нескольких самцов. Тогда расчет даст возраст много больше. чем время реального образования сообщества - так как в этом случае уже в исходной точке было более одного гаплотипа. И общий возраст предкового гаплотипа для этой пары будет древнее реального возраста основания сообщества.

[svetlana a. borinskaya (from livejournal.com)]

Они сами себе противоречат. Они пишут
they live in strongly male philopatric communities that arise by a group-fissioning process

Разделение группы приведет к появлению двух групп, TMRCA в которых будет сколь угодно больше, чем время разделения групп. Даже если такое разделение происходит редко - как указано в статье, один раз за 300 лет суммарного наблюдения за всеми изучаемыми группами. Значит, в группе, для которой дана оценка времени существования 2625 лет, такое разделение могло произойти 9 раз.
Ну и конечно же, никто не гарантирует, что в маленькой группе будет сохраняться все генетическое разнообразие, которое позволяет корректно оценить время существования этой группы.
Нынче положено делать матмодели, чтобы проверить возможные интерпретации. Что, конечно же, требует времени и может входить в противоречие с требованиями отчета по грантам.

Но Y-STR у шимпанзе - это ценно. Может быть, они им потом еще полные геномы сделают...

[voda-sysha-nebo.livejournal.com]

А, вы не обращались(@) с этим вопросом к А.А.Клёсову?

[steblya-kam.livejournal.com]

Да, а в самом деле, если предыдущего главу сообщества съели, а новый - не его прямой потомок?