macroevolution: (Default)
macroevolution ([personal profile] macroevolution) wrote2012-09-10 11:46 am

ENCODE: мусор или не мусор?

про опубликованные только что результаты проекта ENCODE. (статья в открытом доступе)
Боюсь, я не успею разобраться во всех деталях и подробно прокомментировать, там аж 30 статей.
Комментарии специалистов приветствуются!
Я пока только бегло просмотрел. Суть в том, что удалось проаннотировать 80% генома, т.е. приписать этим 80% ту или иную "биохимическую функцию" (например, транскрибируемость или способность каких-либо белков прикрепляться к данному участку ДНК).
Задали вопрос: 
Прокомментируйте пожалуйсто новость:
http://www.vesti.ru/doc.html?id=900762&cid=2161 
может и остальные 20% генома тоже не являются мусорной ДНК?

Т.е. журналисты уже начали пропагандировать идею, что якобы вся мусорная ДНК на самом деле не мусорная и жутко важна для здоровья, что явно не соответствует реальности. И требует пояснения.

Я ответил так (повторю, комментарии спецов приветствуются!!! Я бы хотел получше разобраться, но реально нет времени):

Эти результаты неправильно интерпретированы. Жаль, нет времени подробно написать. На самом деле эти 80% - это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка - вовсе не свалка, а мусор - вовсе не мусор.


[identity profile] metarattus.livejournal.com 2012-09-12 02:06 am (UTC)(link)
Да, Мы неорганизован и это прекрасно!
Ви желаете поспорить?

[identity profile] metarattus.livejournal.com 2012-09-12 02:10 am (UTC)(link)
Только не микоплазму, конечно, а только лишь её геном, выкинув только очевидно-лишнее.
Теперь то же самое надо сделать с H. influenzae, E. coli и B. cereus. И чтобы итоговые геномы тако же не превышали 0,6 Мbp. Тогда можно сказать, что базовую организацию бактериального генома мы таки худо-бедно понимаемъ, хехе.
С бактериями такие операции проделывать несравненно проще из-за гораздо более просто устроенной регуляции реализации наследственной информации: ни интронов, ни гистонов, а из эпигенетических механизмов - только метилирование. Благодать на самом деле. А вот у эукариот - АдЪ.

ЗюЫю Если бы первый человечй геном успел досеквенировать Вентер, он бы вполне мог быть закопиращен.
Edited 2012-09-12 03:31 (UTC)

[identity profile] petrkiskin.livejournal.com 2012-09-13 10:40 am (UTC)(link)
Если кому интересно поглубже погрузится в ENCODE - читайте BMC Genetics и BMC Genome Biology. Оба - в свободном доступе.
"Six articles appear in Genome Biology, and these include extensive analyses of transcription factor function and binding behavior, modeling of gene expression and zombie pseudogenes. An article in BMC Genetics employs ChIP-seq to identify inter-individual variation in genome sequence and function"
http://genomebiology.com/

[identity profile] kelavrik-0.livejournal.com 2012-09-16 10:11 am (UTC)(link)
Тут есть детская аналогия. Выстроим в ряд 10 деревянных кубиков. На них положим 9, так чтоб верхние лежали на стыках нижних. Потом 8 ну и до верха. Так вот, теперь из нижнего ряда можно безнаказанно убрать любой их кубиков и конструкция не рухнет. Не раз проверено в детстве.

В организме тоже полно параллельных биохимических путей. Можно убрать один и не заметить разницу.

[identity profile] eigen-state.livejournal.com 2012-09-21 06:30 pm (UTC)(link)
Ларри Моран в своем блоге sandwalk.blogspot.com написал целую серию постов о шумихе вокруг ENCODE, приведя много суждений и критику специалистов, - как современных, так и классиков (С.Гульд)

[identity profile] mininand.livejournal.com 2012-10-02 02:39 pm (UTC)(link)
продолжая Вашу модель: башня стоять будет, но прочность ее на второе воздействие сильно снизится

[identity profile] mininand.livejournal.com 2012-10-02 02:48 pm (UTC)(link)
к сожалению, все забывают Докинза: раз ДНК транскрибируется, а отбор ей это позволяет - значит она функционирует, и фенотип и организм тут ни при чем
на мой взгляд, ENCODE занимается правильным и полезным делом, может быть, не все использованные подходы одинаково эффективны, но главное - замысел:)
Edited 2012-10-02 14:51 (UTC)

[identity profile] kelavrik-0.livejournal.com 2012-10-02 02:50 pm (UTC)(link)
Снизится, но только если вы будете удалять соседний кубик. Ну и как измерить прочность?

[identity profile] mininand.livejournal.com 2012-10-02 02:55 pm (UTC)(link)
Вы сами даете ответ на Ваш вопрос - сначала можно было вынуть любой, а стало - не любой), изменилась "информационная" прочность

[identity profile] kelavrik-0.livejournal.com 2012-10-02 03:05 pm (UTC)(link)
Замечательно, как вы об этом узнаете?

[identity profile] mininand.livejournal.com 2012-10-02 03:24 pm (UTC)(link)
возвращаясь к биологии: отбор узнает; от первой мутации не сдох, так от второй точно сдохнет)

[identity profile] kelavrik-0.livejournal.com 2012-10-02 04:07 pm (UTC)(link)
Хорошо. У одних мутанты (редкие, видать) будут дохнуть, у других нет. Мутагенез - явление редкое. А ведь мы о альтернативных путях, верно? То есть давление отбора будет ничтожное.

Но мы говорим о другом. Предполагается выбросить лишнее, верно? То есть речь о экспериментальной методике. Так как вы опознаете лишнее экспериментально?

Page 3 of 3