macroevolution: (Default)
macroevolution ([personal profile] macroevolution) wrote2012-02-03 07:55 pm

Вопрос к химикам

Коллеги, кто знает химию (или биохимию, или микробиологию?), помогите, пожалуйста, бедным палеонтологам разобраться с экспериментом. Эксперимент тафономический - попробовали захоронить маленьких рачков в осадке и посмотреть, что с ними будет. Вот письмо от Елены Наймарк:

Уважаемые коллеги, обращаюсь к вам за помощью и надеюсь, что этот вид инернетного brain-storming станет новым способом решать научные задачи. Я сейчас занимаюсь проблемой сохранения мягких тканей в ископаемом состоянии по типу знаменитых эмбрионов Доушаньтуо или как в Burgess shale biota.
Были поставлены эксперименты с захоронением рачков Artemia salina в природных каолинитах. Каолиниты – напомню, глины белого цвета. В суспензию каолинита, приготовленную с пресной отстоянной водой (не дистилированной), в высокие стеклянные трубки были опущены рачки (живые, одного возраста, первой стадии линьки), трубки закрыли парафином и закрыли от света. Каолинит со временем осел, а рачки распределились по толще осадка. Их хорошо видно сквозь стекло трубки, так как они оранжевого цвета. Осадок довольно быстро стал темно-серого цвета, но вокруг каждого рачка сформировалось светлое пятно. В течение месяца картина становилась все более контрастной. Затем от верхних светлых пятен вверх потянулись тонкие светлые струйки. Со временем, то есть в течение двух недель эти струйки стали видны у большинства светлых пятен. Через три месяца только пятна в самом нижнем слое осадка оставались округлыми без струек. Одновременно в самой верхней части осадка формировался светлый слой, его толщина со временем увеличивалась. Мой вопрос заключается в том, чтобы расшифровать природу этих светлых пятен вокруг рачков. Мне явно не хватает знаний по микробиологи и биохимии, нужно было не прогуливать лекции в свое время. Что за химические и биохимические процессы сформировали эти пятна? Почему с течением времени от них потянулись вверх тонкие струйки? Какие могут быть тесты, чтобы проверить предположения? Все процессы протекают в бескислородной или микрокислородной среде, иначе темный осадок, который обеспечивается присутствием сульфидов, посветлел бы. Кстати он быстро, примерно за час, светлеет, когда его открывают и переносят в обычные комнатные условия. Я дала фотографии экспериментов, сделанных примерно через 2,5 месяца инкубации.


Здесь хорошо видны тонкие струйки, которые тянутся от светлых пятен. Наверху видно начало формирования светлого слоя.



Здесь светлый слой уже широкий



Светлые пятна вокруг оранжевых рачков.


[identity profile] tamgdenasnet.livejournal.com 2012-02-03 10:16 pm (UTC)(link)
У меня таже гипотеза! Как проверить: убрать бактерии по максимуму и повторить (с контрольным экспериментом). (Прокалить глину, прокипятить воду, заполнить все под азотом). Если не поможет (т.е. бактерии в самих рачках), засунуть последних под долгий рентген. ЕМНИП, есть анаэробные бактерии сидящие на диете не из Fe(III), а Mn(IV); хотя железо более вероятно.

[identity profile] elenanaimark.livejournal.com 2012-02-04 07:50 am (UTC)(link)
Можно рачков просто прокипятить вместе с водой, долгий рентген не обязателен. Попробую, наверное. Вообще-то это проделывал еще Пастер, году эдак в 1861. Марганец в пробе не обнаруживается. Немного никеля было, немного железа. Больше ничего.

[identity profile] tamgdenasnet.livejournal.com 2012-02-04 09:35 am (UTC)(link)
Как проверить гипотезу о роли железа в осветлении пятен:
1) Взять неотбеленную и отбеленную рачками глину;
2) Количественный анализ на Fe(2+) в обоих образцах (фенантролин)
3) Количественный анализ на все железо (подкислить, восстановить железо до Fe(2+) аскорбинкой, потом опять фенантролин
4) Сравнить результаты для отбеленной и неотбеленной глины. Если дело в железе, то разница между полным содержанием железа и содержанием Fe(2+) в отбеленном образце будет заметно меньше

Кстати, привет тебе от твоей двоюродной сестры (которая [livejournal.com profile] kramian). Ну и от ее мужа, т.е. меня, тоже привет :).

[identity profile] elenanaimark.livejournal.com 2012-02-04 10:05 am (UTC)(link)
Ух ты, вот так развиртуализация! Пришлите в личку свои текущие контакты. Попробую провести этот анализ. Но все ужасно трудно, т.к. для каждого анализа нужно искать базу и человека, владеющего методами. Но все равно попробую найти. Спасибо.

[identity profile] levgilman.livejournal.com 2012-02-04 05:19 pm (UTC)(link)
Кипячение много чего нарушает. Лучше долгий рентген готовой системы.

[identity profile] elenanaimark.livejournal.com 2012-02-04 06:52 pm (UTC)(link)
А что нарушает?