Вопрос к химикам

[macroevolution]

Коллеги, кто знает химию (или биохимию, или микробиологию?), помогите, пожалуйста, бедным палеонтологам разобраться с экспериментом. Эксперимент тафономический - попробовали захоронить маленьких рачков в осадке и посмотреть, что с ними будет. Вот письмо от Елены Наймарк:

Уважаемые коллеги, обращаюсь к вам за помощью и надеюсь, что этот вид инернетного brain-storming станет новым способом решать научные задачи. Я сейчас занимаюсь проблемой сохранения мягких тканей в ископаемом состоянии по типу знаменитых эмбрионов Доушаньтуо или как в Burgess shale biota.
Были поставлены эксперименты с захоронением рачков Artemia salina в природных каолинитах. Каолиниты – напомню, глины белого цвета. В суспензию каолинита, приготовленную с пресной отстоянной водой (не дистилированной), в высокие стеклянные трубки были опущены рачки (живые, одного возраста, первой стадии линьки), трубки закрыли парафином и закрыли от света. Каолинит со временем осел, а рачки распределились по толще осадка. Их хорошо видно сквозь стекло трубки, так как они оранжевого цвета. Осадок довольно быстро стал темно-серого цвета, но вокруг каждого рачка сформировалось светлое пятно. В течение месяца картина становилась все более контрастной. Затем от верхних светлых пятен вверх потянулись тонкие светлые струйки. Со временем, то есть в течение двух недель эти струйки стали видны у большинства светлых пятен. Через три месяца только пятна в самом нижнем слое осадка оставались округлыми без струек. Одновременно в самой верхней части осадка формировался светлый слой, его толщина со временем увеличивалась. Мой вопрос заключается в том, чтобы расшифровать природу этих светлых пятен вокруг рачков. Мне явно не хватает знаний по микробиологи и биохимии, нужно было не прогуливать лекции в свое время. Что за химические и биохимические процессы сформировали эти пятна? Почему с течением времени от них потянулись вверх тонкие струйки? Какие могут быть тесты, чтобы проверить предположения? Все процессы протекают в бескислородной или микрокислородной среде, иначе темный осадок, который обеспечивается присутствием сульфидов, посветлел бы. Кстати он быстро, примерно за час, светлеет, когда его открывают и переносят в обычные комнатные условия. Я дала фотографии экспериментов, сделанных примерно через 2,5 месяца инкубации.


Здесь хорошо видны тонкие струйки, которые тянутся от светлых пятен. Наверху видно начало формирования светлого слоя.



Здесь светлый слой уже широкий



Светлые пятна вокруг оранжевых рачков.

Comments

[gegmopo4.livejournal.com]

Кстати, возникает вопрос — светлые пятна и струи вверх формируются по всему объёму или только у стеклянной стенки? А доступ света учли? Как бы разрезать эту колбаску и исследовать в 3D.

[myugor.livejournal.com]

Возможно, там идет фотосинтез. На это отчасти намекает зеленый слой снизу на последнем фото - возможно, зеленые серные бактерии. И пятна подозрительно розовые, возможно, там сидят пурпурные бактерии, окисляют сульфиды и таким образом растворяют сульфид железа (или пиритизируют его). Но почему струи лезут вверх?

[elenanaimark.livejournal.com]

Нет, фотосинтеза там нет. Все же в темноте трубки стояли. А слой внизу - это пробка парафиновая. На самом деле она темно-желтого цвета, просто немного меняется оттенок при фотографировании и компьютерной обработке. Пурпурные бактерии в темноте теряют окраску, становятся совсем прозрачными, я с ними работала. Не похоже. А пятна все же не розовые, и белого или кремового каолинитного цвета.

[si14.livejournal.com]

Кладите в кадре рядом с пробиркой лист бумаги А4, поможет выровнять баланс белого :)

[elenanaimark.livejournal.com]

фотографии делались на фоне белого листа, так что при подготовке публикации я , конечно, все поправлю. Но спасибо за дельный совет.

[si14.livejournal.com]

Если вы имеете в виду те, что приведены в топике — там лист достаточно далеко, на нём другие тени и рефлексы. Поэтому лучше, когда есть хотя бы маленький клочок, но рядом с объектом :) Извините, если говорю очевидное.

[elenanaimark.livejournal.com]

По всему объему. Я заморозила пробирки, вытащила аккуратно ледяные столбики и порезали их на колечки. Стал виден объем. Пробирки в течение всего опыта стояли в темноте. Их сразу поставили в темноту, чтобы рачки не поплыли на свет, ведь у них хорошо выражен фототаксис. На свету рачки скопились бы в самом светлом месте пробирки, скорее всего вверху или у стенок.

[gegmopo4.livejournal.com]

Если резать поперек столбика, струи будут не видны (не будет видно, что это именно струи).

[elenanaimark.livejournal.com]

Если резать поперек, то тоже видны светлые пятна, округлые, но картина более смазана. Ведь пришлось замораживать, чтобы разрезать столбик. А при замораживании формируются относительно крупные кристаллы, по размеру они сравнимы с диаметром струек; так что остается только общая картина без деталей. Сквозь стекло трубок видно лучше.