macroevolution: (Default)
macroevolution ([personal profile] macroevolution) wrote2012-09-10 11:46 am

ENCODE: мусор или не мусор?

про опубликованные только что результаты проекта ENCODE. (статья в открытом доступе)
Боюсь, я не успею разобраться во всех деталях и подробно прокомментировать, там аж 30 статей.
Комментарии специалистов приветствуются!
Я пока только бегло просмотрел. Суть в том, что удалось проаннотировать 80% генома, т.е. приписать этим 80% ту или иную "биохимическую функцию" (например, транскрибируемость или способность каких-либо белков прикрепляться к данному участку ДНК).
Задали вопрос: 
Прокомментируйте пожалуйсто новость:
http://www.vesti.ru/doc.html?id=900762&cid=2161 
может и остальные 20% генома тоже не являются мусорной ДНК?

Т.е. журналисты уже начали пропагандировать идею, что якобы вся мусорная ДНК на самом деле не мусорная и жутко важна для здоровья, что явно не соответствует реальности. И требует пояснения.

Я ответил так (повторю, комментарии спецов приветствуются!!! Я бы хотел получше разобраться, но реально нет времени):

Эти результаты неправильно интерпретированы. Жаль, нет времени подробно написать. На самом деле эти 80% - это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка - вовсе не свалка, а мусор - вовсе не мусор.


[identity profile] a-marko.livejournal.com 2012-09-10 08:50 am (UTC)(link)
А почему кстате у прокариот нет "junk"-ДНК? Высокая цена репликации тому причиной?

[identity profile] combinator30.livejournal.com 2012-09-10 09:00 am (UTC)(link)
У них она тоже есть, просто в гораздо меньших количествах.

[identity profile] a-marko.livejournal.com 2012-09-10 09:08 am (UTC)(link)
Не суть важно. Тогда почему ее меньше? :)

[identity profile] combinator30.livejournal.com 2012-09-10 10:32 am (UTC)(link)
Да, скорее всего причина в том, что у прокариот нет такого высокоэффективного источника дешёвой энергии, как митохондрии эукариот. Соответственно, давление отбора в направлении минимизации размера генома достаточно сильное.

[identity profile] macroevolution.livejournal.com 2012-09-10 10:34 am (UTC)(link)
клетки очень маленькие, поэтому цена содержания лишней ДНК оказывается выше. Эукариоты, даже одноклеточные - гораздо крупнее, для них лишняя сотня тысяч килобаз - не груз.

[identity profile] a-marko.livejournal.com 2012-09-10 10:56 am (UTC)(link)
Спасибо.

А не известно ли Вам попыток строго проверить гипотезу о junk DNA как защите от вредных мутаций - существенна ли она и оправдывает ли затраты?

[identity profile] levgilman.livejournal.com 2012-09-10 03:40 pm (UTC)(link)
Важны размеры не "эукариот, даже одноклеточных", а эукариотических клеток (в предположении, что каждая клетка содержит весь геном).