Советую сходить на www.genofond.ru. Это сайт Лены и Олега Балановских и там можно много чего накопать.
А если коротко - все как в случае мтДНК. Есть полиморфные варианты Y хромосомы, можно выявить предковый вариант и построить дерево от исходного варианта к всем ныне существующим вариантам. Можно посчитать время дивергенции и прикинуть возраст Адама.